65 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_2612 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_2612  recombinase  100 
 
 		 601 aa  1242    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22270  recombinase  30.41 
 
 		 525 aa  155  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  unclonable  0.00000000000532619  unclonable  9.12817e-22 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2317  hypothetical protein  31.35 
 
 		 534 aa  146  9e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0306066  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3480  recombinase  28.16 
 
 		 532 aa  124  3e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000373145  decreased coverage  0.0098808 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2727  Recombinase  25.89 
 
 		 590 aa  124  5e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1409  putative recombinase  30.51 
 
 		 506 aa  118  3e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3889  recombinase  26.91 
 
 		 560 aa  112  2.0000000000000002e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0513638  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2774  hypothetical protein  28.7 
 
 		 644 aa  111  3e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0143  recombinase  29.66 
 
 		 565 aa  110  9.000000000000001e-23  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3143  resolvase-like:recombinase  26.09 
 
 		 622 aa  109  1e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00494  predicted recombinase  27.91 
 
 		 508 aa  108  2e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.148642  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3227  recombinase family protein  27.91 
 
 		 508 aa  108  2e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.171762  hitchhiker  0.00185611 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1118  recombinase-related protein  29.33 
 
 		 563 aa  103  9e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.236338  unclonable  0.000000608507 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1644  recombinase  24.5 
 
 		 550 aa  103  1e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3675  Recombinase  24.35 
 
 		 545 aa  99.8  1e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0003  putative site-specific recombinase  25.77 
 
 		 509 aa  99  2e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.385186  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0128  Resolvase domain  27.19 
 
 		 526 aa  98.6  3e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.0000180819  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3310  recombinase  26.75 
 
 		 589 aa  94  7e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0107  recombinase  27.27 
 
 		 544 aa  94  7e-18  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4018  hypothetical protein  26.67 
 
 		 539 aa  88.2  4e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2440  recombinase  25.88 
 
 		 540 aa  87.8  5e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1905  recombinase  23.87 
 
 		 585 aa  84.7  0.000000000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0302964  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3468  recombinase  24.09 
 
 		 571 aa  83.2  0.00000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.723341  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1544  resolvase domain-containing protein  25.71 
 
 		 503 aa  83.6  0.00000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.197317  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3026  phage recombinase, putative  26.67 
 
 		 541 aa  81.6  0.00000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0613972 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0835  resolvase domain-containing protein  23.57 
 
 		 548 aa  72  0.00000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0768  hypothetical protein  26.2 
 
 		 552 aa  61.2  0.00000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.914496  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0190  Resolvase domain protein  25.41 
 
 		 537 aa  56.6  0.000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2827  Resolvase domain protein  29.17 
 
 		 509 aa  55.8  0.000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.952038 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0627  site-specific recombinase  27.62 
 
 		 516 aa  54.3  0.000007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0490  putative site-specific recombinase  27.89 
 
 		 681 aa  52.8  0.00002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.402032  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2997  resolvase domain-containing protein  23.65 
 
 		 444 aa  52.8  0.00002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0551  site-specific recombinase  27.3 
 
 		 516 aa  51.6  0.00004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000944856 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4599  DNA recombinase, putative  22.41 
 
 		 487 aa  51.2  0.00006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.136502  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1609  recombinase  25.21 
 
 		 522 aa  50.4  0.00008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.0000000418639  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3078  Resolvase domain protein  23.8 
 
 		 482 aa  48.1  0.0004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.244166  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4582  site-specific recombinase  24.48 
 
 		 488 aa  48.1  0.0005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0480  recombinase  22.01 
 
 		 515 aa  47.8  0.0006  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.63808  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0001  recombinase  25.13 
 
 		 539 aa  47.4  0.0007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0592  Resolvase domain protein  27.38 
 
 		 462 aa  47.4  0.0009  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3853  hypothetical protein  31.52 
 
 		 546 aa  46.6  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.701887 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2797  Resolvase domain protein  21.48 
 
 		 525 aa  46.6  0.001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.501781  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3608  hypothetical protein  36 
 
 		 539 aa  47  0.001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0486  Resolvase domain protein  25 
 
 		 515 aa  46.6  0.001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.325495  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2866  Resolvase domain protein  23.73 
 
 		 525 aa  46.2  0.002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.376058  normal  0.544717 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0896  site-specific recombinase  25.84 
 
 		 527 aa  45.8  0.002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1526  Resolvase domain protein  22.12 
 
 		 552 aa  46.2  0.002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00555834  hitchhiker  0.00000415828 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0990  recombinase  37.31 
 
 		 542 aa  45.8  0.002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.265187  decreased coverage  0.00000829411 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3959  recombinase  37.88 
 
 		 542 aa  45.8  0.002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0428  resolvase domain-containing protein  24.61 
 
 		 522 aa  45.8  0.002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  decreased coverage  0.0000177151  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3998  resolvase domain-containing protein  23.24 
 
 		 521 aa  45.8  0.002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1700  recombinase  22.12 
 
 		 442 aa  45.4  0.003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000219867  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3989  recombinase  23.33 
 
 		 613 aa  45.1  0.004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2617  resolvase domain-containing protein  24.81 
 
 		 445 aa  44.7  0.004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0540166  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1233  Recombinase  27.54 
 
 		 469 aa  45.1  0.004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0155  resolvase domain-containing protein  22.65 
 
 		 510 aa  44.7  0.005  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0796  recombinase  24.75 
 
 		 421 aa  44.7  0.005  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1227  resolvase domain-containing protein  22.95 
 
 		 441 aa  44.7  0.005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.254859 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0698  recombinase  25.77 
 
 		 506 aa  44.3  0.006  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000998497  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2857  resolvase domain-containing protein  24.44 
 
 		 445 aa  44.3  0.006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.564499  normal  0.264008 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2373  recombinase  24.07 
 
 		 497 aa  44.7  0.006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.157742 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1983  resolvase domain-containing protein  27.33 
 
 		 546 aa  43.9  0.009  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0800721  normal  0.49542 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0795  Recombinase  24.76 
 
 		 496 aa  43.9  0.009  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.682484  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1525  Recombinase  28.1 
 
 		 299 aa  43.5  0.01  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000398733  hitchhiker  0.000531049 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1294  recombinase  26.67 
 
 		 475 aa  43.5  0.01  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>