More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_2407 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007912  Sde_2407  sigma-24 (FecI-like)  100 
 
 
179 aa  370  1e-102  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.779185  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2569  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  43.33 
 
 
180 aa  133  1.9999999999999998e-30  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1198  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  39.55 
 
 
180 aa  127  7.000000000000001e-29  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.203088  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1394  RNA polymerase sigma-E factor  39.67 
 
 
208 aa  109  2.0000000000000002e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0732931  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3576  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24  38.98 
 
 
213 aa  109  2.0000000000000002e-23  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.745375  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1115  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  39.67 
 
 
208 aa  109  2.0000000000000002e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.37407  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2259  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.79 
 
 
199 aa  108  4.0000000000000004e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.033618  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2772  RNA polymerase sigma factor AlgU  38.98 
 
 
192 aa  108  4.0000000000000004e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.133926  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0834  RNA polymerase sigma factor RpoE  37.17 
 
 
199 aa  108  6e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2425  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.27 
 
 
199 aa  107  1e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0205284  normal  0.871002 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1083  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.14 
 
 
191 aa  105  3e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1078  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.65 
 
 
199 aa  105  3e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.478507  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2906  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.65 
 
 
199 aa  105  3e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0419523  normal  0.958584 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0536  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.13 
 
 
199 aa  105  5e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.543409  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2901  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.13 
 
 
199 aa  105  5e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1796  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.13 
 
 
199 aa  105  5e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.7113  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2786  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.13 
 
 
199 aa  105  5e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2473  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.13 
 
 
199 aa  105  5e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2808  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.13 
 
 
199 aa  105  5e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0985  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.27 
 
 
199 aa  104  6e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.664585  normal  0.0675077 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1723  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.13 
 
 
199 aa  104  6e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0920  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.27 
 
 
199 aa  104  6e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.776822  normal  0.152626 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1055  RNA polymerase sigma factor RpoE  37.08 
 
 
199 aa  103  1e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.401808  normal  0.607053 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2848  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.13 
 
 
392 aa  103  2e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4239  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.13 
 
 
199 aa  102  3e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.535457  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3118  RNA polymerase sigma factor RpoE  37.29 
 
 
192 aa  102  3e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.239779  normal  0.0316292 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0150  RNA polymerase sigma factor SigW  32.31 
 
 
190 aa  102  3e-21  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0647  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.13 
 
 
199 aa  102  3e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1272  RNA polymerase sigma factor RpoE  37.29 
 
 
192 aa  102  3e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.178396  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1239  RNA polymerase sigma factor RpoE  37.29 
 
 
192 aa  102  3e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00674389  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1127  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.13 
 
 
199 aa  102  3e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1956  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  36.22 
 
 
193 aa  102  3e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.26962  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1085  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.13 
 
 
199 aa  102  3e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1195  RNA polymerase sigma factor RpoE  37.29 
 
 
192 aa  102  3e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000180886  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2177  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.13 
 
 
199 aa  102  3e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.242833 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1237  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.72 
 
 
192 aa  102  3e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000109114  hitchhiker  0.0000153595 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1471  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.57 
 
 
192 aa  102  4e-21  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1894  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.92 
 
 
206 aa  102  4e-21  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1153  RNA polymerase sigma factor RpoE  37.84 
 
 
192 aa  102  4e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000609864  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1142  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.72 
 
 
192 aa  101  5e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000720782  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2022  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.36 
 
 
199 aa  101  7e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000162889  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2981  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.83 
 
 
206 aa  101  7e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.000395274  normal  0.05783 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2321  RNA polymerase sigma factor RpoE  37.5 
 
 
199 aa  100  8e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1342  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.22 
 
 
192 aa  100  1e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03542  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.2 
 
 
192 aa  100  1e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1007  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.13 
 
 
199 aa  100  1e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.35525  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2854  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.22 
 
 
192 aa  100  1e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0729603  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2935  RNA polymerase sigma factor RpoE  37.02 
 
 
192 aa  100  1e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0799622  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1003  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.13 
 
 
199 aa  100  1e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.621886  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3032  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.22 
 
 
192 aa  100  1e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0207774  normal  0.587259 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002491  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.46 
 
 
192 aa  100  1e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.012541  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1048  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.16 
 
 
192 aa  99.4  2e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00110624  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2494  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.68 
 
 
195 aa  100  2e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.631151  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2936  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.22 
 
 
192 aa  99.4  2e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0097263  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1031  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.16 
 
 
192 aa  99.8  2e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000464646  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2251  RNA polymerase sigma factor AlgU  34.24 
 
 
193 aa  99  3e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000015974  normal  0.140687 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2938  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.91 
 
 
191 aa  99  3e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.497445  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0701  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.5 
 
 
208 aa  99  3e-20  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.212033  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02467  RNA polymerase, sigma 24 (sigma E) factor  35.91 
 
 
191 aa  99  4e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1095  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.91 
 
 
191 aa  99  4e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.066922  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2859  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.91 
 
 
191 aa  99  4e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0265071  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4224  RNA polymerase sigma-24 factor  35.83 
 
 
193 aa  99  4e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3958  RNA polymerase sigma factor AlgU  35.83 
 
 
193 aa  98.6  4e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0486119  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3810  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.91 
 
 
191 aa  99  4e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0374939  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3060  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.91 
 
 
191 aa  98.6  4e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.26324  hitchhiker  0.000187341 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1104  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.91 
 
 
191 aa  99  4e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.451168  normal  0.962862 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2728  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.91 
 
 
191 aa  99  4e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.134182  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2726  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.91 
 
 
191 aa  99  4e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.11882  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02431  hypothetical protein  35.91 
 
 
191 aa  99  4e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9374  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.79 
 
 
201 aa  98.2  5e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.666826 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2045  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.46 
 
 
190 aa  98.2  5e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2854  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.36 
 
 
191 aa  97.8  7e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.249889 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2832  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.36 
 
 
191 aa  97.8  7e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2750  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.36 
 
 
191 aa  97.8  7e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.405161  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0154  RNA polymerase sigma factor SigW  32.43 
 
 
183 aa  97.8  7e-20  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000564665  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2966  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.36 
 
 
191 aa  97.8  7e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2850  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.36 
 
 
191 aa  97.8  7e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.718935  normal  0.190623 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0843  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.59 
 
 
223 aa  97.4  1e-19  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  decreased coverage  0.00000000467073  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1427  RNA polymerase sigma factor AlgU  35.71 
 
 
193 aa  96.7  2e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0770858  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3077  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.83 
 
 
191 aa  96.3  2e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.0022477  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4294  RNA polymerase sigma factor AlgU  35.71 
 
 
193 aa  96.7  2e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.55493  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1362  RNA polymerase sigma factor AlgU  34.87 
 
 
193 aa  96.3  2e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00625661  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1067  RNA polymerase sigma factor AlgU  35.71 
 
 
193 aa  96.7  2e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0360661  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0795  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.29 
 
 
177 aa  96.7  2e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.782142  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3643  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.78 
 
 
211 aa  96.3  2e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.145973  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4380  RNA polymerase sigma factor AlgU  35.71 
 
 
193 aa  96.7  2e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.200849 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1198  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.83 
 
 
191 aa  96.3  2e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000152256  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1746  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.75 
 
 
200 aa  95.9  3e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.30228  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1467  RNA polymerase sigma factor AlgU  36.81 
 
 
193 aa  95.9  3e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000401501  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3676  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.27 
 
 
191 aa  95.5  3e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.302795  normal  0.408035 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1810  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.01 
 
 
250 aa  95.1  4e-19  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.816651  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3616  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.25 
 
 
200 aa  95.5  4e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.154069  normal  0.150786 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2095  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.86 
 
 
198 aa  95.1  5e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03970  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.11 
 
 
195 aa  95.1  5e-19  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000171758  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1339  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.72 
 
 
191 aa  95.1  5e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.148968  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3544  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.71 
 
 
195 aa  95.1  5e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000268156  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1369  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.59 
 
 
206 aa  94.7  6e-19  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0484883  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1438  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.59 
 
 
206 aa  94.7  6e-19  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.389052  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1182  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.71 
 
 
191 aa  94.4  7e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0314169  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4757  RNA polymerase sigma factor AlgU  36.56 
 
 
193 aa  94.4  7e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>