More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_2890 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_2890  glucose-methanol-choline oxidoreductase  100 
 
 		 534 aa  1086    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.561362  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2190  choline dehydrogenase, a flavoprotein  57.82 
 
 		 541 aa  633  1e-180  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4519  glucose-methanol-choline oxidoreductase  56.1 
 
 		 542 aa  586  1e-166  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0149458  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3680  glucose-methanol-choline oxidoreductase  56.39 
 
 		 537 aa  585  1e-166  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.979094 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4810  glucose-methanol-choline oxidoreductase  52.96 
 
 		 534 aa  579  1e-164  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0804  glucose-methanol-choline oxidoreductase  53.8 
 
 		 540 aa  575  1.0000000000000001e-163  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.271201  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4377  glucose-methanol-choline oxidoreductase  52.55 
 
 		 551 aa  567  1e-160  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4865  glucose-methanol-choline oxidoreductase  51.32 
 
 		 539 aa  561  1.0000000000000001e-159  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.69396  normal  0.438414 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0698  putative glucose-methanol-choline oxidoreductase  51.98 
 
 		 551 aa  560  1e-158  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.763915  decreased coverage  0.00316946 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3836  glucose-methanol-choline oxidoreductase  51.98 
 
 		 552 aa  556  1e-157  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.669798  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4278  glucose-methanol-choline oxidoreductase  53.89 
 
 		 546 aa  556  1e-157  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.942105  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4211  glucose-methanol-choline oxidoreductase  54.68 
 
 		 559 aa  553  1e-156  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.380149  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4528  glucose-methanol-choline oxidoreductase  50.85 
 
 		 550 aa  551  1e-156  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.167866 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5947  glucose-methanol-choline oxidoreductase  52.15 
 
 		 550 aa  551  1e-156  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4282  glucose-methanol-choline oxidoreductase  51.87 
 
 		 541 aa  548  1e-155  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0936618  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6221  glucose-methanol-choline oxidoreductase  51.14 
 
 		 551 aa  545  1e-154  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.768834  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2005  glucose-methanol-choline oxidoreductase  50.19 
 
 		 551 aa  536  1e-151  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.741987 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4024  glucose-methanol-choline oxidoreductase  49.62 
 
 		 533 aa  527  1e-148  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3292  glucose-methanol-choline oxidoreductase  49.62 
 
 		 533 aa  527  1e-148  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2644  choline dehydrogenase  48.76 
 
 		 574 aa  526  1e-148  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.3131  normal  0.995844 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1348  glucose-methanol-choline oxidoreductase  50.28 
 
 		 555 aa  521  1e-146  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0958  GMC family oxidoreductase  50.09 
 
 		 532 aa  514  1e-144  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3263  glucose-methanol-choline oxidoreductase  51.14 
 
 		 577 aa  513  1e-144  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.713026  normal  0.534597 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0899  GMC family oxidoreductase  50.09 
 
 		 532 aa  513  1e-144  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.886406  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3540  glucose-methanol-choline oxidoreductase  49.81 
 
 		 544 aa  509  1e-143  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.200796 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3995  GMC family oxidoreductase  50.46 
 
 		 561 aa  511  1e-143  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.530618  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2933  oxidoreductase, GMC family protein  50.46 
 
 		 561 aa  511  1e-143  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0201  oxidoreductase, GMC family protein  50.09 
 
 		 561 aa  508  1e-143  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.260049  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3358  glucose-methanol-choline oxidoreductase  49.24 
 
 		 550 aa  510  1e-143  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.442957  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1610  oxidoreductase, GMC family protein  50.46 
 
 		 561 aa  511  1e-143  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2991  oxidoreductase, GMC family protein  50.46 
 
 		 561 aa  511  1e-143  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3287  hypothetical protein  49.52 
 
 		 533 aa  508  1e-143  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3378  oxidoreductase, GMC family protein  50.46 
 
 		 561 aa  511  1e-143  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.869228  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0100  glucose-methanol-choline oxidoreductase  50.76 
 
 		 561 aa  510  1e-143  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3214  glucose-methanol-choline oxidoreductase  49.43 
 
 		 544 aa  508  1e-143  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0082  glucose-methanol-choline oxidoreductase  50.57 
 
 		 578 aa  508  1e-143  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.111773  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3345  putative choline dehydrogenase lipoprotein oxidoreductase  50.38 
 
 		 544 aa  507  9.999999999999999e-143  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0082  glucose-methanol-choline oxidoreductase  50.57 
 
 		 578 aa  508  9.999999999999999e-143  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0084  glucose-methanol-choline oxidoreductase  50.19 
 
 		 561 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4069  GMC family oxidoreductase  50.09 
 
 		 561 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1397  glucose-methanol-choline oxidoreductase  49.15 
 
 		 532 aa  507  9.999999999999999e-143  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2973  glucose-methanol-choline oxidoreductase  50.57 
 
 		 578 aa  508  9.999999999999999e-143  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0073  glucose-methanol-choline oxidoreductase  50 
 
 		 561 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1712  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.29 
 
 		 536 aa  503  1e-141  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.334858  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4518  glucose-methanol-choline oxidoreductase  49.43 
 
 		 550 aa  503  1e-141  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.173052  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3050  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.8 
 
 		 564 aa  499  1e-140  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3372  glucose-methanol-choline oxidoreductase:FAD dependent oxidoreductase:GMC oxidoreductase  50 
 
 		 539 aa  500  1e-140  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5265  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.95 
 
 		 546 aa  500  1e-140  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.371791  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3332  oxidoreductase, GMC family protein  50 
 
 		 561 aa  499  1e-140  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2869  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.91 
 
 		 531 aa  499  1e-140  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0016  GMC family oxidoreductase  49.72 
 
 		 571 aa  495  1e-139  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3611  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.26 
 
 		 534 aa  496  1e-139  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3566  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.83 
 
 		 539 aa  492  9.999999999999999e-139  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3521  glucose-methanol-choline oxidoreductase  49.35 
 
 		 555 aa  494  9.999999999999999e-139  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.597773 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3734  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.09 
 
 		 539 aa  491  9.999999999999999e-139  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.569573  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4293  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.5 
 
 		 567 aa  492  9.999999999999999e-139  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.485972  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0056  GMC family oxidoreductase  48.48 
 
 		 550 aa  490  1e-137  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000620913 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4251  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.01 
 
 		 539 aa  489  1e-137  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.773505  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3916  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.25 
 
 		 570 aa  490  1e-137  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1733  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.15 
 
 		 549 aa  489  1e-137  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0167412  normal  0.0176419 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2683  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.58 
 
 		 536 aa  490  1e-137  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3373  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.57 
 
 		 553 aa  489  1e-137  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2379  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.03 
 
 		 571 aa  488  1e-136  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0072  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.38 
 
 		 548 aa  487  1e-136  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.010293  normal  0.0125106 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3708  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.14 
 
 		 543 aa  488  1e-136  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4610  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.56 
 
 		 557 aa  485  1e-135  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.335762 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6126  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.3 
 
 		 569 aa  482  1e-135  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.939433 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3304  glucose-methanol-choline oxidoreductase  49.43 
 
 		 547 aa  482  1e-135  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.141234 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5514  glucose-methanol-choline oxidoreductase  50.09 
 
 		 537 aa  481  1e-134  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6414  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.92 
 
 		 569 aa  476  1e-133  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.981458 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0606  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.87 
 
 		 563 aa  476  1e-133  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0279119  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0072  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.15 
 
 		 548 aa  476  1e-133  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000289824 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0075  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.25 
 
 		 548 aa  477  1e-133  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0217236  hitchhiker  0.000000000166725 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5818  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.46 
 
 		 531 aa  478  1e-133  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.673966  normal  0.0679471 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6724  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.95 
 
 		 531 aa  475  1e-133  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.567592  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5162  Choline dehydrogenase  46.42 
 
 		 541 aa  478  1e-133  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0769143  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16390  putative GMC-type oxidoreductase  47.26 
 
 		 557 aa  474  1e-132  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5443  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.24 
 
 		 542 aa  474  1e-132  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.078996  normal  1 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5304  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.78 
 
 		 546 aa  474  1e-132  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3840  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.5 
 
 		 544 aa  474  1e-132  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.397758  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1426  putative GMC-type oxidoreductase  48.02 
 
 		 557 aa  469  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1253  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.65 
 
 		 541 aa  470  1.0000000000000001e-131  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0882717  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3651  choline dehydrogenase  47.36 
 
 		 553 aa  469  1.0000000000000001e-131  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6272  putative choline (or alcohol) dehydrogenase  47.57 
 
 		 544 aa  468  9.999999999999999e-131  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0353  choline dehydrogenase  45.27 
 
 		 539 aa  467  9.999999999999999e-131  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6373  glucose-methanol-choline oxidoreductase:FAD dependent oxidoreductase:GMC oxidoreductase  45.69 
 
 		 540 aa  466  9.999999999999999e-131  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3226  choline dehydrogenase  45.97 
 
 		 556 aa  468  9.999999999999999e-131  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.191345 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0437  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.3 
 
 		 532 aa  468  9.999999999999999e-131  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.253187  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3803  putative choline dehydrogenase lipoprotein oxidoreductase  47.66 
 
 		 548 aa  468  9.999999999999999e-131  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0363471 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4819  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.45 
 
 		 556 aa  466  9.999999999999999e-131  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0301  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.17 
 
 		 542 aa  465  1e-129  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0715  choline dehydrogenase  44.66 
 
 		 572 aa  464  1e-129  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00120252  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2781  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.74 
 
 		 538 aa  462  1e-129  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0926901  n/a   
 
 
-
 
NC_013746  Htur_4961  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.71 
 
 		 529 aa  460  9.999999999999999e-129  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3245  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.66 
 
 		 556 aa  460  9.999999999999999e-129  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4657  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.54 
 
 		 537 aa  459  9.999999999999999e-129  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0332  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.02 
 
 		 544 aa  460  9.999999999999999e-129  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6820  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.47 
 
 		 602 aa  459  9.999999999999999e-129  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0364  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.5 
 
 		 618 aa  459  9.999999999999999e-129  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3744  choline dehydrogenase  46.87 
 
 		 554 aa  459  9.999999999999999e-129  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0339169  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>