More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17025_0482 on replicon NC_009428
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009428  Rsph17025_0482  RNA polymerase factor sigma-32  100 
 
 
292 aa  586  1e-166  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.540946  normal  0.173001 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0601  RNA polymerase factor sigma-32  97.95 
 
 
292 aa  576  1.0000000000000001e-163  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.907617  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2254  RNA polymerase factor sigma-32  97.95 
 
 
292 aa  576  1.0000000000000001e-163  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.142039  normal  0.411948 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2978  RNA polymerase factor sigma-32  79.79 
 
 
293 aa  473  1e-132  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0906  RNA polymerase factor sigma-32  77.32 
 
 
292 aa  458  9.999999999999999e-129  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0456  RNA polymerase factor sigma-32  75.95 
 
 
292 aa  449  1e-125  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.369824  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2297  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  50.18 
 
 
305 aa  266  4e-70  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.000241193  normal  0.392536 
 
 
-
 
NC_004310  BR1763  RNA polymerase factor sigma-32  47.48 
 
 
311 aa  257  2e-67  Brucella suis 1330  Bacteria  hitchhiker  0.00750009  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1137  RNA polymerase factor sigma-32  47.84 
 
 
311 aa  257  2e-67  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1701  RNA polymerase factor sigma-32  47.48 
 
 
311 aa  256  4e-67  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.0000437901  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0126  RNA polymerase factor sigma-32  48.2 
 
 
303 aa  255  6e-67  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1717  RNA polymerase factor sigma-32  48.92 
 
 
293 aa  252  5.000000000000001e-66  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4806  RNA polymerase factor sigma-32  49.81 
 
 
293 aa  251  1e-65  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0484047  hitchhiker  0.000291044 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4142  RNA polymerase factor sigma-32  48 
 
 
287 aa  244  9.999999999999999e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.000322567  normal  0.133894 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1693  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  48.34 
 
 
298 aa  244  9.999999999999999e-64  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.199349 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3813  RNA polymerase factor sigma-32  47.64 
 
 
287 aa  243  3e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.674997  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3380  RNA polymerase factor sigma-32  48.33 
 
 
284 aa  243  3.9999999999999997e-63  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  hitchhiker  0.0000950238  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3709  RNA polymerase factor sigma-32  50.56 
 
 
291 aa  241  7.999999999999999e-63  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.126139 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4338  RNA polymerase factor sigma-32  50.56 
 
 
290 aa  240  2e-62  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.239407  normal  0.531435 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3111  RNA polymerase factor sigma-32  46.76 
 
 
288 aa  240  2e-62  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.58748  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3881  RNA polymerase factor sigma-32  50.56 
 
 
290 aa  238  5.999999999999999e-62  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.382692  normal  0.0609598 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4191  RNA polymerase factor sigma-32  50.56 
 
 
290 aa  238  5.999999999999999e-62  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.262321  normal  0.154969 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4270  RNA polymerase factor sigma-32  47.08 
 
 
285 aa  233  4.0000000000000004e-60  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2718  RNA polymerase factor sigma-32  43.12 
 
 
296 aa  227  1e-58  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2159  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  43.51 
 
 
340 aa  224  1e-57  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1525  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  47.23 
 
 
326 aa  223  3e-57  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.480979  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0474  RNA polymerase factor sigma-32  41.97 
 
 
295 aa  218  7.999999999999999e-56  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.455996  hitchhiker  0.00148932 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2410  RNA polymerase factor sigma-32  46.32 
 
 
298 aa  218  1e-55  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1073  RNA polymerase factor sigma-32  46.32 
 
 
298 aa  218  1e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.293042  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0584  RNA polymerase factor sigma-32  41.24 
 
 
295 aa  213  2.9999999999999995e-54  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.114197  hitchhiker  0.000584555 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0197  sigma 32 (RpoH)  44.44 
 
 
329 aa  213  3.9999999999999995e-54  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.271088 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3400  RNA polymerase factor sigma-32  42.8 
 
 
298 aa  213  3.9999999999999995e-54  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.874849  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0662  RNA polymerase factor sigma-32  43.89 
 
 
295 aa  212  4.9999999999999996e-54  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2216  RNA polymerase factor sigma-32  43.91 
 
 
301 aa  212  4.9999999999999996e-54  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.239761  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2307  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  42.91 
 
 
303 aa  212  4.9999999999999996e-54  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00328793 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1572  RNA polymerase factor sigma-32  45.96 
 
 
298 aa  212  5.999999999999999e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.013476  normal  0.683466 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1110  RNA polymerase factor sigma-32  43.46 
 
 
299 aa  210  2e-53  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.140858  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1972  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  41.33 
 
 
307 aa  209  6e-53  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3045  RNA polymerase factor sigma-32  42.59 
 
 
299 aa  208  7e-53  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0287  RNA polymerase factor sigma-32  42.75 
 
 
303 aa  207  1e-52  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1848  RNA polymerase sigma factor RpoH  40.66 
 
 
307 aa  207  1e-52  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.370084  normal  0.912724 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1991  RNA polymerase sigma factor RpoH  41.33 
 
 
307 aa  207  2e-52  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0942  RNA polymerase factor sigma-32  42.86 
 
 
297 aa  206  3e-52  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.784725  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1887  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  40.96 
 
 
307 aa  206  4e-52  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5640  RNA polymerase factor sigma-32  43.13 
 
 
297 aa  205  9e-52  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0190332  normal  0.102095 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1001  RNA polymerase factor sigma-32  42.86 
 
 
297 aa  204  9e-52  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1986  RNA polymerase factor sigma-32  41.54 
 
 
300 aa  204  1e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0784767  normal  0.134117 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0964  RNA polymerase factor sigma-32  42.86 
 
 
297 aa  204  1e-51  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.45833 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6847  RNA polymerase factor sigma-32  42.97 
 
 
296 aa  204  2e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0060  RNA polymerase factor sigma-32  43.17 
 
 
301 aa  203  3e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0322341  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7583  RNA polymerase factor sigma-32  42.97 
 
 
296 aa  203  3e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00673582  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0371  RNA polymerase factor sigma-32  42.59 
 
 
299 aa  202  4e-51  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.532177  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0563  RNA polymerase factor sigma-32  41.89 
 
 
299 aa  202  4e-51  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.939582  normal  0.0697509 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0347  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  42.22 
 
 
299 aa  202  7e-51  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1236  RNA polymerase factor sigma-32  43.41 
 
 
303 aa  201  9.999999999999999e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.347972  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0455  RNA polymerase factor sigma-32  41.13 
 
 
299 aa  199  3.9999999999999996e-50  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.676672  normal  0.248951 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2860  RNA polymerase factor sigma-32  41.22 
 
 
299 aa  199  3.9999999999999996e-50  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6760  RNA polymerase factor sigma-32  42.21 
 
 
299 aa  199  6e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.209002  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1743  RNA polymerase factor sigma-32  41.22 
 
 
300 aa  199  6e-50  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0213426  normal  0.0854936 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0360  RNA polymerase factor sigma-32  41.13 
 
 
299 aa  198  7e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000866831 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0605  RNA polymerase factor sigma-32  40.38 
 
 
299 aa  198  7.999999999999999e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1650  RNA polymerase factor sigma-32  42.64 
 
 
303 aa  197  1.0000000000000001e-49  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0113806  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2609  RNA polymerase factor sigma-32  41.79 
 
 
298 aa  197  1.0000000000000001e-49  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000766177 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1021  RNA polymerase factor sigma-32  40.43 
 
 
306 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.000226407  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3156  RNA polymerase factor sigma-32  41.85 
 
 
308 aa  197  2.0000000000000003e-49  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00251516  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2614  RNA polymerase factor sigma-32  40.84 
 
 
301 aa  195  8.000000000000001e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2430  RNA polymerase factor sigma-32  40.53 
 
 
299 aa  195  9e-49  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.0283677 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3538  RNA polymerase factor sigma-32  41.79 
 
 
300 aa  194  1e-48  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0192521  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1597  RNA polymerase factor sigma-32  42.25 
 
 
303 aa  193  2e-48  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2323  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  42.55 
 
 
290 aa  193  3e-48  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000107256  normal  0.893759 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2382  RNA polymerase, sigma (32) factor  38.72 
 
 
286 aa  191  1e-47  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.21763e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3344  RNA polymerase factor sigma-32  41.42 
 
 
302 aa  190  2e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00239824 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3087  RNA polymerase factor sigma-32  42.01 
 
 
302 aa  188  7e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.341195  normal  0.142268 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1108  RNA polymerase sigma-70  39.93 
 
 
299 aa  182  7e-45  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0489202  normal  0.248396 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1197  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  40.65 
 
 
300 aa  181  2e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1128  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  40.65 
 
 
300 aa  181  2e-44  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1069  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  40.65 
 
 
300 aa  181  2e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2854  sigma 32 (RpoH)  37.55 
 
 
279 aa  179  5.999999999999999e-44  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000132969  hitchhiker  0.0000000816438 
 
 
-
 
NC_002978  WD1064  heat shock sigma factor RpoH  34.59 
 
 
297 aa  178  7e-44  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0283902  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0385  sigma-70 region 2:sigma-70 region 4  33.7 
 
 
300 aa  177  2e-43  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.58272  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0341  RNA polymerase sigma-32 factor  35.89 
 
 
288 aa  177  2e-43  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  hitchhiker  0.0000000788591  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0114  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  36.88 
 
 
292 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00356807  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2741  RNA polymerase factor sigma-32  40.46 
 
 
281 aa  174  1.9999999999999998e-42  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.703982  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2750  RNA polymerase sigma-32 factor  38.31 
 
 
286 aa  173  2.9999999999999996e-42  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4583  RNA polymerase factor sigma-32  36.94 
 
 
285 aa  173  2.9999999999999996e-42  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0292  RNA polymerase factor sigma-32  37.12 
 
 
285 aa  173  2.9999999999999996e-42  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.00000000107182  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2370  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  38.31 
 
 
286 aa  173  2.9999999999999996e-42  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.228679  hitchhiker  0.0000736942 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4292  RNA polymerase factor sigma-32  37.88 
 
 
285 aa  173  2.9999999999999996e-42  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000815776  decreased coverage  0.00275886 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3969  RNA polymerase factor sigma-32  36.94 
 
 
285 aa  172  3.9999999999999995e-42  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000340759  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3771  RNA polymerase factor sigma-32  36.94 
 
 
285 aa  172  3.9999999999999995e-42  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000120601  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3844  RNA polymerase factor sigma-32  36.94 
 
 
285 aa  172  3.9999999999999995e-42  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000172859  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4161  RNA polymerase factor sigma-32  37.88 
 
 
285 aa  172  5e-42  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000335306  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4091  RNA polymerase factor sigma-32  37.88 
 
 
285 aa  172  5e-42  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000103165  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0174  RNA polymerase factor sigma-32  37.88 
 
 
285 aa  172  5e-42  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000841804  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3542  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  38.38 
 
 
313 aa  171  1e-41  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000381173 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0181  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  36.33 
 
 
280 aa  170  2e-41  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000220203  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0664  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  39.46 
 
 
282 aa  171  2e-41  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000163215  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0278  RNA polymerase factor sigma-32  37.12 
 
 
285 aa  170  3e-41  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000247348  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0586  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  36.74 
 
 
285 aa  169  5e-41  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00166054 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0573  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  36.74 
 
 
285 aa  168  1e-40  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.00000689788  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>