More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_2088 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_2088  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 303 aa  613  1e-175  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.82775  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2021  LysR family transcriptional regulator  68.71 
 
 		 299 aa  427  1e-118  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.58425  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2584  LysR family transcriptional regulator  67.01 
 
 		 299 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.671514  hitchhiker  0.000651722 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2438  LysR family transcriptional regulator  67.23 
 
 		 302 aa  417  9.999999999999999e-116  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1889  LysR family transcriptional regulator  67 
 
 		 300 aa  417  9.999999999999999e-116  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.457269  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2089  LysR family transcriptional regulator  67 
 
 		 300 aa  417  9.999999999999999e-116  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.419213 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1944  LysR family transcriptional regulator  67.57 
 
 		 300 aa  417  9.999999999999999e-116  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1930  LysR family transcriptional regulator  65.88 
 
 		 303 aa  411  1e-114  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2030  LysR family transcriptional regulator  66.89 
 
 		 302 aa  414  1e-114  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2431  LysR family transcriptional regulator  66.89 
 
 		 302 aa  414  1e-114  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2315  LysR family transcriptional regulator  66.89 
 
 		 302 aa  414  1e-114  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.958011  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2032  transcriptional regulator, LysR family  66.22 
 
 		 302 aa  407  1e-113  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.10229  hitchhiker  0.000329187 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2193  transcriptional regulator, LysR family protein  65.2 
 
 		 299 aa  402  1e-111  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000418662  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1875  regulatory protein, LysR  64.63 
 
 		 324 aa  399  9.999999999999999e-111  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1852  LysR family transcriptional regulator  64.86 
 
 		 301 aa  394  1e-109  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1789  LysR family transcriptional regulator  48.99 
 
 		 313 aa  295  5e-79  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1901  putative transcriptional regulator  44.48 
 
 		 309 aa  249  5e-65  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22470  LysR family transcriptional regulator  44.48 
 
 		 309 aa  249  5e-65  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0122765  hitchhiker  0.000000469703 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1430  LysR family transcriptional regulator  44.67 
 
 		 307 aa  243  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.596969  normal  0.279946 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0769  LysR family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 306 aa  242  5e-63  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3833  LysR family transcriptional regulator  45.05 
 
 		 307 aa  241  9e-63  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.450115 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1351  LysR family transcriptional regulator  45.39 
 
 		 307 aa  241  1e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.180221 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4539  LysR family transcriptional regulator  45.39 
 
 		 307 aa  241  1e-62  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.28189  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4046  LysR family transcriptional regulator  45.39 
 
 		 307 aa  241  1e-62  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3825  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  44.67 
 
 		 307 aa  240  2e-62  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00432704 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1296  LysR family transcriptional regulator  43.99 
 
 		 308 aa  240  2e-62  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.46858  normal  0.712623 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19100  transcriptional regulator, LysR family  45.1 
 
 		 303 aa  236  4e-61  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.672089  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0700  putative transcriptional regulator  44.48 
 
 		 326 aa  223  4e-57  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1136  LysR family transcriptional regulator  40.57 
 
 		 307 aa  219  3.9999999999999997e-56  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.890486  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01279  putative transcriptional regulator with periplasmic binding protein domain (LysR family)  38.43 
 
 		 307 aa  199  3.9999999999999996e-50  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0224916  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1757  transcriptional regulator, LysR family  41.9 
 
 		 310 aa  196  5.000000000000001e-49  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.187879 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3745  putative transcriptional regulator  34.81 
 
 		 304 aa  177  2e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.857978 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2592  putative transcriptional regulator  31.15 
 
 		 312 aa  159  6e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4464  transcriptional regulator, LysR family  34.6 
 
 		 290 aa  157  1e-37  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7777  transcriptional regulator, LysR family  34.46 
 
 		 310 aa  155  1e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5255  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 298 aa  151  2e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.443087  normal  0.0197845 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1043  LysR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 309 aa  131  1.0000000000000001e-29  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50160  LysR family transcriptional regulator protein  30.3 
 
 		 300 aa  129  5.0000000000000004e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2324  LysR family transcriptional regulator  30.27 
 
 		 306 aa  127  3e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2658  LysR family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 297 aa  126  5e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0552  LysR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 303 aa  124  1e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.268778 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0504  LysR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 302 aa  124  2e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1570  LysR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 304 aa  124  2e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0308383  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2614  LysR family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 304 aa  122  7e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00872541  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3318  LysR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 297 aa  122  9e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3011  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 297 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2161  regulatory protein, LysR  28.77 
 
 		 309 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1677  LysR substrate-binding  28.62 
 
 		 296 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5712  LysR family transcriptional regulator  31.5 
 
 		 306 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.462122 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2652  LysR family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 304 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1996  transcriptional regulator, LysR family  28.28 
 
 		 296 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2727  LysR family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 304 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.182724  normal  0.41842 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2153  LysR family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 301 aa  120  3e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.638305 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2996  LysR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 297 aa  120  3e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2089  transcriptional regulator, LysR family  30.4 
 
 		 298 aa  119  6e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1672  LysR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 304 aa  119  7e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.551623  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1733  transcriptional regulator, LysR family  29.25 
 
 		 304 aa  119  7e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.540209  hitchhiker  0.00457022 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1367  transcriptional regulator, LysR family  31.54 
 
 		 297 aa  118  9e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.780274  hitchhiker  0.00766256 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3537  LysR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 306 aa  118  9.999999999999999e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0653502 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1965  LysR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 304 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1223  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 320 aa  118  1.9999999999999998e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2021  LysR family transcriptional regulator  28.17 
 
 		 299 aa  117  3e-25  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0424738 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1222  LysR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 297 aa  117  3e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.907683  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1293  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 297 aa  116  3.9999999999999997e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.585298  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4296  LysR family transcriptional regulator  28.01 
 
 		 304 aa  116  5e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0279336 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2290  LysR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 304 aa  116  5e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000611943  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2362  LysR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 304 aa  116  5e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0454134  normal  0.136219 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2325  transcriptional regulator, LysR family protein  28.08 
 
 		 309 aa  116  5e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.695132  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2480  LysR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 304 aa  116  5e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0120237  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00136  transcriptional regulator  31.62 
 
 		 314 aa  115  7.999999999999999e-25  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0939848  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6122  transcriptional regulator, LysR family  32.31 
 
 		 359 aa  115  7.999999999999999e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1027  transcriptional regulator, LysR family  30.13 
 
 		 294 aa  115  8.999999999999998e-25  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.361847  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2973  LysR family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 297 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3154  LysR family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 297 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0073956 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0852  LysR family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 306 aa  113  3e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0564501  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2269  LysR family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 300 aa  113  4.0000000000000004e-24  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1503  transcriptional regulator, LysR family  29.57 
 
 		 306 aa  113  4.0000000000000004e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0885147  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3247  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  28.05 
 
 		 301 aa  112  6e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2686  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 297 aa  112  6e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.524728 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4762  transcriptional regulator, LysR family  31.23 
 
 		 301 aa  112  8.000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1784  transcriptional regulator, LysR family  28.69 
 
 		 312 aa  112  9e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1214  LysR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 299 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1933  LysR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 301 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0399555 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0760  LysR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 299 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1675  LysR family transcriptional regulator  27.3 
 
 		 300 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.297229  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1241  LysR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 299 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5866  transcriptional regulator, LysR family  29.18 
 
 		 315 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1875  LysR family transcriptional regulator  27.93 
 
 		 299 aa  110  3e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2465  LysR family transcriptional regulator  26.76 
 
 		 298 aa  110  3e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7036  LysR family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 302 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.753996  normal  0.202987 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1088  transcriptional regulator, LysR family  26.92 
 
 		 307 aa  109  5e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0130625 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2294  LysR substrate binding domain-containing protein  32.13 
 
 		 304 aa  109  6e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0349652 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2296  LysR substrate binding domain protein  32.13 
 
 		 304 aa  109  6e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0629525 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2406  LysR substrate binding domain-containing protein  32.13 
 
 		 304 aa  109  6e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.668519  normal  0.0417714 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2375  LysR family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 306 aa  109  6e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.624275  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2247  LysR substrate binding domain protein  32.13 
 
 		 304 aa  109  6e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.160886  normal  0.244849 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2193  LysR substrate binding domain protein  32.13 
 
 		 304 aa  109  6e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.453125  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1459  LysR family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 302 aa  109  6e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6369  LysR family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 302 aa  109  6e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5540  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 313 aa  109  7.000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.108539  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>