More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rcas_2120 on replicon NC_009767
Organism: Roseiflexus castenholzii DSM 13941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009767  Rcas_2120  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 240 aa  487  1e-137  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28700  transcriptional regulator, GntR family  37.5 
 
 		 243 aa  133  1.9999999999999998e-30  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.915743  normal  0.0614661 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3643  transcriptional regulator, GntR family  38.03 
 
 		 239 aa  125  6e-28  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.352701  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0882  GntR family transcriptional regulator  37.44 
 
 		 235 aa  122  6e-27  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.20136  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1549  transcriptional regulator, GntR family  37.14 
 
 		 221 aa  118  9e-26  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.945663  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0235  GntR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 242 aa  108  9.000000000000001e-23  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3780  GntR family transcriptional regulator  35.89 
 
 		 245 aa  105  6e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0104971 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3552  GntR family transcriptional regulator  37.09 
 
 		 236 aa  103  2e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.430063  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5262  GntR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 228 aa  103  3e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4461  GntR family transcriptional regulator  34.22 
 
 		 230 aa  95.5  7e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1921  transcriptional regulator, GntR family  32.86 
 
 		 213 aa  94  2e-18  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0240  GntR family transcriptional regulator  35.51 
 
 		 228 aa  90.9  2e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3541  GntR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 218 aa  87  2e-16  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3241  transcriptional regulator, GntR family  35.26 
 
 		 218 aa  86.7  3e-16  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3368  transcriptional regulator, GntR family  33.94 
 
 		 227 aa  85.9  5e-16  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00646565  normal  0.0258143 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00490  transcriptional regulator  31.3 
 
 		 230 aa  85.5  7e-16  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0726  GntR family transcriptional regulator  33.49 
 
 		 228 aa  84.3  0.000000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5600  transcriptional regulator, GntR family  33.95 
 
 		 228 aa  83.6  0.000000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3324  GntR family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 229 aa  82.4  0.000000000000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.106017 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1711  GntR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 255 aa  81.6  0.00000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.950871  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1637  GntR family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 217 aa  80.9  0.00000000000002  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.57865  normal  0.0951778 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4064  GntR family transcriptional regulator  33.81 
 
 		 227 aa  80.9  0.00000000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.916339  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2464  GntR family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 219 aa  80.1  0.00000000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1831  transcriptional regulator, GntR family  29.57 
 
 		 239 aa  78.6  0.00000000000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.185738  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1669  transcriptional regulator, GntR family  31.8 
 
 		 225 aa  78.2  0.0000000000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.072531  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1528  GntR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 223 aa  78.2  0.0000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4121  putative transcriptional regulator  29.73 
 
 		 222 aa  78.2  0.0000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0739685  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3629  transcriptional regulator, GntR family  33.33 
 
 		 233 aa  77.4  0.0000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3604  GntR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 214 aa  76.3  0.0000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.463907 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1421  GntR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 217 aa  76.3  0.0000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00674258  normal  0.128717 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3752  GntR family transcriptional regulator  31.22 
 
 		 211 aa  75.5  0.0000000000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.10635  normal  0.669748 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2354  GntR family transcriptional regulator  32.85 
 
 		 233 aa  75.5  0.0000000000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000394326  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1716  transcriptional regulator, GntR family  33.82 
 
 		 223 aa  75.1  0.0000000000009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000127588  hitchhiker  0.0000108879 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2668  GntR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 223 aa  75.1  0.0000000000009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000195924  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2633  GntR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 223 aa  75.1  0.0000000000009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0189782  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2747  GntR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 223 aa  75.1  0.0000000000009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00299596  normal  0.0681091 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1161  transcriptional regulator GntR  29.91 
 
 		 228 aa  74.7  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.480758  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0336  transcriptional regulator, GntR family  29.08 
 
 		 242 aa  74.7  0.000000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2641  GntR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 219 aa  74.7  0.000000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47820  putative transcriptional regulator  28.83 
 
 		 222 aa  74.3  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000218363  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2852  GntR family transcriptional regulator  32.85 
 
 		 223 aa  74.3  0.000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0795  GntR family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 232 aa  73.9  0.000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4449  GntR family transcriptional regulator  30.73 
 
 		 241 aa  73.9  0.000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00199071  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5261  transcriptional regulator, GntR family  30.1 
 
 		 212 aa  73.9  0.000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0040  GntR family transcriptional regulator  33 
 
 		 227 aa  74.3  0.000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3396  GntR family transcriptional regulator  28.84 
 
 		 233 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.296167  normal  0.56362 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3293  GntR family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 256 aa  73.6  0.000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.336996 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0051  GntR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 227 aa  73.6  0.000000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.331225 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4343  GntR family transcriptional regulator  32.34 
 
 		 218 aa  73.6  0.000000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3720  GntR family transcriptional regulator  29.65 
 
 		 222 aa  73.2  0.000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1521  GntR family transcriptional regulator  32.85 
 
 		 223 aa  73.2  0.000000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000831441  normal  0.527855 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_4901  GntR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 267 aa  73.2  0.000000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.296075  normal  0.244529 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1126  GntR family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 219 aa  73.2  0.000000000004  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.373714  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5037  GntR family transcriptional regulator  35 
 
 		 216 aa  72.4  0.000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.641243  hitchhiker  0.00313463 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1174  GntR family transcriptional regulator  33.18 
 
 		 241 aa  72.4  0.000000000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4544  GntR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 260 aa  72.4  0.000000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.377364 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0479  transcriptional regulator, GntR family  32.21 
 
 		 265 aa  72.4  0.000000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1076  GntR family transcriptional regulator  27.19 
 
 		 222 aa  72.4  0.000000000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.928588  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5040  GntR family transcriptional regulator  33.95 
 
 		 243 aa  72.4  0.000000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.435911  normal  0.566869 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1759  GntR family transcriptional regulator  32.72 
 
 		 223 aa  72.4  0.000000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000431204  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1588  GntR family transcriptional regulator  32.85 
 
 		 223 aa  72.4  0.000000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0421437  normal  0.157754 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1582  GntR family transcriptional regulator  32.85 
 
 		 223 aa  72.4  0.000000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00672922  normal  0.129388 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2096  transcriptional regulator, GntR family  33.03 
 
 		 237 aa  72  0.000000000009  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4050  GntR family transcriptional regulator  32.34 
 
 		 230 aa  71.6  0.000000000009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6237  GntR family transcriptional regulator  27.91 
 
 		 233 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.223321  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4211  transcriptional regulator, GntR family  31.86 
 
 		 220 aa  71.6  0.00000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.349011  normal  0.243646 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1010  transcriptional regulator, GntR family  28.11 
 
 		 227 aa  71.2  0.00000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.691368  normal  0.535113 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6406  GntR family transcriptional regulator  27.91 
 
 		 233 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.507804  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2044  transcriptional regulator, GntR family  27.27 
 
 		 221 aa  71.2  0.00000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000328211  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6639  GntR family transcriptional regulator  27.91 
 
 		 233 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.497673  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2930  transcriptional regulator, GntR family  30.73 
 
 		 293 aa  70.5  0.00000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.328455 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4252  GntR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 241 aa  70.5  0.00000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0909  GntR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 212 aa  70.9  0.00000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.730812  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1551  transcriptional regulator, GntR family protein  29.61 
 
 		 224 aa  70.9  0.00000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000349617  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72890  putative transcriptional regulator  31.09 
 
 		 244 aa  70.5  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2825  GntR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 223 aa  70.9  0.00000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.687306  normal  0.544458 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0441  GntR family transcriptional regulator  30 
 
 		 233 aa  70.1  0.00000000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10060  transcriptional regulator, GntR family  32.41 
 
 		 226 aa  70.1  0.00000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0815539  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3629  GntR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 246 aa  70.1  0.00000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3889  putative transcriptional regulator  30.19 
 
 		 240 aa  70.1  0.00000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.570531  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2552  GntR family transcriptional regulator  28.15 
 
 		 245 aa  70.1  0.00000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.00000205206  normal  0.288206 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4857  transcriptional regulator, GntR family  28.43 
 
 		 225 aa  70.1  0.00000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.205094  normal  0.100646 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09760  GntR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 242 aa  70.1  0.00000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.503807  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2509  GntR family transcriptional regulator  31.22 
 
 		 211 aa  70.1  0.00000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0825913 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2333  GntR family transcriptional regulator  29.28 
 
 		 238 aa  69.7  0.00000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.527944  hitchhiker  0.0000370874 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3437  GntR family transcriptional regulator  29.28 
 
 		 238 aa  69.7  0.00000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00721447  normal  0.10278 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  30.05 
 
 		 225 aa  69.7  0.00000000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6960  transcriptional regulator, GntR family  27.19 
 
 		 241 aa  69.7  0.00000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3918  regulatory protein GntR HTH  27.85 
 
 		 235 aa  69.3  0.00000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.306871  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1021  GntR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 231 aa  69.3  0.00000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.698861  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0208  GntR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 229 aa  69.3  0.00000000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00667385  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6449  transcriptional regulator, GntR family  31.11 
 
 		 236 aa  69.3  0.00000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.110693  normal  0.091376 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5061  transcriptional regulator GntR family  31.43 
 
 		 234 aa  68.9  0.00000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0770  GntR family transcriptional regulator  28.02 
 
 		 255 aa  68.9  0.00000000007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0774402  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4019  transcriptional regulator, GntR family  30.63 
 
 		 255 aa  68.9  0.00000000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5168  transcriptional regulator, GntR family  28.44 
 
 		 234 aa  68.6  0.00000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2161  GntR family transcriptional regulator  31.05 
 
 		 237 aa  68.6  0.00000000008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.131694  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2752  GntR family transcriptional regulator  27.83 
 
 		 240 aa  68.6  0.00000000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.868488 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3365  GntR family transcriptional regulator  31.92 
 
 		 247 aa  67.8  0.0000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3042  GntR family transcriptional regulator  29.68 
 
 		 226 aa  68.2  0.0000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>