More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS02059 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003296  RS02059  porin signal peptide protein  100 
 
 		 347 aa  696    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.000217082  normal  0.648974 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5031  porin  57.47 
 
 		 357 aa  389  1e-107  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4416  porin Gram-negative type  55.77 
 
 		 354 aa  376  1e-103  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4306  porin Gram-negative type  55.77 
 
 		 354 aa  376  1e-103  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.273779  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05376  porin signal peptide protein  47.55 
 
 		 368 aa  296  4e-79  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0326647 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0189  porin Gram-negative type  39.27 
 
 		 362 aa  209  4e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.615373  hitchhiker  0.00390966 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1936  OmpC family outer membrane porin  38.9 
 
 		 369 aa  208  1e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000000467885  normal  0.0609572 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3372  porin Gram-negative type  35.75 
 
 		 376 aa  202  7e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3091  outer membrane porin signal peptide protein  36.48 
 
 		 376 aa  201  1.9999999999999998e-50  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.314497  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3025  porin Gram-negative type  35.75 
 
 		 376 aa  199  6e-50  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0973  OmpC family outer membrane porin  37.5 
 
 		 393 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000310087  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0061  porin  35.11 
 
 		 363 aa  196  3e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0431794  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2282  porin  37.2 
 
 		 357 aa  195  1e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2074  porin  37.74 
 
 		 360 aa  192  6e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3347  porin Gram-negative type  35.39 
 
 		 348 aa  187  2e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.735046 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2855  putative outer membrane porin signal peptide protein  35.79 
 
 		 389 aa  184  3e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3000  porin Gram-negative type  35.11 
 
 		 348 aa  184  3e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5721  outer membrane porin  38.95 
 
 		 352 aa  182  9.000000000000001e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2735  porin Gram-negative type  34.92 
 
 		 392 aa  177  2e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.396659  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2863  porin Gram-negative type  35.18 
 
 		 374 aa  177  2e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.180964 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3100  porin Gram-negative type  34.92 
 
 		 392 aa  177  2e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3064  porin Gram-negative type  34.96 
 
 		 386 aa  176  4e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3410  porin Gram-negative type  34.96 
 
 		 386 aa  176  5e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.670382 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5539  porin  35.73 
 
 		 386 aa  174  1.9999999999999998e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1323  outer membrane porin protein precursor  37.11 
 
 		 357 aa  173  5e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3099  outer membrane porin  37.11 
 
 		 354 aa  173  5e-42  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.345873  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2974  outer membrane porin  37.11 
 
 		 354 aa  173  5e-42  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.598026  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3905  porin  33.08 
 
 		 413 aa  171  1e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3210  porin Gram-negative type  36.59 
 
 		 368 aa  171  2e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2059  porin Gram-negative type  35.19 
 
 		 351 aa  170  4e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.806422 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6771  porin Gram-negative type  35.32 
 
 		 379 aa  169  5e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0165431  normal  0.243338 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2320  outer membrane protein (porin)-like  33.51 
 
 		 381 aa  165  9e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5216  porin  36.34 
 
 		 354 aa  165  1.0000000000000001e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0260  porin  33.5 
 
 		 378 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3345  outer membrane porin, putative  33.08 
 
 		 377 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3333  porin  33.08 
 
 		 377 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2079  porin  33.08 
 
 		 377 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3014  porin  33.08 
 
 		 377 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4991  porin  33.42 
 
 		 393 aa  163  3e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.156454  normal  0.214455 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2933  putative porin signal peptide protein  34.63 
 
 		 379 aa  162  6e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4344  porin  33.25 
 
 		 371 aa  162  6e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0484  outer membrane porin protein precursor  33.08 
 
 		 377 aa  162  7e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0302  outer membrane porin  33.08 
 
 		 377 aa  162  7e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0289  outer membrane porin  33.59 
 
 		 377 aa  162  9e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5778  porin  34.15 
 
 		 358 aa  161  1e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.431185 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1639  porin  38.04 
 
 		 367 aa  160  2e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0946277  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5137  porin  34.55 
 
 		 368 aa  160  3e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6305  porin  34.38 
 
 		 356 aa  160  4e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6252  porin  34.1 
 
 		 353 aa  159  1e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4834  putative outer membrane pore protein (gram-negative type)  34.64 
 
 		 353 aa  158  1e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000215004  normal  0.0137442 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6127  porin  33.24 
 
 		 355 aa  157  2e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000616948  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5757  outer membrane porin  33.67 
 
 		 387 aa  157  3e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6734  outer membrane protein (porin)  36.1 
 
 		 394 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0780973  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3002  porin  32.71 
 
 		 373 aa  155  7e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.703821  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4491  porin  35.45 
 
 		 358 aa  155  8e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.450812  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4768  porin  35.64 
 
 		 384 aa  155  8e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0225  outer membrane protein (porin)  34.45 
 
 		 383 aa  154  1e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.436147  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3234  porin  33.24 
 
 		 401 aa  155  1e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2708  porin  33.91 
 
 		 400 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2478  outer membrane protein (porin)  34.59 
 
 		 385 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.917959 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2134  porin  34.51 
 
 		 387 aa  153  4e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.543846  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3027  porin  32.13 
 
 		 373 aa  151  2e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2394  porin  32.13 
 
 		 373 aa  151  2e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.636281  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5118  outer membrane porin  33.06 
 
 		 355 aa  151  2e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3008  porin  32.13 
 
 		 373 aa  151  2e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1266  porin  35.75 
 
 		 386 aa  150  3e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.162269 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1240  porin  35.75 
 
 		 386 aa  150  3e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.382217  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3052  porin  32.45 
 
 		 384 aa  150  3e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6354  outer membrane protein, (porin)  32.45 
 
 		 373 aa  150  3e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.401571  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4800  porin  34.54 
 
 		 367 aa  150  4e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0160312  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2582  porin  33.42 
 
 		 400 aa  149  5e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1733  porin  33.25 
 
 		 398 aa  149  5e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0848216  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2917  porin  32.18 
 
 		 384 aa  149  7e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5974  porin OmpC  33.79 
 
 		 355 aa  149  8e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0182107  normal  0.0474626 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1756  porin Gram-negative type  33.79 
 
 		 355 aa  149  8e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.448713 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1357  porin  33.58 
 
 		 386 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0495362  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1338  porin  33.67 
 
 		 386 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.490298  normal  0.0334295 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4594  porin  35.47 
 
 		 376 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.561867 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0875  porin  33.58 
 
 		 386 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2990  porin  35.83 
 
 		 387 aa  148  2.0000000000000003e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0177619  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5311  porin  35.2 
 
 		 386 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3342  porin  35.2 
 
 		 386 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00592431 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3786  putative outer membrane porin  34.24 
 
 		 391 aa  146  4.0000000000000006e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3876  porin  37.43 
 
 		 385 aa  147  4.0000000000000006e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.311637  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3528  OmpC family outer membrane porin  32.28 
 
 		 372 aa  146  5e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.169266 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3374  porin  36.36 
 
 		 385 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6199  porin  33.77 
 
 		 394 aa  146  7.0000000000000006e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.687747  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1471  OmpC family outer membrane porin  33.94 
 
 		 371 aa  146  7.0000000000000006e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.620688  normal  0.0669938 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0350  OmpC family outer membrane porin  33.6 
 
 		 372 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000145681  hitchhiker  0.00000929748 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3097  porin  33.24 
 
 		 402 aa  145  1e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2894  OmpC family outer membrane porin  34.85 
 
 		 387 aa  145  1e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.33569  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1237  porin  33.51 
 
 		 394 aa  144  2e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4239  outer membrane porin  33.42 
 
 		 377 aa  144  2e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.983201  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7084  outer membrane protein (porin)  33.77 
 
 		 394 aa  144  2e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6618  porin Gram-negative type  32.02 
 
 		 350 aa  144  2e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6595  porin  33.51 
 
 		 394 aa  144  2e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.924404  normal  0.0790344 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3798  porin  35.42 
 
 		 375 aa  144  2e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0973702 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3855  porin  34.09 
 
 		 388 aa  144  3e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4500  outer membrane protein, (porin)  32.9 
 
 		 386 aa  144  3e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.048827  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2684  porin  36 
 
 		 402 aa  144  3e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.835836  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>