292 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3959 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_0990  recombinase  95.57 
 
 		 542 aa  1014    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.265187  decreased coverage  0.00000829411 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3959  recombinase  100 
 
 		 542 aa  1101    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2219  recombinase  45.51 
 
 		 541 aa  444  1e-123  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.543065  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3864  recombinase  43.31 
 
 		 537 aa  386  1e-106  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.802308  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1563  resolvase domain-containing protein  41.35 
 
 		 540 aa  384  1e-105  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.681987  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3608  hypothetical protein  41.32 
 
 		 539 aa  382  1e-104  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3853  hypothetical protein  43.07 
 
 		 546 aa  361  2e-98  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.701887 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0396  recombinase  37.6 
 
 		 558 aa  337  3.9999999999999995e-91  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1616  Resolvase domain  37.9 
 
 		 565 aa  328  1.0000000000000001e-88  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0106  recombinase  38.7 
 
 		 597 aa  323  6e-87  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0109495 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1074  Resolvase domain  37.28 
 
 		 562 aa  322  9.999999999999999e-87  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.324601  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1822  resolvase domain-containing protein  36.82 
 
 		 576 aa  316  5e-85  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.901295  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0105  recombinase  37.48 
 
 		 549 aa  315  9.999999999999999e-85  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0106317 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1061  Resolvase domain  35.95 
 
 		 578 aa  313  4.999999999999999e-84  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.190833  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1972  recombinase  35.52 
 
 		 578 aa  311  2.9999999999999997e-83  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.20646  normal  0.233467 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3326  recombinase  35.52 
 
 		 601 aa  310  5e-83  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.986613 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3123  recombinase  35.69 
 
 		 552 aa  308  2.0000000000000002e-82  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0994  Recombinase  35.32 
 
 		 569 aa  307  3e-82  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3135  recombinase  35.88 
 
 		 551 aa  305  2.0000000000000002e-81  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0821  recombinase  36.52 
 
 		 662 aa  305  2.0000000000000002e-81  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.51455  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1755  resolvase domain-containing protein  36.1 
 
 		 549 aa  299  9e-80  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.344907  normal  0.0981006 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2352  resolvase domain-containing protein  37.11 
 
 		 564 aa  296  5e-79  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4572  resolvase domain-containing protein  37.12 
 
 		 584 aa  294  3e-78  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.118151  decreased coverage  0.0082878 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2219  recombinase  35.82 
 
 		 558 aa  268  2e-70  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.338837  normal  0.810308 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2841  resolvase  41.96 
 
 		 336 aa  212  1e-53  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.8273  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_37130  Recombinase  33.11 
 
 		 520 aa  209  9e-53  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007489  RSP_4107  site-specific recombinase  31.05 
 
 		 564 aa  207  5e-52  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3842  Resolvase domain  29.09 
 
 		 626 aa  194  5e-48  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.445575  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2336  recombinase  33.4 
 
 		 532 aa  191  2e-47  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.430525  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0834  recombinase  43.75 
 
 		 277 aa  177  3e-43  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.315619  hitchhiker  0.000339857 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1759  Resolvase domain  43.81 
 
 		 251 aa  171  2e-41  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.621745  normal  1 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5404  Recombinase  28.22 
 
 		 738 aa  164  3e-39  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.173362  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0698  recombinase  27.09 
 
 		 506 aa  155  2e-36  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000998497  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1486  resolvase domain-containing protein  29.07 
 
 		 485 aa  154  4e-36  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0216  resolvase domain-containing protein  28.51 
 
 		 517 aa  127  5e-28  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0795  Recombinase  29.02 
 
 		 496 aa  127  6e-28  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.682484  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3998  resolvase domain-containing protein  25.84 
 
 		 521 aa  127  8.000000000000001e-28  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5360  resolvase domain protein  25.62 
 
 		 546 aa  120  4.9999999999999996e-26  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000247289  hitchhiker  0.00000000017806 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0049  resolvase domain-containing protein  24.72 
 
 		 542 aa  115  2.0000000000000002e-24  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0048  resolvase domain-containing protein  24.72 
 
 		 542 aa  115  2.0000000000000002e-24  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0397  resolvase domain-containing protein  23.95 
 
 		 494 aa  115  2.0000000000000002e-24  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2499  cassette chromosome recombinase B  24.5 
 
 		 542 aa  114  4.0000000000000004e-24  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009670  Oant_4799  recombinase  29.63 
 
 		 564 aa  114  5e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.284934  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3389  hypothetical protein  32.9 
 
 		 297 aa  113  9e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4599  DNA recombinase, putative  26.54 
 
 		 487 aa  110  5e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.136502  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5403  Resolvase domain  30.55 
 
 		 279 aa  109  1e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0521163  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0980  Resolvase domain  25.19 
 
 		 707 aa  108  3e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0578275 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3111  Resolvase domain protein  25.83 
 
 		 511 aa  107  6e-22  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.229482  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0303  resolvase domain-containing protein  24.73 
 
 		 548 aa  107  7e-22  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.637835  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0063  resolvase domain-containing protein  25 
 
 		 542 aa  104  3e-21  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0155  resolvase domain-containing protein  25.91 
 
 		 510 aa  104  4e-21  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1552  resolvase domain-containing protein  25.1 
 
 		 554 aa  104  5e-21  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.914203  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0480  recombinase  23.89 
 
 		 515 aa  104  5e-21  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.63808  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0430  putative resolvase  27.49 
 
 		 540 aa  102  2e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0212047  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0592  Resolvase domain protein  25.17 
 
 		 462 aa  100  8e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3843  Resolvase domain  27.59 
 
 		 707 aa  99.8  1e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2420  site-specific recombinase  23.59 
 
 		 479 aa  99.4  2e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.450706 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1701  recombinase  24.88 
 
 		 429 aa  98.6  3e-19  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1776  resolvase domain protein  25.54 
 
 		 606 aa  98.6  3e-19  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0693  resolvase domain protein  25.54 
 
 		 606 aa  98.6  3e-19  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.298225  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0428  resolvase domain-containing protein  26.05 
 
 		 522 aa  97.4  5e-19  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  decreased coverage  0.0000177151  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3078  Resolvase domain protein  25.19 
 
 		 482 aa  97.1  8e-19  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.244166  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0277  resolvase domain-containing protein  27.37 
 
 		 551 aa  96.3  1e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.738521  normal  0.0325045 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_215  resolvase domain protein, PinR type  25.69 
 
 		 563 aa  96.3  1e-18  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1609  recombinase  25.13 
 
 		 522 aa  96.3  1e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.0000000418639  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0568  recombinase  25.98 
 
 		 547 aa  93.6  8e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.816013  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1037  resolvase domain-containing protein  24.7 
 
 		 504 aa  92.8  1e-17  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00127199  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1090  recombinase  30.28 
 
 		 465 aa  93.2  1e-17  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3384  resolvase domain-containing protein  26.27 
 
 		 590 aa  92  2e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0980736 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4582  site-specific recombinase  24.37 
 
 		 488 aa  91.3  4e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2440  Resolvase domain protein  24.94 
 
 		 539 aa  89.4  2e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0627  site-specific recombinase  27.84 
 
 		 516 aa  87.8  4e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4182  resolvase domain-containing protein  25.34 
 
 		 579 aa  87.8  4e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.86871  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5553  resolvase domain protein  23.91 
 
 		 515 aa  87.4  6e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  6.919369999999999e-21 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0001  recombinase  24.78 
 
 		 539 aa  87  8e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0551  site-specific recombinase  27.49 
 
 		 516 aa  87  8e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000944856 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1942  Resolvase domain protein  26.43 
 
 		 561 aa  86.7  9e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3623  recombinase  25.06 
 
 		 515 aa  85.5  0.000000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0338  Recombinase  21.89 
 
 		 498 aa  85.1  0.000000000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2606  resolvase family site-specific recombinase  23.33 
 
 		 534 aa  84.7  0.000000000000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1294  recombinase  24.62 
 
 		 475 aa  84  0.000000000000007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1983  resolvase domain-containing protein  25.28 
 
 		 546 aa  84  0.000000000000007  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0800721  normal  0.49542 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1345  recombinase  24.94 
 
 		 515 aa  83.6  0.000000000000009  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.667193 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0819  recombinase  26.4 
 
 		 540 aa  83.2  0.00000000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0427  Resolvase domain protein  23.52 
 
 		 534 aa  82.4  0.00000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0849  cassette chromosome recombinase B  27.85 
 
 		 484 aa  82.4  0.00000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000173859 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0845  Resolvase domain protein  24.9 
 
 		 252 aa  82  0.00000000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.000000000678199  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4193  Resolvase domain  26.54 
 
 		 555 aa  81.6  0.00000000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.384127 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20310  site-specific recombinase, DNA invertase Pin  29.02 
 
 		 458 aa  81.6  0.00000000000003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0744834  normal  0.198251 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1282  Resolvase domain protein  25.87 
 
 		 485 aa  81.3  0.00000000000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3285  Recombinase  24.78 
 
 		 554 aa  80.5  0.00000000000007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4059  Resolvase domain  24.74 
 
 		 862 aa  80.5  0.00000000000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.932376  normal  0.13959 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0845  DNA recombinase, putative  27.59 
 
 		 484 aa  80.1  0.00000000000008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0876  TnpX site-specific recombinase family protein  23.52 
 
 		 550 aa  80.1  0.00000000000009  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1152  Resolvase domain protein  26.74 
 
 		 460 aa  79.7  0.0000000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4417  recombinase  23.21 
 
 		 517 aa  79.3  0.0000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2438  Resolvase domain protein  27.38 
 
 		 526 aa  79  0.0000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1069  phage integrase family site specific recombinase  26.67 
 
 		 519 aa  78.6  0.0000000000003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.278434  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1490  site-specific recombinase, DNA invertase Pin related protein  23.44 
 
 		 553 aa  78.6  0.0000000000003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0394  Recombinase  22.69 
 
 		 541 aa  77.8  0.0000000000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.018734 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>