More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc1732 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010086  Bmul_4663  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  79.86 
 
 
446 aa  656    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0108621  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1732  transport system permease transmembrane protein  100 
 
 
420 aa  837    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0286401  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4323  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  80.38 
 
 
423 aa  655    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.554758 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2168  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  80.86 
 
 
418 aa  641    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0193763  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6886  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  79.19 
 
 
425 aa  657    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.653272  normal  0.230244 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3607  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  80.86 
 
 
418 aa  644    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1469  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  86.6 
 
 
422 aa  682    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.633443  hitchhiker  0.0000000331128 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1520  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  87.08 
 
 
422 aa  685    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.030853  normal  0.984041 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2931  spermidine/putrescine ABC transporter inner membrane protein  77.99 
 
 
422 aa  652    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4446  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  80.86 
 
 
418 aa  644    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.126385  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5430  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  79.62 
 
 
462 aa  638    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.105452 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3920  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  80.86 
 
 
418 aa  644    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3298  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  80.48 
 
 
420 aa  639    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.753859  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3814  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  80.71 
 
 
420 aa  640    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.156739  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2499  putative polyamine ABC transporter, permease protein  80.77 
 
 
419 aa  628  1e-179  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0644  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  81.25 
 
 
419 aa  630  1e-179  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0433  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  80.53 
 
 
419 aa  626  1e-178  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2360  putative polyamine ABC transporter, permease protein  80.53 
 
 
419 aa  626  1e-178  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0813  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  80.53 
 
 
419 aa  626  1e-178  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.780468  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0484  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  80.53 
 
 
419 aa  626  1e-178  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1813  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  80.53 
 
 
419 aa  626  1e-178  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.574113  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0595  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.86 
 
 
413 aa  489  1e-137  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2915  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.63 
 
 
416 aa  487  1e-136  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.187641  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4698  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.59 
 
 
418 aa  481  1e-135  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2381  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.9 
 
 
420 aa  478  1e-134  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.916996  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4295  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.44 
 
 
420 aa  472  1e-132  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.193876  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5123  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  59.17 
 
 
415 aa  462  1e-129  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0230497  normal  0.706395 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0564  polyamine ABC transporter, permease protein  57.56 
 
 
415 aa  456  1e-127  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4613  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  57.56 
 
 
415 aa  456  1e-127  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.993847 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2633  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.82 
 
 
423 aa  457  1e-127  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.252621  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0749  polyamine ABC transporter permease  60.25 
 
 
415 aa  449  1e-125  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4789  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.46 
 
 
415 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.966966 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07890  putative permease of ABC transporter  59.57 
 
 
415 aa  447  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00567527 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4001  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.25 
 
 
415 aa  442  1e-123  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0413  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.95 
 
 
415 aa  439  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.155483  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0447  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.95 
 
 
415 aa  441  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.328312 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0444  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.95 
 
 
415 aa  439  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.382081 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0426  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.02 
 
 
424 aa  428  1e-118  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2542  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.88 
 
 
422 aa  402  1e-111  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.275923  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4043  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.92 
 
 
527 aa  404  1e-111  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1870  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.88 
 
 
423 aa  402  1e-111  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2229  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.39 
 
 
422 aa  398  1e-109  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.838973  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1787  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.2 
 
 
423 aa  396  1e-109  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.229456  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2046  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  53.88 
 
 
406 aa  373  1e-102  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.480866  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1337  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.36 
 
 
421 aa  370  1e-101  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3108  spermidine/putrescine ABC transporter permease  50.12 
 
 
421 aa  369  1e-101  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1220  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  50.36 
 
 
421 aa  371  1e-101  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2373  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.89 
 
 
417 aa  365  1e-100  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3471  ABC spermidine/putrescine transporter, innermembrane subunit  49.62 
 
 
417 aa  361  2e-98  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.60984 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6037  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.79 
 
 
421 aa  349  5e-95  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.356927  normal  0.017991 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003667  putative permease of ABC transporter  44.01 
 
 
426 aa  337  1.9999999999999998e-91  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4106  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.58 
 
 
389 aa  327  2.0000000000000001e-88  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0328  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein, putative  44.02 
 
 
412 aa  318  9e-86  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1612  spermidine/putrescine ABC transporter permease  46.4 
 
 
392 aa  313  2.9999999999999996e-84  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7800  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.33 
 
 
424 aa  313  4.999999999999999e-84  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.370122  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0668  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.02 
 
 
424 aa  306  4.0000000000000004e-82  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00457285 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3715  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.31 
 
 
391 aa  303  3.0000000000000004e-81  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1717  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.94 
 
 
393 aa  298  9e-80  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.25226  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4202  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.58 
 
 
411 aa  294  2e-78  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0468  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.49 
 
 
416 aa  291  1e-77  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0532  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.03 
 
 
424 aa  288  1e-76  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.686624  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1884  ABC polyamine/opine transporter, inner membrane subunit  46.76 
 
 
424 aa  286  5.999999999999999e-76  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.343799  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2150  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.77 
 
 
433 aa  286  5.999999999999999e-76  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3461  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.77 
 
 
430 aa  286  7e-76  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.881992  normal 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6320  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.27 
 
 
414 aa  255  1.0000000000000001e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2989  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.86 
 
 
541 aa  249  7e-65  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.263811  normal  0.821949 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1269  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.3 
 
 
557 aa  238  2e-61  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.347255  normal  0.330105 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6114  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.81 
 
 
294 aa  200  3.9999999999999996e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.132934  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1508  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  48.56 
 
 
301 aa  197  3e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0734046  normal  0.0460711 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6152  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.08 
 
 
301 aa  196  6e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6579  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.63 
 
 
302 aa  193  4e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.21378  normal  0.43558 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4994  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.11 
 
 
290 aa  192  8e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3648  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.76 
 
 
288 aa  191  2e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5590  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.84 
 
 
290 aa  183  5.0000000000000004e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2210  ABC transporter, membrane spanning protein (polyamine)  45.78 
 
 
294 aa  182  1e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0568314  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6543  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.33 
 
 
290 aa  179  8e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.548122  normal  0.277874 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1106  polyamine ABC transporter, permease protein, putative  44.22 
 
 
271 aa  179  1e-43  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6248  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.93 
 
 
291 aa  178  2e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.358621 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1589  binding-protein-dependent transporter inner membrane component  46.86 
 
 
303 aa  175  9.999999999999999e-43  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.0639141 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3242  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  40.28 
 
 
314 aa  176  9.999999999999999e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.549497  normal  0.829711 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2485  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.23 
 
 
283 aa  175  9.999999999999999e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0734345  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2367  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.47 
 
 
597 aa  174  2.9999999999999996e-42  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3865  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.93 
 
 
283 aa  171  3e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.783769  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4262  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.33 
 
 
593 aa  170  5e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4875  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.15 
 
 
587 aa  166  9e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.432532 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6090  ABC transporter membrane spanning protein (polyamine)  39.9 
 
 
300 aa  165  1.0000000000000001e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.467049  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1954  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.23 
 
 
305 aa  164  3e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.336194  normal  0.870065 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0312  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.27 
 
 
303 aa  164  4.0000000000000004e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.696873  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7681  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  42.57 
 
 
297 aa  163  5.0000000000000005e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.962209  normal  0.12531 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0632  putrescine ABC transporter, permease protein PotH  44.06 
 
 
326 aa  163  5.0000000000000005e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0371718  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0724  putrescine ABC transporter, permease protein PotH  44.06 
 
 
326 aa  163  5.0000000000000005e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3815  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.18 
 
 
305 aa  163  6e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.972091  normal  0.192229 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2090  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.18 
 
 
305 aa  163  6e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.394579  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3017  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.91 
 
 
328 aa  163  6e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2384  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.91 
 
 
328 aa  163  6e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.833701  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5130  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.79 
 
 
596 aa  163  6e-39  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2998  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.91 
 
 
328 aa  163  6e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.131392  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6347  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  41.04 
 
 
328 aa  162  9e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2812  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  41.04 
 
 
328 aa  162  9e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6067  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.47 
 
 
323 aa  162  9e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>