More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc0163 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc0163  lipoprotein  100 
 
 		 311 aa  617  1e-176  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0904469  normal  0.961053 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0055  secretion protein HlyD family protein  86.67 
 
 		 324 aa  479  1e-134  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.873688  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0052  secretion protein HlyD family protein  86.67 
 
 		 324 aa  480  1e-134  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0350  secretion protein HlyD  64.86 
 
 		 320 aa  332  4e-90  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0409  secretion protein HlyD  65.22 
 
 		 332 aa  327  1.0000000000000001e-88  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4329  secretion protein HlyD family protein  59.55 
 
 		 327 aa  317  2e-85  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1744  HlyD family secretion protein  60.27 
 
 		 321 aa  305  5.0000000000000004e-82  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0223446  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1719  secretion protein HlyD  53.05 
 
 		 315 aa  300  2e-80  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0706497  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3691  secretion protein HlyD family protein  61.87 
 
 		 320 aa  287  1e-76  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.951717  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4164  secretion protein HlyD family protein  61.33 
 
 		 320 aa  285  9e-76  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.571077  normal  0.349969 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3452  HlyD family secretion protein  46.78 
 
 		 326 aa  242  7e-63  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.349475  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0700  putative lipoprotein  44.98 
 
 		 359 aa  231  2e-59  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1084  HlyD family secretion protein  44.92 
 
 		 356 aa  224  2e-57  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.335201 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0146  auxiliary membrane fusion protein family transporter  38.74 
 
 		 326 aa  206  3e-52  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000237701  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2054  periplasmic component of efflux system  38.41 
 
 		 332 aa  205  6e-52  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3131  secretion protein HlyD  44.26 
 
 		 344 aa  196  3e-49  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0978227  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1342  HlyD family secretion protein  35.37 
 
 		 317 aa  178  1e-43  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0456  secretion protein HlyD family protein  42.31 
 
 		 324 aa  172  7.999999999999999e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.119386  normal  0.109818 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2925  secretion protein HlyD family protein  36.11 
 
 		 314 aa  163  3e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2707  secretion protein HlyD family protein  40.21 
 
 		 328 aa  158  1e-37  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0650452  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0402  HlyD family secretion protein  38.21 
 
 		 314 aa  156  5.0000000000000005e-37  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0463  HlyD family secretion protein  37.87 
 
 		 314 aa  155  9e-37  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4665  secretion protein HlyD family protein  40.66 
 
 		 328 aa  149  4e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.267783  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0717  hypothetical protein  34.11 
 
 		 257 aa  148  1.0000000000000001e-34  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.369321  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0506  secretion protein HlyD family protein  36.79 
 
 		 317 aa  148  1.0000000000000001e-34  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1792  putative efflux protein  32.57 
 
 		 266 aa  145  1e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.0000336857  normal  0.255323 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4312  hypothetical protein  33.44 
 
 		 267 aa  144  2e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5305  hypothetical protein  31.61 
 
 		 258 aa  142  9e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.141224 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5057  secretion protein HlyD family protein  39.93 
 
 		 313 aa  142  9.999999999999999e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3668  putative efflux protein  31.31 
 
 		 263 aa  132  6e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.285174  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2904  secretion protein HlyD family protein  31.54 
 
 		 329 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.839486  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1035  secretion protein HlyD  41.84 
 
 		 324 aa  127  3e-28  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.833081  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2440  secretion protein HlyD family protein  40.8 
 
 		 265 aa  123  5e-27  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.41732 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1705  HlyD family secretion protein  31.72 
 
 		 308 aa  108  2e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3107  secretion protein HlyD family protein  37.46 
 
 		 355 aa  105  1e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.128244  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5975  hypothetical protein  35.29 
 
 		 382 aa  100  3e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1586  secretion protein HlyD family protein  26.39 
 
 		 328 aa  97.8  2e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.125031  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2823  HlyD family secretion protein  29.11 
 
 		 329 aa  97.1  3e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69090  hypothetical protein  34.6 
 
 		 357 aa  97.1  4e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0659  secretion protein HlyD  28.66 
 
 		 335 aa  96.7  5e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0195539 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2750  secretion protein HlyD family protein  31.67 
 
 		 337 aa  94  3e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2575  secretion protein HlyD family protein  31.67 
 
 		 337 aa  93.2  5e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2642  secretion protein HlyD family protein  31.67 
 
 		 337 aa  92.4  8e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3464  secretion protein HlyD  30.14 
 
 		 335 aa  92  1e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0875  secretion protein HlyD family protein  25.91 
 
 		 315 aa  92  1e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.316135 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3278  secretion protein HlyD family protein  31.72 
 
 		 333 aa  91.7  2e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2446  secretion protein HlyD  23.91 
 
 		 331 aa  90.5  3e-17  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0391443  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0971  secretion protein HlyD family protein  31.14 
 
 		 333 aa  90.1  4e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.70003 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1420  secretion protein HlyD family protein  29.76 
 
 		 332 aa  89.7  6e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8104  secretion protein HlyD family protein  31.4 
 
 		 354 aa  89  9e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1147  secretion protein HlyD family protein  29.73 
 
 		 328 aa  88.2  2e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000143256  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0760  secretion protein HlyD family protein  31.27 
 
 		 363 aa  87.8  2e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.92181  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2339  secretion protein HylD  30.48 
 
 		 357 aa  87.4  2e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.581598  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0916  secretion protein HlyD family protein  30.36 
 
 		 335 aa  87.8  2e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2900  hypothetical protein  29.55 
 
 		 328 aa  87.4  3e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.441654  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2812  hypothetical protein  29.55 
 
 		 328 aa  87.4  3e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.659594  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1493  secretion protein HlyD family protein  28.52 
 
 		 332 aa  87.4  3e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.172966  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1549  secretion protein HlyD family protein  29.01 
 
 		 372 aa  87.4  3e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0317  secretion protein HlyD family protein  30.59 
 
 		 354 aa  86.7  4e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1329  hypothetical protein  29.66 
 
 		 328 aa  84  0.000000000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1513  secretion protein HlyD family protein  28.42 
 
 		 384 aa  83.6  0.000000000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0169  secretion protein HlyD  30.22 
 
 		 356 aa  82.8  0.000000000000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2179  secretion protein HlyD family protein  32.04 
 
 		 467 aa  82.8  0.000000000000007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00129  probable membrane fusion protein (HlyD family of secretion proteins) linked to ABC efflux pumps  27.65 
 
 		 350 aa  82.4  0.000000000000009  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.000116655  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2370  secretion protein HlyD  29.18 
 
 		 344 aa  81.6  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.972198  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0506  secretion protein HlyD family protein  27.86 
 
 		 324 aa  81.6  0.00000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3420  secretion protein HlyD family protein  30.11 
 
 		 357 aa  82  0.00000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2833  secretion protein HlyD family protein  28.08 
 
 		 383 aa  81.6  0.00000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.121026  normal  0.828234 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3813  secretion protein HlyD family protein  27.5 
 
 		 324 aa  80.9  0.00000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.103325  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3445  secretion protein HlyD family protein  31.91 
 
 		 359 aa  81.6  0.00000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.858033 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2810  secretion protein HlyD family protein  25.22 
 
 		 368 aa  80.9  0.00000000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.653473 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0527  secretion protein HlyD family protein  27.5 
 
 		 324 aa  80.5  0.00000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0568004  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0531  secretion protein HlyD family protein  27.5 
 
 		 324 aa  80.5  0.00000000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1522  secretion protein HlyD family protein  27.74 
 
 		 378 aa  79.7  0.00000000000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03337  predicted HlyD family secretion protein  30.55 
 
 		 355 aa  79.3  0.00000000000009  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3776  MFP family transporter  30.55 
 
 		 355 aa  79.3  0.00000000000009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0228  secretion protein HlyD family protein  30.55 
 
 		 355 aa  79.3  0.00000000000009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4832  auxiliary transport protein, membrane fusion protein (MFP) family  30.55 
 
 		 355 aa  79  0.00000000000009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03289  hypothetical protein  30.55 
 
 		 355 aa  79.3  0.00000000000009  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3686  MFP family transporter  31.27 
 
 		 355 aa  79  0.0000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3835  auxiliary transport protein, membrane fusion protein (MFP) family  30.18 
 
 		 355 aa  78.6  0.0000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1823  secretion protein HlyD family protein  29.9 
 
 		 355 aa  78.6  0.0000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0227  secretion protein HlyD family protein  30.18 
 
 		 355 aa  77.8  0.0000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2942  hypothetical protein  28.92 
 
 		 342 aa  77.8  0.0000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.495568  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3000  hypothetical protein  30.85 
 
 		 337 aa  77.8  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1521  hypothetical protein  28.92 
 
 		 342 aa  77.8  0.0000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0176899  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3639  secretion protein HlyD family protein  27.99 
 
 		 324 aa  78.2  0.0000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0583  secretion protein HlyD family protein  26.33 
 
 		 324 aa  77.4  0.0000000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0129  hypothetical protein  29.69 
 
 		 344 aa  77.4  0.0000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.993938  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6207  secretion protein HlyD family protein  32.99 
 
 		 357 aa  77  0.0000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.19774 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3960  secretion protein HlyD family protein  29.45 
 
 		 355 aa  76.6  0.0000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1611  secretion protein HlyD  26.1 
 
 		 341 aa  76.6  0.0000000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.306933  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2115  secretion protein HlyD family protein  24.16 
 
 		 334 aa  76.3  0.0000000000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.441068  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1902  secretion protein HlyD  25.07 
 
 		 395 aa  76.3  0.0000000000006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0432629  normal  1 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9216  HlyD family secretion protein  27.64 
 
 		 356 aa  76.3  0.0000000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0017  secretion protein HlyD family protein  29.02 
 
 		 332 aa  76.3  0.0000000000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3463  secretion protein HlyD family protein  27.65 
 
 		 324 aa  75.9  0.0000000000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1250  hypothetical protein  27.3 
 
 		 322 aa  75.9  0.0000000000009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.249085  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0488  secretion protein HlyD family protein  27.65 
 
 		 324 aa  75.5  0.0000000000009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4203  hypothetical protein  24.92 
 
 		 316 aa  75.1  0.000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.99855  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>