190 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3970 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_3970  hypothetical protein  100 
 
 		 383 aa  758    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3385  ABC-2 type transporter  56.14 
 
 		 385 aa  376  1e-103  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0864007  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2372  hypothetical protein  38.89 
 
 		 410 aa  200  3e-50  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.114721  normal  0.587335 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2108  ABC-2 type transporter  30.25 
 
 		 386 aa  191  2e-47  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1095  ABC-2 type transporter  26.54 
 
 		 427 aa  155  8e-37  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0131  ABC-2 type transporter  29.12 
 
 		 418 aa  147  3e-34  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0390339  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6846  ABC-2 type transporter  27.8 
 
 		 430 aa  137  2e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0386  ABC transporter, permease component  24.59 
 
 		 428 aa  132  1.0000000000000001e-29  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.246762  normal  0.946245 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5801  ABC-2 type transporter  27.88 
 
 		 425 aa  129  7.000000000000001e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.552117  normal  0.846192 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0811  ABC-2 type transporter  24.2 
 
 		 377 aa  87  5e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_4114  ABC-2 type transporter  26.85 
 
 		 437 aa  85.9  0.000000000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1889  ABC-2 type transporter  27.35 
 
 		 413 aa  82  0.00000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.387622  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3063  ABC multidrug efflux pump, inner membrane subunit  22.55 
 
 		 431 aa  80.1  0.00000000000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.576257  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2479  ABC-2 type transporter  21.9 
 
 		 376 aa  75.9  0.000000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.664004  normal  0.270232 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1890  ABC-2 type transporter  24.1 
 
 		 414 aa  75.1  0.000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.394039  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3587  ABC transporter, permease protein, putative  25.81 
 
 		 375 aa  73.9  0.000000000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1766  ABC-2 type transporter  22.51 
 
 		 370 aa  69.7  0.00000000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.174884  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0217  ABC-2 type transporter  19.35 
 
 		 380 aa  69.7  0.00000000008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.623242  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1106  ABC-2 type transporter  19.85 
 
 		 379 aa  69.3  0.0000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.762924 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1707  ABC transporter, permease protein, putative  24.62 
 
 		 373 aa  68.6  0.0000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0585  ABC-2 type transporter  22.7 
 
 		 371 aa  68.6  0.0000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000556211 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4363  ABC-2 type transporter  23.98 
 
 		 367 aa  67.8  0.0000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2367  hypothetical protein  25.57 
 
 		 370 aa  67  0.0000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.175245  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0698  hypothetical protein  21.32 
 
 		 374 aa  65.9  0.000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1781  ABC transporter, inner membrane subunit  24.81 
 
 		 365 aa  65.5  0.000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2449  ABC-type multidrug transport system permease component  23.86 
 
 		 369 aa  65.9  0.000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1422  ABC-2 type transporter  25.06 
 
 		 373 aa  66.2  0.000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0216  ABC-2 type transporter  21.82 
 
 		 398 aa  65.1  0.000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.316621  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2358  ABC-2 type transporter  22.38 
 
 		 376 aa  65.1  0.000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.072295 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2748  ABC-2 type transporter  24.75 
 
 		 373 aa  64.7  0.000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0495  ABC-2 type transporter  19.62 
 
 		 365 aa  64.7  0.000000003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2640  ABC-2 type transporter  24.75 
 
 		 373 aa  64.3  0.000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2573  ABC-2 type transporter  24.75 
 
 		 373 aa  63.2  0.000000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1551  ABC-2 type transporter  23.92 
 
 		 373 aa  63.2  0.000000009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2831  ABC-2 type transporter  23.92 
 
 		 373 aa  62.8  0.00000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.335891  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1524  ABC-2 type transporter  23.92 
 
 		 373 aa  62.4  0.00000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1515  ABC-2 type transporter  23.92 
 
 		 373 aa  62.8  0.00000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5132  ABC-2 type transporter  28.01 
 
 		 358 aa  62.4  0.00000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.033585  normal  0.150856 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1790  ABC-2 transporter component  25.13 
 
 		 371 aa  61.6  0.00000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.10213  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3377  ABC-2 type transporter  28.57 
 
 		 440 aa  61.2  0.00000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.163163 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1248  ABC transporter, permease protein  21.91 
 
 		 382 aa  60.8  0.00000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_29660  ABC-type multidrug transport system, permease component  22.68 
 
 		 382 aa  60.5  0.00000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0348  multidrug ABC transporter permease component  22.08 
 
 		 384 aa  60.5  0.00000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0910  ABC transporter permease  24.23 
 
 		 368 aa  60.5  0.00000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.881818  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1063  ABC-2 type transporter  23.19 
 
 		 381 aa  60.1  0.00000006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0963  ABC-2 type transporter permease  24.23 
 
 		 368 aa  59.3  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0850  ABC-2 type transporter, permease protein  24.23 
 
 		 368 aa  59.3  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3539  ABC-2 type transporter  22.05 
 
 		 369 aa  58.9  0.0000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0942  ABC-2 type transporter, permease  24.23 
 
 		 368 aa  59.3  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0820172  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0878  ABC-2 type transporter, permease protein  24.23 
 
 		 368 aa  59.3  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4201  ABC-2 type transporter  24.32 
 
 		 381 aa  59.3  0.0000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00759  predicted transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  25 
 
 		 368 aa  58.9  0.0000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2850  ABC-2 type transporter  25 
 
 		 368 aa  58.9  0.0000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.146675  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_29670  ABC-type multidrug transport system, permease component  25.79 
 
 		 396 aa  58.5  0.0000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.347708  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2561  ABC-2 type transporter, permease protein  25 
 
 		 368 aa  58.9  0.0000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0814  ABC-2 type transporter, permease protein  25 
 
 		 368 aa  58.9  0.0000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.547864  normal  0.91145 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0718  hypothetical protein  20.52 
 
 		 356 aa  58.2  0.0000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0720  hypothetical protein  21.16 
 
 		 378 aa  58.2  0.0000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00776  hypothetical protein  25 
 
 		 368 aa  58.9  0.0000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3460  hypothetical protein  22.37 
 
 		 373 aa  58.5  0.0000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001402  ABC-type multidrug transport system permease component  21.99 
 
 		 366 aa  58.5  0.0000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0939  ABC-2 type transporter, permease protein  25 
 
 		 368 aa  58.9  0.0000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1589  ABC-2 type transporter  22.03 
 
 		 369 aa  58.5  0.0000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.548124  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1283  ABC-2 type transporter  22.9 
 
 		 368 aa  58.2  0.0000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2851  ABC-2 type transporter  25 
 
 		 368 aa  58.9  0.0000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00579888 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0846  ABC-2 type transporter, permease protein  25 
 
 		 368 aa  58.9  0.0000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0856  ABC-2 type transporter, permease protein  25 
 
 		 368 aa  58.9  0.0000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1295  ABC transporter permease protein  22.9 
 
 		 376 aa  57.8  0.0000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0481069  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0519  ABC transporter, permease protein, putative  19.14 
 
 		 365 aa  57.4  0.0000004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.180275  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_10200  ABC-type multidrug transport system, permease component  26.5 
 
 		 257 aa  57.4  0.0000004  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0158104  normal  0.0492855 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5303  putative ABC transporter (fused ATP-binding and permease components)  23.33 
 
 		 385 aa  57.4  0.0000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0664808 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06359  hypothetical protein  28.25 
 
 		 366 aa  57.4  0.0000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0165  hypothetical protein  22.42 
 
 		 381 aa  57  0.0000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0147217  normal  0.470058 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4575  ABC multidrug efflux pump, inner membrane subunit  19.33 
 
 		 370 aa  57  0.0000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.745541  normal  0.326628 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0739  hypothetical protein  21.16 
 
 		 378 aa  57  0.0000006  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1899  hypothetical protein  22.7 
 
 		 379 aa  57  0.0000006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0132  ABC-2 type transporter  26.78 
 
 		 370 aa  57  0.0000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.223413  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1603  ABC transporter, permease protein, putative  25 
 
 		 378 aa  56.6  0.0000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0810  ABC-2 type transporter  20.66 
 
 		 366 aa  56.6  0.0000007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0698  putative transmembrane protein  24.27 
 
 		 376 aa  56.2  0.0000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1512  ABC-2 type transporter  20.85 
 
 		 369 aa  56.2  0.0000009  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.179387  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0404  ABC transporter, permease protein  24.49 
 
 		 377 aa  56.2  0.0000009  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4310  ABC-2 type transporter  24.17 
 
 		 390 aa  55.8  0.000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2808  ABC-2 type transporter  21.23 
 
 		 380 aa  55.1  0.000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.514512 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0425  ABC-2 type transporter  22.92 
 
 		 366 aa  55.1  0.000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0458  ABC-2 type transporter  24.23 
 
 		 378 aa  55.1  0.000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0334022  normal  0.108602 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1326  ABC-2 type transporter  24.1 
 
 		 368 aa  54.7  0.000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1265  ABC-type multidrug transport system, permease component  27.68 
 
 		 365 aa  54.7  0.000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000431089  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2816  putative ABC transporter, permease protein  25.15 
 
 		 339 aa  54.3  0.000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000326896 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1781  ABC-2 type transporter  23.83 
 
 		 381 aa  53.9  0.000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.290069  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1107  ABC-2 type transporter  21.55 
 
 		 368 aa  53.9  0.000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.502812 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_460  ABC-type transport system, permease component  18.87 
 
 		 365 aa  53.5  0.000006  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.185192  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2365  ABC transporter permease  24.55 
 
 		 339 aa  52.8  0.000009  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4162  ABC-2 type transporter  23 
 
 		 384 aa  53.1  0.000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.80712  normal  0.28462 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2542  ABC transporter permease  24.55 
 
 		 339 aa  52.8  0.000009  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0216  ABC-2 type transporter  25.62 
 
 		 257 aa  52.4  0.00001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.692272 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3040  hypothetical protein  23.85 
 
 		 371 aa  52.8  0.00001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4327  ABC-2 type transporter  22.47 
 
 		 378 aa  52.8  0.00001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8101  ABC-2 type transporter  24.3 
 
 		 368 aa  52.4  0.00001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1660  ABC-2 type transporter  18.89 
 
 		 381 aa  51.6  0.00002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.102355  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>