More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_2815 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007912  Sde_2815  biopolymer transport proteins-like  100 
 
 
464 aa  943    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00525326  hitchhiker  0.00000294383 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2157  MotA/TolQ/ExbB proton channel  37.33 
 
 
488 aa  236  6e-61  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0607  MotA/TolQ/ExbB proton channel  38.24 
 
 
478 aa  119  9e-26  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00882438  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2153  transport protein TolQ-like  35.18 
 
 
474 aa  115  1.0000000000000001e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.337835  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0453  biopolymer transport proteins-like  26.09 
 
 
465 aa  109  9.000000000000001e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.204978  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06759  hypothetical protein  33.61 
 
 
455 aa  109  1e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3975  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  35.24 
 
 
457 aa  108  3e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1616  MotA/TolQ/ExbB proton channel  32.09 
 
 
469 aa  107  3e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0436  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  34.72 
 
 
403 aa  105  1e-21  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0887055  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1738  MotA/TolQ/ExbB proton channel  33.01 
 
 
576 aa  105  2e-21  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000125272  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1654  MotA/TolQ/ExbB proton channel  26.93 
 
 
480 aa  103  6e-21  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.759397  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00636  biopolymer transport protein  35 
 
 
453 aa  103  8e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001857  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  35 
 
 
453 aa  102  1e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1061  MotA/TolQ/ExbB proton channel  35.64 
 
 
469 aa  102  2e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.297335  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000847  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  45.24 
 
 
455 aa  100  7e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1572  MotA/TolQ/ExbB proton channel  27.06 
 
 
451 aa  100  7e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0356539  hitchhiker  0.00010475 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03434  putative Tol protein  35.29 
 
 
454 aa  99.4  1e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0112  biopolymer transport protein TolR  33.33 
 
 
451 aa  99.4  1e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0904  Biopolymer transport protein TolR  33.17 
 
 
453 aa  98.6  2e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0353  TonB system biopolymer transport component  35.71 
 
 
460 aa  97.4  5e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.899068  normal  0.349209 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3871  MotA/TolQ/ExbB proton channel  35.86 
 
 
449 aa  96.7  8e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1153  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  35.48 
 
 
457 aa  96.7  8e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3755  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  30.19 
 
 
449 aa  95.9  1e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2651  MotA/TolQ/ExbB proton channel  32.21 
 
 
451 aa  94.4  4e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.12619  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1255  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  50.59 
 
 
451 aa  93.6  6e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.429171  unclonable  0.0000153929 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2625  MotA/TolQ/ExbB proton channel  50.59 
 
 
451 aa  93.2  9e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000348965  hitchhiker  0.00000191471 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2463  MotA/TolQ/ExbB proton channel  50.59 
 
 
451 aa  93.2  9e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00080951  hitchhiker  0.00000350745 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1641  MotA/TolQ/ExbB proton channel  50.59 
 
 
451 aa  92.8  1e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0893157  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1626  MotA/TolQ/ExbB proton channel  50.59 
 
 
451 aa  92.4  1e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.171295  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1518  MotA/TolQ/ExbB proton channel  49.41 
 
 
451 aa  92.4  1e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.298092  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2424  MotA/TolQ/ExbB proton channel  50.59 
 
 
450 aa  93.2  1e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00633842  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2533  MotA/TolQ/ExbB proton channel  49.41 
 
 
451 aa  92.8  1e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0106655  unclonable  0.0000291193 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1663  MotA/TolQ/ExbB proton channel  50.59 
 
 
451 aa  92.4  1e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0204687  normal  0.14505 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2625  MotA/TolQ/ExbB proton channel  49.41 
 
 
451 aa  92.4  2e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00264646  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0869  MotA/TolQ/ExbB proton channel  29.5 
 
 
462 aa  91.7  2e-17  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2717  MotA/TolQ/ExbB proton channel  49.41 
 
 
451 aa  92  2e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0125203  decreased coverage  0.0000000188451 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0848  TolR-like transport protein  48.24 
 
 
470 aa  91.7  3e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.638917  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2477  MotA/TolQ/ExbB proton channel  49.41 
 
 
451 aa  91.3  3e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.373641  hitchhiker  0.000065853 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1825  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  51.76 
 
 
451 aa  90.9  4e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3078  MotA/TolQ/ExbB proton channel  49.41 
 
 
451 aa  91.3  4e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00501831  hitchhiker  0.0000206592 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2154  biopolymer transport protein (ExbB)-like  48.42 
 
 
208 aa  90.1  8e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1737  MotA/TolQ/ExbB proton channel  33.33 
 
 
201 aa  88.6  2e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0638355  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1436  MotA/TolQ/ExbB proton channel  32.31 
 
 
218 aa  86.7  8e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.383265  normal  0.726638 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1743  MotA/TolQ/ExbB proton channel  33.5 
 
 
208 aa  85.1  0.000000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2061  MotA/TolQ/ExbB proton channel  35.75 
 
 
209 aa  83.6  0.000000000000007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.590103 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1655  MotA/TolQ/ExbB proton channel  37.29 
 
 
218 aa  81.3  0.00000000000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.393099  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2673  MotA/TolQ/ExbB proton channel  30.52 
 
 
253 aa  80.5  0.00000000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2279  MotA/TolQ/ExbB proton channel  46.02 
 
 
233 aa  80.9  0.00000000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0525667  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1369  MotA/TolQ/ExbB proton channel  31.63 
 
 
206 aa  80.1  0.00000000000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0387  biopolymer transport protein  32.99 
 
 
220 aa  78.6  0.0000000000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0351  MotA/TolQ/ExbB proton channel  32.99 
 
 
220 aa  78.6  0.0000000000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3524  MotA/TolQ/ExbB proton channel  59.32 
 
 
469 aa  77.8  0.0000000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0591  MotA/TolQ/ExbB proton channel  32.81 
 
 
214 aa  77.8  0.0000000000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.0990686 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0580  MotA/TolQ/ExbB proton channel  28.1 
 
 
235 aa  76.3  0.000000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00547042  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1248  MotA/TolQ/ExbB proton channel  31.88 
 
 
210 aa  75.9  0.000000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0537  MotA/TolQ/ExbB proton channel  33.68 
 
 
206 aa  75.9  0.000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000013307  unclonable  0.0000000588107 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25490  putative tolQ-type transport protein  30.99 
 
 
211 aa  75.5  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0178753  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2150  MotA/TolQ/ExbB proton channel  50 
 
 
208 aa  75.5  0.000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.162411  normal  0.347505 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2178  putative tolQ-type transport protein  30.99 
 
 
211 aa  75.5  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0226  MotA/TolQ/ExbB proton channel  30 
 
 
240 aa  75.9  0.000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0595  MotA/TolQ/ExbB proton channel  37.14 
 
 
231 aa  74.3  0.000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.0000000225479  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1091  MotA/TolQ/ExbB proton channel  38.1 
 
 
308 aa  74.3  0.000000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4594  MotA/TolQ/ExbB proton channel  42.71 
 
 
215 aa  74.3  0.000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0279  MotA/TolQ/ExbB proton channel  36.23 
 
 
252 aa  72.8  0.00000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0268  MotA/TolQ/ExbB proton channel  36.23 
 
 
252 aa  72.8  0.00000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0290  MotA/TolQ/ExbB proton channel  36.23 
 
 
252 aa  72.8  0.00000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.225424  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0899  biopolymer MotA/TolQ/ExbB proton channel family transporter  51.35 
 
 
214 aa  73.2  0.00000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.197081  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11810  MotA/TolQ/ExbB proton channel  28.88 
 
 
216 aa  72.4  0.00000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0645  MotA/TolQ/ExbB proton channel  37.74 
 
 
206 aa  72  0.00000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.557109  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1521  MotA/TolQ/ExbB proton channel  29.63 
 
 
238 aa  72  0.00000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.565129  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0485  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  37.74 
 
 
206 aa  72  0.00000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.18294  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1559  MotA/TolQ/ExbB proton channel  29.08 
 
 
244 aa  71.6  0.00000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.413379  hitchhiker  0.000693318 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1396  MotA/TolQ/ExbB proton channel  42.05 
 
 
220 aa  71.2  0.00000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.739677  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0608  MotA/TolQ/ExbB proton channel  46.84 
 
 
174 aa  70.5  0.00000000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00236146  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0539  MotA/TolQ/ExbB proton channel  31.44 
 
 
222 aa  69.7  0.0000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.977509  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0631  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  34.01 
 
 
204 aa  68.9  0.0000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.793155  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2528  biopolymer transport EXBB-like transmembrane protein  32.31 
 
 
206 aa  68.9  0.0000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.0033963  normal  0.0481325 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3572  MotA/TolQ/ExbB proton channel  46.07 
 
 
210 aa  68.6  0.0000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0594941  decreased coverage  0.0034613 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3738  MotA/TolQ/ExbB proton channel  28.37 
 
 
234 aa  68.6  0.0000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.966259 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2300  MotA/TolQ/ExbB proton channel  28.1 
 
 
215 aa  68.9  0.0000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00590  biopolymer transport protein  34.15 
 
 
220 aa  68.9  0.0000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.421222  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0270  biopolymer transport protein ExbB, putative  30.58 
 
 
235 aa  68.2  0.0000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0136  MotA/TolQ/ExbB proton channel  30.58 
 
 
235 aa  68.2  0.0000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.638399  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1731  MotA/TolQ/ExbB proton channel  29.63 
 
 
207 aa  68.6  0.0000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2957  biopolymer transport proteins-like  31.41 
 
 
242 aa  67.8  0.0000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02770  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  34.31 
 
 
246 aa  68.2  0.0000000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0595  MotA/TolQ/ExbB proton channel  36.52 
 
 
235 aa  68.2  0.0000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2399  MotA/TolQ/ExbB proton channel  45.45 
 
 
206 aa  67.8  0.0000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0433367  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0262  MotA/TolQ/ExbB proton channel  29.95 
 
 
243 aa  67.8  0.0000000004  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0861801  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4481  MotA/TolQ/ExbB proton channel  28.11 
 
 
230 aa  67.8  0.0000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02813  TonB system biopolymer transport component  32.23 
 
 
343 aa  67.8  0.0000000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0000924577  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6028  MotA/TolQ/ExbB proton channel  41.18 
 
 
227 aa  67.8  0.0000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.735155  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02500  transport protein ExbB  30.88 
 
 
239 aa  67.4  0.0000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0102562  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21820  ExbB proton channel  34.38 
 
 
236 aa  67.8  0.0000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.129559  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0847  biopolymer transport protein  50.57 
 
 
211 aa  67.4  0.0000000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.63454  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08070  ExbB proton channel  34.38 
 
 
236 aa  67.4  0.0000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21700  ExbB proton channel  34.38 
 
 
236 aa  67.4  0.0000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.798679  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0280  transport protein ExbB  30.88 
 
 
239 aa  67.4  0.0000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4891  MotA/TolQ/ExbB proton channel  44.57 
 
 
216 aa  67.4  0.0000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.333569 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3510  protein TolQ  41.11 
 
 
224 aa  67  0.0000000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0310094  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>