56 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_5270 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_5270  putative XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 101 aa  199  9.999999999999999e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.365814 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3946  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  60.29 
 
 		 91 aa  80.5  0.000000000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5634  XRE family transcriptional regulator  49.38 
 
 		 82 aa  75.1  0.0000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.909222  normal  0.150315 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6085  transcriptional regulator, XRE family  51.47 
 
 		 85 aa  68.9  0.00000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.815218  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5916  XRE family transcriptional regulator  47.06 
 
 		 87 aa  60.1  0.00000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.654076  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2577  XRE family transcriptional regulator  48.44 
 
 		 135 aa  57  0.00000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0918178  hitchhiker  0.000133769 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2611  XRE family transcriptional regulator  48.44 
 
 		 135 aa  57  0.00000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0796411  hitchhiker  0.0000000000000114 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1252  putative transcription regulator protein  39.24 
 
 		 88 aa  56.2  0.0000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3331  putative transcription regulator protein  35 
 
 		 94 aa  56.6  0.0000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1505  XRE family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 87 aa  55.8  0.0000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.139126  normal  0.0361039 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1365  XRE family transcriptional regulator  43.55 
 
 		 173 aa  53.5  0.0000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.927865 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2034  XRE family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 83 aa  53.1  0.000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.194194 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1915  XRE family transcriptional regulator  40.26 
 
 		 80 aa  52.8  0.000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.799088  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0155  XRE family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 83 aa  51.2  0.000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.540606  hitchhiker  0.00139635 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1801  DNA-binding transcriptional regulator HipB  30.49 
 
 		 83 aa  50.4  0.000007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3754  helix-turn-helix domain protein  52.08 
 
 		 78 aa  50.1  0.000009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2003  HipB domain-containing protein  41.94 
 
 		 134 aa  50.1  0.00001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2236  putative transcriptionl regulator HipB  41.94 
 
 		 136 aa  49.7  0.00001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.74282  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2151  putative transcriptionl regulator HipB  41.94 
 
 		 136 aa  49.7  0.00001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.690845  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0681  putative transcriptionl regulator HipB  41.94 
 
 		 134 aa  50.1  0.00001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0634  HipB domain-containing protein  41.94 
 
 		 136 aa  49.7  0.00001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.29949  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1592  HipB domain-containing protein  41.94 
 
 		 134 aa  50.1  0.00001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4224  XRE family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 161 aa  49.3  0.00002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0567  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 82 aa  48.5  0.00003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.102591  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2898  transcriptional regulator, XRE family  40.3 
 
 		 83 aa  48.5  0.00003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4245  helix-turn-helix domain protein  34.33 
 
 		 84 aa  48.9  0.00003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4613  helix-turn-helix domain protein  32.84 
 
 		 89 aa  48.5  0.00003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.590277  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0378  helix-turn-helix domain-containing protein  32.05 
 
 		 93 aa  48.5  0.00003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.244718 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0365  helix-turn-helix domain-containing protein  32.05 
 
 		 93 aa  48.5  0.00003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4397  XRE family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 135 aa  48.5  0.00003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.78876 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3970  XRE family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 135 aa  48.5  0.00003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_4032  helix-turn-helix domain protein  33.33 
 
 		 83 aa  48.1  0.00004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.964235  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0789  HipB domain-containing protein  41.94 
 
 		 155 aa  48.1  0.00004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.107176  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4276  XRE family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 145 aa  48.1  0.00004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.173641 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4902  transcriptional regulator, XRE family  43.9 
 
 		 84 aa  48.1  0.00004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.173853  normal  0.0865423 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3808  XRE family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 145 aa  48.1  0.00004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.57528 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5958  XRE family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 134 aa  47.4  0.00006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0306  transciptional regulator  34.33 
 
 		 93 aa  47.8  0.00006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.93162  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1622  XRE family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 142 aa  47.4  0.00007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00320147  normal  0.504339 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1476  XRE family transcriptional regulator  41.79 
 
 		 91 aa  45.8  0.0002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5530  XRE family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 162 aa  45.8  0.0002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0171722 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4519  XRE family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 168 aa  45.4  0.0003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0549  transcriptional regulator, XRE family  39.06 
 
 		 103 aa  44.3  0.0006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3847  helix-turn-helix domain-containing protein  31.34 
 
 		 93 aa  43.1  0.001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0414  helix-turn-helix domain protein  43.64 
 
 		 284 aa  43.5  0.001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0254314  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0496  XRE family transcriptional regulator  28.43 
 
 		 103 aa  43.1  0.001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2467  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 122 aa  42.7  0.002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.0000000000461389  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0338  XRE family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 171 aa  42.4  0.002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.329907 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3701  transcriptional regulator, XRE family  35.09 
 
 		 101 aa  42.4  0.002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1447  putative transcription regulator protein  39.68 
 
 		 84 aa  41.6  0.003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1046  XRE family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 186 aa  42  0.003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1496  XRE family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 110 aa  41.6  0.003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1451  helix-turn-helix domain-containing protein  28.87 
 
 		 127 aa  41.6  0.003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0094  transcriptional regulator, XRE family  31.88 
 
 		 85 aa  41.2  0.004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.850445  normal  0.0181777 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5523  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 182 aa  40.4  0.009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.22086 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3260  transcriptional regulator, XRE family  37.1 
 
 		 513 aa  40  0.01  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0795644  normal  0.23679 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>