147 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_4946 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_4946  citrate synthase  100 
 
 		 252 aa  508  1e-143  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.094047  normal  0.991862 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4677  citrate synthase  63.89 
 
 		 257 aa  305  5.0000000000000004e-82  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1194  citrate synthase  50.77 
 
 		 267 aa  233  2.0000000000000002e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3867  citrate synthase  41.39 
 
 		 259 aa  206  3e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4477  citrate synthase  40.5 
 
 		 250 aa  186  3e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_2022  citrate synthase  41.15 
 
 		 267 aa  175  8e-43  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.275146  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2009  citrate synthase  40.73 
 
 		 261 aa  173  2.9999999999999996e-42  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.884105 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5380  citrate synthase  40.42 
 
 		 261 aa  164  2.0000000000000002e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1313  citrate synthase  40.33 
 
 		 262 aa  159  3e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.65094  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4697  citrate synthase  39.38 
 
 		 259 aa  157  2e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.405969  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4823  citrate synthase  40.34 
 
 		 261 aa  154  2e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4268  citrate synthase  40.33 
 
 		 265 aa  151  8.999999999999999e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.245417  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0799  citrate synthase  40.6 
 
 		 261 aa  150  3e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0986  citrate synthase  40.79 
 
 		 259 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.879919 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6318  citrate synthase  34.39 
 
 		 249 aa  145  7.0000000000000006e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5653  citrate synthase  39.57 
 
 		 268 aa  144  1e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0675936  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0045  citrate synthase  36.84 
 
 		 286 aa  129  6e-29  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6294  citrate synthase  33.48 
 
 		 302 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1379  citrate synthase  30.84 
 
 		 257 aa  116  3.9999999999999997e-25  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1039  citrate synthase  33.79 
 
 		 255 aa  115  7.999999999999999e-25  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2128  citrate synthase  33.48 
 
 		 286 aa  115  1.0000000000000001e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4826  citrate synthase  31.72 
 
 		 271 aa  95.9  5e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.538489  normal  0.968705 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4013  citrate synthase  32.16 
 
 		 274 aa  94.7  1e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2728  citrate synthase  28.63 
 
 		 255 aa  87.4  2e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3119  citrate synthase  28.82 
 
 		 254 aa  84  0.000000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.199259  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4153  citrate synthase  29.74 
 
 		 284 aa  80.5  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.595412  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4041  citrate synthase  29.74 
 
 		 284 aa  80.5  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6289  citrate synthase  30.7 
 
 		 270 aa  80.1  0.00000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0980026  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8311  citrate synthase  31.42 
 
 		 277 aa  77.8  0.0000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.173148  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1832  Citrate synthase  29.96 
 
 		 289 aa  76.6  0.0000000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0399593  normal  0.514801 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4959  citrate synthase  25.97 
 
 		 282 aa  71.6  0.00000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4144  citrate synthase  25.1 
 
 		 284 aa  67.8  0.0000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00479182  normal  0.482128 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4159  citrate synthase  28.32 
 
 		 275 aa  67.8  0.0000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0447  Citrate synthase-like protein  24.55 
 
 		 240 aa  67.4  0.0000000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.00000621018  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1189  Citrate (Si)-synthase  26.51 
 
 		 395 aa  65.1  0.000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6150  Citrate (Si)-synthase  26.61 
 
 		 391 aa  57  0.0000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.153659 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0154  citrate synthase  28.95 
 
 		 374 aa  56.6  0.0000004  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.649155 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6135  citrate synthase-like protein  31.16 
 
 		 416 aa  55.8  0.0000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.822109  normal  0.0240059 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1523  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  27.43 
 
 		 379 aa  55.5  0.0000007  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.297697  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0704  hypothetical protein  31.28 
 
 		 383 aa  55.5  0.0000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0982036  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0520  citrate synthase-related protein  31.28 
 
 		 383 aa  55.5  0.0000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.455647  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0538  citrate synthase-related protein  31.28 
 
 		 383 aa  55.5  0.0000009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0221269  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3155  citrate synthase-related protein  31.28 
 
 		 383 aa  54.7  0.000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0125  citrate synthase-related protein  31.28 
 
 		 383 aa  54.7  0.000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1463  citrate synthase-related protein  31.28 
 
 		 383 aa  54.7  0.000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2891  citrate synthase-related protein  31.28 
 
 		 383 aa  54.7  0.000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3560  DNA binding domain protein, excisionase family  33.64 
 
 		 412 aa  53.9  0.000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0836216  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0856  citrate synthase  32.8 
 
 		 406 aa  53.9  0.000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1063  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  26.19 
 
 		 393 aa  53.9  0.000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4790  methylcitrate synthase  27.89 
 
 		 385 aa  53.1  0.000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.427382  normal  0.159071 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3747  Citrate synthase  31.72 
 
 		 454 aa  52.4  0.000007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.88792 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2276  citrate synthase  24.75 
 
 		 380 aa  51.2  0.00002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2420  Citrate synthase  26.79 
 
 		 481 aa  51.2  0.00002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1090  ATP-citrate lyase/succinyl-CoA ligase  23.65 
 
 		 610 aa  50.1  0.00003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2027  citrate synthase 2  28.44 
 
 		 362 aa  49.7  0.00004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1097  citrate synthase family protein  33.5 
 
 		 289 aa  49.7  0.00005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.383469  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0946  citrate synthase family protein  32.83 
 
 		 450 aa  49.7  0.00005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6702  citrate synthase  30.92 
 
 		 390 aa  49.3  0.00006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0848  Citrate (Si)-synthase  28.86 
 
 		 368 aa  49.3  0.00006  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0555  citrate synthase family protein  32.83 
 
 		 453 aa  49.3  0.00006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2135  citrate synthase family protein  32.83 
 
 		 453 aa  49.3  0.00006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3748  Citrate (Si)-synthase  27.15 
 
 		 388 aa  48.9  0.00007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2258  citrate synthase family protein  32.83 
 
 		 501 aa  49.3  0.00007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0511  citrate synthase 2  25.64 
 
 		 368 aa  48.9  0.00007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.043222  hitchhiker  0.0026302 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1099  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  21.84 
 
 		 387 aa  48.9  0.00007  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011676  PHATRDRAFT_54477  atp-citrate synthase  25.23 
 
 		 1082 aa  49.3  0.00007  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0247  citrate synthase 2  24.07 
 
 		 368 aa  48.9  0.00008  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.32184  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0942  citrate synthase family protein  32.83 
 
 		 450 aa  48.5  0.00009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0679891  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0715  citrate synthase  22.46 
 
 		 355 aa  48.1  0.0001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1526  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  25.23 
 
 		 390 aa  48.1  0.0001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.682888  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2105  citrate (Si)-synthase  22.54 
 
 		 397 aa  48.5  0.0001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.414267  normal  0.0115455 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1351  ATP-citrate lyase/succinyl-CoA ligase  24.88 
 
 		 610 aa  48.1  0.0001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3561  Citrate (Si)-synthase  26.29 
 
 		 387 aa  47.4  0.0002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.141515  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1726  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  24.24 
 
 		 380 aa  47.4  0.0002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0306  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  24.5 
 
 		 397 aa  47.4  0.0002  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  0.772555 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0834  Citrate (Si)-synthase  25 
 
 		 377 aa  47  0.0003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2234  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  23.73 
 
 		 409 aa  47.4  0.0003  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.709963 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0837  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  24.88 
 
 		 378 aa  46.6  0.0003  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.531649  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1729  Citrate (Si)-synthase  25.95 
 
 		 373 aa  46.6  0.0004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.120294  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6508  citrate synthase-like protein  29.96 
 
 		 414 aa  46.6  0.0004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0404  methylcitrate synthase  23.5 
 
 		 389 aa  46.6  0.0004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3911  citrate synthase I  26.7 
 
 		 427 aa  46.2  0.0005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3584  citrate synthase I  23.38 
 
 		 425 aa  45.8  0.0006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00887444 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0421  methylcitrate synthase  24.75 
 
 		 389 aa  45.8  0.0006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0258062 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0364  methylcitrate synthase  23 
 
 		 389 aa  45.8  0.0007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0409  methylcitrate synthase  24.75 
 
 		 389 aa  45.8  0.0007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000027346 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0463  methylcitrate synthase  24.75 
 
 		 389 aa  45.8  0.0007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.000165686  hitchhiker  0.000000131062 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0403  methylcitrate synthase  24.75 
 
 		 389 aa  45.8  0.0007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0401  methylcitrate synthase  24.75 
 
 		 389 aa  45.8  0.0007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.600733  hitchhiker  0.00000000076827 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0357  methylcitrate synthase  23 
 
 		 389 aa  45.4  0.0008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00287  2-methylcitrate synthase  23 
 
 		 389 aa  45.4  0.0009  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00291  hypothetical protein  23 
 
 		 389 aa  45.4  0.0009  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0398  methylcitrate synthase  23 
 
 		 389 aa  45.4  0.0009  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0520  citrate (Si)-synthase  26.87 
 
 		 368 aa  45.4  0.0009  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.341938  normal  0.0162418 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3273  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  23 
 
 		 389 aa  45.4  0.001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1016  Citrate (Si)-synthase  24.43 
 
 		 366 aa  45.1  0.001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.525155  hitchhiker  0.00235766 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0797  citrate lyase, subunit 2  23.74 
 
 		 610 aa  45.1  0.001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.769324  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1008  citrate synthase  27.17 
 
 		 429 aa  45.1  0.001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.115669  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0100  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  23.83 
 
 		 377 aa  44.7  0.001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1035  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  23.47 
 
 		 375 aa  45.1  0.001  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>