More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SAG1825 on replicon NC_004116
Organism: Streptococcus agalactiae 2603V/R



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004116  SAG1825  NifR3/Smm1 family protein  100 
 
 
325 aa  671    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0231  putative transcriptional regulator  87.08 
 
 
325 aa  601  1.0000000000000001e-171  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0270  nifR3 family TIM-barrel protein  54.43 
 
 
333 aa  368  1e-101  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000135334  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0279  tRNA-dihydrouridine synthase  54.09 
 
 
335 aa  345  5e-94  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.690235  hitchhiker  0.007193 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0074  TIM-barrel protein, nifR3 family  53.65 
 
 
333 aa  345  8e-94  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  50 
 
 
332 aa  323  2e-87  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0084  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  50.63 
 
 
332 aa  320  1.9999999999999998e-86  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000319456 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2221  tRNA-dihydrouridine synthase  50.95 
 
 
334 aa  320  3e-86  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.65395  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0071  NifR3 family TIM-barrel protein  50.32 
 
 
332 aa  318  9e-86  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0071  NifR3 family TIM-barrel protein  50.32 
 
 
332 aa  318  1e-85  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0074  NifR3 family TIM-barrel protein  50.82 
 
 
332 aa  317  3e-85  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0087  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  50.82 
 
 
332 aa  317  3e-85  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.811614  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  50.16 
 
 
332 aa  315  5e-85  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0083  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  49.84 
 
 
332 aa  315  9e-85  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.419375  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5233  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  49.84 
 
 
332 aa  315  9e-85  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.471264  hitchhiker  0.000000472201 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0075  NifR3 family TIM-barrel protein  50.81 
 
 
324 aa  312  3.9999999999999997e-84  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0075  NifR3 family TIM-barrel protein  50.81 
 
 
324 aa  312  3.9999999999999997e-84  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0247  TIM-barrel protein, nifR3 family  47.28 
 
 
322 aa  279  4e-74  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0897176  normal  0.676091 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2083  TIM-barrel protein, nifR3 family  45.69 
 
 
328 aa  278  1e-73  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0172  nifR3 family TIM-barrel protein  43.26 
 
 
319 aa  263  2e-69  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000224205  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0273  nifR3 family TIM-barrel protein  42.9 
 
 
347 aa  258  1e-67  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0837  tRNA-dihydrouridine synthase  42.02 
 
 
308 aa  252  6e-66  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2685  nifR3 family TIM-barrel protein  41.96 
 
 
322 aa  248  1e-64  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000366446  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0110  nifR3 family TIM-barrel protein  40.19 
 
 
318 aa  247  2e-64  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000348489  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00690  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  39.94 
 
 
333 aa  246  6e-64  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl029  tRNA dihydrouridine synthetase  41.85 
 
 
325 aa  241  1e-62  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2942  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.58 
 
 
320 aa  239  2.9999999999999997e-62  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000172076  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2788  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.12 
 
 
325 aa  238  8e-62  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00335838  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0161  TIM-barrel protein, nifR3 family  41.53 
 
 
321 aa  238  9e-62  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000141339  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64180  hypothetical protein  40.92 
 
 
332 aa  236  3e-61  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5572  hypothetical protein  40.92 
 
 
332 aa  235  6e-61  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0425  NifR3 family TIM-barrel protein  41.67 
 
 
324 aa  233  3e-60  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0176336  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0127  nifR3 family TIM-barrel protein  42.95 
 
 
334 aa  233  4.0000000000000004e-60  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.000167707  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0242  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  40.06 
 
 
348 aa  229  3e-59  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0191961  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0270  nifR3 family TIM-barrel protein  40.62 
 
 
333 aa  230  3e-59  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0169584  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0351  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.08 
 
 
343 aa  227  2e-58  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.175072 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2132  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.26 
 
 
347 aa  226  3e-58  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0403  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.62 
 
 
358 aa  226  3e-58  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.00000189855  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03937  tRNA-dihydrouridine synthase B  41.11 
 
 
332 aa  226  5.0000000000000005e-58  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.259416  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0637  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.16 
 
 
331 aa  226  5.0000000000000005e-58  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.382547  normal  0.299268 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0245  nifR3 family TIM-barrel protein  38.23 
 
 
333 aa  225  1e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06910  Dihydrouridine synthase  38.92 
 
 
322 aa  224  1e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.888077  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3448  nifR3 family TIM-barrel protein  39.01 
 
 
332 aa  224  2e-57  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04682  tRNA-dihydrouridine synthase B  37.89 
 
 
332 aa  223  3e-57  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.965401  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2560  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.94 
 
 
352 aa  222  6e-57  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2300  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.55 
 
 
351 aa  222  7e-57  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0905985  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1005  dihydrouridine synthase family protein  39.74 
 
 
325 aa  222  8e-57  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.667167  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2456  dihydrouridine synthase  40.13 
 
 
350 aa  221  9.999999999999999e-57  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0710  nifR3 family TIM-barrel protein  40.12 
 
 
332 aa  220  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4820  NifR3 family TIM-barrel protein  38.82 
 
 
337 aa  220  3e-56  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2288  nifR3 family TIM-barrel protein  39.94 
 
 
347 aa  219  6e-56  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0147  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  42.41 
 
 
334 aa  218  7.999999999999999e-56  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3225  tRNA-dihydrouridine synthase B  38.33 
 
 
323 aa  218  7.999999999999999e-56  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000851136  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2561  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  40.4 
 
 
324 aa  218  8.999999999999998e-56  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000534823 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4695  nifR3 family TIM-barrel protein  38.51 
 
 
337 aa  218  1e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0131  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.12 
 
 
337 aa  217  2e-55  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.1484  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4864  TIM-barrel protein, putative, NifR3 family  38.77 
 
 
337 aa  216  4e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4873  NifR3 family TIM-barrel protein  38.2 
 
 
337 aa  216  4e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3215  tRNA-dihydrouridine synthase  39.93 
 
 
319 aa  216  4e-55  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.618108 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2838  tRNA-dihydrouridine synthase B  39.26 
 
 
322 aa  216  5.9999999999999996e-55  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00370185  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0615  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.38 
 
 
336 aa  216  5.9999999999999996e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.150397  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4610  NifR3 family TIM-barrel protein  38.2 
 
 
337 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.51242  normal  0.0845933 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4404  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.08 
 
 
337 aa  215  9.999999999999999e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.558017  normal  0.835067 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2184  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.68 
 
 
346 aa  214  9.999999999999999e-55  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.067096  normal  0.397805 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3745  tRNA-dihydrouridine synthase B  37.5 
 
 
321 aa  214  1.9999999999999998e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.000576344  normal  0.0689485 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3576  tRNA-dihydrouridine synthase B  37.5 
 
 
321 aa  214  1.9999999999999998e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.000000997743  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3682  tRNA-dihydrouridine synthase B  37.5 
 
 
321 aa  214  1.9999999999999998e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0164412  normal  0.105701 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3575  tRNA-dihydrouridine synthase B  37.5 
 
 
321 aa  214  1.9999999999999998e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.00000000520187  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3648  tRNA-dihydrouridine synthase B  37.5 
 
 
321 aa  214  1.9999999999999998e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00267806  hitchhiker  0.000397185 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2287  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  40.13 
 
 
343 aa  214  1.9999999999999998e-54  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2783  putative dihydrouridine synthase  38.08 
 
 
326 aa  213  1.9999999999999998e-54  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2469  putative dihydrouridine synthase  38.08 
 
 
326 aa  213  1.9999999999999998e-54  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2866  nifR3 family TIM-barrel protein  38.83 
 
 
326 aa  213  3.9999999999999995e-54  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000362833  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2686  NifR3/Smm1 family protein  39.54 
 
 
331 aa  213  4.9999999999999996e-54  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000024991  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2449  TIM-barrel protein  38.51 
 
 
351 aa  212  7.999999999999999e-54  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.102177  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3612  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.07 
 
 
357 aa  212  9e-54  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.807702  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3688  tRNA-dihydrouridine synthase B  36.54 
 
 
321 aa  211  9e-54  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.51601  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03118  tRNA-dihydrouridine synthase B  37.82 
 
 
321 aa  211  1e-53  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.220754  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0446  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.82 
 
 
321 aa  211  1e-53  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000000559244  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3846  tRNA-dihydrouridine synthase B  37.72 
 
 
321 aa  211  1e-53  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.123531  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0446  tRNA-dihydrouridine synthase B  37.82 
 
 
321 aa  211  1e-53  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000179057  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0276  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.85 
 
 
354 aa  211  1e-53  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.211478 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3555  tRNA-dihydrouridine synthase B  37.82 
 
 
321 aa  211  1e-53  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0000000446962  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4577  tRNA-dihydrouridine synthase B  37.82 
 
 
321 aa  211  1e-53  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00000029753  normal  0.0792821 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3453  tRNA-dihydrouridine synthase B  37.82 
 
 
321 aa  211  1e-53  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  1.247e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3643  tRNA-dihydrouridine synthase B  37.82 
 
 
321 aa  211  1e-53  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000124193  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0661  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.11 
 
 
354 aa  211  1e-53  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.618567 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3745  tRNA-dihydrouridine synthase B  37.82 
 
 
321 aa  211  1e-53  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000491919  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03069  hypothetical protein  37.82 
 
 
321 aa  211  1e-53  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.249652  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3699  tRNA-dihydrouridine synthase B  38.75 
 
 
321 aa  210  2e-53  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.426337  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0505  NifR3 family TIM-barrel protein  38.26 
 
 
322 aa  210  2e-53  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000101066  normal  0.0204748 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2691  NifR3 family TIM-barrel protein  37.58 
 
 
354 aa  210  2e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1211  tRNA-dihydrouridine synthase B  36.19 
 
 
355 aa  210  3e-53  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.000000000054155  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0550  NifR3/Smm1 family protein  40.48 
 
 
338 aa  210  3e-53  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  unclonable  0.000498133  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2807  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.51 
 
 
321 aa  210  3e-53  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.100428  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1078  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.38 
 
 
343 aa  209  4e-53  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.165746  normal  0.195756 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0645  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.17 
 
 
350 aa  209  5e-53  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.446085  normal  0.634764 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2343  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.85 
 
 
328 aa  209  5e-53  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1445  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.06 
 
 
346 aa  209  5e-53  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0914  nifR3 family TIM-barrel protein  36.45 
 
 
347 aa  209  7e-53  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.106236  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>