56 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_003247 on replicon NC_013456
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013456  VEA_003247  putative transcription regulator protein  100 
 
 		 88 aa  176  1e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_4032  helix-turn-helix domain protein  41.67 
 
 		 83 aa  68.2  0.00000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.964235  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0496  XRE family transcriptional regulator  46.27 
 
 		 103 aa  67.4  0.00000000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0065  hypothetical protein  40.48 
 
 		 79 aa  66.6  0.0000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3847  helix-turn-helix domain-containing protein  46.27 
 
 		 93 aa  66.6  0.0000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4613  helix-turn-helix domain protein  46.97 
 
 		 89 aa  63.5  0.000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.590277  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2034  XRE family transcriptional regulator  46.97 
 
 		 83 aa  62.8  0.000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.194194 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0365  helix-turn-helix domain-containing protein  44.78 
 
 		 93 aa  62.4  0.000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0567  XRE family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 82 aa  62  0.000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.102591  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0306  transciptional regulator  44.78 
 
 		 93 aa  62.4  0.000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.93162  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0378  helix-turn-helix domain-containing protein  44.78 
 
 		 93 aa  62.4  0.000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.244718 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0367  XRE family transcriptional regulator  43.28 
 
 		 93 aa  61.6  0.000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4245  helix-turn-helix domain protein  35.71 
 
 		 84 aa  60.8  0.000000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1476  XRE family transcriptional regulator  44.78 
 
 		 91 aa  59.7  0.00000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2898  transcriptional regulator, XRE family  44.78 
 
 		 83 aa  60.1  0.00000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001517  predicted transcriptional regulator  37.88 
 
 		 84 aa  58.2  0.00000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000562754  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1801  DNA-binding transcriptional regulator HipB  34.29 
 
 		 83 aa  57  0.00000009  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0094  transcriptional regulator, XRE family  38.24 
 
 		 85 aa  56.6  0.0000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.850445  normal  0.0181777 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2577  XRE family transcriptional regulator  35.21 
 
 		 135 aa  53.5  0.0000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0918178  hitchhiker  0.000133769 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2611  XRE family transcriptional regulator  35.21 
 
 		 135 aa  53.5  0.0000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0796411  hitchhiker  0.0000000000000114 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2149  DNA-binding transcriptional regulator HipB  28.05 
 
 		 88 aa  52.4  0.000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.17084  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1591  DNA-binding transcriptional regulator HipB  28.05 
 
 		 94 aa  52.4  0.000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01480  hypothetical protein  28.05 
 
 		 88 aa  52.4  0.000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2138  transcriptional regulator, XRE family  28.05 
 
 		 88 aa  52.4  0.000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0287483  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01470  DNA-binding transcriptional regulator  28.05 
 
 		 88 aa  52.4  0.000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1709  DNA-binding transcriptional regulator HipB  28.05 
 
 		 94 aa  52  0.000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5634  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 82 aa  50.4  0.000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.909222  normal  0.150315 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1915  XRE family transcriptional regulator  39.71 
 
 		 80 aa  50.1  0.00001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.799088  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1447  putative transcription regulator protein  31.75 
 
 		 84 aa  49.3  0.00002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0338  XRE family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 171 aa  49.3  0.00002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.329907 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1252  putative transcription regulator protein  36.92 
 
 		 88 aa  47.8  0.00005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2442  XRE family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 86 aa  47  0.00008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2003  HipB domain-containing protein  37.29 
 
 		 134 aa  47  0.00009  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1592  HipB domain-containing protein  37.29 
 
 		 134 aa  47  0.00009  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0681  putative transcriptionl regulator HipB  37.29 
 
 		 134 aa  47  0.00009  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2151  putative transcriptionl regulator HipB  37.29 
 
 		 136 aa  47  0.0001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.690845  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2236  putative transcriptionl regulator HipB  37.29 
 
 		 136 aa  47  0.0001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.74282  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0634  HipB domain-containing protein  37.29 
 
 		 136 aa  46.2  0.0001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.29949  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6085  transcriptional regulator, XRE family  30.88 
 
 		 85 aa  46.6  0.0001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.815218  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0789  HipB domain-containing protein  37.29 
 
 		 155 aa  44.3  0.0005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.107176  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2948  transcriptional regulator, XRE family  36.84 
 
 		 225 aa  44.3  0.0006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0211039  hitchhiker  0.000112709 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3946  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  30.88 
 
 		 91 aa  43.1  0.001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3182  transcriptional regulator, XRE family  32.76 
 
 		 513 aa  42.7  0.001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0470208  hitchhiker  0.000000000985397 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1434  transcriptional regulator, XRE family  38.6 
 
 		 232 aa  43.1  0.001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.887851  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4302  transcriptional regulator, XRE family  31.03 
 
 		 79 aa  42  0.002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.397769  normal  0.707115 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0155  XRE family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 83 aa  42  0.003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.540606  hitchhiker  0.00139635 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4813  putative transcriptionl regulator HipB  36.54 
 
 		 101 aa  41.2  0.004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0143  transcriptional regulator, XRE family  35.71 
 
 		 825 aa  40.8  0.006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  0.514651 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1365  XRE family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 173 aa  40.8  0.006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.927865 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3701  transcriptional regulator, XRE family  30.77 
 
 		 101 aa  40.8  0.006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2672  UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase  29.82 
 
 		 508 aa  40.8  0.006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1031  transcriptional regulator, XRE family  32.69 
 
 		 89 aa  40.4  0.008  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000313321  normal  0.707924 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4552  XRE family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 76 aa  40.4  0.008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4154  hypothetical protein  31.94 
 
 		 82 aa  40.4  0.008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1505  XRE family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 87 aa  40.4  0.009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.139126  normal  0.0361039 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3331  putative transcription regulator protein  37.1 
 
 		 94 aa  40  0.009  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>