More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_0236 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



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Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_0236  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 305 aa  619  1e-176  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.859767 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0770  LysR family transcriptional regulator  59.87 
 
 		 300 aa  367  1e-100  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0385  LysR family transcriptional regulator  60.78 
 
 		 290 aa  348  5e-95  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0940  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 317 aa  181  2e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1672  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 298 aa  160  2e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.127951  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 298 aa  149  5e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3549  LyrR family transcriptional regulator  32 
 
 		 299 aa  148  9e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 299 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  30.5 
 
 		 296 aa  146  3e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  31.56 
 
 		 335 aa  146  4.0000000000000006e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  31.83 
 
 		 298 aa  146  4.0000000000000006e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 299 aa  146  5e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  31.49 
 
 		 298 aa  145  6e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01722  transcriptional regulator  31.76 
 
 		 309 aa  145  9e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 298 aa  145  1e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  34.5 
 
 		 309 aa  144  2e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 298 aa  143  3e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3712  LysR family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 304 aa  143  4e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.75932 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  29.35 
 
 		 302 aa  141  1.9999999999999998e-32  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 295 aa  139  3.9999999999999997e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  32.29 
 
 		 293 aa  140  3.9999999999999997e-32  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  29.41 
 
 		 307 aa  139  6e-32  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0128  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 302 aa  138  1e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 303 aa  137  2e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 306 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3853  LysR family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 306 aa  137  3.0000000000000003e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.134116  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5821  LysR family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 305 aa  136  4e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.166944  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0448  LysR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 306 aa  134  9.999999999999999e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  31.53 
 
 		 305 aa  135  9.999999999999999e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 298 aa  134  9.999999999999999e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5604  LysR family transcriptional regulator  28.76 
 
 		 305 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01500  putative transcriptional regulator  31.62 
 
 		 302 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.621412 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3230  regulatory protein, LysR  32.44 
 
 		 298 aa  133  3.9999999999999996e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.796191 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.67 
 
 		 299 aa  132  6e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000458  transcriptional regulator  29.79 
 
 		 330 aa  132  6e-30  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0831  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 296 aa  132  6.999999999999999e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3930  LysR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 320 aa  132  6.999999999999999e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0309903  normal  0.96448 
 
 
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NC_007802  Jann_0280  LysR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 301 aa  131  1.0000000000000001e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.174455 
 
 
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NC_011071  Smal_0830  transcriptional regulator, LysR family  31.97 
 
 		 302 aa  131  2.0000000000000002e-29  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.588944  normal  1 
 
 
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NC_007651  BTH_I0124  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 351 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009092  Shew_0028  LysR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 299 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.391462  normal  1 
 
 
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NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 298 aa  130  3e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
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NC_007974  Rmet_4052  putative LysR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 300 aa  130  3e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.880964 
 
 
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NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 305 aa  130  3e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_006348  BMA0138  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 351 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007434  BURPS1710b_0342  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 351 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009074  BURPS668_0145  transcriptional regulator  29.55 
 
 		 351 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007948  Bpro_1859  LysR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 300 aa  130  4.0000000000000003e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.348315  normal  0.130903 
 
 
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NC_008785  BMASAVP1_A2811  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 351 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008836  BMA10229_A2270  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 351 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.520231  n/a   
 
 
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NC_009080  BMA10247_2347  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 351 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.890874  n/a   
 
 
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NC_009076  BURPS1106A_0153  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 351 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7021  LysR family transcriptional regulator  27.42 
 
 		 305 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0416892  normal  0.0705694 
 
 
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NC_011071  Smal_1967  transcriptional regulator, LysR family  32.86 
 
 		 297 aa  129  5.0000000000000004e-29  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0256766 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3117  LysR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 303 aa  129  5.0000000000000004e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.396466  normal  0.0204094 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0257  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 299 aa  129  6e-29  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3101  LysR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 303 aa  129  7.000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1423  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  28.08 
 
 		 311 aa  129  7.000000000000001e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008060  Bcen_1473  LysR family transcriptional regulator  27.42 
 
 		 305 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0127163  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35380  transcriptional regulator PtxR  31.83 
 
 		 312 aa  129  7.000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0437689  normal  0.0554057 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6355  LysR family transcriptional regulator  27.42 
 
 		 305 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.111156  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3033  transcriptional regulator, LysR family  30.8 
 
 		 303 aa  129  8.000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009484  Acry_2043  LysR family transcriptional regulator  35.16 
 
 		 310 aa  129  8.000000000000001e-29  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.448688  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0098  LysR family transcriptional regulator  27.15 
 
 		 297 aa  129  9.000000000000001e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.48838  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0149  LyrR family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 301 aa  128  9.000000000000001e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3147  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 349 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.315246 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4691  LysR family substrate binding transcriptional regulator  27.52 
 
 		 300 aa  128  1.0000000000000001e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2617  transcriptional regulator, LysR family  31.36 
 
 		 301 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.000166311  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3062  transcriptional regulator, LysR family  31.14 
 
 		 303 aa  128  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.25979 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6482  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 349 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.833038 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3128  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 349 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.677462  normal  0.0859375 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3221  LysR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 303 aa  128  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.078712  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2518  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 349 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3131  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 349 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.154836  n/a   
 
 
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NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  30.41 
 
 		 299 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3069  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 349 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4524  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 325 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4248  LysR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 298 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3186  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 349 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.651713  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1086  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 305 aa  127  3e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.869199  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 313 aa  127  3e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3755  LysR family transcriptional regulator  27.43 
 
 		 319 aa  127  3e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.111222 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2734  LysR family transcriptional regulator  33.96 
 
 		 306 aa  127  3e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4247  LysR family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 297 aa  127  3e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 302 aa  126  4.0000000000000003e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0198  putative transcriptional regulator  30.93 
 
 		 296 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.115145  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2431  LysR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 312 aa  126  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.517573 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1344  transcriptional regulator, LysR family  31.03 
 
 		 296 aa  126  4.0000000000000003e-28  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  decreased coverage  0.00247694  normal  0.0669225 
 
 
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NC_009656  PSPA7_2983  transcriptional regulator PtxR  30.07 
 
 		 312 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1164  LysR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 298 aa  126  5e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.376229  normal  0.0112805 
 
 
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NC_009831  Ssed_3576  carbonate dehydratase  28.82 
 
 		 309 aa  126  5e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_012792  Vapar_5440  transcriptional regulator, LysR family  32.62 
 
 		 295 aa  126  5e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010557  BamMC406_6116  MarR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 410 aa  125  7e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_010002  Daci_4317  LysR family transcriptional regulator  30.37 
 
 		 296 aa  125  8.000000000000001e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.135379  normal  0.740819 
 
 
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NC_009512  Pput_1198  LysR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 298 aa  125  8.000000000000001e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_010501  PputW619_1688  LysR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 312 aa  125  9e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0669222  normal  1 
 
 
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NC_003910  CPS_2674  LysR family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 294 aa  124  1e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008463  PA14_23700  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 303 aa  124  1e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0115342 
 
 
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NC_008543  Bcen2424_3647  LysR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 300 aa  124  1e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.885513 
 
 
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NC_009832  Spro_1399  LysR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 296 aa  124  1e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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