More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Reut_B4144 on replicon NC_007348
Organism: Ralstonia eutropha JMP134



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007348  Reut_B4144  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 307 aa  606  9.999999999999999e-173  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4035  transcriptional regulator, LysR family  67.55 
 
 		 305 aa  402  1e-111  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.176512  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3921  transcriptional regulator, LysR family  67.55 
 
 		 305 aa  402  1e-111  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2826  LysR family transcriptional regulator  71.24 
 
 		 302 aa  395  1e-109  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.123766 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3825  LysR family transcriptional regulator  52.82 
 
 		 306 aa  337  1.9999999999999998e-91  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.363475 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4735  LysR family transcriptional regulator  52.13 
 
 		 305 aa  313  1.9999999999999998e-84  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.52327  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1817  LysR family transcriptional regulator  51.85 
 
 		 310 aa  303  2.0000000000000002e-81  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.330978  hitchhiker  0.00360584 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0178  LysR family transcriptional regulator  51.16 
 
 		 303 aa  296  3e-79  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.758946 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2577  transcriptional regulator, LysR family  48.48 
 
 		 297 aa  282  5.000000000000001e-75  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.216536  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2268  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  48.82 
 
 		 302 aa  281  9e-75  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.170931  normal  0.112201 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0711  transcriptional regulator, LysR family  47.99 
 
 		 304 aa  273  2.0000000000000002e-72  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0778  LysR family transcriptional regulator  50.34 
 
 		 306 aa  270  2.9999999999999997e-71  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1656  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  50.34 
 
 		 321 aa  266  2.9999999999999995e-70  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.227102  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1765  transcriptional regulator, LysR family  47.14 
 
 		 320 aa  261  1e-68  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.348978  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1507  LysR family transcriptional regulator  47.3 
 
 		 317 aa  258  8e-68  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1487  LysR family transcriptional regulator  46.96 
 
 		 317 aa  256  4e-67  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.235813  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1646  LysR family transcriptional regulator  46.28 
 
 		 317 aa  255  7e-67  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3652  transcriptional regulator, LysR family  47.74 
 
 		 301 aa  253  2.0000000000000002e-66  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0887356  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3236  transcriptional regulator, LysR family  45.36 
 
 		 307 aa  252  5.000000000000001e-66  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1158  LysR family transcriptional regulator  46.39 
 
 		 301 aa  251  1e-65  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4729  LysR family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 317 aa  248  1e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.417319  normal  0.651457 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1568  LysR family transcriptional regulator  45.27 
 
 		 317 aa  248  1e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.841213  normal  0.890695 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4382  LysR family transcriptional regulator  45.58 
 
 		 300 aa  247  2e-64  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1111  LysR family transcriptional regulator  44.93 
 
 		 317 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1591  LysR family transcriptional regulator  44.93 
 
 		 324 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0175342  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5122  transcriptional regulator, LysR family  44.25 
 
 		 298 aa  243  1.9999999999999999e-63  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2975  LysR family transcriptional regulator  46.69 
 
 		 297 aa  243  3e-63  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.819316  normal  0.0269268 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1720  LysR family transcriptional regulator  42.91 
 
 		 304 aa  236  3e-61  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.501523 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1264  LysR family transcriptional regulator  38.13 
 
 		 317 aa  202  5e-51  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1340  LysR family transcriptional regulator  38.13 
 
 		 317 aa  202  7e-51  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.875316  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1674  transcriptional regulator, LysR family  39.93 
 
 		 312 aa  201  9.999999999999999e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.247325  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2518  LysR family regulatory protein  37.79 
 
 		 311 aa  199  5e-50  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3122  LysR family transcriptional regulator  39.16 
 
 		 315 aa  197  2.0000000000000003e-49  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2216  transcriptional regulator, LysR family  36.61 
 
 		 311 aa  194  1e-48  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3118  transcriptional regulator, LysR family  35.4 
 
 		 313 aa  193  3e-48  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.752623  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2928  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 309 aa  193  3e-48  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4153  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 299 aa  191  1e-47  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3501  transcriptional regulator, LysR family  34.58 
 
 		 310 aa  190  2e-47  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.7374  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2528  transcriptional regulator, LysR family  34.71 
 
 		 310 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3624  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 310 aa  180  2.9999999999999997e-44  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4825  LysR family transcriptional regulator  36.58 
 
 		 303 aa  159  6e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.861271  normal  0.185461 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4202  transcriptional regulator, LysR family  33 
 
 		 302 aa  153  4e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1272  LysR family transcriptional regulator  32.96 
 
 		 295 aa  152  8e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4492  transcriptional regulator, LysR family  34.74 
 
 		 306 aa  146  3e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.957194 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1092  transcriptional regulator, LysR family  35.98 
 
 		 301 aa  145  8.000000000000001e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0509948  normal  0.0429857 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2041  transcriptional regulator, LysR family  35.98 
 
 		 301 aa  144  1e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.416222 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5640  transcriptional regulator LysR family  35.04 
 
 		 300 aa  144  2e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.203557  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1722  LysR substrate-binding  35.61 
 
 		 301 aa  143  4e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0793479  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3526  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.02 
 
 		 301 aa  142  9e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.33739  normal  0.82105 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1293  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 320 aa  140  1.9999999999999998e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00171024  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1879  transcriptional regulator, LysR family  37.71 
 
 		 283 aa  139  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0397318  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3548  transcriptional regulator LysR family  36.33 
 
 		 318 aa  139  7.999999999999999e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.280114  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2416  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  28.77 
 
 		 297 aa  138  1e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.0000387203  decreased coverage  0.000000509864 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1590  LysR family transcriptional regulator  31.95 
 
 		 302 aa  135  9.999999999999999e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4570  LysR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 298 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1338  putative transcriptional regulator  32.86 
 
 		 311 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15210  LysR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 311 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.017601  hitchhiker  0.00000000286911 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1679  transcriptional regulator, LysR family  31.33 
 
 		 316 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.409194  normal  0.896834 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3187  LysR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 307 aa  133  3e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0761  transcriptional regulator, LysR family  34.9 
 
 		 316 aa  132  6e-30  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.211674  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6370  LysR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 309 aa  131  1.0000000000000001e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4662  transcriptional regulator, LysR family  34.12 
 
 		 329 aa  131  1.0000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0907  transcriptional regulator, LysR family  35.68 
 
 		 302 aa  132  1.0000000000000001e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5280  LysR family transcriptional regulator  30.64 
 
 		 318 aa  130  3e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5126  LysR family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 319 aa  129  5.0000000000000004e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.255501  normal  0.155944 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3756  LysR family transcriptional regulator  27.31 
 
 		 301 aa  129  5.0000000000000004e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.231956  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5289  LysR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 302 aa  128  1.0000000000000001e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.127771  normal  0.048203 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0513  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 302 aa  128  1.0000000000000001e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.810346  normal  0.24806 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4986  LysR family transcriptional regulator  30.31 
 
 		 304 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.910518 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1259  transcriptional regulator, LysR family  31.74 
 
 		 300 aa  127  3e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3105  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 304 aa  127  3e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1328  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 304 aa  127  3e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2980  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 304 aa  127  3e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.562875  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5630  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 302 aa  127  3e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0341867 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5847  LysR family transcriptional regulator  28.27 
 
 		 302 aa  126  5e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.632072  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3501  LysR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 304 aa  125  8.000000000000001e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.829127  normal  0.0458146 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1472  LysR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 300 aa  125  8.000000000000001e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.166956  normal  0.322339 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3711  LysR family transcriptional regulator  28.27 
 
 		 302 aa  125  1e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.282395  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4657  LysR family transcriptional regulator  28.27 
 
 		 302 aa  125  1e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.501857  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5647  LysR family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 302 aa  123  3e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.287338 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1185  LysR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 310 aa  122  7e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000000537468  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5497  transcriptional regulator, LysR family  28.97 
 
 		 316 aa  121  9.999999999999999e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.315237  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4629  transcriptional regulator, LysR family  37.93 
 
 		 332 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.31234 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2287  nitrogen assimilation regulatory protein Nac, putative  32.33 
 
 		 310 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5409  LysR family protein  31.76 
 
 		 300 aa  120  3e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.152867  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5851  LysR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 321 aa  119  6e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.121988  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6218  LysR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 321 aa  119  6e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00215178 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6622  LysR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 318 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.536281  normal  0.255489 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6694  LysR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 321 aa  119  9e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.32621 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3176  LysR family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 304 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.594001  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0548  LysR family transcriptional regulator  38.95 
 
 		 316 aa  117  1.9999999999999998e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5121  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.52 
 
 		 306 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02870  putative transcriptional regulator  31.93 
 
 		 313 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00238694 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0395  LysR family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 315 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.662274 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1704  LysR family transcriptional regulator  28.78 
 
 		 307 aa  116  5e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.407381  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0223  transcriptional regulator, LysR family  31.37 
 
 		 308 aa  115  8.999999999999998e-25  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0239924 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0140  LysR family transcriptional regulator  26.41 
 
 		 300 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.273009  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0963  LysR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 334 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2787  LysR family transcriptional regulator  31.3 
 
 		 305 aa  112  6e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0319  putative transcriptional regulator  31.58 
 
 		 313 aa  112  7.000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.404994  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>