More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17025_1639 on replicon NC_009428
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009428  Rsph17025_1639  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  100 
 
 
378 aa  741    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.125212  normal  0.71626 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1686  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  88.1 
 
 
378 aa  619  1e-176  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0104208  hitchhiker  0.00189944 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0051  Torf protein  87.83 
 
 
378 aa  616  1e-175  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1719  flagellar regulatory protein C  57.32 
 
 
479 aa  290  4e-77  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0473988  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1285  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  59.83 
 
 
425 aa  290  4e-77  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.456033 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1726  hypothetical protein  56.4 
 
 
437 aa  286  4e-76  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1726  hypothetical protein  56.13 
 
 
437 aa  285  8e-76  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1999  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  57.96 
 
 
481 aa  282  8.000000000000001e-75  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3696  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  59.27 
 
 
458 aa  281  1e-74  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.12736  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1496  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  58.47 
 
 
451 aa  280  3e-74  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.190196  normal  0.699272 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3932  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  58.06 
 
 
451 aa  280  3e-74  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.215439  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2310  sigma-54 dependent response regulator  54.47 
 
 
478 aa  280  3e-74  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1534  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  54.51 
 
 
463 aa  278  8e-74  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4371  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  58.47 
 
 
451 aa  277  2e-73  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.109269  normal  0.91149 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1322  sigma-54 factor, interaction region  56.15 
 
 
446 aa  278  2e-73  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50180  two-component response regulator  53.99 
 
 
473 aa  277  2e-73  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.966541  hitchhiker  0.00555849 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3049  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  56.5 
 
 
447 aa  277  3e-73  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03164  hypothetical protein  55.69 
 
 
469 aa  276  5e-73  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3230  flagellar regulatory protein C  58.94 
 
 
446 aa  274  1.0000000000000001e-72  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3450  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  55.51 
 
 
448 aa  274  2.0000000000000002e-72  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1280  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  59.35 
 
 
446 aa  274  2.0000000000000002e-72  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1340  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  58.54 
 
 
446 aa  273  2.0000000000000002e-72  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.598769 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4272  two-component response regulator  54.09 
 
 
470 aa  273  3e-72  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.299925  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1347  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  59.35 
 
 
446 aa  273  3e-72  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2578  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  58.37 
 
 
446 aa  273  4.0000000000000004e-72  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2928  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  58.27 
 
 
447 aa  272  5.000000000000001e-72  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2827  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  56.33 
 
 
470 aa  273  5.000000000000001e-72  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0126149 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1359  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  53.93 
 
 
450 aa  272  5.000000000000001e-72  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.594792  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002813  flagellar regulatory protein FleQ  55.69 
 
 
469 aa  272  8.000000000000001e-72  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1500  flagellar regulatory protein C  56.56 
 
 
446 aa  271  1e-71  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2938  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  57.87 
 
 
447 aa  271  1e-71  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1435  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  57.87 
 
 
447 aa  271  1e-71  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3070  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  58.27 
 
 
447 aa  271  1e-71  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.6792 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3068  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  56.1 
 
 
452 aa  270  2e-71  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02891  flagellar regulatory protein C  53.33 
 
 
445 aa  270  2.9999999999999997e-71  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1364  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  57.55 
 
 
447 aa  270  2.9999999999999997e-71  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.885668  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2299  response regulator receiver protein  54.89 
 
 
446 aa  270  2.9999999999999997e-71  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1972  response regulator receiver protein  57.31 
 
 
455 aa  269  5.9999999999999995e-71  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1616  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  56.91 
 
 
452 aa  268  8e-71  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0707  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  53.78 
 
 
469 aa  267  2e-70  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.112148  normal  0.322603 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0500  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  55.56 
 
 
476 aa  266  2.9999999999999995e-70  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1180  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family protein  56.5 
 
 
449 aa  267  2.9999999999999995e-70  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1956  sigma-54 dependent transcriptional regulator/response regulator FleR  53.97 
 
 
471 aa  266  5.999999999999999e-70  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.75595  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4419  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  52.53 
 
 
469 aa  265  7e-70  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.475055 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3459  helix-turn-helix, Fis-type  53.39 
 
 
471 aa  263  3e-69  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1444  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  52.4 
 
 
459 aa  261  2e-68  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2897  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  54.25 
 
 
473 aa  259  5.0000000000000005e-68  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.189439  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2191  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  56.03 
 
 
497 aa  257  2e-67  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2361  two component sigma-54 specific, transcriptional regulator, Fis famliy  52.85 
 
 
449 aa  252  7e-66  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0079  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  50.81 
 
 
433 aa  251  1e-65  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.819278  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3079  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  49.38 
 
 
480 aa  249  5e-65  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00177638  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1926  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  50.41 
 
 
575 aa  248  1e-64  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2923  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  52.81 
 
 
450 aa  247  2e-64  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.726219 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2786  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.9 
 
 
480 aa  248  2e-64  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.543097  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001184  putative two-component response regulator  48.64 
 
 
443 aa  248  2e-64  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04971  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  48.25 
 
 
444 aa  246  6e-64  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2563  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  51.54 
 
 
480 aa  246  6.999999999999999e-64  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00247378 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2158  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.79 
 
 
453 aa  245  6.999999999999999e-64  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3661  sigma-54 factor, interaction region  52.7 
 
 
434 aa  244  9.999999999999999e-64  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1003  nitrogen regulation protein NR(I)  50.88 
 
 
481 aa  244  1.9999999999999999e-63  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.158383  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1994  two component signal transduction response regulator  50.62 
 
 
477 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0300  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  49.19 
 
 
457 aa  244  1.9999999999999999e-63  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0775  helix-turn-helix, Fis-type  54.58 
 
 
457 aa  243  5e-63  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.118214 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1156  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  55.46 
 
 
457 aa  242  7.999999999999999e-63  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00283001 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2050  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.98 
 
 
511 aa  241  1e-62  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.155124  hitchhiker  0.000156568 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3981  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  51.01 
 
 
433 aa  241  1e-62  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1603  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  51.1 
 
 
449 aa  241  2e-62  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0247  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  49.56 
 
 
467 aa  240  2.9999999999999997e-62  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0916  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  50.44 
 
 
480 aa  240  2.9999999999999997e-62  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2768  putative two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  52.5 
 
 
445 aa  239  5e-62  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1085  putative two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  49.24 
 
 
445 aa  239  5.999999999999999e-62  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1763  putative PAS/PAC sensor protein  41.82 
 
 
698 aa  238  1e-61  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3478  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  51.84 
 
 
436 aa  238  1e-61  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1226  putative two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.79 
 
 
445 aa  238  1e-61  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1913  putative sigma54 specific transcriptional regulator  43.45 
 
 
710 aa  237  2e-61  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0899132  normal  0.0546689 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0380  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  49.18 
 
 
522 aa  238  2e-61  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0200588 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0988  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  47.57 
 
 
468 aa  237  2e-61  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1487  sigma-L-dependent transcriptional regulator  40.75 
 
 
696 aa  238  2e-61  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1459  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  43.17 
 
 
380 aa  237  2e-61  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.808052  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1405  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  47.81 
 
 
478 aa  237  3e-61  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000117702 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3049  putative two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  51.25 
 
 
445 aa  237  3e-61  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2539  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.69 
 
 
487 aa  236  5.0000000000000005e-61  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.846517  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2721  sigma-54 dependent transcriptional regulator/response regulator  50 
 
 
445 aa  236  6e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2568  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  51.53 
 
 
457 aa  235  8e-61  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0491002  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1276  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  52.26 
 
 
459 aa  235  8e-61  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2955  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator, putative  51.53 
 
 
457 aa  235  8e-61  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1802  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  48.07 
 
 
459 aa  235  8e-61  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0135454  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3765  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.26 
 
 
463 aa  235  8e-61  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.000821276  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2839  sigma-54 dependent response regulator  50.42 
 
 
444 aa  235  1.0000000000000001e-60  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2707  sigma-54 dependent response regulator  50.42 
 
 
444 aa  235  1.0000000000000001e-60  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2825  transcriptional regulator ZraR  50 
 
 
445 aa  235  1.0000000000000001e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.479389  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2591  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  47.76 
 
 
457 aa  235  1.0000000000000001e-60  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.313706  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1259  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  52.68 
 
 
445 aa  235  1.0000000000000001e-60  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0085  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  49.59 
 
 
435 aa  235  1.0000000000000001e-60  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3629  two-component system response regulator  52.68 
 
 
445 aa  235  1.0000000000000001e-60  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2763  transcriptional regulator ZraR  50 
 
 
445 aa  235  1.0000000000000001e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2938  transcriptional regulator ZraR  50 
 
 
445 aa  235  1.0000000000000001e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2707  sigma-54 dependent response regulator  50.42 
 
 
444 aa  235  1.0000000000000001e-60  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0475  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.5 
 
 
453 aa  235  1.0000000000000001e-60  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.318452  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2805  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  47.37 
 
 
478 aa  235  1.0000000000000001e-60  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.228775  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>