More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_1030 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_1030  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 		 365 aa  751    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000000101532  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3313  RND family efflux transporter MFP subunit  65.43 
 
 		 369 aa  445  1.0000000000000001e-124  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000984298  normal  0.15916 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1201  efflux transporter, RND family, MFP subunit  65.84 
 
 		 369 aa  445  1.0000000000000001e-124  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000118856  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3170  RND family efflux transporter MFP subunit  65.53 
 
 		 369 aa  443  1e-123  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000721535  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3169  RND family efflux transporter MFP subunit  65.53 
 
 		 369 aa  443  1e-123  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000222351  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2786  RND family efflux transporter MFP subunit  66.15 
 
 		 372 aa  430  1e-119  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000125206  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1084  RND family efflux transporter MFP subunit  66.25 
 
 		 370 aa  428  1e-119  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0120074  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1150  RND family efflux transporter MFP subunit  65.64 
 
 		 373 aa  429  1e-119  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000335121  normal  0.257402 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1084  RND family efflux transporter MFP subunit  65.95 
 
 		 370 aa  430  1e-119  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.143794  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3483  HlyD family secretion protein  64.6 
 
 		 369 aa  424  1e-117  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1156  RND family efflux transporter MFP subunit  63.49 
 
 		 370 aa  396  1e-109  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000311518  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004022  membrane-fusion protein  58.86 
 
 		 369 aa  396  1e-109  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000160707  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01444  hypothetical protein  56.79 
 
 		 350 aa  393  1e-108  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1963  putative secretion protein, HlyD family  56.97 
 
 		 390 aa  383  1e-105  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.000072673  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1177  RND family efflux transporter MFP subunit  58.84 
 
 		 417 aa  383  1e-105  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1266  RND family efflux transporter MFP subunit  60.75 
 
 		 371 aa  377  1e-103  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000032302  hitchhiker  0.00027333 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0472  secretion protein HlyD  55.02 
 
 		 359 aa  376  1e-103  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.000402153  normal  0.138011 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1365  RND family efflux transporter MFP subunit  58.36 
 
 		 370 aa  373  1e-102  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.0000256097  hitchhiker  0.000707959 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0438  hypothetical protein  52.42 
 
 		 352 aa  344  1e-93  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.0000000000000466929  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1851  RND family efflux transporter MFP subunit  32.18 
 
 		 361 aa  183  5.0000000000000004e-45  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000181813  hitchhiker  0.00565244 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2428  RND family efflux transporter MFP subunit  31.25 
 
 		 361 aa  182  1e-44  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00201655  decreased coverage  0.00000151053 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1186  RND family efflux transporter MFP subunit  32.39 
 
 		 374 aa  180  2.9999999999999997e-44  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.425099  normal  0.0297054 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2179  RND family efflux transporter MFP subunit  32.79 
 
 		 361 aa  176  4e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00000248395  normal  0.140593 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1982  RND family efflux transporter MFP subunit  31.76 
 
 		 360 aa  176  6e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000000542821  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2338  RND family efflux transporter MFP subunit  31.52 
 
 		 360 aa  166  4e-40  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00136978  hitchhiker  0.0000141161 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2410  RND family efflux transporter MFP subunit  31.52 
 
 		 360 aa  166  4e-40  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000315716  hitchhiker  0.00636413 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2665  RND family efflux transporter MFP subunit  30.91 
 
 		 360 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000267288  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1658  RND family efflux transporter MFP subunit  31.21 
 
 		 360 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000232607  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1796  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.91 
 
 		 360 aa  163  4.0000000000000004e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000436323  hitchhiker  0.00000011193 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2550  RND family efflux transporter MFP subunit  30.91 
 
 		 360 aa  163  4.0000000000000004e-39  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000229958  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1881  HlyD family-like protein  31.56 
 
 		 360 aa  163  5.0000000000000005e-39  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1906  HlyD family-like protein  29.04 
 
 		 361 aa  162  6e-39  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000977353  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2588  RND family efflux transporter MFP subunit  30.61 
 
 		 360 aa  162  1e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000000707575  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0703  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.97 
 
 		 355 aa  160  3e-38  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  31.31 
 
 		 361 aa  159  8e-38  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000249801  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0266  RND family efflux transporter MFP subunit  30.16 
 
 		 375 aa  157  2e-37  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.987776 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01736  HlyD family secretion protein  30 
 
 		 349 aa  157  3e-37  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3204  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.58 
 
 		 368 aa  157  4e-37  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3889  RND family efflux transporter MFP subunit  29.71 
 
 		 364 aa  154  2e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1739  RND family efflux transporter MFP subunit  30.57 
 
 		 366 aa  153  4e-36  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1866  RND family efflux transporter MFP subunit  30.94 
 
 		 385 aa  153  4e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000232808  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1737  secretion protein HlyD  29.34 
 
 		 360 aa  150  3e-35  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000190652  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1036  RND family efflux transporter MFP subunit  31.15 
 
 		 354 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3927  RND family efflux transporter MFP subunit  29.43 
 
 		 392 aa  147  2.0000000000000003e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1440  secretion protein HlyD  29.74 
 
 		 376 aa  148  2.0000000000000003e-34  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01922  RND efflux membrane fusion protein  29.19 
 
 		 318 aa  147  3e-34  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0870  acriflavin resistance periplasmic protein  31.07 
 
 		 351 aa  146  7.0000000000000006e-34  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1146  RND family efflux transporter MFP subunit  31.07 
 
 		 351 aa  145  9e-34  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2095  secretion protein HlyD  29.77 
 
 		 354 aa  145  1e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2132  HlyD family secretion protein  29.63 
 
 		 360 aa  143  5e-33  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.732379  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0176  RND family efflux transporter MFP subunit  29.38 
 
 		 353 aa  139  1e-31  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.371241 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0706  secretion protein HlyD  24.54 
 
 		 366 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000331728  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1815  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.74 
 
 		 388 aa  134  3e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.100454  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2269  RND family efflux transporter MFP subunit  26.89 
 
 		 390 aa  134  3e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0264196  normal  0.209917 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2557  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.75 
 
 		 403 aa  133  5e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2224  multidrug efflux pump, membrane fusion protein  27.63 
 
 		 388 aa  132  6e-30  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3081  RND family efflux transporter MFP subunit  30.2 
 
 		 371 aa  133  6e-30  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.153012  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3803  RND family efflux transporter MFP subunit  27.71 
 
 		 376 aa  132  7.999999999999999e-30  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.591559 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2439  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.54 
 
 		 379 aa  132  9e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000851177  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3700  secretion protein HlyD  28.33 
 
 		 381 aa  130  3e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2064  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.34 
 
 		 365 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3679  RND family efflux transporter MFP subunit  28.34 
 
 		 365 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0900  RND family efflux transporter MFP subunit  28.2 
 
 		 388 aa  129  6e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0900  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.66 
 
 		 384 aa  129  8.000000000000001e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000108273  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1580  RND family efflux transporter MFP subunit  28.34 
 
 		 365 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.186167  normal  0.460313 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1439  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.63 
 
 		 380 aa  127  3e-28  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0465471  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3424  secretion protein HlyD  27.84 
 
 		 412 aa  127  4.0000000000000003e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8250  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.93 
 
 		 368 aa  126  6e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.673804  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2795  RND family efflux transporter MFP subunit  27.1 
 
 		 388 aa  126  6e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4943  RND efflux membrane fusion protein precursor  27.56 
 
 		 375 aa  125  8.000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0276  transporter, putative  26.67 
 
 		 383 aa  125  1e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2322  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.43 
 
 		 371 aa  125  1e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0437768 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0358  RND family efflux transporter MFP subunit  26.15 
 
 		 372 aa  124  2e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0341  RND family efflux transporter MFP subunit  27.1 
 
 		 375 aa  124  2e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.666034  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001980  probable RND efflux membrane fusion protein  26.52 
 
 		 367 aa  124  2e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.979341  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0290  putative transporter  26.67 
 
 		 383 aa  124  3e-27  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.507974  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2553  hypothetical protein  26.3 
 
 		 368 aa  123  5e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000355433  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0768  acriflavin resistance periplasmic protein  30.49 
 
 		 348 aa  123  6e-27  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.69171  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1516  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.5 
 
 		 440 aa  123  6e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1999  RND family efflux transporter MFP subunit  27.27 
 
 		 390 aa  122  8e-27  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00132105  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2816  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.62 
 
 		 403 aa  122  9e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.51387  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1610  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.62 
 
 		 372 aa  122  9.999999999999999e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3610  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.66 
 
 		 388 aa  121  1.9999999999999998e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.479598  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2034  RND family efflux transporter MFP subunit  26.1 
 
 		 403 aa  121  1.9999999999999998e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00481  hypothetical protein  25.72 
 
 		 368 aa  121  1.9999999999999998e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01700  RND family efflux system membrane fusion protein  24.67 
 
 		 328 aa  120  3e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56880  putative membrane fusion protein  26.7 
 
 		 376 aa  120  3e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4492  secretion protein HlyD  27.78 
 
 		 382 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0226833 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3650  secretion protein HlyD  27.76 
 
 		 397 aa  120  3.9999999999999996e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.521212 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4297  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.81 
 
 		 397 aa  120  4.9999999999999996e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.430357  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3140  secretion protein HlyD  26.91 
 
 		 360 aa  119  7.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.203317  normal  0.359518 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1209  RND family efflux transporter MFP subunit  28.1 
 
 		 381 aa  119  9e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.421019  normal  0.31825 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_2029  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.78 
 
 		 378 aa  118  9.999999999999999e-26  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.109803  hitchhiker  0.00040221 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3495  RND family efflux transporter MFP subunit  24.64 
 
 		 365 aa  118  9.999999999999999e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03218  Membrane-fusion protein  28.87 
 
 		 428 aa  118  1.9999999999999998e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0901  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.92 
 
 		 351 aa  118  1.9999999999999998e-25  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.470272  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1809  secretion protein HlyD  27.3 
 
 		 397 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1119  RND family efflux transporter MFP subunit  23.7 
 
 		 369 aa  117  3e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000371819  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1513  secretion protein HlyD  25.7 
 
 		 404 aa  116  5e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.461504  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3579  putative transmembrane multidrug efflux system transmembrane protein  30.03 
 
 		 414 aa  116  5e-25  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>