More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_2913 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_4327  putative ABC transporter, extracellular substrate binding protein  65.65 
 
 		 538 aa  691    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2918  extracellular solute-binding protein family 5  63.91 
 
 		 538 aa  682    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.258086  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2913  extracellular solute-binding protein family 5  100 
 
 		 533 aa  1096    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.037834  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2014  twin-arginine translocation pathway signal  64.66 
 
 		 534 aa  682    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.533924  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1041  extracellular solute-binding protein  63.35 
 
 		 538 aa  677    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1152  extracellular solute-binding protein  62.97 
 
 		 538 aa  679    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.296162 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3320  extracellular solute-binding protein  53.95 
 
 		 528 aa  565  1e-160  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0123121  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3968  extracellular solute-binding protein  45.35 
 
 		 537 aa  462  1e-129  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.252184  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0786  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein, putative  45.39 
 
 		 537 aa  451  1e-125  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.527095  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6559  extracellular solute-binding protein family 5  40.3 
 
 		 536 aa  418  9.999999999999999e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.67626  normal  0.403463 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6144  extracellular solute-binding protein family 5  41.4 
 
 		 533 aa  395  1e-109  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.5133  hitchhiker  0.00348679 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1982  putative ABC transporter, periplasmic binding protein  38.45 
 
 		 524 aa  346  5e-94  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0990283  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2760  extracellular solute-binding protein  37.97 
 
 		 544 aa  333  3e-90  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5138  putative periplasmic peptide-binding protein ABC transporter  38.4 
 
 		 495 aa  323  6e-87  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0462348 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1807  extracellular solute-binding protein family 5  35.31 
 
 		 528 aa  317  4e-85  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0140  peptide/opine/nickel ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  37.64 
 
 		 534 aa  316  8e-85  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.259377  normal  0.633025 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5662  extracellular solute-binding protein  37.4 
 
 		 544 aa  315  9e-85  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.76313 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1565  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  37.45 
 
 		 534 aa  312  1e-83  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0146  peptide/opine/nickel ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  35.08 
 
 		 539 aa  311  1e-83  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.29775 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2583  putative ABC transporter, substrate binding subunit  38.52 
 
 		 524 aa  305  1.0000000000000001e-81  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0432339 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4859  putative ABC transporter, substrate-binding protein  34.84 
 
 		 532 aa  303  5.000000000000001e-81  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.176928  normal  0.590645 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2761  extracellular solute-binding protein  36.22 
 
 		 544 aa  302  1e-80  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2972  extracellular solute-binding protein  34.63 
 
 		 535 aa  301  2e-80  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.439804  normal  0.190808 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7181  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  35.54 
 
 		 542 aa  290  4e-77  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.219647  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4254  extracellular solute-binding protein  32.02 
 
 		 527 aa  288  1e-76  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.340537  normal  0.123719 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2547  extracellular solute-binding protein  36.72 
 
 		 534 aa  286  7e-76  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.220611  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2585  putative ABC transporter, substrate binding subunit  36.27 
 
 		 520 aa  280  4e-74  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0598963 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0563  extracellular solute-binding protein  31.32 
 
 		 536 aa  278  2e-73  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0406443  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4831  putative ABC transporter (substrate-binding protein)  34.08 
 
 		 527 aa  277  4e-73  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.153883  normal  0.947205 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2569  ABC transporter substrate-binding protein  34.4 
 
 		 558 aa  276  6e-73  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.217608 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7214  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  35.34 
 
 		 532 aa  276  8e-73  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3082  twin-arginine translocation pathway signal  31.9 
 
 		 535 aa  275  1.0000000000000001e-72  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.49552  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1507  extracellular solute-binding protein family 5  35.26 
 
 		 516 aa  271  2e-71  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.221484  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3490  extracellular solute-binding protein  33.61 
 
 		 529 aa  271  2.9999999999999997e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4877  putative ABC transporter, substrate binding protein  33.33 
 
 		 560 aa  270  5e-71  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.674427  normal  0.0830201 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0750  extracellular solute-binding protein  30.8 
 
 		 535 aa  268  1e-70  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3133  twin-arginine translocation pathway signal  32.78 
 
 		 529 aa  267  4e-70  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.362143 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1651  extracellular solute-binding protein  33.91 
 
 		 516 aa  266  5e-70  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7558  putative dipeptide ABC transporter (substrate-binding protein)  34.52 
 
 		 515 aa  265  1e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.864379 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3221  extracellular solute-binding protein  33.97 
 
 		 517 aa  265  1e-69  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.102229  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7212  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  35.45 
 
 		 531 aa  264  3e-69  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5671  extracellular solute-binding protein  33.98 
 
 		 531 aa  263  4.999999999999999e-69  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.880059  normal  0.0905991 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4858  putative ABC transporter, substrate-binding protein  36.14 
 
 		 531 aa  263  6e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.185299  normal  0.554017 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0161  peptide/opine/nickel ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  34.64 
 
 		 529 aa  261  2e-68  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.485134  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5235  extracellular solute-binding protein family 5  33.98 
 
 		 522 aa  261  2e-68  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0671  extracellular solute-binding protein  35.26 
 
 		 534 aa  260  5.0000000000000005e-68  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0748  extracellular solute-binding protein  30.82 
 
 		 535 aa  259  6e-68  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2571  extracellular solute-binding protein family 5  31.81 
 
 		 529 aa  257  3e-67  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.13754  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0426  extracellular solute-binding protein  34.72 
 
 		 522 aa  257  4e-67  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.133353  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0745  extracellular solute-binding protein  30.4 
 
 		 534 aa  256  6e-67  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4290  extracellular solute-binding protein  31.7 
 
 		 530 aa  252  1e-65  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00787986  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0132  extracellular solute-binding protein  33.67 
 
 		 532 aa  251  2e-65  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0106  extracellular solute-binding protein family 5  32.82 
 
 		 533 aa  251  3e-65  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0909337  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4764  extracellular solute-binding protein  32.06 
 
 		 539 aa  234  3e-60  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4285  extracellular solute-binding protein  31.26 
 
 		 530 aa  228  2e-58  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.261799  normal  0.839381 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2546  extracellular solute-binding protein  31.32 
 
 		 531 aa  226  7e-58  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.145645  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2097  4-phytase  30.52 
 
 		 546 aa  206  1e-51  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000775897  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1234  extracellular solute-binding protein  30.18 
 
 		 538 aa  198  2.0000000000000003e-49  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.871598  normal  0.318753 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1870  dipeptide transport protein  28.14 
 
 		 540 aa  191  2e-47  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2049  extracellular solute-binding protein  30.29 
 
 		 540 aa  191  2e-47  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2655  extracellular solute-binding protein  29.42 
 
 		 539 aa  189  1e-46  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000125789  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1433  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  30.33 
 
 		 538 aa  187  3e-46  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.948157  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1979  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  29.52 
 
 		 516 aa  174  2.9999999999999996e-42  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1483  extracellular solute-binding protein  28.63 
 
 		 551 aa  174  2.9999999999999996e-42  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.228319  normal  0.152124 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1411  extracellular solute-binding protein  28.68 
 
 		 559 aa  174  3.9999999999999995e-42  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4611  extracellular solute-binding protein family 5  30.1 
 
 		 553 aa  170  6e-41  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.596915 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1590  extracellular solute-binding protein family 5  29.6 
 
 		 534 aa  168  2e-40  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0939  extracellular solute-binding protein  28.29 
 
 		 517 aa  167  4e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5641  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  27.98 
 
 		 508 aa  167  5.9999999999999996e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.543478  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0910  extracellular solute-binding protein  27.96 
 
 		 555 aa  166  6.9999999999999995e-40  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.463169  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5299  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  27.31 
 
 		 556 aa  165  2.0000000000000002e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2644  extracellular solute-binding protein family 5  28.94 
 
 		 533 aa  164  3e-39  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0361873  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3852  extracellular solute-binding protein  27.17 
 
 		 521 aa  164  3e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0773863  normal  0.697886 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3371  extracellular solute-binding protein family 5  28.38 
 
 		 536 aa  164  5.0000000000000005e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4796  extracellular solute-binding protein family 5  31.09 
 
 		 532 aa  159  1e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.478428  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1185  putative oligopeptide ABC transporter binding protein  28.11 
 
 		 541 aa  156  9e-37  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  unclonable  0.00000000666118  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2587  extracellular solute-binding protein family 5  27.12 
 
 		 502 aa  155  1e-36  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2424  twin-arginine translocation pathway signal  28.02 
 
 		 565 aa  156  1e-36  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0912792  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4682  extracellular solute-binding protein family 5  31.11 
 
 		 532 aa  155  2e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2795  extracellular solute-binding protein family 5  31.32 
 
 		 499 aa  154  2.9999999999999998e-36  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.730452 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4044  extracellular solute-binding protein family 5  26.52 
 
 		 536 aa  153  7e-36  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3867  extracellular solute-binding protein family 5  27.71 
 
 		 536 aa  153  7e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1611  extracellular solute-binding protein  35.66 
 
 		 259 aa  153  8.999999999999999e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1313  extracellular solute-binding protein  30.11 
 
 		 493 aa  152  1e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2152  extracellular solute-binding protein  26.6 
 
 		 527 aa  152  1e-35  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000101547  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4491  extracellular solute-binding protein family 5  27.71 
 
 		 509 aa  152  2e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0077  extracellular solute-binding protein family 5  33.33 
 
 		 501 aa  151  3e-35  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1652  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  28 
 
 		 511 aa  149  9e-35  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.2387  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1450  peptide ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  28.04 
 
 		 511 aa  148  2.0000000000000003e-34  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00000000430411  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3773  extracellular solute-binding protein  29.24 
 
 		 510 aa  149  2.0000000000000003e-34  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.434805  normal  0.505457 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0365  extracellular solute-binding protein family 5  27.77 
 
 		 517 aa  148  3e-34  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1145  extracellular solute-binding protein  27.23 
 
 		 565 aa  147  4.0000000000000006e-34  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.00838015  normal  0.546746 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3603  extracellular solute-binding protein family 5  26.68 
 
 		 542 aa  147  5e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4201  extracellular solute-binding protein family 5  29 
 
 		 508 aa  147  5e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5947  extracellular solute-binding protein family 5  27.87 
 
 		 521 aa  147  6e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.281116  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0365  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  26.14 
 
 		 521 aa  146  8.000000000000001e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0210  extracellular solute-binding protein  25.96 
 
 		 512 aa  146  9e-34  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0873116  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1443  extracellular solute-binding protein  28 
 
 		 517 aa  145  1e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.13157 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1445  extracellular solute-binding protein family 5  26.2 
 
 		 495 aa  146  1e-33  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.777078 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0858  4-phytase  28.98 
 
 		 524 aa  145  2e-33  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.557115  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>