More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_2538 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007348  Reut_B4171  porin  88.12 
 
 		 381 aa  661    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.315389  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2538  porin  100 
 
 		 382 aa  773    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.47604 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4994  porin  82.98 
 
 		 381 aa  649    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.211824  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3860  putative outer membrane porin signal peptide protein  59.22 
 
 		 384 aa  471  1.0000000000000001e-131  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.087708  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2990  porin  49.12 
 
 		 387 aa  313  3.9999999999999997e-84  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0177619  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2735  porin Gram-negative type  45.54 
 
 		 392 aa  306  5.0000000000000004e-82  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.396659  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3100  porin Gram-negative type  45.54 
 
 		 392 aa  306  5.0000000000000004e-82  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4991  porin  45.91 
 
 		 393 aa  305  6e-82  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.156454  normal  0.214455 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3144  porin  50.76 
 
 		 362 aa  303  3.0000000000000004e-81  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2134  porin  46.85 
 
 		 387 aa  301  1e-80  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.543846  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5757  outer membrane porin  45.59 
 
 		 387 aa  300  4e-80  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3855  porin  43.94 
 
 		 388 aa  295  8e-79  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1733  porin  44.83 
 
 		 398 aa  293  5e-78  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0848216  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2855  putative outer membrane porin signal peptide protein  44.31 
 
 		 389 aa  290  2e-77  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3786  putative outer membrane porin  45.23 
 
 		 391 aa  288  1e-76  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1599  putative outer membrane porin signal peptide protein  45.73 
 
 		 386 aa  286  5e-76  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.102431  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5504  outer membrane porin  40.62 
 
 		 379 aa  278  1e-73  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5712  porin  44.62 
 
 		 378 aa  273  3e-72  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5288  outer membrane porin  43.24 
 
 		 386 aa  260  3e-68  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.13289 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4800  porin  43.49 
 
 		 367 aa  254  2.0000000000000002e-66  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0160312  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4547  outer membrane porin signal peptide protein  39.71 
 
 		 385 aa  216  5e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000157102  normal  0.308815 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1722  outer membrane protein (porin)  36.08 
 
 		 357 aa  211  2e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0914033  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4239  outer membrane porin  36.46 
 
 		 377 aa  192  6e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.983201  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5216  porin  38.66 
 
 		 354 aa  189  8e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1756  porin Gram-negative type  37.91 
 
 		 355 aa  187  4e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.448713 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4344  porin  36.34 
 
 		 371 aa  186  4e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5974  porin OmpC  37.91 
 
 		 355 aa  187  4e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0182107  normal  0.0474626 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6127  porin  38.17 
 
 		 355 aa  181  2e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000616948  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5118  outer membrane porin  37.44 
 
 		 355 aa  181  2.9999999999999997e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2917  outer membrane porin  33.94 
 
 		 359 aa  179  1e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1274  porin  33.94 
 
 		 359 aa  179  1e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.688217  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3410  porin Gram-negative type  37.19 
 
 		 386 aa  173  3.9999999999999995e-42  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.670382 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3097  porin  36.03 
 
 		 402 aa  173  5.999999999999999e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3064  porin Gram-negative type  37.19 
 
 		 386 aa  172  5.999999999999999e-42  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5999  porin  35.28 
 
 		 352 aa  172  9e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.565883  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3210  porin Gram-negative type  37.59 
 
 		 368 aa  171  2e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1952  putative outer membrane porin  33.94 
 
 		 359 aa  171  2e-41  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.832177  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1256  putative outer membrane porin  33.94 
 
 		 359 aa  171  2e-41  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0969  putative outer membrane porin  33.94 
 
 		 359 aa  171  2e-41  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.449227  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2230  putative outer membrane porin  33.94 
 
 		 359 aa  171  2e-41  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.856101  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6305  porin  34.7 
 
 		 356 aa  171  3e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4230  outer membrane porin  36.98 
 
 		 379 aa  170  5e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000540205  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3234  porin  35.89 
 
 		 401 aa  169  7e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1639  porin  35.16 
 
 		 367 aa  169  7e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0946277  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3041  outer membrane porin  34.17 
 
 		 359 aa  169  8e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5721  outer membrane porin  34.11 
 
 		 352 aa  169  1e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5137  porin  35.09 
 
 		 368 aa  167  2e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4834  putative outer membrane pore protein (gram-negative type)  35.03 
 
 		 353 aa  168  2e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000215004  normal  0.0137442 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2236  porin  33.68 
 
 		 359 aa  166  4e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4221  outer membrane porin  33.25 
 
 		 362 aa  166  5e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2059  porin Gram-negative type  34.07 
 
 		 351 aa  166  5e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.806422 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1628  porin  34.5 
 
 		 354 aa  166  6.9999999999999995e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3091  outer membrane porin signal peptide protein  32.85 
 
 		 376 aa  165  1.0000000000000001e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.314497  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6618  porin Gram-negative type  35.28 
 
 		 350 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4876  porin  33.17 
 
 		 383 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5468  porin  33.17 
 
 		 383 aa  162  6e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00161783  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5394  porin  33.17 
 
 		 383 aa  162  6e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00342687 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6252  porin  31.73 
 
 		 353 aa  162  1e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1041  OmpC family outer membrane porin  33.84 
 
 		 358 aa  160  3e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.000439487  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6031  porin  33.41 
 
 		 383 aa  160  3e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00960697  normal  0.0888656 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1084  porin transmembrane protein  36.9 
 
 		 364 aa  159  6e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00229533  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6771  porin Gram-negative type  34.76 
 
 		 379 aa  159  8e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0165431  normal  0.243338 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3372  porin Gram-negative type  33.17 
 
 		 376 aa  159  1e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2933  putative porin signal peptide protein  35.82 
 
 		 379 aa  157  3e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4702  porin  31.68 
 
 		 383 aa  155  8e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.218408  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2863  porin Gram-negative type  35.71 
 
 		 374 aa  155  2e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.180964 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3025  porin Gram-negative type  32.68 
 
 		 376 aa  153  5e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3709  porin Gram-negative type  32.66 
 
 		 383 aa  153  5e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0741295  hitchhiker  0.00542912 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0260  porin  34.34 
 
 		 378 aa  153  5e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6332  porin  36.78 
 
 		 365 aa  152  1e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00191281  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2100  porin  35.83 
 
 		 367 aa  151  1e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5679  porin Gram-negative type  34.09 
 
 		 361 aa  152  1e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.841044 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3345  outer membrane porin, putative  34.09 
 
 		 377 aa  150  3e-35  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2079  porin  34.09 
 
 		 377 aa  150  3e-35  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0484  outer membrane porin protein precursor  34.09 
 
 		 377 aa  150  3e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3333  porin  34.09 
 
 		 377 aa  150  3e-35  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0302  outer membrane porin  34.09 
 
 		 377 aa  150  3e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0289  outer membrane porin  34.09 
 
 		 377 aa  150  3e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3014  porin  34.09 
 
 		 377 aa  150  3e-35  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3905  porin  33.67 
 
 		 413 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4500  outer membrane protein, (porin)  33.17 
 
 		 386 aa  147  4.0000000000000006e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.048827  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1266  porin  32.92 
 
 		 386 aa  146  5e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.162269 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1240  porin  32.92 
 
 		 386 aa  146  6e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.382217  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2607  OmpC family outer membrane porin  34.01 
 
 		 363 aa  146  6e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.782547  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2365  porin  31.34 
 
 		 379 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.130283  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1072  outer membrane porin  31.34 
 
 		 379 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.645195  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0633  putative outer membrane porin  31.02 
 
 		 379 aa  145  1e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1796  putative outer membrane porin  31.02 
 
 		 379 aa  145  1e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0933184  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0832  putative outer membrane porin  31.02 
 
 		 379 aa  145  1e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1357  porin  33.17 
 
 		 386 aa  145  1e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0495362  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0875  porin  33.17 
 
 		 386 aa  145  1e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1131  porin  33.84 
 
 		 363 aa  144  2e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0109  putative outer membrane porin  33.84 
 
 		 363 aa  144  2e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0061  porin  32.93 
 
 		 363 aa  144  2e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0431794  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1728  porin  34.86 
 
 		 363 aa  144  2e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1338  porin  32.92 
 
 		 386 aa  144  2e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.490298  normal  0.0334295 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1505  putative outer membrane porin  33.84 
 
 		 363 aa  144  2e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0794813  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2273  outer membrane porin protein  33.59 
 
 		 449 aa  144  3e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1032  outer membrane porin  33.84 
 
 		 363 aa  144  3e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0947  outer membrane porin  33.84 
 
 		 363 aa  144  3e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.651765  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>