103 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSp1252 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003296  RSp1252  putative transcription regulator protein  100 
 
 		 88 aa  175  2e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3331  putative transcription regulator protein  60.64 
 
 		 94 aa  103  1e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0094  transcriptional regulator, XRE family  50 
 
 		 85 aa  69.3  0.00000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.850445  normal  0.0181777 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1915  XRE family transcriptional regulator  48 
 
 		 80 aa  67.8  0.00000000005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.799088  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4224  XRE family transcriptional regulator  52 
 
 		 161 aa  66.6  0.0000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4276  XRE family transcriptional regulator  51.52 
 
 		 145 aa  64.7  0.0000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.173641 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1622  XRE family transcriptional regulator  51.52 
 
 		 142 aa  64.7  0.0000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00320147  normal  0.504339 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3808  XRE family transcriptional regulator  51.52 
 
 		 145 aa  64.3  0.0000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.57528 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5958  XRE family transcriptional regulator  51.52 
 
 		 134 aa  63.5  0.000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3970  XRE family transcriptional regulator  50 
 
 		 135 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4397  XRE family transcriptional regulator  50 
 
 		 135 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.78876 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1365  XRE family transcriptional regulator  46.27 
 
 		 173 aa  61.6  0.000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.927865 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4813  putative transcriptionl regulator HipB  45.45 
 
 		 101 aa  59.7  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6085  transcriptional regulator, XRE family  42.11 
 
 		 85 aa  60.1  0.00000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.815218  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1592  HipB domain-containing protein  46.27 
 
 		 134 aa  59.3  0.00000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0634  HipB domain-containing protein  46.27 
 
 		 136 aa  58.9  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.29949  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2003  HipB domain-containing protein  46.27 
 
 		 134 aa  59.3  0.00000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2236  putative transcriptionl regulator HipB  46.27 
 
 		 136 aa  59.3  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.74282  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2151  putative transcriptionl regulator HipB  46.27 
 
 		 136 aa  59.3  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.690845  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0681  putative transcriptionl regulator HipB  46.27 
 
 		 134 aa  59.3  0.00000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3701  transcriptional regulator, XRE family  45.45 
 
 		 101 aa  59.3  0.00000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2577  XRE family transcriptional regulator  39.71 
 
 		 135 aa  57.4  0.00000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0918178  hitchhiker  0.000133769 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2611  XRE family transcriptional regulator  39.71 
 
 		 135 aa  57.4  0.00000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0796411  hitchhiker  0.0000000000000114 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0155  XRE family transcriptional regulator  44.29 
 
 		 83 aa  57  0.00000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.540606  hitchhiker  0.00139635 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0789  HipB domain-containing protein  46.27 
 
 		 155 aa  56.2  0.0000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.107176  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3946  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  41.79 
 
 		 91 aa  54.7  0.0000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5530  XRE family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 162 aa  53.5  0.000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0171722 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5634  XRE family transcriptional regulator  41.03 
 
 		 82 aa  52.8  0.000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.909222  normal  0.150315 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1801  DNA-binding transcriptional regulator HipB  29.76 
 
 		 83 aa  50.8  0.000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1591  DNA-binding transcriptional regulator HipB  29.27 
 
 		 94 aa  50.1  0.00001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1709  DNA-binding transcriptional regulator HipB  32.81 
 
 		 94 aa  49.7  0.00001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01470  DNA-binding transcriptional regulator  29.27 
 
 		 88 aa  49.3  0.00002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2138  transcriptional regulator, XRE family  29.27 
 
 		 88 aa  49.3  0.00002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0287483  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0365  helix-turn-helix domain-containing protein  36.92 
 
 		 93 aa  48.9  0.00002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0378  helix-turn-helix domain-containing protein  36.92 
 
 		 93 aa  48.9  0.00002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.244718 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2149  DNA-binding transcriptional regulator HipB  29.27 
 
 		 88 aa  49.3  0.00002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.17084  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0496  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 103 aa  48.9  0.00002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01480  hypothetical protein  29.27 
 
 		 88 aa  49.3  0.00002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1505  XRE family transcriptional regulator  40.58 
 
 		 87 aa  48.5  0.00003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.139126  normal  0.0361039 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0306  transciptional regulator  36.92 
 
 		 93 aa  48.5  0.00003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.93162  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5270  putative XRE family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 101 aa  48.1  0.00004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.365814 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3847  helix-turn-helix domain-containing protein  35.38 
 
 		 93 aa  48.1  0.00004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1447  putative transcription regulator protein  38.24 
 
 		 84 aa  47.8  0.00005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0338  XRE family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 171 aa  47.8  0.00005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.329907 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003247  putative transcription regulator protein  36.92 
 
 		 88 aa  47.8  0.00005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0065  hypothetical protein  33.33 
 
 		 79 aa  46.2  0.0001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01487  phage N15 gp48-like protein  41.67 
 
 		 94 aa  45.8  0.0002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.497667  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4902  transcriptional regulator, XRE family  40.91 
 
 		 84 aa  46.2  0.0002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.173853  normal  0.0865423 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01498  hypothetical protein  41.67 
 
 		 94 aa  45.8  0.0002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.573871  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3754  helix-turn-helix domain protein  52.24 
 
 		 78 aa  45.4  0.0003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4613  helix-turn-helix domain protein  32.81 
 
 		 89 aa  44.7  0.0004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.590277  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2426  hypothetical protein  30.16 
 
 		 75 aa  44.3  0.0005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2922  transcriptional regulator, XRE family  40.3 
 
 		 102 aa  44.7  0.0005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.562834  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2262  XRE family transcriptional regulator  45.95 
 
 		 90 aa  44.3  0.0006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.167  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0970  XRE family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 182 aa  44.3  0.0006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2034  XRE family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 83 aa  44.3  0.0006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.194194 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2661  putative transcription regulator protein  29.33 
 
 		 111 aa  43.9  0.0007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.574569 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3482  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 104 aa  43.9  0.0007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.411907  normal  0.584278 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2898  transcriptional regulator, XRE family  33.85 
 
 		 83 aa  43.9  0.0007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0368  XRE family transcriptional regulator  41.27 
 
 		 76 aa  43.5  0.0008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1128  XRE family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 182 aa  43.9  0.0008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_4032  helix-turn-helix domain protein  32.53 
 
 		 83 aa  43.5  0.0009  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.964235  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1344  XRE family transcriptional regulator  43.08 
 
 		 258 aa  43.5  0.001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.388374  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1104  cupin 2 domain-containing protein  43.64 
 
 		 182 aa  43.1  0.001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.183758  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1091  XRE family transcriptional regulator  43.64 
 
 		 182 aa  43.5  0.001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.158888  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1163  cupin 2 domain-containing protein  43.64 
 
 		 182 aa  43.1  0.001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.967119  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2962  hypothetical protein  35.48 
 
 		 476 aa  43.1  0.001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0436229  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0943  XRE family transcriptional regulator  45.28 
 
 		 182 aa  42.7  0.001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1195  XRE family transcriptional regulator  43.64 
 
 		 182 aa  43.1  0.001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.152731  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2319  XRE family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 228 aa  43.1  0.001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.288377  normal  0.478428 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1887  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 104 aa  43.1  0.001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.603654  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3195  transcriptional regulator, XRE family  43.64 
 
 		 182 aa  43.1  0.001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0639399 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3540  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 94 aa  43.5  0.001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0282  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 94 aa  43.1  0.001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4245  helix-turn-helix domain protein  31.94 
 
 		 84 aa  43.1  0.001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1274  transcriptional regulator, XRE family  36.11 
 
 		 212 aa  42.7  0.001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2256  Cro/CI family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 104 aa  42.4  0.002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.033693 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4519  XRE family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 168 aa  42.4  0.002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3102  XRE family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 87 aa  42  0.002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0346423 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3353  XRE family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 133 aa  42.7  0.002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1476  XRE family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 91 aa  42.7  0.002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1058  XRE family transcriptional regulator  45.28 
 
 		 184 aa  42.4  0.002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5392  helix-turn-helix domain-containing protein  28.38 
 
 		 183 aa  42.7  0.002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.471231  normal  0.0187132 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1265  transcriptional regulator, putative  41.82 
 
 		 182 aa  42  0.003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2646  XRE family transcriptional regulator  41.82 
 
 		 182 aa  42  0.003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2290  hypothetical protein  28.57 
 
 		 74 aa  41.6  0.004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1911  putative transcription regulator protein  30 
 
 		 112 aa  41.2  0.004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0983  transcriptional regulator, XRE family  32.81 
 
 		 80 aa  41.2  0.004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.525138  normal  0.0218109 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2457  transcriptional regulator, XRE family  43.75 
 
 		 380 aa  41.6  0.004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1776  transcriptional regulator, XRE family  33.77 
 
 		 79 aa  41.6  0.004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0912116  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2921  XRE family transcriptional regulator  41.82 
 
 		 208 aa  41.2  0.005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.899455  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3003  XRE family transcriptional regulator  41.82 
 
 		 208 aa  41.2  0.005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.252662  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3100  XRE family transcriptional regulator  41.82 
 
 		 208 aa  41.2  0.005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.510523  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0744  DNA-binding protein  36.84 
 
 		 95 aa  41.2  0.005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3411  XRE family transcriptional regulator  40.58 
 
 		 97 aa  40.8  0.007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2653  XRE family transcriptional regulator  41.51 
 
 		 133 aa  40.8  0.007  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0271139  normal  0.0108721 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3013  XRE family transcriptional regulator  41.51 
 
 		 182 aa  40.8  0.007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2793  transcriptional regulator, XRE family  39.44 
 
 		 76 aa  40.8  0.007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0143  transcriptional regulator, XRE family  34.62 
 
 		 825 aa  40.8  0.007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  0.514651 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6295  helix-turn-helix domain-containing protein  35.82 
 
 		 93 aa  40.4  0.008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>