More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RoseRS_3093 on replicon NC_009523
Organism: Roseiflexus sp. RS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009523  RoseRS_3093  periplasmic binding protein  100 
 
 		 297 aa  588  1e-167  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.712568 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2939  periplasmic binding protein  89.8 
 
 		 297 aa  534  1e-151  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0108677  hitchhiker  0.00600632 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3164  periplasmic binding protein  52.7 
 
 		 309 aa  278  7e-74  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0311  periplasmic binding protein  51.36 
 
 		 304 aa  271  7e-72  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0241  periplasmic binding protein  43.3 
 
 		 310 aa  244  9.999999999999999e-64  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1767  putative periplasmic substrate-binding protein  49.13 
 
 		 296 aa  243  1.9999999999999999e-63  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.634386 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1852  periplasmic binding protein  42.61 
 
 		 309 aa  239  5.999999999999999e-62  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.416782  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0976  periplasmic binding protein  36.77 
 
 		 308 aa  229  4e-59  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.0429383 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0831  ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  42.61 
 
 		 309 aa  225  5.0000000000000005e-58  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.3337 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3425  putative iron transport system substrate-binding protein  39.59 
 
 		 310 aa  218  1e-55  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2945  putative iron transport system substrate-binding protein  36.39 
 
 		 308 aa  215  5.9999999999999996e-55  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3141  substrate-binding protein of ABC transporter  39.12 
 
 		 308 aa  213  1.9999999999999998e-54  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3943  periplasmic binding protein  37.76 
 
 		 309 aa  214  1.9999999999999998e-54  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00979003 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3494  periplasmic binding protein  39.39 
 
 		 317 aa  207  2e-52  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1084  periplasmic binding protein  39.12 
 
 		 316 aa  204  1e-51  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0139725  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0278  periplasmic binding protein  38.14 
 
 		 296 aa  191  2e-47  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.10405  normal  0.0273457 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1533  hypothetical protein  35.49 
 
 		 350 aa  190  2.9999999999999997e-47  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0957  periplasmic binding protein  45.02 
 
 		 282 aa  184  1.0000000000000001e-45  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  decreased coverage  0.00790982  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1836  periplasmic binding protein  36.33 
 
 		 297 aa  184  2.0000000000000003e-45  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0233  putative periplasmic substrate-binding protein  39.51 
 
 		 283 aa  183  4.0000000000000006e-45  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4139  putative periplasmic substrate-binding protein  40.27 
 
 		 318 aa  174  1.9999999999999998e-42  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0990029 
 
 
-
 
NC_011674  PHATRDRAFT_35058  predicted protein  31.33 
 
 		 672 aa  132  1.0000000000000001e-29  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1960  periplasmic binding protein  34.6 
 
 		 255 aa  123  4e-27  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.137759  n/a   
 
 
-
 
NC_009361  OSTLU_35596  ABC(binding protein) family transporter: iron compound  39.89 
 
 		 207 aa  120  3e-26  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.076386 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3024  periplasmic binding protein  32.76 
 
 		 269 aa  116  3.9999999999999997e-25  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0602  iron/cobalamin ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  32.99 
 
 		 258 aa  115  1.0000000000000001e-24  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2060  periplasmic binding protein  30.64 
 
 		 309 aa  111  1.0000000000000001e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.182535  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0601  periplasmic binding protein  31.51 
 
 		 354 aa  107  2e-22  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.56983  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1317  periplasmic binding protein  29.59 
 
 		 307 aa  107  3e-22  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2468  periplasmic binding protein  29.79 
 
 		 328 aa  103  2e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.208513  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0983  periplasmic binding protein  26.03 
 
 		 351 aa  101  2e-20  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.750238  normal  0.171605 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1934  periplasmic binding protein  24.49 
 
 		 315 aa  97.8  2e-19  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2491  periplasmic binding protein  31.65 
 
 		 261 aa  97.4  2e-19  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0296  periplasmic binding protein  24.49 
 
 		 315 aa  97.4  3e-19  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.143105  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1119  periplasmic binding protein  30.1 
 
 		 270 aa  95.5  9e-19  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00373301  normal  0.860622 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1056  periplasmic binding protein  23.81 
 
 		 341 aa  95.1  1e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_588  ABC-type cobalamin/Fe3+ siderophore transport system, periplasmic component  24.83 
 
 		 338 aa  93.2  4e-18  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000378985  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1148  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  28.38 
 
 		 304 aa  92.4  8e-18  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.998455  normal  0.564215 
 
 
-
 
NC_002936  DET0650  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport systems, periplasmic binding protein, putative  24.83 
 
 		 338 aa  91.7  1e-17  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.000661971  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0684  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport system, periplasmic binding protein, putative  24.83 
 
 		 338 aa  91.7  1e-17  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0151926  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2652  ABC Fe3+-hydroxamate transporter, periplasmic ligand binding protein  26.55 
 
 		 270 aa  90.9  2e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2212  periplasmic binding protein  25.68 
 
 		 318 aa  90.1  4e-17  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0250  iron ABC transporter, periplasmic iron-binding protein, putative  28.81 
 
 		 356 aa  89.7  5e-17  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0491648  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0620  periplasmic binding protein  23.81 
 
 		 337 aa  89  9e-17  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.0000000216594  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4372  periplasmic binding protein  30.61 
 
 		 362 aa  88.6  1e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.670262  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2741  periplasmic binding protein  30.51 
 
 		 296 aa  89  1e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1430  periplasmic binding protein  23.81 
 
 		 300 aa  87.8  2e-16  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0416  periplasmic binding protein  25.76 
 
 		 318 aa  87.8  2e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1374  MoxR-like ATPases-like  25.41 
 
 		 331 aa  87  3e-16  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.896938  hitchhiker  0.000595014 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_68  cobalamin-binding protein  27.61 
 
 		 517 aa  87  4e-16  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1754  periplasmic binding protein  22.45 
 
 		 318 aa  85.9  7e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000128267  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1523  periplasmic binding protein  29.77 
 
 		 299 aa  85.9  7e-16  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.137922  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2879  periplasmic binding protein  28.33 
 
 		 270 aa  85.1  0.000000000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18990  periplasmic binding protein  24.32 
 
 		 318 aa  85.1  0.000000000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0029  periplasmic binding protein  32.88 
 
 		 287 aa  84.3  0.000000000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1112  periplasmic binding protein  29.27 
 
 		 293 aa  84.3  0.000000000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1145  periplasmic binding protein  32.09 
 
 		 258 aa  83.6  0.000000000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.676996  normal  0.936441 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0560  periplasmic binding protein  24.57 
 
 		 339 aa  83.2  0.000000000000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1304  periplasmic binding protein  29.62 
 
 		 293 aa  82.8  0.000000000000006  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.76346  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3307  periplasmic binding protein  29.57 
 
 		 357 aa  82.4  0.000000000000008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.182474  hitchhiker  0.00128182 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0726  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  28.37 
 
 		 304 aa  82  0.00000000000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.19297  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2782  periplasmic binding protein  26.22 
 
 		 300 aa  81.6  0.00000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.21111  normal  0.398408 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1959  hypothetical protein  25.17 
 
 		 276 aa  80.9  0.00000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0840  vitamin B12 transport protein BtuF, putative  29.31 
 
 		 339 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.154461  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1216  periplasmic binding protein  26.99 
 
 		 312 aa  81.3  0.00000000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0025  periplasmic binding protein  25.51 
 
 		 289 aa  81.6  0.00000000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0661  periplasmic binding protein  26.57 
 
 		 300 aa  80.9  0.00000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0995  periplasmic binding protein  27.18 
 
 		 288 aa  80.1  0.00000000000004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0840  periplasmic binding protein  27.61 
 
 		 304 aa  79.3  0.00000000000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.62088  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4715  periplasmic binding protein  31.56 
 
 		 264 aa  79  0.0000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0114  periplasmic binding protein  25.77 
 
 		 271 aa  77.8  0.0000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1547  ligand binding protein  22.92 
 
 		 363 aa  77.4  0.0000000000003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4278  periplasmic binding protein  26.04 
 
 		 339 aa  77  0.0000000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1632  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  28.28 
 
 		 310 aa  76.6  0.0000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.41754  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0693  vitamin B12 transport protein BtuF, putative  28.28 
 
 		 310 aa  76.6  0.0000000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.387352  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2363  periplasmic binding protein  25.42 
 
 		 289 aa  76.6  0.0000000000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2967  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  28.28 
 
 		 310 aa  76.6  0.0000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.956046  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2320  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  28.28 
 
 		 310 aa  76.6  0.0000000000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.169217  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5271  periplasmic binding protein  29.21 
 
 		 274 aa  76.6  0.0000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1196  putaive vitamin B12 transport protein  28.28 
 
 		 332 aa  76.6  0.0000000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1122  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  28.28 
 
 		 287 aa  76.3  0.0000000000007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.583002  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1041  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  28.28 
 
 		 310 aa  76.3  0.0000000000007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.111406  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4782  periplasmic binding protein  31.33 
 
 		 327 aa  75.9  0.0000000000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0151  periplasmic binding protein  26.84 
 
 		 336 aa  75.9  0.0000000000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1421  periplasmic binding protein  23 
 
 		 379 aa  75.5  0.000000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5019  ABC transporter substrate binding protein (iron)  28.65 
 
 		 319 aa  75.1  0.000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2656  periplasmic binding protein  28.57 
 
 		 269 aa  75.5  0.000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1035  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  27.93 
 
 		 310 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.439367  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4829  periplasmic binding protein  32.54 
 
 		 317 aa  74.3  0.000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004473  vitamin B12 ABC transporter B12-binding component BtuF  24.67 
 
 		 274 aa  73.9  0.000000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0260  periplasmic binding protein  24.83 
 
 		 321 aa  73.9  0.000000000003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.495398  normal  0.417174 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2784  periplasmic binding protein  25 
 
 		 303 aa  73.9  0.000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.151329 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1720  periplasmic binding protein  28.67 
 
 		 257 aa  73.9  0.000000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.740964  normal  0.935147 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5751  periplasmic binding protein  31.23 
 
 		 313 aa  73.9  0.000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.48327  hitchhiker  0.000000000101276 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0137  periplasmic binding protein  24.54 
 
 		 263 aa  73.6  0.000000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0229  periplasmic binding protein  27.05 
 
 		 293 aa  72.8  0.000000000007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2668  periplasmic binding protein  29.32 
 
 		 264 aa  71.6  0.00000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.812853 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1372  hypothetical protein  23.41 
 
 		 335 aa  71.2  0.00000000002  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.000217326 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0419  periplasmic binding protein  27.95 
 
 		 318 aa  71.2  0.00000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.892372 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2895  periplasmic binding protein  28.57 
 
 		 264 aa  70.9  0.00000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0859081 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>