More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_0051 on replicon NC_007493
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009049  Rsph17029_1686  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  99.74 
 
 
378 aa  739    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0104208  hitchhiker  0.00189944 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0051  Torf protein  100 
 
 
378 aa  742    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1639  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  87.83 
 
 
378 aa  637    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.125212  normal  0.71626 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1285  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  61.11 
 
 
425 aa  294  1e-78  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.456033 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1534  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  57.03 
 
 
463 aa  288  7e-77  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1719  flagellar regulatory protein C  58.13 
 
 
479 aa  288  1e-76  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0473988  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1726  hypothetical protein  56.4 
 
 
437 aa  288  1e-76  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50180  two-component response regulator  56.82 
 
 
473 aa  288  1e-76  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.966541  hitchhiker  0.00555849 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1322  sigma-54 factor, interaction region  57.79 
 
 
446 aa  284  2.0000000000000002e-75  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4272  two-component response regulator  56.98 
 
 
470 aa  284  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.299925  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1726  hypothetical protein  56 
 
 
437 aa  283  4.0000000000000003e-75  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3932  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  58.87 
 
 
451 aa  283  4.0000000000000003e-75  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.215439  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1496  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  59.67 
 
 
451 aa  283  4.0000000000000003e-75  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.190196  normal  0.699272 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3049  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  57.32 
 
 
447 aa  283  4.0000000000000003e-75  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3696  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  56.67 
 
 
458 aa  282  8.000000000000001e-75  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.12736  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4371  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  59.67 
 
 
451 aa  281  1e-74  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.109269  normal  0.91149 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1999  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  57.38 
 
 
481 aa  281  2e-74  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2310  sigma-54 dependent response regulator  55.78 
 
 
478 aa  280  3e-74  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2827  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  56.2 
 
 
470 aa  280  4e-74  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0126149 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1280  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  59.35 
 
 
446 aa  279  5e-74  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1347  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  59.35 
 
 
446 aa  279  7e-74  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03164  hypothetical protein  56.5 
 
 
469 aa  277  2e-73  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3230  flagellar regulatory protein C  58.54 
 
 
446 aa  277  3e-73  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1340  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  58.54 
 
 
446 aa  276  4e-73  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.598769 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2578  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  58.37 
 
 
446 aa  276  5e-73  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3068  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  57.32 
 
 
452 aa  276  5e-73  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1364  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  59.18 
 
 
447 aa  275  7e-73  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.885668  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1616  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  57.32 
 
 
452 aa  274  2.0000000000000002e-72  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2928  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  58.27 
 
 
447 aa  273  4.0000000000000004e-72  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2299  response regulator receiver protein  55.26 
 
 
446 aa  273  5.000000000000001e-72  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3070  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  58.27 
 
 
447 aa  272  6e-72  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.6792 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1435  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  57.87 
 
 
447 aa  271  1e-71  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002813  flagellar regulatory protein FleQ  55.69 
 
 
469 aa  271  1e-71  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2938  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  57.87 
 
 
447 aa  271  1e-71  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1972  response regulator receiver protein  59 
 
 
455 aa  270  2e-71  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3450  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  55.38 
 
 
448 aa  270  4e-71  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1180  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family protein  57.32 
 
 
449 aa  269  5.9999999999999995e-71  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02891  flagellar regulatory protein C  54.92 
 
 
445 aa  269  7e-71  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1359  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  55.69 
 
 
450 aa  269  7e-71  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.594792  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1956  sigma-54 dependent transcriptional regulator/response regulator FleR  55.56 
 
 
471 aa  268  1e-70  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.75595  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3459  helix-turn-helix, Fis-type  54.98 
 
 
471 aa  268  1e-70  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1444  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  52.8 
 
 
459 aa  266  2.9999999999999995e-70  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0707  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  54.58 
 
 
469 aa  265  1e-69  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.112148  normal  0.322603 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1500  flagellar regulatory protein C  55.33 
 
 
446 aa  263  3e-69  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0500  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  54.76 
 
 
476 aa  261  2e-68  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2897  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  54.66 
 
 
473 aa  260  3e-68  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.189439  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4419  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  51.87 
 
 
469 aa  259  8e-68  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.475055 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2191  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  56.47 
 
 
497 aa  258  1e-67  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2361  two component sigma-54 specific, transcriptional regulator, Fis famliy  52.44 
 
 
449 aa  246  4e-64  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3079  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  51.72 
 
 
480 aa  246  4.9999999999999997e-64  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00177638  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2158  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  52.87 
 
 
453 aa  245  8e-64  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1156  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  55.88 
 
 
457 aa  244  1.9999999999999999e-63  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00283001 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0775  helix-turn-helix, Fis-type  53.85 
 
 
457 aa  244  1.9999999999999999e-63  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.118214 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1926  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  50 
 
 
575 aa  244  1.9999999999999999e-63  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0540  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  50.58 
 
 
445 aa  244  1.9999999999999999e-63  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2923  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.75 
 
 
450 aa  244  3e-63  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.726219 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0079  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  51.28 
 
 
433 aa  243  3.9999999999999997e-63  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.819278  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2786  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.9 
 
 
480 aa  242  9e-63  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.543097  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1461  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  52.46 
 
 
459 aa  241  1e-62  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.402822  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2563  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  51.54 
 
 
480 aa  240  2e-62  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00247378 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0300  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  48.99 
 
 
457 aa  241  2e-62  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001184  putative two-component response regulator  47.47 
 
 
443 aa  240  2.9999999999999997e-62  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1802  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  49.15 
 
 
459 aa  239  4e-62  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0135454  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0380  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  49.59 
 
 
522 aa  239  4e-62  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0200588 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1994  two component signal transduction response regulator  49.79 
 
 
477 aa  239  6.999999999999999e-62  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1872  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  52.87 
 
 
459 aa  239  8e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1003  nitrogen regulation protein NR(I)  50.44 
 
 
481 aa  238  1e-61  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.158383  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04971  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  42.58 
 
 
444 aa  238  1e-61  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1016  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  52.52 
 
 
455 aa  238  1e-61  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.963955  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0945  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  51.44 
 
 
459 aa  237  2e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.540348  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3661  sigma-54 factor, interaction region  52.12 
 
 
434 aa  238  2e-61  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1459  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  47.23 
 
 
380 aa  238  2e-61  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.808052  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1763  putative PAS/PAC sensor protein  42.18 
 
 
698 aa  237  3e-61  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0682  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  51.65 
 
 
456 aa  237  3e-61  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.105475  normal  0.791887 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0879  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  47.93 
 
 
489 aa  236  4e-61  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.318917 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2050  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  48.51 
 
 
511 aa  236  4e-61  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.155124  hitchhiker  0.000156568 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1603  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.25 
 
 
449 aa  236  5.0000000000000005e-61  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0595  helix-turn-helix, Fis-type  52.46 
 
 
459 aa  235  1.0000000000000001e-60  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0629  sigma-54 dependent transcriptional regulator  47.35 
 
 
342 aa  234  1.0000000000000001e-60  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1462  putative alkyl-dihydroxyacetone phosphate synthase  45.31 
 
 
433 aa  234  1.0000000000000001e-60  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.836146  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4389  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.05 
 
 
495 aa  235  1.0000000000000001e-60  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.205713  normal  0.107293 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1028  response regulator receiver protein  49.8 
 
 
439 aa  234  2.0000000000000002e-60  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.163891  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0916  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  52.78 
 
 
480 aa  234  2.0000000000000002e-60  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2955  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator, putative  51.54 
 
 
457 aa  234  2.0000000000000002e-60  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3981  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  51.88 
 
 
433 aa  234  2.0000000000000002e-60  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2568  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  51.54 
 
 
457 aa  234  2.0000000000000002e-60  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0491002  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1085  putative two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  48.85 
 
 
445 aa  234  2.0000000000000002e-60  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4540  Fis family transcriptional regulator  51.01 
 
 
607 aa  234  2.0000000000000002e-60  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2768  putative two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  53.12 
 
 
445 aa  233  3e-60  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3765  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.36 
 
 
463 aa  233  3e-60  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.000821276  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2773  formate hydrogenlyase transcriptional activator  49.17 
 
 
670 aa  233  4.0000000000000004e-60  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.309926  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0988  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  47.01 
 
 
468 aa  233  4.0000000000000004e-60  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1276  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  52.1 
 
 
459 aa  233  4.0000000000000004e-60  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2269  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  50.42 
 
 
493 aa  233  5e-60  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5055  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  50 
 
 
453 aa  233  5e-60  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.39623  normal  0.545382 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2453  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  52 
 
 
461 aa  233  5e-60  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000196128  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1567  sigma-54 factor, interaction region  45.17 
 
 
381 aa  233  5e-60  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0116194  hitchhiker  0.0000311693 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0445  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  47.95 
 
 
481 aa  233  5e-60  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2539  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  47.11 
 
 
487 aa  233  5e-60  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.846517  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4152  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  47.04 
 
 
480 aa  233  5e-60  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.038607 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>