More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_4919 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_4919  membrane-associated ApbE-like lipoprotein  100 
 
 		 340 aa  675    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0104223 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1366  thiamine biosynthesis APBE transmembrane protein  74.12 
 
 		 340 aa  482  1e-135  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4169  ApbE family lipoprotein  69.12 
 
 		 346 aa  466  9.999999999999999e-131  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4057  ApbE family lipoprotein  69.12 
 
 		 346 aa  466  9.999999999999999e-131  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.807087  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1484  ApbE family lipoprotein  52.89 
 
 		 369 aa  332  7.000000000000001e-90  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0759035 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3196  ApbE-like lipoprotein  51.21 
 
 		 344 aa  306  3e-82  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.764413  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1063  ApbE family lipoprotein  55.08 
 
 		 362 aa  303  4.0000000000000003e-81  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1142  ApbE family lipoprotein  53.77 
 
 		 362 aa  301  1e-80  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0809507  normal  0.548232 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1956  thiamine biosynthesis lipoprotein  36.54 
 
 		 363 aa  189  5e-47  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0552  ApbE family lipoprotein  34.23 
 
 		 351 aa  189  5.999999999999999e-47  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1825  ApbE family lipoprotein  38.16 
 
 		 336 aa  182  6e-45  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1874  ApbE family lipoprotein  33.22 
 
 		 317 aa  179  4e-44  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0211225  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0561  ApbE-like lipoprotein  30.89 
 
 		 348 aa  177  2e-43  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0673  ApbE family lipoprotein  33.79 
 
 		 345 aa  177  2e-43  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.38992  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1499  ApbE family lipoprotein  31.44 
 
 		 380 aa  176  4e-43  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000152679  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3758  ApbE family lipoprotein  29.24 
 
 		 316 aa  174  2.9999999999999996e-42  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.390614  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4070  ApbE family lipoprotein  30.87 
 
 		 335 aa  174  2.9999999999999996e-42  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.785623  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0510  ApbE family lipoprotein  32.42 
 
 		 353 aa  173  5e-42  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00242012  hitchhiker  0.000000000324218 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3569  membrane protein  32.58 
 
 		 336 aa  171  1e-41  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.325217 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1504  ApbE family lipoprotein  29.97 
 
 		 366 aa  171  1e-41  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00453066  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1244  ApbE family lipoprotein  31.91 
 
 		 348 aa  169  7e-41  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.462864  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4467  ApbE family lipoprotein  27.18 
 
 		 309 aa  166  4e-40  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4038  ApbE family lipoprotein  37.17 
 
 		 386 aa  166  5.9999999999999996e-40  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.618341  normal  0.564525 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1664  ApbE family lipoprotein  31.94 
 
 		 328 aa  163  5.0000000000000005e-39  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.517464 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1216  thiamine biosynthesis lipoprotein  36.3 
 
 		 336 aa  159  9e-38  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2491  ApbE family protein  27.79 
 
 		 342 aa  157  3e-37  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5765  ApbE family lipoprotein  28.86 
 
 		 315 aa  155  1e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.734986 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2363  putative thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  30.77 
 
 		 343 aa  152  7e-36  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0035  hypothetical protein  34.88 
 
 		 331 aa  152  8e-36  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1571  ApbE-like lipoprotein  36.69 
 
 		 331 aa  150  4e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2292  ApbE family lipoprotein  37.84 
 
 		 365 aa  149  6e-35  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.715586  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2380  ApbE family lipoprotein  37.84 
 
 		 368 aa  149  6e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1523  ApbE family lipoprotein  29.33 
 
 		 350 aa  149  6e-35  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0976  ApbE family lipoprotein  31.53 
 
 		 346 aa  146  4.0000000000000006e-34  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.402435  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1338  ApbE family lipoprotein  30.36 
 
 		 339 aa  145  1e-33  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.337899  unclonable  0.00000141849 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2614  ApbE family protein  27.54 
 
 		 371 aa  144  2e-33  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1144  ApbE family lipoprotein  31.16 
 
 		 338 aa  143  4e-33  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.301499  normal  0.219283 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14280  ApbE family lipoprotein  30.97 
 
 		 336 aa  143  4e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  3.71424e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2654  ApbE family lipoprotein  38.95 
 
 		 326 aa  141  9.999999999999999e-33  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.131589 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3494  ApbE family lipoprotein  33.97 
 
 		 323 aa  141  9.999999999999999e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.960386  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2624  ApbE family lipoprotein  31.27 
 
 		 323 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.53738  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14840  ApbE family lipoprotein  28.71 
 
 		 360 aa  140  3.9999999999999997e-32  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.173743  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1217  membrane-associated lipoprotein for thiamine biosynthesis  27.68 
 
 		 361 aa  139  7e-32  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.000151125  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1097  ApbE family lipoprotein  30.15 
 
 		 339 aa  137  3.0000000000000003e-31  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000910901  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1569  ApbE family protein  37.7 
 
 		 306 aa  134  1.9999999999999998e-30  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.339212  normal  0.0160978 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2350  ApbE family lipoprotein  30.83 
 
 		 323 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3125  ApbE family lipoprotein  33.21 
 
 		 325 aa  134  1.9999999999999998e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.779525  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2557  ApbE family lipoprotein  33.2 
 
 		 321 aa  133  3.9999999999999996e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0513612 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2813  ApbE family lipoprotein  35.08 
 
 		 308 aa  131  2.0000000000000002e-29  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000198345  hitchhiker  0.00117663 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1160  thiamine biosynthesis lipoprotein  30.56 
 
 		 337 aa  131  2.0000000000000002e-29  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.483438  normal  0.262417 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3036  ApbE family lipoprotein  28.57 
 
 		 381 aa  129  5.0000000000000004e-29  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000000431252  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1387  ApbE-like lipoprotein  29.24 
 
 		 350 aa  129  9.000000000000001e-29  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.184425  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21060  thiamine biosynthesis lipoprotein  36.59 
 
 		 320 aa  127  3e-28  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5069  ApbE family lipoprotein  29.75 
 
 		 336 aa  127  3e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0237  ApbE family lipoprotein  31.63 
 
 		 335 aa  127  3e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1595  ApbE/NosX family protein  30.79 
 
 		 344 aa  127  4.0000000000000003e-28  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.0000126725  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2326  ApbE family protein  33.55 
 
 		 352 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.211712  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00140  thiamine biosynthesis lipoprotein  32.71 
 
 		 313 aa  126  4.0000000000000003e-28  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.594186 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1216  ApbE family lipoprotein  32.33 
 
 		 349 aa  126  5e-28  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1239  ApbE family lipoprotein  32.67 
 
 		 349 aa  126  5e-28  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2727  ApbE-like lipoprotein  31.85 
 
 		 355 aa  125  1e-27  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.619342  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0575  ApbE family lipoprotein  34.75 
 
 		 344 aa  125  1e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00751  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  30.27 
 
 		 350 aa  125  1e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.182367  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0353  ApbE family lipoprotein  33.33 
 
 		 350 aa  125  1e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.315811  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1601  thiamine biosynthesis membrane-associated lipoprotein  24.1 
 
 		 358 aa  125  1e-27  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3767  ApbE family lipoprotein  30.88 
 
 		 417 aa  125  1e-27  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.301189  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0264  ApbE family lipoprotein  29.27 
 
 		 320 aa  125  1e-27  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.398879  normal  0.351019 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0350  ApbE family lipoprotein  35.29 
 
 		 339 aa  124  2e-27  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0996  ApbE family protein  32.57 
 
 		 352 aa  124  2e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.167823  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0009  ApbE-like lipoprotein  29.73 
 
 		 346 aa  124  2e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.109653  normal  0.0510654 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2411  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE, putative  37.22 
 
 		 310 aa  124  3e-27  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.39462  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1081  ApbE family protein  25.89 
 
 		 312 aa  124  3e-27  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0283392  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2113  ApbE family protein  32.57 
 
 		 352 aa  124  3e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2058  ApbE family protein  32.57 
 
 		 370 aa  124  3e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.673444  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2243  ApbE family lipoprotein  35.44 
 
 		 327 aa  123  4e-27  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.208149 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0693  ApbE family lipoprotein  35.71 
 
 		 379 aa  123  5e-27  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21260  thiamine biosynthesis lipoprotein  36 
 
 		 306 aa  122  6e-27  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1575  ApbE-like lipoprotein  33.33 
 
 		 350 aa  122  8e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.121916  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1478  thiamine biosynthesis lipoprotein  30.06 
 
 		 357 aa  122  9e-27  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000175227  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1563  carboxynorspermidine decarboxylase  35.85 
 
 		 312 aa  121  9.999999999999999e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2215  ApbE family lipoprotein  25.36 
 
 		 330 aa  121  9.999999999999999e-27  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0332053  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1597  ApbE family lipoprotein  27.21 
 
 		 308 aa  121  1.9999999999999998e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3233  ApbE family lipoprotein  33.09 
 
 		 344 aa  120  3e-26  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000188784  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0788  thiamine biosynthesis lipoprotein  29.76 
 
 		 297 aa  120  3e-26  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2411  putative thaimine biosynthesis protein  32.85 
 
 		 362 aa  120  3.9999999999999996e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1342  ApbE family lipoprotein  30.48 
 
 		 344 aa  120  3.9999999999999996e-26  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  decreased coverage  0.00000274029  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05540  hypothetical protein  25.65 
 
 		 323 aa  120  3.9999999999999996e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1225  ApbE-like lipoprotein  32.09 
 
 		 322 aa  119  4.9999999999999996e-26  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.65797  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05200  thiamine biosynthesis lipoprotein  32.25 
 
 		 332 aa  119  6e-26  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.666118  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0936  ApbE family lipoprotein  30.82 
 
 		 349 aa  119  9.999999999999999e-26  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0317624  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1461  ApbE family lipoprotein  29 
 
 		 345 aa  119  9.999999999999999e-26  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0129  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  30.93 
 
 		 361 aa  118  1.9999999999999998e-25  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.791974  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1651  ApbE family lipoprotein  35.36 
 
 		 306 aa  117  3e-25  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0414  membrane-associated lipoprotein for thiamine biosynthesis  29.73 
 
 		 325 aa  116  3.9999999999999997e-25  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0146647  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2638  ApbE family lipoprotein  30.8 
 
 		 344 aa  116  5e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.489922  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2693  ApbE family lipoprotein  28.75 
 
 		 352 aa  116  6.9999999999999995e-25  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00390804 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1803  thiamine biosynthesis lipoprotein  29.51 
 
 		 349 aa  115  7.999999999999999e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2906  ApbE family lipoprotein  35.66 
 
 		 347 aa  115  7.999999999999999e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1746  thiamine biosynthesis membrane-associated lipoprotein  31.37 
 
 		 308 aa  115  1.0000000000000001e-24  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.000000775168  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2166  putative lipoprotein  33.85 
 
 		 342 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>