More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_4613 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_4613  putative PAS/PAC sensor protein  100 
 
 		 142 aa  290  7e-78  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.444342  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4489  putative PAS/PAC sensor protein  92.96 
 
 		 142 aa  269  8.000000000000001e-72  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4629  sensory box protein  92.25 
 
 		 142 aa  269  1e-71  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0812  putative PAS/PAC sensor protein  89.44 
 
 		 152 aa  259  8e-69  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2739  sensory box protein, putative  69.06 
 
 		 151 aa  197  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3014  putative PAS/PAC sensor protein  68.35 
 
 		 148 aa  196  9e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3284  putative PAS/PAC sensor protein  68.18 
 
 		 148 aa  195  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1578  putative PAS/PAC sensor protein  64.79 
 
 		 151 aa  190  4e-48  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2624  putative PAS/PAC sensor protein  67.42 
 
 		 144 aa  187  2.9999999999999997e-47  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3170  putative PAS/PAC sensor protein  63.51 
 
 		 148 aa  187  4e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0594815  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1429  sensory box protein  64.54 
 
 		 148 aa  186  1e-46  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.105373  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1292  putative PAS/PAC sensor protein  64.62 
 
 		 147 aa  180  6e-45  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0896  sensor protein  61.76 
 
 		 158 aa  176  7e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1217  multi-sensor signal transduction histidine kinase  50 
 
 		 1877 aa  135  3.0000000000000003e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0647  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  48.74 
 
 		 1741 aa  126  1.0000000000000001e-28  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.294056 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2052  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.96 
 
 		 481 aa  125  2.0000000000000002e-28  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2919  putative PAS/PAC sensor protein  48.09 
 
 		 581 aa  125  2.0000000000000002e-28  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2076  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.96 
 
 		 481 aa  125  3e-28  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00773841  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1029  multi-sensor hybrid histidine kinase  46.15 
 
 		 1820 aa  123  8.000000000000001e-28  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.165868 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3868  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  45.45 
 
 		 1021 aa  120  5e-27  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2494  signal transduction histidine kinase-like protein  47.29 
 
 		 1317 aa  118  3e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.206751 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0188  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.98 
 
 		 578 aa  117  3.9999999999999996e-26  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4361  putative PAS/PAC sensor protein  42.75 
 
 		 365 aa  117  3.9999999999999996e-26  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.16012  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2986  PAS domain-containing protein  40.31 
 
 		 150 aa  117  4.9999999999999996e-26  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.24395  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3753  multi-sensor hybrid histidine kinase  43.65 
 
 		 913 aa  116  9.999999999999999e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0468324  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0347  putative PAS/PAC sensor protein  50 
 
 		 723 aa  116  9.999999999999999e-26  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0391  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  48.39 
 
 		 1040 aa  115  1.9999999999999998e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.519884  normal  0.119604 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1355  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.4 
 
 		 929 aa  114  3.9999999999999997e-25  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.968718  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0361  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  48.7 
 
 		 1254 aa  114  5e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1259  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  43.33 
 
 		 578 aa  112  2.0000000000000002e-24  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4323  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  46.46 
 
 		 743 aa  112  2.0000000000000002e-24  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.366607  normal  0.0420324 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3160  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  39.37 
 
 		 389 aa  111  3e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.350023  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1787  putative PAS/PAC sensor protein  36.36 
 
 		 152 aa  110  6e-24  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3085  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  45.16 
 
 		 905 aa  109  1.0000000000000001e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0617  putative PAS/PAC sensor protein  41.86 
 
 		 580 aa  109  2.0000000000000002e-23  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1367  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.44 
 
 		 905 aa  108  3e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0722784  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1560  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.31 
 
 		 1017 aa  108  3e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0474  sensory box/GGDEF family protein  43.75 
 
 		 792 aa  107  5e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0662  putative PAS/PAC sensor protein  41.74 
 
 		 644 aa  106  1e-22  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0462  multi-sensor signal transduction histidine kinase  41.18 
 
 		 1138 aa  105  3e-22  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.84915  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0667  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  45.16 
 
 		 1036 aa  105  3e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1683  sensory box protein  42.06 
 
 		 853 aa  104  5e-22  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4032  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  45.16 
 
 		 1036 aa  104  5e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.661545 
 
 
-
 
NC_003296  RS03712  hypothetical protein  42.37 
 
 		 1178 aa  103  6e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.433519  normal  0.713314 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1893  LOV-regulator, Blue-light sensing  41.94 
 
 		 920 aa  103  1e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.423791  normal  0.136547 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1716  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.4 
 
 		 1238 aa  102  1e-21  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3461  histidine kinase  44.76 
 
 		 533 aa  100  6e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3139  histidine kinase  44.76 
 
 		 533 aa  100  6e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.468681  normal  0.330779 
 
 
-
 
NC_009363  OSTLU_35077  predicted protein  41.82 
 
 		 110 aa  99  2e-20  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.0655449 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4519  signal transduction histidine kinase  37.6 
 
 		 366 aa  98.6  2e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.175783  normal  0.446714 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4845  putative PAS/PAC sensor protein  43.12 
 
 		 149 aa  98.6  3e-20  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03166  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.71 
 
 		 959 aa  97.8  5e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3336  histidine kinase  40.18 
 
 		 531 aa  97.1  7e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4063  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.83 
 
 		 1183 aa  97.1  7e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3950  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.83 
 
 		 1183 aa  97.1  7e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.543508  normal  0.654737 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0384  multi-sensor hybrid histidine kinase  43.22 
 
 		 1692 aa  97.1  7e-20  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0875  PAS sensor protein  39.68 
 
 		 488 aa  95.1  3e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.111744 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0317  bacterio-opsin activator  37.7 
 
 		 680 aa  95.1  3e-19  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.331726  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0801  signal transduction histidine kinase  40.32 
 
 		 488 aa  95.1  3e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.185769  normal  0.110715 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4555  signal transduction histidine kinase  41.59 
 
 		 369 aa  95.1  3e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0835  signal transduction histidine kinase  40.32 
 
 		 488 aa  95.1  3e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0971828 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4407  signal transduction histidine kinase  36.8 
 
 		 366 aa  94.7  4e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.993369 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6934  signal transduction histidine kinase  40.65 
 
 		 375 aa  94.7  4e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0476013  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4037  PAS sensor protein  36.8 
 
 		 366 aa  94.4  5e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.221223 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0247  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.68 
 
 		 890 aa  94.4  5e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4874  histidine kinase  38.76 
 
 		 544 aa  94  6e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.300744  normal  0.0460746 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0880  histidine kinase  39.67 
 
 		 534 aa  93.6  8e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0770  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.71 
 
 		 814 aa  93.6  9e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.486726  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3709  putative PAS/PAC sensor protein  38.89 
 
 		 570 aa  93.6  9e-19  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.551598 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1931  histidine kinase  38.84 
 
 		 541 aa  92.8  1e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.300086  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1649  histidine kinase  38.84 
 
 		 541 aa  92.8  1e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.784453 
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3597  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.46 
 
 		 587 aa  92.8  1e-18  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1581  histidine kinase  41.07 
 
 		 541 aa  92.8  1e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3223  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.4 
 
 		 654 aa  93.2  1e-18  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2896  sensory box histidine kinase/response regulator  39.5 
 
 		 534 aa  91.3  4e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.287234  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6213  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.39 
 
 		 559 aa  91.3  4e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2042  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.7 
 
 		 477 aa  91.3  4e-18  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.562637  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3331  signal transduction histidine kinase  40 
 
 		 503 aa  91.3  4e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1707  sensory box-containing diguanylate cyclase, putative  42.02 
 
 		 1057 aa  91.3  4e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3297  hypothetical protein  42.72 
 
 		 360 aa  91.3  4e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.747205  normal  0.456251 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3567  histidine kinase  36.59 
 
 		 539 aa  91.3  4e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.464366  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2357  histidine kinase  41.07 
 
 		 533 aa  90.5  6e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0826278 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2700  histidine kinase  37.82 
 
 		 534 aa  90.5  7e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0483155  normal  0.0451896 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_5033  putative PAS/PAC sensor protein  39.09 
 
 		 760 aa  90.5  7e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1244  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.26 
 
 		 1090 aa  90.1  9e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.258549  normal  0.879339 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1159  PAS:GGDEF  38.52 
 
 		 748 aa  89.7  1e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5380  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.5 
 
 		 890 aa  89.7  1e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.622794 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1348  sensory box/GGDEF domain/EAL domain protein  38.52 
 
 		 763 aa  87.8  4e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4511  putative PAS/PAC sensor protein  38.21 
 
 		 164 aa  87.8  4e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0623  signal transduction histidine kinase  39.45 
 
 		 334 aa  87.8  5e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.528714 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4105  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.12 
 
 		 888 aa  86.3  1e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  32.56 
 
 		 425 aa  86.7  1e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1042  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.92 
 
 		 1059 aa  86.7  1e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.192885 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01426  histidine kinase  40.98 
 
 		 507 aa  85.5  2e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.643455  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5540  sensory box histidine kinase  37.72 
 
 		 411 aa  84.7  4e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011688  PHATRDRAFT_8113  predicted protein  39.81 
 
 		 103 aa  84.7  4e-16  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  hitchhiker  0.00382654  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2045  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.39 
 
 		 812 aa  84.7  4e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000148537 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2511  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.98 
 
 		 419 aa  84  6e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0554  sensory box protein  41.51 
 
 		 463 aa  84  7e-16  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2346  hypothetical protein  42.98 
 
 		 364 aa  84  7e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>