52 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphy_5530 on replicon NC_010623
Organism: Burkholderia phymatum STM815



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010623  Bphy_5530  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 
162 aa  315  2e-85  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0171722 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2151  putative transcriptionl regulator HipB  66.27 
 
 
136 aa  111  3e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.690845  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2236  putative transcriptionl regulator HipB  66.27 
 
 
136 aa  111  3e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.74282  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1592  HipB domain-containing protein  66.27 
 
 
134 aa  111  4.0000000000000004e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0681  putative transcriptionl regulator HipB  66.27 
 
 
134 aa  111  4.0000000000000004e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2003  HipB domain-containing protein  66.27 
 
 
134 aa  111  4.0000000000000004e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0634  HipB domain-containing protein  65.06 
 
 
136 aa  110  1.0000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.29949  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1365  XRE family transcriptional regulator  67.14 
 
 
173 aa  107  6e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.927865 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4224  XRE family transcriptional regulator  63.41 
 
 
161 aa  104  4e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5958  XRE family transcriptional regulator  56.64 
 
 
134 aa  104  5e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0789  HipB domain-containing protein  65.22 
 
 
155 aa  100  7e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.107176  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3970  XRE family transcriptional regulator  66.67 
 
 
135 aa  99  2e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4397  XRE family transcriptional regulator  66.67 
 
 
135 aa  99  2e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.78876 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1622  XRE family transcriptional regulator  66.67 
 
 
142 aa  96.7  1e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00320147  normal  0.504339 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4276  XRE family transcriptional regulator  63.38 
 
 
145 aa  95.1  3e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.173641 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3808  XRE family transcriptional regulator  63.38 
 
 
145 aa  94.7  5e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.57528 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3701  transcriptional regulator, XRE family  62.69 
 
 
101 aa  90.1  1e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4813  putative transcriptionl regulator HipB  59.7 
 
 
101 aa  85.9  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4519  XRE family transcriptional regulator  45.21 
 
 
168 aa  64.7  0.0000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0338  XRE family transcriptional regulator  45.07 
 
 
171 aa  63.5  0.000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.329907 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0094  transcriptional regulator, XRE family  43.66 
 
 
85 aa  62.8  0.000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.850445  normal  0.0181777 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2611  XRE family transcriptional regulator  41.23 
 
 
135 aa  62.4  0.000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0796411  hitchhiker  0.0000000000000114 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2577  XRE family transcriptional regulator  41.23 
 
 
135 aa  62.4  0.000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0918178  hitchhiker  0.000133769 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3331  putative transcription regulator protein  47.89 
 
 
94 aa  60.5  0.000000009  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1252  putative transcription regulator protein  36.59 
 
 
88 aa  53.5  0.000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1447  putative transcription regulator protein  44.07 
 
 
84 aa  49.3  0.00002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0367  XRE family transcriptional regulator  37.29 
 
 
93 aa  47.4  0.00009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1915  XRE family transcriptional regulator  37.88 
 
 
80 aa  47  0.0001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.799088  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3946  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  41.27 
 
 
91 aa  47  0.0001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6085  transcriptional regulator, XRE family  36.92 
 
 
85 aa  47  0.0001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.815218  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1801  DNA-binding transcriptional regulator HipB  29.33 
 
 
83 aa  45.8  0.0002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0378  helix-turn-helix domain-containing protein  37.29 
 
 
93 aa  46.6  0.0002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.244718 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0365  helix-turn-helix domain-containing protein  37.29 
 
 
93 aa  46.6  0.0002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4245  helix-turn-helix domain protein  37.1 
 
 
84 aa  45.8  0.0002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0306  transciptional regulator  37.29 
 
 
93 aa  46.2  0.0002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.93162  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0935  hypothetical protein  35.19 
 
 
143 aa  44.7  0.0005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2034  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 
83 aa  44.3  0.0007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.194194 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1709  DNA-binding transcriptional regulator HipB  31.51 
 
 
94 aa  43.9  0.001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0496  XRE family transcriptional regulator  33.9 
 
 
103 aa  43.9  0.001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3260  transcriptional regulator, XRE family  37.88 
 
 
513 aa  43.5  0.001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0795644  normal  0.23679 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4613  helix-turn-helix domain protein  33.33 
 
 
89 aa  43.5  0.001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.590277  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01480  hypothetical protein  31.51 
 
 
88 aa  43.1  0.002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2138  transcriptional regulator, XRE family  31.51 
 
 
88 aa  43.1  0.002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0287483  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2149  DNA-binding transcriptional regulator HipB  31.51 
 
 
88 aa  43.1  0.002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.17084  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3847  helix-turn-helix domain-containing protein  33.9 
 
 
93 aa  42.7  0.002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1591  DNA-binding transcriptional regulator HipB  31.51 
 
 
94 aa  43.1  0.002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01470  DNA-binding transcriptional regulator  31.51 
 
 
88 aa  43.1  0.002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1635  transcriptional regulator, XRE family  40.74 
 
 
112 aa  41.6  0.005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5634  XRE family transcriptional regulator  40.3 
 
 
82 aa  41.6  0.005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.909222  normal  0.150315 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2922  transcriptional regulator, XRE family  42.86 
 
 
102 aa  40.8  0.007  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.562834  n/a   
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0143  transcriptional regulator, XRE family  36.54 
 
 
825 aa  40.4  0.009  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  0.514651 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5722  putative transcriptional regulator  50 
 
 
141 aa  40.4  0.01  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>