210 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_0957 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008699  Noca_0957  periplasmic binding protein  100 
 
 
282 aa  548  1e-155  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  decreased coverage  0.00790982  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3164  periplasmic binding protein  47.92 
 
 
309 aa  224  1e-57  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3093  periplasmic binding protein  45.02 
 
 
297 aa  215  5e-55  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.712568 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2939  periplasmic binding protein  45.55 
 
 
297 aa  209  3e-53  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0108677  hitchhiker  0.00600632 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1767  putative periplasmic substrate-binding protein  47.72 
 
 
296 aa  208  7e-53  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.634386 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0241  periplasmic binding protein  39.37 
 
 
310 aa  199  3.9999999999999996e-50  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0976  periplasmic binding protein  34.15 
 
 
308 aa  198  7.999999999999999e-50  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.0429383 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0311  periplasmic binding protein  42.47 
 
 
304 aa  197  2.0000000000000003e-49  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0278  periplasmic binding protein  41.72 
 
 
296 aa  189  5e-47  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.10405  normal  0.0273457 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3494  periplasmic binding protein  38.62 
 
 
317 aa  186  5e-46  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4139  putative periplasmic substrate-binding protein  41.96 
 
 
318 aa  179  4.999999999999999e-44  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0990029 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1836  periplasmic binding protein  38.6 
 
 
297 aa  171  1e-41  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3425  putative iron transport system substrate-binding protein  34.92 
 
 
310 aa  170  2e-41  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1084  periplasmic binding protein  37.41 
 
 
316 aa  168  1e-40  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0139725  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2945  putative iron transport system substrate-binding protein  32.08 
 
 
308 aa  166  5.9999999999999996e-40  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0831  ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  36.46 
 
 
309 aa  166  5.9999999999999996e-40  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.3337 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3943  periplasmic binding protein  34.02 
 
 
309 aa  165  5.9999999999999996e-40  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00979003 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1533  hypothetical protein  33.02 
 
 
350 aa  162  7e-39  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0233  putative periplasmic substrate-binding protein  38.87 
 
 
283 aa  159  6e-38  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3141  substrate-binding protein of ABC transporter  34.23 
 
 
308 aa  149  6e-35  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1852  periplasmic binding protein  32.53 
 
 
309 aa  144  2e-33  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.416782  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0602  iron/cobalamin ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  36.3 
 
 
258 aa  115  1.0000000000000001e-24  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1317  periplasmic binding protein  31.38 
 
 
307 aa  103  4e-21  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011674  PHATRDRAFT_35058  predicted protein  28.62 
 
 
672 aa  100  4e-20  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1960  periplasmic binding protein  34.04 
 
 
255 aa  98.6  1e-19  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.137759  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18990  periplasmic binding protein  27.59 
 
 
318 aa  94.7  1e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1547  ligand binding protein  28.88 
 
 
363 aa  94.4  2e-18  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0601  periplasmic binding protein  31.27 
 
 
354 aa  94.4  2e-18  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.56983  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_588  ABC-type cobalamin/Fe3+ siderophore transport system, periplasmic component  28.33 
 
 
338 aa  94  2e-18  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000378985  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1148  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  29.97 
 
 
304 aa  92.4  7e-18  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.998455  normal  0.564215 
 
 
-
 
NC_009361  OSTLU_35596  ABC(binding protein) family transporter: iron compound  38.6 
 
 
207 aa  92  9e-18  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.076386 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0620  periplasmic binding protein  27.3 
 
 
337 aa  90.5  3e-17  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.0000000216594  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1304  periplasmic binding protein  27.78 
 
 
293 aa  89.7  5e-17  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.76346  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET0650  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport systems, periplasmic binding protein, putative  28.67 
 
 
338 aa  89  8e-17  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.000661971  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0684  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport system, periplasmic binding protein, putative  28.67 
 
 
338 aa  89  8e-17  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0151926  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1430  periplasmic binding protein  24.3 
 
 
300 aa  88.6  1e-16  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1934  periplasmic binding protein  24.48 
 
 
315 aa  86.7  4e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1421  periplasmic binding protein  26.69 
 
 
379 aa  85.9  8e-16  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1374  MoxR-like ATPases-like  27.15 
 
 
331 aa  84.7  0.000000000000002  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.896938  hitchhiker  0.000595014 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1119  periplasmic binding protein  30.58 
 
 
270 aa  80.9  0.00000000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00373301  normal  0.860622 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2853  periplasmic binding protein  31.98 
 
 
294 aa  81.3  0.00000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0726  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  28.18 
 
 
304 aa  80.5  0.00000000000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.19297  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0296  periplasmic binding protein  23.78 
 
 
315 aa  80.5  0.00000000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.143105  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1216  periplasmic binding protein  27.37 
 
 
312 aa  80.5  0.00000000000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0840  periplasmic binding protein  27.7 
 
 
304 aa  80.1  0.00000000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.62088  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1056  periplasmic binding protein  28.28 
 
 
341 aa  80.1  0.00000000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2468  periplasmic binding protein  28.77 
 
 
328 aa  78.2  0.0000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.208513  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0983  periplasmic binding protein  28.23 
 
 
351 aa  78.2  0.0000000000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.750238  normal  0.171605 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0025  periplasmic binding protein  27.3 
 
 
289 aa  77  0.0000000000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1523  periplasmic binding protein  26.83 
 
 
299 aa  76.6  0.0000000000004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.137922  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3024  periplasmic binding protein  27.53 
 
 
269 aa  76.6  0.0000000000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0416  periplasmic binding protein  27.49 
 
 
318 aa  75.5  0.000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2741  periplasmic binding protein  30.21 
 
 
296 aa  74.3  0.000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2060  periplasmic binding protein  29.12 
 
 
309 aa  73.9  0.000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.182535  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0995  periplasmic binding protein  27.72 
 
 
288 aa  73.2  0.000000000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4030  ABC transporter, periplasmic ligand binding protein  33.33 
 
 
288 aa  72  0.00000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0135159  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0848  periplasmic binding protein  27.04 
 
 
274 aa  72  0.00000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2869  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  25.69 
 
 
275 aa  72  0.00000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4146  periplasmic binding protein  33.33 
 
 
288 aa  71.6  0.00000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0746656  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0657  periplasmic binding protein  28.87 
 
 
245 aa  70.5  0.00000000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.713656  normal  0.916099 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3174  periplasmic binding protein  26.61 
 
 
274 aa  69.7  0.00000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1754  periplasmic binding protein  25.08 
 
 
318 aa  68.9  0.00000000009  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000128267  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1372  hypothetical protein  25.76 
 
 
335 aa  68.9  0.0000000001  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  hitchhiker  0.000217326 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2212  periplasmic binding protein  25.93 
 
 
318 aa  68.6  0.0000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2363  periplasmic binding protein  28.27 
 
 
289 aa  67.8  0.0000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2367  periplasmic binding protein  25.54 
 
 
322 aa  67.8  0.0000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0114  periplasmic binding protein  27.27 
 
 
271 aa  67.4  0.0000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0137  periplasmic binding protein  25.82 
 
 
263 aa  66.6  0.0000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2491  periplasmic binding protein  27.84 
 
 
261 aa  66.6  0.0000000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5271  periplasmic binding protein  30.8 
 
 
274 aa  67  0.0000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3272  periplasmic binding protein  26.18 
 
 
274 aa  66.6  0.0000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1112  periplasmic binding protein  26.53 
 
 
293 aa  66.6  0.0000000004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0895  periplasmic binding protein  27.35 
 
 
288 aa  66.2  0.0000000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0260  periplasmic binding protein  26.74 
 
 
321 aa  65.9  0.0000000007  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.495398  normal  0.417174 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4172  periplasmic binding protein  33.33 
 
 
288 aa  65.9  0.0000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0319081  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_68  cobalamin-binding protein  26.12 
 
 
517 aa  65.1  0.000000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1122  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  28.17 
 
 
287 aa  64.3  0.000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.583002  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3729  periplasmic binding protein  27.23 
 
 
294 aa  64.3  0.000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.234745  normal  0.0538393 
 
 
-
 
NC_002936  DET0250  iron ABC transporter, periplasmic iron-binding protein, putative  26.12 
 
 
356 aa  63.5  0.000000003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0491648  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0606  periplasmic binding protein  30.61 
 
 
303 aa  63.9  0.000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0090  periplasmic binding protein  25.71 
 
 
331 aa  63.2  0.000000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.479217  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0029  periplasmic binding protein  30.93 
 
 
287 aa  63.5  0.000000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0151  periplasmic binding protein  23.86 
 
 
336 aa  63.2  0.000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0138  periplasmic binding protein  28.95 
 
 
300 aa  62.8  0.000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1145  periplasmic binding protein  33.33 
 
 
258 aa  62.4  0.000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.676996  normal  0.936441 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2146  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system periplasmic component-like protein  28 
 
 
297 aa  62  0.000000009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.543136  normal  0.254057 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1133  periplasmic binding protein  27.19 
 
 
349 aa  62  0.00000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0719  periplasmic binding protein  26.46 
 
 
274 aa  61.2  0.00000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0266  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein, putative  22.41 
 
 
295 aa  60.5  0.00000003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4715  periplasmic binding protein  30.8 
 
 
264 aa  60.5  0.00000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1518  periplasmic binding protein  29.1 
 
 
315 aa  60.8  0.00000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5103  periplasmic binding protein  31.5 
 
 
316 aa  60.1  0.00000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3709  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  25.75 
 
 
254 aa  59.7  0.00000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2782  periplasmic binding protein  27.63 
 
 
300 aa  59.7  0.00000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.21111  normal  0.398408 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1492  periplasmic binding protein  29.89 
 
 
284 aa  59.3  0.00000007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.285572  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5562  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  31.5 
 
 
316 aa  57.8  0.0000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5019  ABC transporter substrate binding protein (iron)  26.83 
 
 
319 aa  57.8  0.0000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1449  periplasmic binding protein  33.15 
 
 
316 aa  57.8  0.0000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.301306  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2132  periplasmic binding protein  26.87 
 
 
299 aa  57  0.0000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00334395 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3249  periplasmic binding protein  25.08 
 
 
322 aa  56.6  0.0000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000036127  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>