65 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_3808 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008391  Bamb_3808  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 145 aa  280  6.000000000000001e-75  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.57528 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4276  XRE family transcriptional regulator  95.86 
 
 		 145 aa  184  5e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.173641 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1622  XRE family transcriptional regulator  62.84 
 
 		 142 aa  154  3e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00320147  normal  0.504339 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4224  XRE family transcriptional regulator  55.76 
 
 		 161 aa  145  2.0000000000000003e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5958  XRE family transcriptional regulator  56.58 
 
 		 134 aa  141  3e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4397  XRE family transcriptional regulator  86.96 
 
 		 135 aa  127  6e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.78876 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3970  XRE family transcriptional regulator  86.96 
 
 		 135 aa  127  6e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1365  XRE family transcriptional regulator  70.59 
 
 		 173 aa  104  5e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.927865 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5530  XRE family transcriptional regulator  56.82 
 
 		 162 aa  100  9e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0171722 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3701  transcriptional regulator, XRE family  61.43 
 
 		 101 aa  98.2  3e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2236  putative transcriptionl regulator HipB  66.18 
 
 		 136 aa  97.1  7e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.74282  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2151  putative transcriptionl regulator HipB  66.18 
 
 		 136 aa  97.1  7e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.690845  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1592  HipB domain-containing protein  66.18 
 
 		 134 aa  96.7  9e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2003  HipB domain-containing protein  66.18 
 
 		 134 aa  96.7  9e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0681  putative transcriptionl regulator HipB  66.18 
 
 		 134 aa  96.7  9e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0634  HipB domain-containing protein  66.18 
 
 		 136 aa  96.3  1e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.29949  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4813  putative transcriptionl regulator HipB  55.71 
 
 		 101 aa  94  7e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0789  HipB domain-containing protein  60.29 
 
 		 155 aa  87.4  5e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.107176  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3331  putative transcription regulator protein  51.95 
 
 		 94 aa  72  0.000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1252  putative transcription regulator protein  51.52 
 
 		 88 aa  64.7  0.0000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0338  XRE family transcriptional regulator  47.06 
 
 		 171 aa  63.9  0.0000000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.329907 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4519  XRE family transcriptional regulator  43.02 
 
 		 168 aa  62  0.000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0094  transcriptional regulator, XRE family  43.48 
 
 		 85 aa  61.2  0.000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.850445  normal  0.0181777 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3946  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  36.76 
 
 		 91 aa  55.5  0.0000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2611  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 135 aa  55.5  0.0000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0796411  hitchhiker  0.0000000000000114 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2577  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 135 aa  55.5  0.0000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0918178  hitchhiker  0.000133769 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1447  putative transcription regulator protein  47.46 
 
 		 84 aa  55.8  0.0000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6085  transcriptional regulator, XRE family  36.92 
 
 		 85 aa  53.9  0.0000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.815218  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1915  XRE family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 80 aa  50.1  0.00001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.799088  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1542  hypothetical protein  38.18 
 
 		 102 aa  47.8  0.00005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01480  hypothetical protein  36 
 
 		 88 aa  46.2  0.0001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2138  transcriptional regulator, XRE family  36 
 
 		 88 aa  46.2  0.0001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0287483  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01470  DNA-binding transcriptional regulator  36 
 
 		 88 aa  46.2  0.0001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1591  DNA-binding transcriptional regulator HipB  36 
 
 		 94 aa  46.2  0.0001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1709  DNA-binding transcriptional regulator HipB  36 
 
 		 94 aa  46.6  0.0001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2149  DNA-binding transcriptional regulator HipB  36 
 
 		 88 aa  46.2  0.0001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.17084  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0367  XRE family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 93 aa  45.8  0.0002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4613  helix-turn-helix domain protein  31.15 
 
 		 89 aa  45.8  0.0002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.590277  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5634  XRE family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 82 aa  45.1  0.0003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.909222  normal  0.150315 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0543  helix-turn-helix domain protein  41.18 
 
 		 96 aa  45.4  0.0003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1505  XRE family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 87 aa  45.1  0.0004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.139126  normal  0.0361039 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1635  transcriptional regulator, XRE family  41.18 
 
 		 112 aa  44.3  0.0006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2922  transcriptional regulator, XRE family  38.67 
 
 		 102 aa  43.9  0.0007  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.562834  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_4032  helix-turn-helix domain protein  30.99 
 
 		 83 aa  43.9  0.0007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.964235  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3754  helix-turn-helix domain protein  43.9 
 
 		 78 aa  43.9  0.0007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0378  helix-turn-helix domain-containing protein  27.85 
 
 		 93 aa  43.1  0.001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.244718 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0365  helix-turn-helix domain-containing protein  27.85 
 
 		 93 aa  43.1  0.001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3540  transcriptional regulator, XRE family  34.43 
 
 		 94 aa  42.4  0.002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1462  XRE family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 104 aa  42.4  0.002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01487  phage N15 gp48-like protein  33.9 
 
 		 94 aa  42.4  0.002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.497667  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01498  hypothetical protein  33.9 
 
 		 94 aa  42.4  0.002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.573871  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0282  transcriptional regulator, XRE family  34.43 
 
 		 94 aa  42.4  0.002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0306  transciptional regulator  29.69 
 
 		 93 aa  42.4  0.002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.93162  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5270  putative XRE family transcriptional regulator  46.51 
 
 		 101 aa  41.6  0.003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.365814 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5326  transcriptional regulator, XRE family  34.69 
 
 		 68 aa  41.2  0.004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.134062 
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0143  transcriptional regulator, XRE family  38.78 
 
 		 825 aa  41.6  0.004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  0.514651 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1801  DNA-binding transcriptional regulator HipB  29.69 
 
 		 83 aa  41.2  0.005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0777  XRE family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 83 aa  41.2  0.005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.000000109093  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3260  transcriptional regulator, XRE family  34.62 
 
 		 513 aa  40.8  0.006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0795644  normal  0.23679 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0763  transcriptional regulator  35.29 
 
 		 130 aa  40.8  0.006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.305784 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0935  hypothetical protein  34.55 
 
 		 143 aa  40.8  0.006  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1344  XRE family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 258 aa  40.8  0.006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.388374  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1451  helix-turn-helix domain-containing protein  29.85 
 
 		 127 aa  40.8  0.007  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1496  XRE family transcriptional regulator  29.85 
 
 		 110 aa  40.4  0.009  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0928  DNA polymerase III delta prime subunit  31.48 
 
 		 90 aa  40  0.009  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>