142 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc2364 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc2364  hypothetical protein  100 
 
 		 207 aa  407  1e-113  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.156809 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5153  2'-5' RNA ligase  56.08 
 
 		 192 aa  206  2e-52  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.198908  normal  0.46298 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1728  2'-5' RNA ligase  56.61 
 
 		 192 aa  189  2e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.747406  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1576  2'-5' RNA ligase  36.11 
 
 		 179 aa  83.2  0.000000000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2521  2'-5' RNA ligase  36.7 
 
 		 186 aa  80.1  0.00000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000915911  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0088  2'-5' RNA ligase  33.33 
 
 		 184 aa  79  0.00000000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000385137 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11900  2'-5' RNA ligase  26.7 
 
 		 189 aa  78.2  0.00000000000007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  5.56695e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3530  2',5' RNA ligase  33.16 
 
 		 184 aa  74.3  0.000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0804998  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0035  2',5' RNA ligase, putative  30.48 
 
 		 179 aa  73.6  0.000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1462  2'-5' RNA ligase  24.44 
 
 		 194 aa  71.2  0.000000000009  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.982086  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0107  2'-5' RNA ligase  31.61 
 
 		 184 aa  71.2  0.00000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3716  2'-5' RNA ligase  32.18 
 
 		 200 aa  66.6  0.0000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.784361  hitchhiker  0.00258994 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1013  2'-5' RNA ligase  32.77 
 
 		 179 aa  66.6  0.0000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.231948  normal  0.184793 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1117  2'-5' RNA ligase  30 
 
 		 181 aa  65.5  0.0000000005  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1456  2'-5' RNA ligase family protein  28.72 
 
 		 193 aa  63.5  0.000000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.000000758334  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2732  hypothetical protein  32.56 
 
 		 186 aa  63.2  0.000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3219  hypothetical protein  32.56 
 
 		 186 aa  63.2  0.000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1770  hypothetical protein  32.56 
 
 		 186 aa  63.2  0.000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3686  2'-5' RNA ligase  32.56 
 
 		 186 aa  63.2  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2784  2'-5' RNA ligase  32.56 
 
 		 186 aa  63.2  0.000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1729  2'-5' RNA ligase  31.91 
 
 		 188 aa  63.5  0.000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4070  2'-5' RNA ligase  35.32 
 
 		 194 aa  62.4  0.000000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2786  2'-5' RNA ligase  31.55 
 
 		 214 aa  62.8  0.000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4103  2'-5' RNA ligase  35.82 
 
 		 194 aa  62.4  0.000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3743  2'-5' RNA ligase  31.98 
 
 		 186 aa  61.6  0.000000007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1962  2'-5' RNA ligase  25.67 
 
 		 186 aa  61.6  0.000000007  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000287299  normal  0.896193 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3712  2'-5' RNA ligase  32.14 
 
 		 186 aa  61.6  0.000000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3011  2'-5' RNA ligase  32.35 
 
 		 184 aa  61.6  0.000000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3960  2',5' RNA ligase  35.82 
 
 		 194 aa  61.6  0.000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.250579  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1257  2'-5' RNA ligase  28.5 
 
 		 193 aa  61.6  0.000000008  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000034969  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2391  2'-5' RNA ligase  31.28 
 
 		 184 aa  60.1  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3649  2',5' RNA ligase  31.64 
 
 		 199 aa  60.1  0.00000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1055  2'-5' RNA ligase  31.28 
 
 		 184 aa  60.5  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.2761  normal  0.204579 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1166  2'-5' RNA ligase  33.33 
 
 		 184 aa  60.5  0.00000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0869  2'-5' RNA ligase  33.33 
 
 		 184 aa  60.5  0.00000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1561  2'-5' RNA ligase  28.88 
 
 		 186 aa  60.1  0.00000002  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3040  2'-5' RNA ligase  25.62 
 
 		 189 aa  59.7  0.00000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.308422 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1390  2'-5' RNA ligase  31.21 
 
 		 183 aa  59.7  0.00000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1781  2'-5' RNA ligase  23.78 
 
 		 180 aa  59.7  0.00000003  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2139  2',5' RNA ligase  28.08 
 
 		 190 aa  58.5  0.00000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.207746  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0285  2'-5' RNA ligase  25.27 
 
 		 182 aa  57.8  0.0000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000353357  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2912  2'-5' RNA ligase  33.64 
 
 		 179 aa  57  0.0000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0326  2'-5' RNA ligase  31.89 
 
 		 182 aa  57  0.0000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0571  2'-5' RNA ligase  23.28 
 
 		 187 aa  57.4  0.0000002  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.223285  hitchhiker  0.00111432 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3126  2'-5' RNA ligase  27.96 
 
 		 176 aa  56.6  0.0000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0151301 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0461  2'-5' RNA ligase  31.05 
 
 		 195 aa  57  0.0000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3539  2'-5' RNA ligase  31.16 
 
 		 201 aa  57.4  0.0000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.146255 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4364  2'-5' RNA ligase  34.9 
 
 		 188 aa  56.2  0.0000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3995  2'-5' RNA ligase  34.9 
 
 		 188 aa  56.6  0.0000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0173651  normal  0.591095 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1736  2'-5' RNA ligase  26.04 
 
 		 186 aa  55.8  0.0000004  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.556008 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2011  2'-5' RNA ligase  25.33 
 
 		 194 aa  55.5  0.0000005  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0814  2',5' RNA ligase  29.19 
 
 		 204 aa  55.5  0.0000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0429947  hitchhiker  0.00104301 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1922  2'-5' RNA ligase  31.97 
 
 		 177 aa  55.5  0.0000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3287  2'-5' RNA ligase  35.56 
 
 		 184 aa  55.1  0.0000008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.246816 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0159  2'-5' RNA ligase  31.08 
 
 		 184 aa  55.1  0.0000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0826  2'-5' RNA ligase  31.55 
 
 		 187 aa  54.7  0.0000009  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1234  2 -5 RNA ligase  25.77 
 
 		 193 aa  54.7  0.0000009  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.00152481  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4838  putative 2'-5' RNA ligase family protein  22.42 
 
 		 181 aa  54.3  0.000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.305277  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2529  2'-5' RNA ligase  26.4 
 
 		 190 aa  53.9  0.000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0370  hypothetical protein  29.53 
 
 		 154 aa  54.7  0.000001  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4995  2'-5' RNA ligase  30.82 
 
 		 178 aa  54.3  0.000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0421  putative 2'-5' RNA ligase family protein  22.16 
 
 		 181 aa  53.9  0.000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0369  2'-5' RNA ligase  31.21 
 
 		 187 aa  53.5  0.000002  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.863227  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1768  2'-5' RNA ligase  23.53 
 
 		 182 aa  53.5  0.000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000411765  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0335  2'-5' RNA ligase  31.02 
 
 		 182 aa  53.5  0.000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.19642 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3503  2',5' RNA ligase  31.82 
 
 		 192 aa  52.8  0.000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.968383  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3366  2'-5' RNA ligase  23.6 
 
 		 184 aa  52.8  0.000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0547  2',5' RNA ligase  29.21 
 
 		 178 aa  52.8  0.000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0451393  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0408  2'-5' RNA ligase  19.85 
 
 		 189 aa  52.4  0.000004  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0184  2',5' RNA ligase  26.04 
 
 		 185 aa  52.4  0.000005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4476  2'-5' RNA ligase  33.33 
 
 		 191 aa  52.4  0.000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1078  2',5' RNA ligase  28.57 
 
 		 185 aa  52  0.000006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0503  2'-5' RNA ligase  24.06 
 
 		 183 aa  52  0.000006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000000682832  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0832  2'-5' RNA ligase  30.41 
 
 		 177 aa  52  0.000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.658836  normal  0.059604 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0189  2'-5' RNA ligase  33.04 
 
 		 179 aa  51.6  0.000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0810981  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4845  2'-5' RNA ligase  21.82 
 
 		 181 aa  51.6  0.000009  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8791  2'-5' RNA ligase  33.1 
 
 		 215 aa  51.2  0.00001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.825967 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3617  2'-5' RNA ligase  33.16 
 
 		 189 aa  50.8  0.00001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.000624511  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4598  2'-5' RNA ligase family protein  21.34 
 
 		 181 aa  50.8  0.00002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4435  2'-5' RNA ligase  21.34 
 
 		 181 aa  50.4  0.00002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4955  2'-5' RNA ligase family protein  21.34 
 
 		 181 aa  50.8  0.00002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0196  2',5' RNA ligase  32.14 
 
 		 178 aa  50.1  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.905523 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0533  2',5' RNA ligase  28.57 
 
 		 178 aa  50.4  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.883714  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4820  putative 2'-5' RNA ligase family protein  21.34 
 
 		 181 aa  50.8  0.00002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0322  2'-5' RNA ligase  31.76 
 
 		 179 aa  50.4  0.00002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0821  2'-5' RNA ligase  34.33 
 
 		 188 aa  50.1  0.00002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4815  putative 2'-5' RNA ligase family protein  21.74 
 
 		 181 aa  50.1  0.00002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.797227  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2026  2'-5' RNA ligase  28.74 
 
 		 189 aa  49.7  0.00003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0972486  normal  0.0903404 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0417  2',5' RNA ligase  29.25 
 
 		 178 aa  49.3  0.00004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.347882  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0308  2'-5' RNA ligase  32.61 
 
 		 191 aa  49.3  0.00004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4453  2'-5' RNA ligase  20.5 
 
 		 181 aa  48.9  0.00005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1939  2'-5' RNA ligase  21.93 
 
 		 181 aa  49.3  0.00005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.33767  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0243  2',5' RNA ligase  32 
 
 		 182 aa  48.9  0.00006  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.938124  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2809  2',5' RNA ligase  26.98 
 
 		 183 aa  48.5  0.00006  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.222732 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5904  2'-5' RNA ligase  34.25 
 
 		 298 aa  48.5  0.00007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.230551  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0488  2'-5' RNA ligase  29.15 
 
 		 195 aa  48.5  0.00007  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2282  2'-5' RNA ligase  25.97 
 
 		 188 aa  48.5  0.00007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000216572  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0904  2'-5' RNA ligase  36.27 
 
 		 271 aa  48.5  0.00008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0022796 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0528  2',5' RNA ligase  33.09 
 
 		 178 aa  47.8  0.0001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0172  2'-5' RNA ligase  21.78 
 
 		 182 aa  47.8  0.0001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>