48 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pecwa_4613 on replicon NC_013421
Organism: Pectobacterium wasabiae WPP163



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013421  Pecwa_4613  helix-turn-helix domain protein  100 
 
 		 89 aa  179  1e-44  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.590277  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_4032  helix-turn-helix domain protein  68.97 
 
 		 83 aa  121  4e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.964235  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3847  helix-turn-helix domain-containing protein  69.57 
 
 		 93 aa  119  9.999999999999999e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0365  helix-turn-helix domain-containing protein  67.39 
 
 		 93 aa  119  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0378  helix-turn-helix domain-containing protein  67.39 
 
 		 93 aa  119  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.244718 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0306  transciptional regulator  67.39 
 
 		 93 aa  118  1.9999999999999998e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.93162  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0367  XRE family transcriptional regulator  65.22 
 
 		 93 aa  115  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0496  XRE family transcriptional regulator  71.79 
 
 		 103 aa  112  1.0000000000000001e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4245  helix-turn-helix domain protein  64.37 
 
 		 84 aa  112  2.0000000000000002e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2034  XRE family transcriptional regulator  44.05 
 
 		 83 aa  78.6  0.00000000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.194194 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0567  XRE family transcriptional regulator  49.32 
 
 		 82 aa  75.5  0.0000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.102591  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1801  DNA-binding transcriptional regulator HipB  48.48 
 
 		 83 aa  73.2  0.000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0065  hypothetical protein  44.44 
 
 		 79 aa  70.5  0.000000000008  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003247  putative transcription regulator protein  46.97 
 
 		 88 aa  63.5  0.000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1591  DNA-binding transcriptional regulator HipB  43.94 
 
 		 94 aa  61.6  0.000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2149  DNA-binding transcriptional regulator HipB  43.94 
 
 		 88 aa  61.6  0.000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.17084  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01480  hypothetical protein  43.94 
 
 		 88 aa  61.6  0.000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2138  transcriptional regulator, XRE family  43.94 
 
 		 88 aa  61.6  0.000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0287483  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01470  DNA-binding transcriptional regulator  43.94 
 
 		 88 aa  61.6  0.000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1709  DNA-binding transcriptional regulator HipB  43.94 
 
 		 94 aa  61.6  0.000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1915  XRE family transcriptional regulator  40.79 
 
 		 80 aa  61.2  0.000000005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.799088  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5634  XRE family transcriptional regulator  40.58 
 
 		 82 aa  56.6  0.0000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.909222  normal  0.150315 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2898  transcriptional regulator, XRE family  36 
 
 		 83 aa  53.9  0.0000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2151  putative transcriptionl regulator HipB  40 
 
 		 136 aa  53.5  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.690845  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1592  HipB domain-containing protein  40 
 
 		 134 aa  53.5  0.000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0634  HipB domain-containing protein  40 
 
 		 136 aa  52.8  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.29949  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0681  putative transcriptionl regulator HipB  40 
 
 		 134 aa  53.5  0.000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2236  putative transcriptionl regulator HipB  40 
 
 		 136 aa  53.5  0.000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.74282  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2003  HipB domain-containing protein  40 
 
 		 134 aa  53.5  0.000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5916  XRE family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 87 aa  51.2  0.000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.654076  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6085  transcriptional regulator, XRE family  36.11 
 
 		 85 aa  50.4  0.000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.815218  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0155  XRE family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 83 aa  50.4  0.000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.540606  hitchhiker  0.00139635 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1476  XRE family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 91 aa  48.1  0.00004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0789  HipB domain-containing protein  35 
 
 		 155 aa  47.8  0.00005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.107176  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1447  putative transcription regulator protein  29.69 
 
 		 84 aa  46.2  0.0001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3808  XRE family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 145 aa  46.2  0.0002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.57528 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1505  XRE family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 87 aa  45.4  0.0002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.139126  normal  0.0361039 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4276  XRE family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 145 aa  46.2  0.0002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.173641 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2442  XRE family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 86 aa  45.1  0.0003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1252  putative transcription regulator protein  32.81 
 
 		 88 aa  44.7  0.0004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3970  XRE family transcriptional regulator  30 
 
 		 135 aa  43.1  0.001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5530  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 162 aa  43.5  0.001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0171722 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4397  XRE family transcriptional regulator  30 
 
 		 135 aa  43.1  0.001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.78876 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001517  predicted transcriptional regulator  30.56 
 
 		 84 aa  42.4  0.002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000562754  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4574  XRE family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 103 aa  42.7  0.002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000193925 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0094  transcriptional regulator, XRE family  27.78 
 
 		 85 aa  42  0.003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.850445  normal  0.0181777 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5958  XRE family transcriptional regulator  30 
 
 		 134 aa  41.6  0.003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11984  transcriptional regulator  38.33 
 
 		 149 aa  41.6  0.004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>