More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rxyl_0233 on replicon NC_008148
Organism: Rubrobacter xylanophilus DSM 9941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008148  Rxyl_0233  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 219 aa  426  1e-118  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4139  transcriptional regulator, GntR family  36.84 
 
 		 238 aa  113  2.0000000000000002e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.773243 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3096  GntR family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 255 aa  109  4.0000000000000004e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4793  transcriptional regulator, GntR family  37.63 
 
 		 244 aa  107  1e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00330899  hitchhiker  0.000000951338 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1871  GntR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 265 aa  107  2e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.283642  normal  0.395033 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6860  GntR family transcriptional regulator  37.19 
 
 		 242 aa  105  4e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3487  transcriptional regulator, GntR family  35.82 
 
 		 223 aa  104  9e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4007  GntR family transcriptional regulator  33.97 
 
 		 233 aa  104  1e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5875  GntR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 229 aa  104  1e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4693  GntR family transcriptional regulator  34.22 
 
 		 267 aa  103  1e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3196  transcriptional regulator, GntR family  34.65 
 
 		 237 aa  103  2e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.594143 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6029  GntR family transcriptional regulator  37.06 
 
 		 251 aa  102  6e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.235411  normal  0.357721 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4322  GntR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 252 aa  101  8e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3219  GntR family transcriptional regulator  35.2 
 
 		 257 aa  101  8e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0764465  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3878  transcriptional regulator, GntR family  35.83 
 
 		 229 aa  100  1e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.709818 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1484  transcriptional regulator, GntR family  35.53 
 
 		 219 aa  100  1e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30150  transcriptional regulator, GntR family  34.7 
 
 		 233 aa  100  2e-20  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.132781  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3148  transcriptional regulator, GntR family  36.23 
 
 		 222 aa  100  2e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1095  GntR family transcriptional regulator  38.27 
 
 		 253 aa  100  2e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.103754 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3370  GntR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 235 aa  99.8  3e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3795  transcriptional regulator, GntR family  35.83 
 
 		 229 aa  99.4  4e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.326665  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4161  GntR family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 235 aa  99  5e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3293  GntR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 256 aa  99  5e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.336996 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9244  transcriptional regulator GntR family  35.03 
 
 		 226 aa  98.6  6e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.173978  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1010  transcriptional regulator, GntR family  34.74 
 
 		 227 aa  98.6  6e-20  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.691368  normal  0.535113 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3132  GntR family transcriptional regulator  38.58 
 
 		 230 aa  98.2  8e-20  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.258152  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2208  GntR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 223 aa  98.2  9e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.223397  normal  0.583334 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2464  GntR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 219 aa  98.2  9e-20  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4024  GntR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 239 aa  97.4  1e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.466546  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4222  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 254 aa  97.4  1e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.993949  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0051  GntR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 227 aa  97.8  1e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.331225 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3619  GntR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 239 aa  97.8  1e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00335274  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5213  GntR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 221 aa  97.4  1e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.380021  normal  0.310032 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3824  GntR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 262 aa  97.4  1e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3622  GntR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 239 aa  97.4  1e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.882993  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3053  GntR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 229 aa  97.1  2e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.784851  normal  0.195009 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7654  GntR family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 248 aa  97.1  2e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.589  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6499  GntR family transcriptional regulator  32.72 
 
 		 242 aa  97.1  2e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.348019  normal  0.174024 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3643  GntR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 255 aa  97.1  2e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4139  GntR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 255 aa  97.4  2e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4175  GntR family transcriptional regulator  33.84 
 
 		 241 aa  96.7  2e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0023  transcriptional regulator, GntR family  34.63 
 
 		 230 aa  96.3  3e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.697058  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4020  GntR family transcriptional regulator  33.99 
 
 		 255 aa  96.3  3e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0280  GntR family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 233 aa  96.3  3e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0095071 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3944  transcriptional regulator, GntR family  33.99 
 
 		 258 aa  96.3  3e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0942  GntR family transcriptional regulator  34.3 
 
 		 214 aa  96.3  3e-19  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4046  GntR family transcriptional regulator  33.99 
 
 		 255 aa  96.3  3e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0346  GntR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 238 aa  95.9  4e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0022  GntR domain-containing protein  34.63 
 
 		 228 aa  96.3  4e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3082  GntR family transcriptional regulator  32.72 
 
 		 241 aa  95.5  5e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0349212 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4670  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 239 aa  95.5  5e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0043  transcriptional regulator, GntR family  35.15 
 
 		 231 aa  95.5  5e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0169991 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1124  transcriptional regulator, GntR family  33.65 
 
 		 223 aa  95.5  5e-19  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4691  GntR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 233 aa  95.1  6e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.517604  normal  0.0635309 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0208  GntR family transcriptional regulator  36.04 
 
 		 229 aa  95.1  6e-19  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00667385  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3628  GntR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 262 aa  95.1  6e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0316  GntR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 262 aa  95.1  6e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6033  transcriptional regulator, GntR family  34.25 
 
 		 239 aa  95.1  7e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2268  GntR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 239 aa  95.1  8e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0933  transcriptional regulator, GntR family  30.88 
 
 		 212 aa  94.7  9e-19  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0062  GntR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 234 aa  94.7  1e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1595  GntR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 231 aa  94.7  1e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000118605  normal  0.686931 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7256  transcriptional regulator, GntR family  36.41 
 
 		 218 aa  94.4  1e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0660662  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2160  GntR family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 211 aa  94.4  1e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0507248  normal  0.384122 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3197  GntR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 242 aa  94.4  1e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0614  transcriptional regulator, GntR family  35.35 
 
 		 216 aa  94.7  1e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.22125  normal  0.431633 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2922  GntR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 221 aa  94  1e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0278565  normal  0.64241 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2188  GntR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 224 aa  94  1e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.927637 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2501  transcriptional regulator, GntR family  33.82 
 
 		 262 aa  93.2  2e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.365709  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0489  GntR family transcriptional regulator  33.83 
 
 		 238 aa  93.2  2e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2747  transcriptional regulator, GntR family  33.16 
 
 		 233 aa  94  2e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.756614  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3140  GntR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 241 aa  93.6  2e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000117475 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2162  transcriptional regulator, GntR family  33.98 
 
 		 262 aa  93.6  2e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.173243  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2140  GntR family transcriptional regulator  33.83 
 
 		 238 aa  93.2  2e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0432435  normal  0.768948 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1199  GntR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 226 aa  93.6  2e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1244  GntR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 229 aa  93.2  3e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.376161 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3164  GntR family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 242 aa  93.2  3e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0161984 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2156  transcriptional regulator, GntR family  32.51 
 
 		 243 aa  92.8  3e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.695514  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5133  GntR family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 224 aa  93.2  3e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.319425 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0572  transcriptional regulator, GntR family  34.85 
 
 		 216 aa  93.2  3e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.666259  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1661  GntR family transcriptional regulator  35.61 
 
 		 230 aa  92.8  4e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1517  transcriptional regulator, GntR family  33.18 
 
 		 225 aa  92.8  4e-18  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.156852  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1149  GntR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 223 aa  92.8  4e-18  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0675802  normal  0.772542 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3752  GntR family transcriptional regulator  29.5 
 
 		 211 aa  92.8  4e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.10635  normal  0.669748 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5373  transcriptional regulator GntR family  34.16 
 
 		 216 aa  92.4  4e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.693668  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2970  GntR family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 229 aa  92.8  4e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0109  transcriptional regulator, GntR family  32.04 
 
 		 229 aa  92  5e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.140287 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0978  transcriptional regulator, GntR family  37 
 
 		 234 aa  92  5e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.134109  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0576  GntR family transcriptional regulator  34.18 
 
 		 222 aa  91.7  8e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0702  GntR family transcriptional regulator  33 
 
 		 240 aa  91.3  1e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.582572  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4357  GntR family transcriptional regulator  33.15 
 
 		 240 aa  90.9  1e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.899298  normal  0.198787 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5069  GntR family transcriptional regulator  37.56 
 
 		 247 aa  90.9  1e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.046054  normal  0.249885 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47820  putative transcriptional regulator  32.68 
 
 		 222 aa  90.9  1e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000218363  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2413  GntR family transcriptional regulator  33.83 
 
 		 238 aa  90.9  1e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.224265  normal  0.351453 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4121  putative transcriptional regulator  33.17 
 
 		 222 aa  90.1  2e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0739685  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1925  GntR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 222 aa  90.1  2e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.554329  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4283  GntR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 222 aa  90.9  2e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0724479  normal  0.899409 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1522  transcriptional regulator, GntR family  34.74 
 
 		 218 aa  90.5  2e-17  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0498481 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0013  GntR domain protein  29.81 
 
 		 218 aa  90.5  2e-17  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.913161  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2384  GntR family transcriptional regulator  29.38 
 
 		 211 aa  90.1  2e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>