More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_4161 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_4161  IclR family transcriptional regulator  100 
 
 		 247 aa  496  1e-139  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1041  IclR family transcriptional regulator  66.12 
 
 		 258 aa  314  9.999999999999999e-85  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0399426 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0160  transcriptional regulator, IclR family  58.8 
 
 		 244 aa  265  5e-70  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.631102  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2392  transcriptional regulator, IclR family  60.94 
 
 		 256 aa  265  7e-70  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2799  transcriptional regulator, IclR family  60.17 
 
 		 256 aa  264  8e-70  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1595  IclR family transcriptional regulator  58.2 
 
 		 264 aa  258  5.0000000000000005e-68  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2051  IclR family transcriptional regulator  53.72 
 
 		 249 aa  240  1e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0630504  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4409  transcriptional regulator, IclR family  53.09 
 
 		 249 aa  235  5.0000000000000005e-61  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1955  putative transcriptional regulator  44.35 
 
 		 242 aa  176  2e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.539187  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23190  putative transcriptional regulator  42.26 
 
 		 242 aa  169  6e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00144138 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0105  putative transcriptional regulator  34.35 
 
 		 244 aa  126  4.0000000000000003e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05447  hypothetical protein  34.91 
 
 		 244 aa  120  1.9999999999999998e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001509  transcriptional regulator  33.91 
 
 		 244 aa  117  9.999999999999999e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1950  IclR family transcriptional regulator  28.31 
 
 		 249 aa  96.7  3e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.400846  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0967  IclR family transcriptional regulator  28.31 
 
 		 249 aa  96.7  3e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.225684  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2228  IclR family transcriptional regulator  28.31 
 
 		 249 aa  96.7  3e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.713006  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1253  IclR family transcriptional regulator  28.31 
 
 		 249 aa  96.7  3e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2914  IclR family transcriptional regulator  28.31 
 
 		 249 aa  96.7  3e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1272  IclR family transcriptional regulator  28.31 
 
 		 249 aa  96.3  4e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3039  IclR family transcriptional regulator  28.31 
 
 		 249 aa  96.3  4e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2234  IclR family transcriptional regulator  27.4 
 
 		 249 aa  92.8  5e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1156  transcriptional regulator, IclR family  30.26 
 
 		 256 aa  90.9  2e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0417534  hitchhiker  0.00000481305 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3795  IclR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 247 aa  90.1  3e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00433741 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0314  transcriptional regulator IclR-like protein  28.02 
 
 		 269 aa  88.2  1e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.196437  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0417  IclR family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 268 aa  87  2e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.116242 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2324  regulatory protein IclR  25.74 
 
 		 250 aa  85.9  6e-16  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000000642248  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0681  regulatory proteins, IclR  31.08 
 
 		 256 aa  85.5  7e-16  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0283  IclR family transcriptional regulator  28.44 
 
 		 257 aa  84.3  0.000000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1550  IclR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 276 aa  84.3  0.000000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3441  regulatory proteins, IclR  29.68 
 
 		 260 aa  84  0.000000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0375  IclR family transcriptional regulator  26.98 
 
 		 254 aa  83.6  0.000000000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.665673 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3031  regulatory protein, IclR  27.75 
 
 		 276 aa  83.2  0.000000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4884  transcriptional regulator, IclR family  29.66 
 
 		 260 aa  82.8  0.000000000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.574165  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0202  regulatory proteins, IclR  27.71 
 
 		 276 aa  82.8  0.000000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1072  IclR family transcriptional regulator  28.38 
 
 		 256 aa  82.8  0.000000000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0478344  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1720  IclR family transcriptional regulator  26.03 
 
 		 249 aa  82.8  0.000000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.725475  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0501  transcriptional regulator, IclR family  28.31 
 
 		 254 aa  82.8  0.000000000000005  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1780  IclR family transcriptional regulator  28.79 
 
 		 272 aa  82.4  0.000000000000007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4012  transcriptional regulator, IclR family  30 
 
 		 254 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6906  IclR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 264 aa  81.3  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.162528  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2373  transcriptional regulator, IclR family  24.78 
 
 		 261 aa  81.3  0.00000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0886  transcriptional regulator  28.1 
 
 		 280 aa  80.9  0.00000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.574379  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1018  transcriptional regulator, IclR family  26.18 
 
 		 257 aa  80.5  0.00000000000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.142974  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0741  IclR family transcriptional regulator  27.15 
 
 		 255 aa  80.9  0.00000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000156602  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3331  IclR family transcriptional regulator  28.31 
 
 		 284 aa  80.9  0.00000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.181508  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2617  IclR family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 276 aa  80.5  0.00000000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2164  transcriptional regulator, IclR family  31 
 
 		 277 aa  79.7  0.00000000000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.851841  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3033  IclR family transcriptional regulator  26.36 
 
 		 249 aa  79  0.00000000000007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.000000000487376  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0497  IclR family transcriptional regulator  28.05 
 
 		 255 aa  78.2  0.0000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1826  IclR family transcriptional regulator  28.05 
 
 		 255 aa  78.2  0.0000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3031  transcriptional regulator, IclR family  26.82 
 
 		 249 aa  77.8  0.0000000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000276549  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0399  IclR family transcriptional regulator  28.05 
 
 		 255 aa  78.2  0.0000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.425473  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2785  IclR family transcriptional regulator  26.82 
 
 		 249 aa  77.4  0.0000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000000253598  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2997  IclR family transcriptional regulator  26.82 
 
 		 249 aa  77.4  0.0000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.00000000000512601  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2906  transcriptional regulator, IclR family  24.56 
 
 		 254 aa  77.4  0.0000000000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2715  IclR family transcriptional regulator  26.36 
 
 		 249 aa  76.6  0.0000000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000000240532  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2995  transcriptional regulator, IclR family  26.36 
 
 		 249 aa  76.6  0.0000000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.71341e-17 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0340  IclR family transcriptional regulator  26.29 
 
 		 272 aa  76.6  0.0000000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.151352  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4433  regulatory proteins, IclR  26.91 
 
 		 254 aa  77  0.0000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.343959  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1477  IclR family transcriptional regulator  26.82 
 
 		 255 aa  76.3  0.0000000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0813  IclR family transcriptional regulator  26.82 
 
 		 255 aa  76.3  0.0000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2130  IclR family transcriptional regulator  26.82 
 
 		 255 aa  76.3  0.0000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.671477  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2734  IclR family transcriptional regulator  26.36 
 
 		 249 aa  76.3  0.0000000000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  7.16584e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2997  transcriptional regulator, IclR family  26.36 
 
 		 249 aa  75.9  0.0000000000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000293237  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1418  regulatory protein, IclR  27.27 
 
 		 254 aa  75.9  0.0000000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000240863  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0099  transcriptional regulator, IclR family  25.75 
 
 		 262 aa  75.5  0.0000000000008  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1911  transcriptional regulator, IclR family  22.12 
 
 		 256 aa  75.5  0.0000000000008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4054  transcriptional regulator, IclR family  28.51 
 
 		 233 aa  74.7  0.000000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3326  transcriptional regulator, IclR family  28.7 
 
 		 255 aa  75.1  0.000000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.021393  hitchhiker  0.00795692 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5598  Transcriptional regulator  28.35 
 
 		 246 aa  74.7  0.000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0201808  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2248  transcriptional regulator, IclR family  25.91 
 
 		 249 aa  73.9  0.000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000546627  hitchhiker  0.000278056 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2968  IclR family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 243 aa  74.3  0.000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.980752  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4307  transcriptional regulator IclR  25.88 
 
 		 273 aa  74.3  0.000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0456166 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4689  transcriptional regulator, IclR family  28.63 
 
 		 254 aa  73.6  0.000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4039  transcriptional regulator, IclR family  28.77 
 
 		 264 aa  72.8  0.000000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.520652  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0615  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  27.6 
 
 		 261 aa  72.8  0.000000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4281  IclR family transcriptional regulator  29.34 
 
 		 266 aa  72.8  0.000000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4151  transcriptional regulator, IclR family  28.77 
 
 		 264 aa  72.8  0.000000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.697972  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4432  IclR family transcriptional regulator family  33.03 
 
 		 334 aa  72.4  0.000000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.199706 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0457  transcriptional regulator IclR  27.31 
 
 		 295 aa  72.4  0.000000000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0779  transcriptional regulator IclR  25.69 
 
 		 278 aa  72  0.000000000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6634  IclR family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 283 aa  72  0.000000000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0992864  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0813  transcriptional regulator, IclR family  25.21 
 
 		 249 aa  71.6  0.00000000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.225314  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1178  IclR family transcriptional regulator  26.55 
 
 		 262 aa  71.2  0.00000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00493645  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4515  IclR family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 242 aa  71.2  0.00000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.390313  normal  0.426328 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2527  transcriptional regulator, IclR family  27.31 
 
 		 265 aa  71.6  0.00000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00648168  normal  0.235147 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2240  regulatory protein, IclR  30.77 
 
 		 262 aa  71.2  0.00000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0443  transcriptional regulator, TrmB  25.1 
 
 		 254 aa  71.6  0.00000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.915404  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5810  IclR family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 286 aa  70.9  0.00000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2238  transcriptional regulator, IclR family  23.04 
 
 		 251 aa  70.5  0.00000000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.399676  normal  0.216558 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4142  putative IclR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 258 aa  70.9  0.00000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0000218071  normal  0.711685 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2698  IclR family transcriptional regulator  25.96 
 
 		 280 aa  70.9  0.00000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.505501  normal  0.569064 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1624  transcriptional regulator, IclR family  28.03 
 
 		 275 aa  71.2  0.00000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4386  transcriptional regulator, IclR family  26.64 
 
 		 257 aa  70.9  0.00000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  4.7103e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2872  transcriptional regulator, IclR family  25.22 
 
 		 255 aa  70.9  0.00000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4762  transcriptional regulator, IclR family  29.85 
 
 		 248 aa  70.1  0.00000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1180  IclR family transcriptional regulator  26.46 
 
 		 267 aa  69.7  0.00000000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.000000000000286827  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2721  IclR family transcriptional regulator  24.35 
 
 		 247 aa  69.7  0.00000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.276601 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1941  IclR family transcriptional regulator  27.62 
 
 		 280 aa  69.7  0.00000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000383079  normal  0.111548 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4280  regulatory proteins, IclR  26.73 
 
 		 254 aa  69.7  0.00000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0373374  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>