More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_3867 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_3867  extracellular solute-binding protein family 5  100 
 
 		 536 aa  1107    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2706  extracellular solute-binding protein  67.48 
 
 		 538 aa  774    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.723031  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4044  extracellular solute-binding protein family 5  99.07 
 
 		 536 aa  1098    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3371  extracellular solute-binding protein family 5  90.3 
 
 		 536 aa  1003    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3537  extracellular solute-binding protein  60.45 
 
 		 556 aa  695    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3248  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein, putative  54.63 
 
 		 540 aa  611  1e-173  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.49035  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1878  extracellular solute-binding protein  56.87 
 
 		 536 aa  610  1e-173  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.419127 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1880  extracellular solute-binding protein  55.64 
 
 		 536 aa  575  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.70178  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5173  extracellular solute-binding protein family 5  39.66 
 
 		 528 aa  383  1e-105  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.12226  normal  0.127243 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5442  extracellular solute-binding protein family 5  39.25 
 
 		 528 aa  376  1e-103  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0169825 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1878  extracellular solute-binding protein family 5  38.72 
 
 		 531 aa  374  1e-102  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.558624  normal  0.335683 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1692  extracellular solute-binding protein family 5  38.16 
 
 		 531 aa  366  1e-100  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.122173  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0038  extracellular solute-binding protein  39.45 
 
 		 532 aa  359  8e-98  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.216937  normal  0.341252 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4180  extracellular solute-binding protein family 5  38.4 
 
 		 547 aa  353  5.9999999999999994e-96  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.336386  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3852  extracellular solute-binding protein family 5  38.59 
 
 		 547 aa  351  2e-95  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.479782 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3888  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  36.92 
 
 		 550 aa  347  2e-94  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.799639  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2326  extracellular solute-binding protein  38.21 
 
 		 546 aa  342  1e-92  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.294702  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1248  extracellular solute-binding protein  36.2 
 
 		 537 aa  339  5.9999999999999996e-92  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.710714 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3829  extracellular solute-binding protein  38.35 
 
 		 569 aa  337  3.9999999999999995e-91  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.847313 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2465  extracellular solute-binding protein  36.38 
 
 		 529 aa  330  4e-89  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.352303 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0135  extracellular solute-binding protein family 5  36.62 
 
 		 531 aa  325  1e-87  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1906  extracellular solute-binding protein  36.69 
 
 		 543 aa  317  2e-85  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0377443  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0372  extracellular solute-binding protein  36.56 
 
 		 529 aa  317  5e-85  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.132597  normal  0.149219 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3528  extracellular solute-binding protein  34.03 
 
 		 564 aa  315  9e-85  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.61993  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3088  extracellular solute-binding protein  36.59 
 
 		 538 aa  315  1.9999999999999998e-84  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.902972  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0807  ABC dipeptide transporter, substrate-binding subunit DdpA  36.17 
 
 		 538 aa  313  3.9999999999999997e-84  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.123514  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3993  extracellular solute-binding protein family 5  36.29 
 
 		 531 aa  312  7.999999999999999e-84  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1917  extracellular solute-binding protein  35.36 
 
 		 518 aa  311  2e-83  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1030  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  34.91 
 
 		 534 aa  301  2e-80  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.180664  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0799  extracellular solute-binding protein  36.88 
 
 		 531 aa  293  4e-78  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.162067  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2713  extracellular solute-binding protein  34.36 
 
 		 529 aa  290  4e-77  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4004  extracellular solute-binding protein  36.46 
 
 		 535 aa  287  4e-76  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4474  extracellular solute-binding protein  34.58 
 
 		 529 aa  285  1.0000000000000001e-75  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0385001  normal  0.989495 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4012  extracellular solute-binding protein  34.58 
 
 		 529 aa  285  1.0000000000000001e-75  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0256267  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4061  extracellular solute-binding protein  33.91 
 
 		 529 aa  285  1.0000000000000001e-75  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.707761  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2047  extracellular solute-binding protein  33.47 
 
 		 529 aa  282  1e-74  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.101703  normal  0.665186 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1258  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  33.59 
 
 		 543 aa  279  1e-73  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4479  extracellular solute-binding protein  35.02 
 
 		 533 aa  278  2e-73  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.027731  normal  0.668994 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4017  extracellular solute-binding protein  35.02 
 
 		 533 aa  278  2e-73  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0465332  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5720  extracellular solute-binding protein  33.98 
 
 		 529 aa  276  6e-73  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.174819  normal  0.308845 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3777  extracellular solute-binding protein  35.02 
 
 		 533 aa  276  6e-73  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3783  extracellular solute-binding protein  33.98 
 
 		 529 aa  276  6e-73  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.44101  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4585  extracellular solute-binding protein  33.98 
 
 		 529 aa  276  6e-73  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4591  extracellular solute-binding protein  35.02 
 
 		 533 aa  276  6e-73  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0140228  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1274  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  34.21 
 
 		 533 aa  275  1.0000000000000001e-72  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.834925  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1253  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  35.22 
 
 		 533 aa  275  1.0000000000000001e-72  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1050  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  34.21 
 
 		 533 aa  275  1.0000000000000001e-72  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1392  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  34.21 
 
 		 533 aa  275  1.0000000000000001e-72  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.00928392  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0247  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  34.21 
 
 		 533 aa  275  1.0000000000000001e-72  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.279993  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1311  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  34.21 
 
 		 533 aa  275  1.0000000000000001e-72  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.251362  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0518  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  34.21 
 
 		 533 aa  275  1.0000000000000001e-72  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.886694  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2562  periplasmic solute-binding protein  34.01 
 
 		 533 aa  274  4.0000000000000004e-72  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1442  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  34.76 
 
 		 563 aa  273  6e-72  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.663118  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5714  extracellular solute-binding protein  34.54 
 
 		 533 aa  272  9e-72  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0573169 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0197  peptide/opine/nickel ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  34.71 
 
 		 535 aa  272  1e-71  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.415604  normal  0.0839796 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1427  solute-binding family 5 protein  34.27 
 
 		 533 aa  271  2.9999999999999997e-71  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0232  solute-binding family 5 protein  34.08 
 
 		 530 aa  271  2.9999999999999997e-71  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.79785  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1065  solute-binding family 5 protein  34.08 
 
 		 530 aa  270  4e-71  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1261  solute-binding family 5 protein  34.08 
 
 		 530 aa  270  4e-71  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.24251  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2574  solute-binding family 5 protein  34.08 
 
 		 530 aa  270  4e-71  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1329  solute-binding family 5 protein  34.08 
 
 		 530 aa  270  4e-71  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.492206  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0504  solute-binding family 5 protein  34.08 
 
 		 530 aa  270  4e-71  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6301  extracellular solute-binding protein family 5  34.12 
 
 		 535 aa  269  8.999999999999999e-71  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7644  extracellular solute-binding protein  32.17 
 
 		 528 aa  268  2e-70  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.938913  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4056  extracellular solute-binding protein  35.22 
 
 		 489 aa  266  5e-70  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1410  solute-binding family 5 protein  33.95 
 
 		 530 aa  266  5.999999999999999e-70  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.139309  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3198  extracellular solute-binding protein  34.56 
 
 		 547 aa  266  5.999999999999999e-70  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.271789  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3741  extracellular solute-binding protein  30.88 
 
 		 532 aa  250  5e-65  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2056  extracellular solute-binding protein  30.69 
 
 		 521 aa  241  2.9999999999999997e-62  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.149494  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3551  ABC dipeptide/oligopeptide/nickel transporter, periplasmic dipeptide/oligopeptide/nickel-binding protein  30.23 
 
 		 522 aa  236  8e-61  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3686  extracellular solute-binding protein  30.23 
 
 		 522 aa  236  8e-61  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2911  extracellular solute-binding protein  29.18 
 
 		 524 aa  229  9e-59  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.628741  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2916  4-phytase  28.27 
 
 		 522 aa  224  3e-57  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1105  extracellular solute-binding protein  29.9 
 
 		 522 aa  224  4e-57  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2532  extracellular solute-binding protein family 5  32.05 
 
 		 525 aa  218  2e-55  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0925  extracellular solute-binding protein family 5  32.95 
 
 		 523 aa  215  1.9999999999999998e-54  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.182407  normal  0.30323 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0553  extracellular solute-binding protein  29.76 
 
 		 522 aa  211  3e-53  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.727867  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1763  extracellular solute-binding protein family 5  27.83 
 
 		 536 aa  206  9e-52  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1799  extracellular solute-binding protein family 5  27.76 
 
 		 531 aa  201  1.9999999999999998e-50  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0907769  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2920  extracellular solute-binding protein family 5  28.82 
 
 		 515 aa  180  4.999999999999999e-44  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5142  4-phytase  29.47 
 
 		 531 aa  173  7.999999999999999e-42  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.303319  normal  0.0209906 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2957  4-phytase  27.37 
 
 		 520 aa  166  1.0000000000000001e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0858  4-phytase  27.36 
 
 		 524 aa  162  2e-38  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.557115  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0882  putative ABC transporter, periplasmic binding protein  27.84 
 
 		 539 aa  161  3e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2347  extracellular solute-binding protein  28.21 
 
 		 516 aa  155  1e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.33855  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2099  putative ABC transporter periplasmic-binding protein yddS precursor  27.86 
 
 		 516 aa  154  5e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2170  extracellular solute-binding protein  27.86 
 
 		 516 aa  154  5e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.233404  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2645  4-phytase  26.23 
 
 		 532 aa  154  5e-36  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.292677  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2913  extracellular solute-binding protein family 5  27.71 
 
 		 533 aa  153  7e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.037834  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01445  D-ala-D-a la transporter subunit  27.86 
 
 		 516 aa  152  1e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2160  extracellular solute-binding protein family 5  27.86 
 
 		 516 aa  152  1e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0024579  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1686  putative ABC transporter periplasmic-binding protein yddS precursor  27.49 
 
 		 516 aa  152  2e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1572  putative ABC transporter periplasmic-binding protein yddS precursor  27.92 
 
 		 516 aa  152  2e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0479  4-phytase  25.39 
 
 		 535 aa  151  3e-35  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0187568  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1750  putative ABC transporter periplasmic-binding protein yddS precursor  27.68 
 
 		 516 aa  149  2.0000000000000003e-34  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.843018  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1352  extracellular solute-binding protein family 5  24.28 
 
 		 534 aa  148  2.0000000000000003e-34  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3647  4-phytase  26.25 
 
 		 509 aa  146  8.000000000000001e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.770065 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2405  extracellular solute-binding protein family 5  25.2 
 
 		 532 aa  145  2e-33  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000184044  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1751  extracellular solute-binding protein  29.82 
 
 		 538 aa  142  1.9999999999999998e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.150343  normal  0.0954392 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0716  peptide/oligopeptide/nickel ABC transporter substrate-binding protein  27.9 
 
 		 541 aa  142  1.9999999999999998e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>