More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_2256 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_2256  tryptophan synthase subunit alpha  100 
 
 		 267 aa  528  1e-149  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.077665 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1585  tryptophan synthase subunit alpha  81.27 
 
 		 269 aa  420  1e-116  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2917  tryptophan synthase subunit alpha  79.55 
 
 		 272 aa  412  1e-114  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.410631  normal  0.883222 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3024  tryptophan synthase subunit alpha  78.95 
 
 		 278 aa  410  1e-114  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1457  tryptophan synthase subunit alpha  79.17 
 
 		 278 aa  407  1e-113  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1424  tryptophan synthase subunit alpha  79.03 
 
 		 267 aa  408  1e-113  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2408  tryptophan synthase subunit alpha  79.17 
 
 		 278 aa  410  1e-113  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1515  tryptophan synthase subunit alpha  79.55 
 
 		 278 aa  409  1e-113  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.157433  normal  0.784092 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2706  tryptophan synthase subunit alpha  78.57 
 
 		 273 aa  406  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1523  tryptophan synthase subunit alpha  79.17 
 
 		 278 aa  406  1.0000000000000001e-112  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.107227 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1681  tryptophan synthase subunit alpha  79.55 
 
 		 272 aa  404  1.0000000000000001e-112  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2727  tryptophan synthase subunit alpha  78.57 
 
 		 273 aa  405  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.126376  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1659  tryptophan synthase subunit alpha  78.79 
 
 		 278 aa  400  1e-111  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.681458  hitchhiker  0.0000116704 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2806  tryptophan synthase subunit alpha  78.2 
 
 		 273 aa  403  1e-111  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.397521 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2455  tryptophan synthase subunit alpha  74.91 
 
 		 281 aa  381  1e-105  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2134  tryptophan synthase subunit alpha  73.58 
 
 		 266 aa  362  5.0000000000000005e-99  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.713088  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003083  tryptophan synthase alpha chain  66.42 
 
 		 268 aa  352  2.9999999999999997e-96  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.148069  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1055  tryptophan synthase, alpha subunit  64.79 
 
 		 270 aa  350  1e-95  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1459  tryptophan synthase subunit alpha  63.64 
 
 		 268 aa  348  4e-95  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00021114  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02763  tryptophan synthase subunit alpha  65.28 
 
 		 268 aa  348  7e-95  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1937  tryptophan synthase, alpha subunit  62.26 
 
 		 269 aa  344  8.999999999999999e-94  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2177  tryptophan synthase, alpha subunit  62.64 
 
 		 269 aa  343  1e-93  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0791  tryptophan synthase subunit alpha  67.55 
 
 		 268 aa  342  4e-93  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000662896  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1149  tryptophan synthase subunit alpha  67.55 
 
 		 268 aa  339  2.9999999999999998e-92  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2672  tryptophan synthase, alpha subunit  61.89 
 
 		 268 aa  338  5.9999999999999996e-92  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000213592 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2002  tryptophan synthase subunit alpha  61.36 
 
 		 268 aa  337  9.999999999999999e-92  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2301  tryptophan synthase subunit alpha  61.36 
 
 		 268 aa  335  5.999999999999999e-91  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1485  tryptophan synthase subunit alpha  64.39 
 
 		 268 aa  331  8e-90  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01234  tryptophan synthase subunit alpha  64.39 
 
 		 268 aa  331  9e-90  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2388  tryptophan synthase, alpha subunit  64.39 
 
 		 268 aa  331  9e-90  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.555037  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1369  tryptophan synthase subunit alpha  64.39 
 
 		 268 aa  331  9e-90  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.787892  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2367  tryptophan synthase subunit alpha  64.39 
 
 		 268 aa  331  9e-90  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.189882  hitchhiker  0.000000219332 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01244  hypothetical protein  64.39 
 
 		 268 aa  331  9e-90  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1892  tryptophan synthase subunit alpha  64.02 
 
 		 268 aa  330  2e-89  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00584343 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1872  tryptophan synthase subunit alpha  64.02 
 
 		 268 aa  329  3e-89  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000234299 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2208  tryptophan synthase subunit alpha  62.5 
 
 		 269 aa  320  9.999999999999999e-87  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.247562  normal  0.0105692 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1854  tryptophan synthase subunit alpha  61.36 
 
 		 268 aa  319  3e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.230554 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1419  tryptophan synthase subunit alpha  61.36 
 
 		 268 aa  319  3e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1917  tryptophan synthase subunit alpha  61.36 
 
 		 268 aa  319  3e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000303203 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1601  tryptophan synthase subunit alpha  61.36 
 
 		 268 aa  319  3e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0807887 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1859  tryptophan synthase subunit alpha  60.98 
 
 		 268 aa  319  3.9999999999999996e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.584641  normal  0.530099 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2047  tryptophan synthase subunit alpha  60.23 
 
 		 268 aa  297  1e-79  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1937  tryptophan synthase subunit alpha  60.23 
 
 		 268 aa  296  2e-79  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.66163  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2317  tryptophan synthase subunit alpha  60.3 
 
 		 271 aa  293  2e-78  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3527  tryptophan synthase, alpha subunit  55.19 
 
 		 282 aa  290  2e-77  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02293  tryptophan synthase subunit alpha  55.98 
 
 		 263 aa  276  3e-73  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2834  tryptophan synthase, alpha subunit  54.51 
 
 		 280 aa  266  2e-70  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0222  tryptophan synthase subunit alpha  39.47 
 
 		 265 aa  195  5.000000000000001e-49  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1393  tryptophan synthase subunit alpha  41.7 
 
 		 274 aa  195  8.000000000000001e-49  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.000108372  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0572  tryptophan synthase subunit alpha  38.26 
 
 		 280 aa  191  2e-47  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.217284  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_05981  tryptophan synthase subunit alpha  36.88 
 
 		 280 aa  186  4e-46  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_06281  tryptophan synthase subunit alpha  37.12 
 
 		 275 aa  182  6e-45  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2371  tryptophan synthase subunit alpha  42.74 
 
 		 264 aa  179  4e-44  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0243163  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1791  tryptophan synthase, alpha subunit  38.55 
 
 		 259 aa  177  1e-43  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0214  tryptophan synthase subunit alpha  39.39 
 
 		 275 aa  177  1e-43  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.688575 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1156  tryptophan synthase, alpha subunit  39.3 
 
 		 265 aa  177  2e-43  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_06371  tryptophan synthase subunit alpha  36.36 
 
 		 279 aa  176  3e-43  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1693  tryptophan synthase subunit alpha  39.39 
 
 		 271 aa  174  9.999999999999999e-43  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.000483828  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_06271  tryptophan synthase subunit alpha  36.09 
 
 		 266 aa  173  1.9999999999999998e-42  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4745  tryptophan synthase subunit alpha  36.29 
 
 		 266 aa  173  2.9999999999999996e-42  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_18161  tryptophan synthase subunit alpha  40 
 
 		 278 aa  172  5e-42  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0751628 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0008  tryptophan synthase subunit alpha  36.09 
 
 		 271 aa  172  6.999999999999999e-42  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.362998  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4493  tryptophan synthase subunit alpha  38.46 
 
 		 265 aa  172  6.999999999999999e-42  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.19226  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1667  tryptophan synthase, alpha subunit  37.12 
 
 		 267 aa  171  1e-41  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00000552376  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2727  tryptophan synthase subunit alpha  42.8 
 
 		 271 aa  171  2e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.186329  normal  0.556973 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2477  tryptophan synthase subunit alpha  40.91 
 
 		 269 aa  170  3e-41  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.854745  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_05751  tryptophan synthase subunit alpha  37.88 
 
 		 271 aa  169  3e-41  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3061  tryptophan synthase subunit alpha  40.82 
 
 		 273 aa  169  3e-41  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.691783  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0773  tryptophan synthase subunit alpha  35.98 
 
 		 265 aa  169  5e-41  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0621096  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0916  tryptophan synthase subunit alpha  34.08 
 
 		 268 aa  169  5e-41  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1160  tryptophan synthase, alpha chain  37.35 
 
 		 261 aa  168  8e-41  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3350  tryptophan synthase subunit alpha  39.69 
 
 		 267 aa  167  1e-40  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.282051  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1411  tryptophan synthase, alpha chain  35.61 
 
 		 256 aa  167  1e-40  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0564396  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0895  tryptophan synthase subunit alpha  39.69 
 
 		 267 aa  167  1e-40  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.76e-31 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0159  tryptophan synthase, alpha subunit  40.8 
 
 		 270 aa  167  2e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4942  tryptophan synthase subunit alpha  36.33 
 
 		 268 aa  167  2e-40  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0553519  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0077  tryptophan synthase subunit alpha  36.75 
 
 		 270 aa  166  2.9999999999999998e-40  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009358  OSTLU_49484  predicted protein  36.84 
 
 		 302 aa  166  4e-40  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  0.0000433927  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0109  tryptophan synthase subunit alpha  35.34 
 
 		 259 aa  166  4e-40  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.472512  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1021  tryptophan synthase  37.08 
 
 		 271 aa  166  5e-40  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0634  tryptophan synthase subunit alpha  38.29 
 
 		 278 aa  166  5e-40  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.12721 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1301  tryptophan synthase subunit alpha  41.46 
 
 		 266 aa  166  5e-40  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.699121  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2127  tryptophan synthase, alpha subunit  33.83 
 
 		 257 aa  166  5e-40  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1048  tryptophan synthase subunit alpha  34.85 
 
 		 265 aa  165  6.9999999999999995e-40  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.477219 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1463  tryptophan synthase subunit alpha  36.68 
 
 		 267 aa  165  9e-40  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.467538  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0100  tryptophan synthase subunit alpha  40.38 
 
 		 269 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.882504  hitchhiker  0.000187613 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0033  tryptophan synthase subunit alpha  40.4 
 
 		 269 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1122  tryptophan synthase subunit alpha  36.69 
 
 		 250 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3623  tryptophan synthase subunit alpha  35.85 
 
 		 263 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1518  tryptophan synthase subunit alpha  37.16 
 
 		 267 aa  164  2.0000000000000002e-39  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.396024  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1490  tryptophan synthase subunit alpha  37.16 
 
 		 267 aa  164  2.0000000000000002e-39  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2123  tryptophan synthase subunit alpha  37.83 
 
 		 271 aa  163  3e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.689803  normal  0.0114764 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0097  tryptophan synthase subunit alpha  40.38 
 
 		 269 aa  163  3e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000224366 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0097  tryptophan synthase subunit alpha  40.16 
 
 		 269 aa  162  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2082  tryptophan synthase subunit alpha  37.69 
 
 		 266 aa  162  4.0000000000000004e-39  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00116682  hitchhiker  0.0000211332 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1697  tryptophan synthase, alpha chain  35.96 
 
 		 268 aa  162  5.0000000000000005e-39  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.22774 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1207  tryptophan synthase, alpha subunit  36.29 
 
 		 258 aa  162  5.0000000000000005e-39  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3350  tryptophan synthase subunit alpha  37.55 
 
 		 272 aa  162  7e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.178217  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0096  tryptophan synthase subunit alpha  39.36 
 
 		 278 aa  160  1e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1262  tryptophan synthase, alpha chain  38.64 
 
 		 271 aa  161  1e-38  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>