More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Slin_4536 on replicon NC_013730
Organism: Spirosoma linguale DSM 74



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013730  Slin_4536  putative PAS/PAC sensor protein  100 
 
 
194 aa  404  1.0000000000000001e-112  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0347  putative PAS/PAC sensor protein  43.88 
 
 
723 aa  85.5  5e-16  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1217  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.39 
 
 
1877 aa  84.3  0.000000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1140  putative PAS/PAC sensor protein  40.95 
 
 
132 aa  82.8  0.000000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000113848 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0812  putative PAS/PAC sensor protein  41.75 
 
 
152 aa  80.5  0.00000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2042  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.63 
 
 
477 aa  77.4  0.0000000000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.562637  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3223  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.95 
 
 
654 aa  77.4  0.0000000000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3753  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.24 
 
 
913 aa  77.4  0.0000000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0468324  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0188  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.98 
 
 
578 aa  77  0.0000000000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3336  histidine kinase  30.66 
 
 
531 aa  76.6  0.0000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3230  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  36.63 
 
 
587 aa  76.6  0.0000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.235799 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1259  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.86 
 
 
578 aa  76.6  0.0000000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0474  sensory box/GGDEF family protein  30.71 
 
 
792 aa  76.3  0.0000000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_5033  putative PAS/PAC sensor protein  33.03 
 
 
760 aa  76.3  0.0000000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4613  putative PAS/PAC sensor protein  38.83 
 
 
142 aa  75.9  0.0000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.444342  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4629  sensory box protein  39.81 
 
 
142 aa  75.5  0.0000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3604  signal transduction histidine kinase  33.58 
 
 
354 aa  75.5  0.0000000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3280  PAS sensor protein  33.58 
 
 
354 aa  75.1  0.0000000000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0386  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.85 
 
 
1342 aa  74.7  0.0000000000007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0526  putative PAS/PAC sensor protein  36.89 
 
 
157 aa  74.7  0.0000000000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1029  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.94 
 
 
1820 aa  74.7  0.0000000000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.165868 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4361  putative PAS/PAC sensor protein  34.55 
 
 
365 aa  74.7  0.0000000000008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.16012  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1662  putative PAS/PAC sensor protein  36.89 
 
 
157 aa  74.3  0.000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.18425  normal  0.642578 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3242  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  31.68 
 
 
880 aa  74.3  0.000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5540  sensory box histidine kinase  37.5 
 
 
411 aa  73.2  0.000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0617  putative PAS/PAC sensor protein  36.89 
 
 
580 aa  73.2  0.000000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2919  putative PAS/PAC sensor protein  32.71 
 
 
581 aa  73.2  0.000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4323  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  40.43 
 
 
743 aa  73.2  0.000000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.366607  normal  0.0420324 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0384  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.38 
 
 
1692 aa  73.6  0.000000000002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4489  putative PAS/PAC sensor protein  38.83 
 
 
142 aa  72.8  0.000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3868  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.95 
 
 
1021 aa  72.8  0.000000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1888  PAS sensor protein  37.14 
 
 
326 aa  72.8  0.000000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1716  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.98 
 
 
1238 aa  72.4  0.000000000004  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1292  putative PAS/PAC sensor protein  37.63 
 
 
147 aa  71.6  0.000000000006  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0317  bacterio-opsin activator  33.98 
 
 
680 aa  71.6  0.000000000006  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.331726  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1544  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.71 
 
 
764 aa  71.6  0.000000000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.210593  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1062  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.78 
 
 
1027 aa  72  0.000000000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.782086  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1355  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.04 
 
 
929 aa  71.2  0.000000000009  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.968718  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0113  PAS sensor protein  37.86 
 
 
160 aa  70.9  0.00000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2700  histidine kinase  34.95 
 
 
534 aa  70.5  0.00000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0483155  normal  0.0451896 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0393x  response regulator, histidine kinase  33.06 
 
 
943 aa  71.2  0.00000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.621999  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0120  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.11 
 
 
1568 aa  71.2  0.00000000001  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0662  putative PAS/PAC sensor protein  37.5 
 
 
644 aa  70.9  0.00000000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0882  putative PAS/PAC sensor protein  36.63 
 
 
166 aa  70.5  0.00000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0876  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34 
 
 
709 aa  70.9  0.00000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0730078  n/a   
 
 
-
 
NC_011690  PHATRDRAFT_15977  predicted protein  39.53 
 
 
108 aa  70.9  0.00000000001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3170  putative PAS/PAC sensor protein  33.04 
 
 
148 aa  69.7  0.00000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0594815  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3564  histidine kinase  34.13 
 
 
544 aa  69.3  0.00000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2771  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35 
 
 
860 aa  68.9  0.00000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3478  putative signal transduction histidine kinase  32.84 
 
 
354 aa  68.9  0.00000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.293899 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4063  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.04 
 
 
1183 aa  68.6  0.00000000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2739  sensory box protein, putative  33.04 
 
 
151 aa  68.6  0.00000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3950  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.04 
 
 
1183 aa  68.6  0.00000000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.543508  normal  0.654737 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4511  putative PAS/PAC sensor protein  31.34 
 
 
164 aa  68.2  0.00000000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS03712  hypothetical protein  33.04 
 
 
1178 aa  68.2  0.00000000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.433519  normal  0.713314 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0167  signal transduction histidine kinase  34.29 
 
 
336 aa  68.2  0.00000000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3139  histidine kinase  32.73 
 
 
533 aa  68.2  0.00000000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.468681  normal  0.330779 
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3597  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.12 
 
 
587 aa  68.2  0.00000000007  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3461  histidine kinase  32.73 
 
 
533 aa  68.2  0.00000000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1159  PAS:GGDEF  34.91 
 
 
748 aa  68.2  0.00000000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1859  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35 
 
 
917 aa  68.2  0.00000000008  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2045  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.12 
 
 
812 aa  67.8  0.00000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000148537 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6934  signal transduction histidine kinase  36.08 
 
 
375 aa  67.8  0.00000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0476013  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6213  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.44 
 
 
559 aa  67.8  0.00000000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2896  sensory box histidine kinase/response regulator  33.98 
 
 
534 aa  67.4  0.0000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.287234  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02206  hypothetical protein  35.45 
 
 
827 aa  67  0.0000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0288  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.08 
 
 
884 aa  67  0.0000000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3344  signal transduction histidine kinase  31.58 
 
 
336 aa  67  0.0000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3085  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.07 
 
 
905 aa  67.4  0.0000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3014  putative PAS/PAC sensor protein  33.04 
 
 
148 aa  67.8  0.0000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2357  histidine kinase  30.77 
 
 
533 aa  67.8  0.0000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0826278 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1348  sensory box/GGDEF domain/EAL domain protein  33.96 
 
 
763 aa  66.6  0.0000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0244  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.33 
 
 
1066 aa  67  0.0000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3160  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.68 
 
 
389 aa  66.6  0.0000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.350023  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4874  histidine kinase  33.01 
 
 
544 aa  66.6  0.0000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.300744  normal  0.0460746 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3284  putative PAS/PAC sensor protein  32.04 
 
 
148 aa  66.2  0.0000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3396  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.65 
 
 
927 aa  66.6  0.0000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1091  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.03 
 
 
424 aa  66.2  0.0000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2052  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.98 
 
 
481 aa  66.2  0.0000000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2979  PAS sensor, serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit  37 
 
 
754 aa  66.2  0.0000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011688  PHATRDRAFT_8113  predicted protein  36.89 
 
 
103 aa  65.9  0.0000000003  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  hitchhiker  0.00382654  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1893  LOV-regulator, Blue-light sensing  32.56 
 
 
920 aa  66.2  0.0000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.423791  normal  0.136547 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2346  hypothetical protein  35.16 
 
 
364 aa  66.2  0.0000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2076  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.98 
 
 
481 aa  65.9  0.0000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00773841  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0588  sensory box protein  33.33 
 
 
463 aa  65.9  0.0000000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1191  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31 
 
 
836 aa  65.5  0.0000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.668547  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3567  histidine kinase  34.95 
 
 
539 aa  65.5  0.0000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.464366  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2415  PAS sensor protein  31.68 
 
 
810 aa  65.5  0.0000000004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0835  signal transduction histidine kinase  36.56 
 
 
488 aa  65.5  0.0000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0971828 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2511  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.26 
 
 
419 aa  65.9  0.0000000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0875  PAS sensor protein  36.56 
 
 
488 aa  65.9  0.0000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.111744 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2624  putative PAS/PAC sensor protein  32.08 
 
 
144 aa  65.5  0.0000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1707  sensory box-containing diguanylate cyclase, putative  30.48 
 
 
1057 aa  65.1  0.0000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1581  histidine kinase  33.98 
 
 
541 aa  64.7  0.0000000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1649  histidine kinase  33.01 
 
 
541 aa  64.7  0.0000000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.784453 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1931  histidine kinase  33.01 
 
 
541 aa  64.7  0.0000000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.300086  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1135  putative signal transduction histidine kinase  32.99 
 
 
338 aa  64.7  0.0000000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.177976  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0801  signal transduction histidine kinase  36.56 
 
 
488 aa  64.3  0.0000000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.185769  normal  0.110715 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03166  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.01 
 
 
959 aa  64.3  0.0000000009  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4785  PAS sensor protein  33.01 
 
 
158 aa  64.3  0.000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>