More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_3736 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_3736  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 		 494 aa  1010    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3087  AMP-dependent synthetase and ligase  29.81 
 
 		 505 aa  189  1e-46  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.775156  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1043  AMP-dependent synthetase and ligase  31.22 
 
 		 504 aa  183  6e-45  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.683174  normal  0.268504 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6317  AMP-dependent synthetase and ligase  29.39 
 
 		 509 aa  168  2e-40  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4650  AMP-dependent synthetase and ligase  28.65 
 
 		 534 aa  160  5e-38  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0127701  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3272  AMP-dependent synthetase and ligase  30.93 
 
 		 504 aa  160  6e-38  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.399263 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1626  AMP-dependent synthetase and ligase  25 
 
 		 519 aa  133  6.999999999999999e-30  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1031  long-chain fatty-acid-CoA ligase  23.94 
 
 		 598 aa  131  3e-29  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3729  AMP-dependent synthetase and ligase  24.42 
 
 		 594 aa  130  5.0000000000000004e-29  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2127  AMP-dependent synthetase and ligase  25.43 
 
 		 620 aa  127  6e-28  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.148266  normal  0.516077 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0261  AMP-dependent synthetase and ligase  25.38 
 
 		 551 aa  125  2e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000998406  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3655  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  27.74 
 
 		 483 aa  124  6e-27  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.334351  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3728  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  27.74 
 
 		 483 aa  124  6e-27  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.38736 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6067  AMP-dependent synthetase and ligase  26.05 
 
 		 615 aa  123  8e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2886  AMP-dependent synthetase and ligase  23.44 
 
 		 633 aa  122  9.999999999999999e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2060  AMP-dependent synthetase and ligase  23.42 
 
 		 592 aa  122  9.999999999999999e-27  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3555  AMP-dependent synthetase and ligase  27.79 
 
 		 509 aa  122  9.999999999999999e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.429001  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24920  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  26.37 
 
 		 599 aa  121  3e-26  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.485954 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3097  AMP-dependent synthetase and ligase  26.04 
 
 		 599 aa  121  3e-26  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.658552  normal  0.476459 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1383  AMP-dependent synthetase and ligase  24.72 
 
 		 602 aa  121  3e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.321435  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0136  AMP-dependent synthetase and ligase  27.69 
 
 		 520 aa  120  4.9999999999999996e-26  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3668  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  27.25 
 
 		 483 aa  120  6e-26  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.188298  normal  0.322448 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2962  AMP-dependent synthetase and ligase  23.29 
 
 		 601 aa  120  7e-26  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.746636  normal  0.609279 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2458  AMP-dependent synthetase and ligase  25.7 
 
 		 612 aa  119  9.999999999999999e-26  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3973  AMP-dependent synthetase and ligase  26.63 
 
 		 597 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14230  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  24.24 
 
 		 602 aa  118  1.9999999999999998e-25  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1619  AMP-dependent synthetase and ligase  24.6 
 
 		 604 aa  117  3e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0702243  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1040  AMP-dependent synthetase and ligase  24.51 
 
 		 597 aa  118  3e-25  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.270253  normal  0.341952 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0072  AMP-dependent synthetase and ligase  22.44 
 
 		 597 aa  118  3e-25  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1369  AMP-dependent synthetase and ligase  25.25 
 
 		 572 aa  117  3.9999999999999997e-25  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.580064  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2970  AMP-dependent synthetase and ligase  26.07 
 
 		 546 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.383632  normal  0.0772174 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1925  long-chain acyl-CoA synthetase  23.75 
 
 		 618 aa  117  5e-25  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2081  AMP-dependent synthetase and ligase  26.28 
 
 		 598 aa  117  5e-25  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.39737  normal  0.0103069 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003613  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  25 
 
 		 519 aa  117  5e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1548  AMP-dependent synthetase and ligase  24.73 
 
 		 602 aa  116  7.999999999999999e-25  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.110931 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1524  AMP-dependent synthetase and ligase  24.42 
 
 		 604 aa  115  1.0000000000000001e-24  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1087  AMP-dependent synthetase and ligase  28.09 
 
 		 473 aa  116  1.0000000000000001e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3046  AMP-dependent synthetase and ligase  24.87 
 
 		 607 aa  116  1.0000000000000001e-24  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2560  AMP-dependent synthetase and ligase  25.33 
 
 		 632 aa  116  1.0000000000000001e-24  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.83853  hitchhiker  0.0000276011 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2525  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  25.99 
 
 		 478 aa  116  1.0000000000000001e-24  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.539052 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4133  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  26.22 
 
 		 490 aa  115  2.0000000000000002e-24  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.731956  normal  0.7945 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2606  AMP-dependent synthetase and ligase  25.49 
 
 		 592 aa  114  3e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.254378  normal  0.619309 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0785  AMP-dependent synthetase and ligase  27.17 
 
 		 824 aa  114  5e-24  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1011  long-chain acyl-CoA synthetase  23.25 
 
 		 607 aa  113  6e-24  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1901  AMP-dependent synthetase and ligase  27.17 
 
 		 606 aa  113  7.000000000000001e-24  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.122495  hitchhiker  0.0000327223 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3313  AMP-dependent synthetase and ligase  33.81 
 
 		 487 aa  113  8.000000000000001e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.089081  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1936  AMP-dependent synthetase and ligase  26.4 
 
 		 506 aa  112  1.0000000000000001e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0291  AMP-dependent synthetase and ligase  28.31 
 
 		 730 aa  112  1.0000000000000001e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2876  AMP-dependent synthetase and ligase  25.76 
 
 		 612 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.583601  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2411  AMP-dependent synthetase and ligase  25.55 
 
 		 612 aa  112  2.0000000000000002e-23  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.183417  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1232  AMP-dependent synthetase and ligase  25.26 
 
 		 576 aa  112  2.0000000000000002e-23  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1135  long-chain fatty-acid-CoA ligase  23.94 
 
 		 610 aa  111  3e-23  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.420204  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0361  AMP-dependent synthetase and ligase  24.22 
 
 		 575 aa  111  3e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0812  AMP-binding enzyme  24.9 
 
 		 679 aa  111  3e-23  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3437  AMP-dependent synthetase and ligase  23.61 
 
 		 555 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.915272  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3241  AMP-dependent synthetase and ligase  25.9 
 
 		 599 aa  110  5e-23  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00258779  normal  0.0467048 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1070  AMP-dependent synthetase and ligase  22.59 
 
 		 547 aa  110  6e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2680  AMP-dependent synthetase and ligase  24.28 
 
 		 601 aa  110  6e-23  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.487535  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0314  AMP-dependent synthetase and ligase  21.68 
 
 		 597 aa  110  6e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000490287  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4311  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  27.36 
 
 		 477 aa  110  6e-23  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.569405 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24290  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  26.26 
 
 		 599 aa  110  7.000000000000001e-23  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.954614  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3350  AMP-dependent synthetase and ligase  29.17 
 
 		 493 aa  110  8.000000000000001e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2345  AMP-dependent synthetase and ligase  30.74 
 
 		 604 aa  110  8.000000000000001e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3634  AMP-dependent synthetase and ligase  25.14 
 
 		 554 aa  109  9.000000000000001e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00109176  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0349  AMP-dependent synthetase and ligase  24.18 
 
 		 554 aa  109  1e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000814911  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0673  AMP-dependent synthetase and ligase  22.98 
 
 		 602 aa  109  1e-22  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0141445 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3043  AMP-dependent synthetase and ligase  31.72 
 
 		 489 aa  109  1e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0600729  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3023  AMP-dependent synthetase and ligase  30.03 
 
 		 487 aa  108  2e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0371  AMP-dependent synthetase and ligase  26.33 
 
 		 544 aa  108  2e-22  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00566676  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18590  AMP-dependent synthetase and ligase family protein: long-chain fatty acid CoA ligase  27.29 
 
 		 486 aa  108  2e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0471182  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0356  AMP-dependent synthetase and ligase  24.18 
 
 		 554 aa  108  2e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000116911  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0675  AMP-binding protein  22.14 
 
 		 547 aa  108  3e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3502  AMP-dependent synthetase and ligase  24.62 
 
 		 551 aa  108  3e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1304  AMP-dependent synthetase and ligase  23.78 
 
 		 591 aa  107  4e-22  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0359  AMP-dependent synthetase and ligase  23.95 
 
 		 554 aa  107  4e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00409412  decreased coverage  0.000000000100216 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0475  AMP-dependent synthetase and ligase  25.89 
 
 		 567 aa  107  4e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.958743 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2709  long-chain-fatty-acid--CoA ligase, putative  31.6 
 
 		 489 aa  107  5e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.337857  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2216  AMP-dependent synthetase and ligase  25.55 
 
 		 825 aa  107  5e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.108926  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2594  AMP-dependent synthetase and ligase  25.26 
 
 		 608 aa  107  6e-22  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2034  AMP-dependent synthetase and ligase  27.49 
 
 		 478 aa  106  8e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5098  AMP-dependent synthetase and ligase  24.86 
 
 		 566 aa  106  8e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.183916  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0145  AMP-dependent synthetase and ligase  24.94 
 
 		 812 aa  106  8e-22  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00701888  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4869  AMP-dependent synthetase and ligase  25.11 
 
 		 600 aa  106  8e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.424656  normal  0.600956 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1529  AMP-dependent synthetase and ligase  30.16 
 
 		 605 aa  106  9e-22  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.275012  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3617  AMP-dependent synthetase and ligase  24.56 
 
 		 554 aa  106  9e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0351  AMP-dependent synthetase and ligase  23.95 
 
 		 554 aa  106  9e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.597598  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0135  putative long-chain-fatty-acid--CoA ligase  25.94 
 
 		 507 aa  105  1e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.395126  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0592  long-chain acyl-CoA synthetase  30.53 
 
 		 677 aa  106  1e-21  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0355  AMP-binding protein  24.33 
 
 		 554 aa  106  1e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1510  AMP-dependent synthetase and ligase  26.16 
 
 		 597 aa  105  1e-21  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3330  AMP-dependent synthetase and ligase  23.53 
 
 		 616 aa  106  1e-21  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1920  putative long-chain-fatty-acid--CoA ligase  22.73 
 
 		 563 aa  105  1e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.022094  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2003  AMP-dependent synthetase and ligase  24.51 
 
 		 606 aa  105  1e-21  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0649106  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1299  AMP-dependent synthetase and ligase  24.47 
 
 		 609 aa  106  1e-21  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2696  putative long-chain-fatty-acid--CoA ligase  23.31 
 
 		 597 aa  106  1e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0401  long-chain acyl-CoA synthetase  23.52 
 
 		 701 aa  106  1e-21  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3776  AMP-dependent synthetase and ligase  23.12 
 
 		 598 aa  106  1e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.218056  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12215  long-chain fatty-acid-CoA ligase fadD15  23.06 
 
 		 600 aa  105  2e-21  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1237  AMP-dependent synthetase and ligase  24.51 
 
 		 533 aa  105  2e-21  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3051  AMP-dependent synthetase and ligase  26.51 
 
 		 605 aa  105  2e-21  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00585755  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>