More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rxyl_1459 on replicon NC_008148
Organism: Rubrobacter xylanophilus DSM 9941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008148  Rxyl_1459  3-dehydroquinate synthase  100 
 
 		 352 aa  660    Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.066211  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0881  3-dehydroquinate synthase  48.73 
 
 		 364 aa  274  1.0000000000000001e-72  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.100912  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0733  3-dehydroquinate synthase  48.73 
 
 		 364 aa  274  1.0000000000000001e-72  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2900  3-dehydroquinate synthase  46.2 
 
 		 368 aa  255  8e-67  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.146748 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1021  3-dehydroquinate synthase  45.96 
 
 		 359 aa  254  1.0000000000000001e-66  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2969  3-dehydroquinate synthase  46.5 
 
 		 368 aa  254  2.0000000000000002e-66  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.351532  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0735  3-dehydroquinate synthase  47.9 
 
 		 367 aa  252  7e-66  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.116609  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0704  3-dehydroquinate synthase  47.9 
 
 		 367 aa  252  9.000000000000001e-66  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1003  3-dehydroquinate synthase  49.26 
 
 		 376 aa  251  1e-65  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5574  3-dehydroquinate synthase  46.87 
 
 		 372 aa  250  3e-65  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.751857  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2167  3-dehydroquinate synthase  44.41 
 
 		 369 aa  249  4e-65  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.563786  normal  0.738414 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1146  3-dehydroquinate synthase  47.56 
 
 		 370 aa  248  1e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2793  3-dehydroquinate synthase  47.27 
 
 		 363 aa  248  1e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0315  3-dehydroquinate synthase  47.43 
 
 		 359 aa  248  2e-64  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0328402 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3247  3-dehydroquinate synthase  44.98 
 
 		 368 aa  247  3e-64  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3266  3-dehydroquinate synthase  46.81 
 
 		 368 aa  245  8e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.966202  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0679  3-dehydroquinate synthase  44.94 
 
 		 372 aa  245  8e-64  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.241981 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0085  3-dehydroquinate synthase  43.47 
 
 		 361 aa  245  9e-64  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00165571 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3037  3-dehydroquinate synthase  48.97 
 
 		 370 aa  244  1.9999999999999999e-63  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2025  3-dehydroquinate synthase  45.53 
 
 		 362 aa  243  3.9999999999999997e-63  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3129  3-dehydroquinate synthase  45.12 
 
 		 368 aa  243  3.9999999999999997e-63  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2926  3-dehydroquinate synthase  46.95 
 
 		 368 aa  242  5e-63  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3030  3-dehydroquinate synthase  46.69 
 
 		 361 aa  242  6e-63  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.213133  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1877  3-dehydroquinate synthase  43.97 
 
 		 388 aa  242  7.999999999999999e-63  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.384735  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0088  3-dehydroquinate synthase  43.33 
 
 		 361 aa  241  9e-63  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.627876  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3107  3-dehydroquinate synthase  47.29 
 
 		 370 aa  241  1e-62  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.117886 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0778  3-dehydroquinate synthase  43.83 
 
 		 363 aa  241  2e-62  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.173055  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05160  3-dehydroquinate synthase  47.15 
 
 		 368 aa  241  2e-62  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0401  3-dehydroquinate synthase  41.34 
 
 		 366 aa  240  2.9999999999999997e-62  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00294823 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0691  3-dehydroquinate synthase  46.49 
 
 		 370 aa  240  2.9999999999999997e-62  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0703  3-dehydroquinate synthase  44.28 
 
 		 366 aa  239  4e-62  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0360  3-dehydroquinate synthase  45.76 
 
 		 361 aa  239  4e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.173183  normal  0.0544969 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0978  3-dehydroquinate synthase  48.34 
 
 		 360 aa  239  5e-62  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.105687  normal  0.163627 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1423  3-dehydroquinate synthase  40.23 
 
 		 356 aa  239  5.999999999999999e-62  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000905299  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0610  3-dehydroquinate synthase  47.32 
 
 		 370 aa  239  6.999999999999999e-62  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3400  3-dehydroquinate synthase  45.37 
 
 		 373 aa  238  8e-62  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3597  3-dehydroquinate synthase  45.76 
 
 		 361 aa  238  1e-61  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00180341  hitchhiker  0.0000000386379 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4604  3-dehydroquinate synthase  44.29 
 
 		 366 aa  237  2e-61  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000760296  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3023  3-dehydroquinate synthase  44.22 
 
 		 358 aa  237  2e-61  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0787  3-dehydroquinate synthase  45.24 
 
 		 388 aa  237  2e-61  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1592  3-dehydroquinate synthase  45.67 
 
 		 359 aa  238  2e-61  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1556  3-dehydroquinate synthase  45.45 
 
 		 362 aa  237  2e-61  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0266  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  44.89 
 
 		 539 aa  237  3e-61  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4545  3-dehydroquinate synthase  47.11 
 
 		 352 aa  237  3e-61  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3207  3-dehydroquinate synthase  44.88 
 
 		 359 aa  236  4e-61  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0892348  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_410  3-dehydroquinate synthase  35.82 
 
 		 359 aa  236  4e-61  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.246623  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2796  3-dehydroquinate synthase  44.88 
 
 		 359 aa  236  4e-61  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2746  3-dehydroquinate synthase  44.88 
 
 		 359 aa  236  4e-61  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3728  3-dehydroquinate synthase  44.88 
 
 		 359 aa  236  4e-61  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.278518  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2455  3-dehydroquinate synthase  43.98 
 
 		 361 aa  236  4e-61  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0307726  normal  0.543805 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3757  3-dehydroquinate synthase  44.88 
 
 		 359 aa  236  4e-61  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1758  3-dehydroquinate synthase  44.88 
 
 		 359 aa  236  4e-61  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3699  3-dehydroquinate synthase  44.88 
 
 		 359 aa  236  4e-61  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.00532697  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3490  3-dehydroquinate synthase  44.98 
 
 		 359 aa  235  8e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0339  3-dehydroquinate synthase  46.06 
 
 		 361 aa  235  9e-61  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3802  3-dehydroquinate synthase  47.27 
 
 		 362 aa  235  1.0000000000000001e-60  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0821426  normal  0.876951 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2548  3-dehydroquinate synthase  50 
 
 		 370 aa  235  1.0000000000000001e-60  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0321  3-dehydroquinate synthase  44.98 
 
 		 359 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.599528 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3683  3-dehydroquinate synthase  44.6 
 
 		 362 aa  234  2.0000000000000002e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0345563  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2660  3-dehydroquinate synthase  44.85 
 
 		 362 aa  234  2.0000000000000002e-60  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000170461 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0214  3-dehydroquinate synthase  40 
 
 		 358 aa  234  2.0000000000000002e-60  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0019522  hitchhiker  0.0093174 
 
 
-
 
NC_002936  DET0467  3-dehydroquinate synthase  36.1 
 
 		 359 aa  233  3e-60  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0121882  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0372  3-dehydroquinate synthase  45.29 
 
 		 359 aa  233  3e-60  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1114  3-dehydroquinate synthase  39.6 
 
 		 362 aa  233  3e-60  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0407056  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0312  3-dehydroquinate synthase  44.98 
 
 		 359 aa  233  3e-60  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.567961  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3792  3-dehydroquinate synthase  44.6 
 
 		 362 aa  233  4.0000000000000004e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0348959  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3758  3-dehydroquinate synthase  44.6 
 
 		 362 aa  233  4.0000000000000004e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0998523  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3854  3-dehydroquinate synthase  44.6 
 
 		 362 aa  233  4.0000000000000004e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00247011  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2714  3-dehydroquinate synthase  44.98 
 
 		 359 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0871906  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3685  3-dehydroquinate synthase  44.6 
 
 		 362 aa  233  4.0000000000000004e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000289356  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0393  3-dehydroquinate synthase  44.98 
 
 		 359 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3367  3-dehydroquinate synthase  40.98 
 
 		 359 aa  233  4.0000000000000004e-60  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0475831  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02181  3-dehydroquinate synthase  48.06 
 
 		 370 aa  232  6e-60  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1854  3-dehydroquinate synthase  38.55 
 
 		 359 aa  232  6e-60  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0869188  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2279  3-dehydroquinate synthase  41.31 
 
 		 373 aa  232  7.000000000000001e-60  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1202  3-dehydroquinate synthase  45.02 
 
 		 366 aa  231  1e-59  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1218  3-dehydroquinate synthase  45.29 
 
 		 370 aa  231  2e-59  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.000176451  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0444  3-dehydroquinate synthase  36.1 
 
 		 359 aa  231  2e-59  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0095589  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3741  3-dehydroquinate synthase  47.47 
 
 		 385 aa  231  2e-59  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0786  3-dehydroquinate synthase  37.93 
 
 		 360 aa  231  2e-59  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0410044  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00509  3-dehydroquinate synthase  41.26 
 
 		 350 aa  230  2e-59  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0026349  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0529  3-dehydroquinate synthase  41.91 
 
 		 366 aa  231  2e-59  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5301  3-dehydroquinate synthase  41.08 
 
 		 367 aa  230  3e-59  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0341  3-dehydroquinate synthase  42.06 
 
 		 358 aa  230  3e-59  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1241  3-dehydroquinate synthase  41.72 
 
 		 361 aa  230  3e-59  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0376  3-dehydroquinate synthase  39.77 
 
 		 358 aa  228  9e-59  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00801427  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2205  3-dehydroquinate synthase  41.95 
 
 		 366 aa  228  9e-59  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000150156  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0216  3-dehydroquinate synthase  44.67 
 
 		 364 aa  228  1e-58  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.411301  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0239  3-dehydroquinate synthase  40 
 
 		 359 aa  228  1e-58  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000355339  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4264  3-dehydroquinate synthase  41.11 
 
 		 358 aa  228  1e-58  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00482631  normal  0.106006 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03241  3-dehydroquinate synthase  45.66 
 
 		 362 aa  227  2e-58  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00972152  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0324  3-dehydroquinate synthase  45.66 
 
 		 362 aa  228  2e-58  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000234732  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03193  hypothetical protein  45.66 
 
 		 362 aa  227  2e-58  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00984736  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4693  3-dehydroquinate synthase  45.66 
 
 		 362 aa  228  2e-58  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00146315  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4112  3-dehydroquinate synthase  39.94 
 
 		 358 aa  227  2e-58  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000335612  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2027  3-dehydroquinate synthase  45.62 
 
 		 359 aa  228  2e-58  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0123  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3859  3-dehydroquinate synthase  45.66 
 
 		 362 aa  227  2e-58  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.00000000380736  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4051  3-dehydroquinate synthase  42.58 
 
 		 381 aa  226  3e-58  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0614  3-dehydroquinate synthase  47.77 
 
 		 370 aa  227  3e-58  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4222  3-dehydroquinate synthase  39.05 
 
 		 366 aa  227  3e-58  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.950152 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>