More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_4523 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_4523  Radical SAM domain protein  100 
 
 		 347 aa  724    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1343  radical SAM domain-containing protein  32.7 
 
 		 334 aa  130  4.0000000000000003e-29  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0690  Radical SAM domain protein  28.18 
 
 		 496 aa  129  6e-29  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2213  heme biosynthesis protein (NirJ-2)  29.38 
 
 		 479 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0377777 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2159  radical SAM domain-containing protein  30.41 
 
 		 330 aa  127  3e-28  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0939338  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0324  Radical SAM domain protein  31.27 
 
 		 480 aa  124  2e-27  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0755362  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2244  radical SAM domain-containing protein  29.02 
 
 		 380 aa  122  9e-27  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.720848  normal  0.403535 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1706  radical SAM domain-containing protein  27.79 
 
 		 380 aa  120  3e-26  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.0248528 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1767  radical SAM domain-containing protein  28.74 
 
 		 333 aa  119  9.999999999999999e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.186252  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0051  radical SAM domain-containing protein  29.23 
 
 		 389 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.865506 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2161  radical SAM domain-containing protein  28.91 
 
 		 390 aa  117  1.9999999999999998e-25  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.000156576  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2629  Radical SAM domain protein  26.16 
 
 		 399 aa  117  3e-25  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.514294  hitchhiker  0.00258896 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10707  coenzyme PQQ synthesis protein E pqqE  29.88 
 
 		 391 aa  115  1.0000000000000001e-24  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1233  radical SAM family Fe-S protein  27.74 
 
 		 346 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.128205  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2905  radical SAM domain-containing protein  30.82 
 
 		 389 aa  114  2.0000000000000002e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0969  radical SAM domain-containing protein  29.83 
 
 		 377 aa  114  2.0000000000000002e-24  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00591663 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0566  radical SAM family protein  27.19 
 
 		 332 aa  114  3e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1245  radical SAM family protein  29.1 
 
 		 335 aa  114  3e-24  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.394622 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0879  radical SAM domain-containing protein  29.69 
 
 		 349 aa  114  3e-24  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.11149  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1180  radical SAM domain-containing protein  27.95 
 
 		 418 aa  112  7.000000000000001e-24  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.832103  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3559  radical SAM domain-containing protein  27.47 
 
 		 347 aa  111  2.0000000000000002e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.152847  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1128  Radical SAM domain protein  28.97 
 
 		 327 aa  111  2.0000000000000002e-23  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.823251 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2079  Radical SAM domain protein  29.35 
 
 		 333 aa  111  2.0000000000000002e-23  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000100022 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1256  Radical SAM domain protein  28.53 
 
 		 330 aa  110  3e-23  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0876  radical SAM domain-containing protein  30.03 
 
 		 398 aa  110  3e-23  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0451643  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3058  radical SAM domain-containing protein  28.92 
 
 		 377 aa  110  5e-23  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.795834  normal  0.23867 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2362  Radical SAM domain protein  28.44 
 
 		 409 aa  109  6e-23  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00000000979641  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1458  heme biosynthesis protein  27.41 
 
 		 349 aa  108  2e-22  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3352  Radical SAM domain protein  26.63 
 
 		 391 aa  107  3e-22  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1099  radical SAM domain-containing protein  26.27 
 
 		 501 aa  106  6e-22  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1255  Radical SAM domain protein  28.21 
 
 		 330 aa  106  6e-22  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.411599  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2577  Elongator protein 3/MiaB/NifB  26.51 
 
 		 397 aa  106  7e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.720803  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3154  radical SAM family protein  28.92 
 
 		 367 aa  106  7e-22  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1135  radical SAM domain-containing protein  29.94 
 
 		 325 aa  105  9e-22  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4936  Radical SAM domain protein  26.95 
 
 		 410 aa  105  1e-21  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3056  radical SAM domain-containing protein  27.48 
 
 		 393 aa  105  1e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.228039 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0102  radical SAM domain-containing protein  29.71 
 
 		 323 aa  104  2e-21  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0691  radical SAM domain-containing protein  27.44 
 
 		 333 aa  103  5e-21  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2626  Radical SAM domain protein  28.34 
 
 		 381 aa  102  7e-21  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.024935 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0791  Radical SAM domain protein  26.86 
 
 		 415 aa  102  8e-21  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2638  Radical SAM domain protein  25 
 
 		 378 aa  102  9e-21  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.44859  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1123  radical SAM domain-containing protein  27.88 
 
 		 342 aa  102  9e-21  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1223  radical SAM domain-containing protein  25.9 
 
 		 358 aa  102  9e-21  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0147811  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1018  radical SAM domain-containing protein  27.36 
 
 		 401 aa  102  1e-20  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0572613  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1028  radical SAM domain-containing protein  27.36 
 
 		 401 aa  102  1e-20  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.880819 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0231  radical SAM family protein  27.27 
 
 		 445 aa  102  1e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0106929  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1001  radical SAM family protein  27.36 
 
 		 401 aa  102  1e-20  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2901  Radical SAM domain protein  26.2 
 
 		 359 aa  102  1e-20  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.297507 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0101  radical SAM domain-containing protein  29.03 
 
 		 323 aa  102  1e-20  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2197  radical SAM domain-containing protein  27.97 
 
 		 368 aa  102  1e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4272  Radical SAM domain protein  26.32 
 
 		 337 aa  102  1e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1901  radical SAM domain-containing protein  27.62 
 
 		 368 aa  102  1e-20  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  0.13165 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12350  predicted Fe-S oxidoreductase  28.21 
 
 		 422 aa  101  2e-20  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12330  predicted Fe-S oxidoreductase  27 
 
 		 561 aa  100  3e-20  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0958  radical SAM domain-containing protein  28.09 
 
 		 356 aa  100  5e-20  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2068  Radical SAM domain protein  34.48 
 
 		 399 aa  100  5e-20  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.184452  hitchhiker  0.00128487 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2393  Radical SAM domain protein  25.08 
 
 		 399 aa  100  5e-20  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0512  radical SAM domain-containing protein  25 
 
 		 347 aa  99.8  6e-20  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  0.000575478  hitchhiker  0.000767983 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1296  radical SAM domain-containing protein  27.66 
 
 		 395 aa  99.8  7e-20  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0595995 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0609  radical SAM domain-containing protein  27.33 
 
 		 384 aa  98.6  1e-19  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0955  radical SAM domain-containing protein  26.59 
 
 		 391 aa  98.6  1e-19  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4322  radical SAM family protein  28.04 
 
 		 359 aa  99  1e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.564384  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2076  Radical SAM domain protein  28.32 
 
 		 382 aa  98.6  1e-19  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3326  radical SAM domain-containing protein  26.43 
 
 		 396 aa  97.8  2e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.579785 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11630  predicted Fe-S oxidoreductase  26.26 
 
 		 397 aa  98.6  2e-19  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.790216 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2575  Elongator protein 3/MiaB/NifB  25.81 
 
 		 394 aa  97.8  2e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3778  Radical SAM domain protein  27.41 
 
 		 429 aa  97.8  2e-19  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.347874  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0287  Radical SAM domain protein  24.92 
 
 		 414 aa  97.4  3e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1955  Radical SAM domain protein  25.6 
 
 		 363 aa  97.1  4e-19  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.356683 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1347  radical SAM domain-containing protein  24.72 
 
 		 384 aa  97.1  4e-19  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0817  radical SAM family Fe-S protein  25.43 
 
 		 375 aa  96.7  5e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0856567  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0775  Radical SAM domain protein  26.57 
 
 		 405 aa  95.9  8e-19  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1225  radical SAM domain-containing protein  25 
 
 		 395 aa  95.5  1e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4323  radical SAM family protein  29.31 
 
 		 373 aa  95.9  1e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.564384  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0350  radical SAM domain-containing protein  25.87 
 
 		 359 aa  95.9  1e-18  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.156548  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2430  radical SAM domain-containing protein  26.78 
 
 		 347 aa  95.9  1e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.943222  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2128  radical SAM domain-containing protein  26.05 
 
 		 405 aa  95.1  2e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.194536  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1345  radical SAM domain-containing protein  27.73 
 
 		 394 aa  94.7  2e-18  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.736537  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1793  metallo cofactor biosynthesis protein  27.25 
 
 		 399 aa  95.1  2e-18  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.91522  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0689  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  24.78 
 
 		 389 aa  94.4  2e-18  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.62446  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1247  radical SAM family protein  27.73 
 
 		 355 aa  95.1  2e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.421544 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5060  radical SAM domain-containing protein  26.75 
 
 		 396 aa  95.1  2e-18  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1253  Radical SAM domain protein  27.43 
 
 		 396 aa  94.7  2e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.942502  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3350  Radical SAM domain protein  27.9 
 
 		 332 aa  94  3e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1914  Radical SAM domain protein  27.61 
 
 		 376 aa  94.4  3e-18  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0913  Radical SAM domain protein  26.39 
 
 		 361 aa  92.8  7e-18  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.525618  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2126  radical SAM domain-containing protein  25.81 
 
 		 393 aa  92.8  8e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.117429  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0289  Radical SAM domain protein  24.27 
 
 		 394 aa  92.8  8e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.815066  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1913  Radical SAM domain protein  26.96 
 
 		 364 aa  92.4  9e-18  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0862  radical SAM domain-containing protein  26.13 
 
 		 317 aa  92  1e-17  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000001092  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0113  radical SAM domain-containing protein  26.74 
 
 		 370 aa  92.4  1e-17  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.389414  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3158  radical SAM domain-containing protein  27.87 
 
 		 428 aa  92.4  1e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.271249  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0390  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  24.13 
 
 		 380 aa  91.7  2e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.52753  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1449  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  25.3 
 
 		 373 aa  90.9  3e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0775464  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0071  Radical SAM domain protein  25.16 
 
 		 428 aa  90.9  3e-17  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2391  Radical SAM domain protein  24.5 
 
 		 397 aa  90.5  4e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1335  hypothetical protein  25.73 
 
 		 363 aa  90.1  6e-17  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.861062 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3149  Fe-S oxidoreductase, putative component of heme biosynthesis  25.53 
 
 		 366 aa  89.4  8e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000504303  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1880  Radical SAM domain protein  26.99 
 
 		 359 aa  89  1e-16  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2903  Radical SAM domain protein  25.81 
 
 		 393 aa  89  1e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0608543 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>