294 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc0611 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc0611  thiamine biosynthesis lipoprotein apbE precursor transmembrane  100 
 
 		 298 aa  588  1e-167  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.54431 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3433  ApbE family lipoprotein  52.96 
 
 		 287 aa  276  4e-73  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.216077 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1846  ApbE family lipoprotein  45.26 
 
 		 282 aa  186  4e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000243371 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5381  ApbE family lipoprotein  45.26 
 
 		 282 aa  186  4e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.191484 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1180  ApbE-like lipoprotein  43.86 
 
 		 286 aa  182  8.000000000000001e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1565  ApbE family lipoprotein  39.64 
 
 		 277 aa  176  4e-43  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0708  thiamine biosynthesis lipoprotein apbE precursor transmembrane  46.74 
 
 		 287 aa  171  2e-41  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.314159  normal  0.115861 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2627  putative thiamine biosynthesis lipoprotein APBE transmembrane  43.9 
 
 		 292 aa  156  4e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0956093  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0552  ApbE family lipoprotein  35.92 
 
 		 351 aa  130  3e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1800  ApbE family lipoprotein  39.49 
 
 		 279 aa  121  1.9999999999999998e-26  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.000665627  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0416  ApbE-like lipoprotein  33.33 
 
 		 277 aa  117  3e-25  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00253803  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3383  ApbE family lipoprotein  35.21 
 
 		 281 aa  115  6.9999999999999995e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2657  ApbE family protein, putative  36.57 
 
 		 273 aa  115  6.9999999999999995e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00549568  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3457  ApbE family protein, putative  39.13 
 
 		 281 aa  115  8.999999999999998e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000973965  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0906  ApbE family protein, putative  39.13 
 
 		 281 aa  115  8.999999999999998e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00687299  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4467  ApbE family lipoprotein  28.22 
 
 		 309 aa  115  1.0000000000000001e-24  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1575  ApbE-like lipoprotein  34.34 
 
 		 350 aa  113  3e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.121916  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0922  ApbE family protein, putative  38.92 
 
 		 282 aa  112  7.000000000000001e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0767638  normal  0.984962 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3580  ApbE family protein, putative  34.46 
 
 		 281 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.169906 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0957  ApbE family protein, putative  38.92 
 
 		 282 aa  110  3e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.76647  normal  0.566735 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0921  ApbE family protein, putative  38.92 
 
 		 282 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0949043  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1557  ApbE family lipoprotein  38.73 
 
 		 259 aa  110  4.0000000000000004e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.232124 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0237  ApbE family lipoprotein  33.93 
 
 		 335 aa  108  9.000000000000001e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1886  ApbE family lipoprotein  38.19 
 
 		 259 aa  108  2e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00789462  normal  0.699766 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1825  ApbE family lipoprotein  33.85 
 
 		 336 aa  106  6e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1097  ApbE family lipoprotein  26.83 
 
 		 339 aa  105  7e-22  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000910901  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0035  hypothetical protein  36.56 
 
 		 331 aa  105  1e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3758  ApbE family lipoprotein  27.17 
 
 		 316 aa  105  1e-21  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.390614  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1874  ApbE family lipoprotein  31.94 
 
 		 317 aa  102  5e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0211225  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1090  ApbE family protein, putative  34.59 
 
 		 279 aa  102  5e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4038  ApbE family lipoprotein  37.28 
 
 		 386 aa  102  5e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.618341  normal  0.564525 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1216  thiamine biosynthesis lipoprotein  32.18 
 
 		 336 aa  100  2e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5765  ApbE family lipoprotein  27.85 
 
 		 315 aa  100  2e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.734986 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1956  thiamine biosynthesis lipoprotein  30.22 
 
 		 363 aa  97.8  2e-19  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3611  ApbE family lipoprotein  28.42 
 
 		 338 aa  95.5  9e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.698198  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0673  ApbE family lipoprotein  26.25 
 
 		 345 aa  94.4  2e-18  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.38992  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0510  ApbE family lipoprotein  28.79 
 
 		 353 aa  94  2e-18  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00242012  hitchhiker  0.000000000324218 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1484  ApbE family lipoprotein  34.31 
 
 		 369 aa  94  3e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0759035 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1499  ApbE family lipoprotein  26.91 
 
 		 380 aa  93.6  3e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000152679  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1239  ApbE family lipoprotein  31.52 
 
 		 349 aa  93.6  4e-18  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4070  ApbE family lipoprotein  25 
 
 		 335 aa  91.7  1e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.785623  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1063  ApbE family lipoprotein  35.68 
 
 		 362 aa  91.7  1e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3569  membrane protein  28.06 
 
 		 336 aa  91.7  1e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.325217 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1216  ApbE family lipoprotein  31.13 
 
 		 349 aa  91.3  2e-17  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1597  ApbE family lipoprotein  28.57 
 
 		 308 aa  91.3  2e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3991  ApbE family lipoprotein  34.93 
 
 		 341 aa  91.3  2e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.604582 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2411  putative thaimine biosynthesis protein  33.46 
 
 		 362 aa  89.7  5e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1142  ApbE family lipoprotein  35.54 
 
 		 362 aa  89.7  5e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0809507  normal  0.548232 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2533  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  27.34 
 
 		 341 aa  88.2  1e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.903036 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5069  ApbE family lipoprotein  30.07 
 
 		 336 aa  88.2  2e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2363  putative thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  25.09 
 
 		 343 aa  87.8  2e-16  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14840  ApbE family lipoprotein  27.08 
 
 		 360 aa  87  3e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.173743  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0575  ApbE family lipoprotein  33.59 
 
 		 344 aa  87.4  3e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0909  ApbE family lipoprotein  26.17 
 
 		 293 aa  86.7  5e-16  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.503634  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1664  ApbE family lipoprotein  27.14 
 
 		 328 aa  86.3  6e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.517464 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5054  ApbE family lipoprotein  33.33 
 
 		 362 aa  85.5  0.000000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.288464  normal  0.124828 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14280  ApbE family lipoprotein  29.03 
 
 		 336 aa  84.7  0.000000000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  3.71424e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1504  ApbE family lipoprotein  25.87 
 
 		 366 aa  84.7  0.000000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00453066  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0458  ApbE-like lipoprotein  27.44 
 
 		 341 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2292  ApbE family lipoprotein  32.62 
 
 		 365 aa  84  0.000000000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.715586  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1366  thiamine biosynthesis APBE transmembrane protein  34.19 
 
 		 340 aa  84  0.000000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1571  ApbE-like lipoprotein  34.25 
 
 		 331 aa  83.6  0.000000000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2601  ApbE family lipoprotein  41.67 
 
 		 304 aa  83.6  0.000000000000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0516  ApbE family lipoprotein  36.4 
 
 		 336 aa  83.6  0.000000000000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0154508 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0427  ApbE-like lipoprotein  33.9 
 
 		 332 aa  83.2  0.000000000000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.846061  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1925  ApbE family lipoprotein  29.26 
 
 		 349 aa  83.2  0.000000000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1878  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  25.96 
 
 		 367 aa  82.8  0.000000000000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2380  ApbE family lipoprotein  33.57 
 
 		 368 aa  82.8  0.000000000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0353  ApbE family lipoprotein  32.08 
 
 		 350 aa  82.8  0.000000000000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.315811  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1086  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  26.22 
 
 		 343 aa  82.4  0.000000000000009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0234  ApbE family protein  33.48 
 
 		 325 aa  81.3  0.00000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0166965  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1244  ApbE family lipoprotein  24.57 
 
 		 348 aa  81.6  0.00000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.462864  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4169  ApbE family lipoprotein  30.65 
 
 		 346 aa  80.5  0.00000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2491  ApbE family protein  23.6 
 
 		 342 aa  80.5  0.00000000000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0955  ApbE family lipoprotein  27.74 
 
 		 337 aa  80.5  0.00000000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0462769  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4057  ApbE family lipoprotein  30.65 
 
 		 346 aa  80.5  0.00000000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.807087  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00751  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  27.24 
 
 		 350 aa  80.1  0.00000000000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.182367  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3425  ApbE family lipoprotein  26.71 
 
 		 338 aa  79.7  0.00000000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0988  ApbE-like lipoprotein  27.66 
 
 		 370 aa  79.7  0.00000000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000151305  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4919  membrane-associated ApbE-like lipoprotein  33.75 
 
 		 340 aa  79.7  0.00000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0104223 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0214  ApbE family protein  33.48 
 
 		 325 aa  80.1  0.00000000000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4966  ApbE family lipoprotein  31.67 
 
 		 335 aa  79.3  0.00000000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.475076  normal  0.736011 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2411  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE, putative  30.95 
 
 		 310 aa  79.3  0.00000000000008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.39462  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2727  ApbE-like lipoprotein  30.17 
 
 		 355 aa  79  0.00000000000008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.619342  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1387  ApbE-like lipoprotein  27.48 
 
 		 350 aa  79  0.00000000000009  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.184425  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3125  ApbE family lipoprotein  27.24 
 
 		 325 aa  78.6  0.0000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.779525  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3097  ApbE family lipoprotein  28.23 
 
 		 338 aa  78.2  0.0000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1717  ApbE family lipoprotein  28.27 
 
 		 337 aa  78.2  0.0000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.117102  normal  0.0292335 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2875  ApbE family lipoprotein  25.81 
 
 		 338 aa  77.8  0.0000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1601  thiamine biosynthesis membrane-associated lipoprotein  24.25 
 
 		 358 aa  77.8  0.0000000000002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2058  ApbE family protein  29.97 
 
 		 370 aa  77  0.0000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.673444  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1651  ApbE family lipoprotein  33.7 
 
 		 306 aa  77.4  0.0000000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3299  ApbE family lipoprotein  28.69 
 
 		 359 aa  77.4  0.0000000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.753835  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3311  thiamine biosynthesis lipoprotein  28.69 
 
 		 331 aa  77  0.0000000000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.465607  hitchhiker  0.00000384441 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3557  ApbE family lipoprotein  25.18 
 
 		 348 aa  77  0.0000000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0055272  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0996  ApbE family protein  29.97 
 
 		 352 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.167823  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0930  ApbE family lipoprotein  25.18 
 
 		 348 aa  77  0.0000000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.67844  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3160  putative thiamine biosynthesis lipoprotein apbE  28.69 
 
 		 345 aa  77  0.0000000000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2113  ApbE family protein  29.97 
 
 		 352 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3360  ApbE family lipoprotein  25.18 
 
 		 348 aa  77  0.0000000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00766501  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>