More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0605 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_0605  regulatory proteins, IclR  100 
 
 		 243 aa  492  9.999999999999999e-139  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5040  transcriptional regulator, IclR family  90.08 
 
 		 243 aa  452  1.0000000000000001e-126  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4394  IclR family transcriptional regulator family  35.87 
 
 		 336 aa  135  4e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0442658  normal  0.275605 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4716  transcriptional regulator, IclR family  35.86 
 
 		 245 aa  131  1.0000000000000001e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4517  regulatory protein, IclR  34.58 
 
 		 255 aa  126  3e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.530625  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1642  IclR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 247 aa  122  7e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.338475  normal  0.153676 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1572  IclR family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 247 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0370671 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4817  IclR family transcriptional regulator  31.17 
 
 		 247 aa  120  3e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.384435 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1587  IclR family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 247 aa  119  6e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.236869  normal  0.497654 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1189  IclR family transcriptional regulator  30.47 
 
 		 247 aa  118  7e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1669  IclR family transcriptional regulator  30.47 
 
 		 247 aa  118  7e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.307399  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1568  IclR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 247 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3765  IclR family transcriptional regulator  33.18 
 
 		 272 aa  110  1.0000000000000001e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0150652 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3853  IclR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 263 aa  100  1e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.532852  hitchhiker  0.00959131 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0178  transcriptional regulator, IclR family  30 
 
 		 281 aa  93.2  3e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4762  transcriptional regulator, IclR family  27.31 
 
 		 248 aa  92.4  5e-18  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1180  IclR family transcriptional regulator  27.19 
 
 		 267 aa  92.4  6e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.000000000000286827  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3866  IclR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 246 aa  91.3  1e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.540674  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3872  regulatory protein, IclR  29.22 
 
 		 245 aa  91.7  1e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.207868  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4038  transcriptional regulator, IclR family  32.51 
 
 		 260 aa  91.3  1e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4864  transcriptional regulator IclR  26.67 
 
 		 254 aa  91.7  1e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.727357  normal  0.5186 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1156  transcriptional regulator, IclR family  27.47 
 
 		 256 aa  90.5  2e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0417534  hitchhiker  0.00000481305 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1318  IclR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 275 aa  90.9  2e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.486749  normal  0.878274 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5943  transcriptional regulator, IclR family  29.71 
 
 		 257 aa  90.9  2e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0849  regulatory proteins, IclR  28.91 
 
 		 276 aa  89.4  5e-17  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2600  IclR family transcriptional regulator  28.25 
 
 		 249 aa  89  7e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.248836 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4433  regulatory proteins, IclR  26.8 
 
 		 254 aa  88.2  1e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.343959  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0668  transcriptional regulator, IclR family  23.83 
 
 		 257 aa  87.4  2e-16  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000062061  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3702  transcriptional regulator, IclR family  25.71 
 
 		 252 aa  87  3e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.8457  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2713  IclR family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 281 aa  87  3e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0235576  normal  0.170928 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4434  transcriptional repressor IclR  27.95 
 
 		 274 aa  85.9  5e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4597  transcriptional repressor IclR  27.95 
 
 		 274 aa  85.9  5e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4524  transcriptional repressor IclR  27.95 
 
 		 274 aa  85.9  5e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4521  transcriptional repressor IclR  27.95 
 
 		 274 aa  85.9  5e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.693212  normal  0.182303 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4399  transcriptional repressor IclR  27.95 
 
 		 274 aa  85.9  5e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.241135  normal  0.788445 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16320  Transcriptional regulator IclR  26.34 
 
 		 255 aa  85.5  6e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  7.446e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1798  regulatory protein IclR  28.99 
 
 		 279 aa  85.9  6e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.334584  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0417  IclR family transcriptional regulator  26.85 
 
 		 252 aa  85.5  7e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0284942  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0712  transcriptional regulator, IclR family  28.38 
 
 		 265 aa  84.7  0.000000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.93668  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0315  regulatory protein, IclR  28.39 
 
 		 279 aa  85.1  0.000000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.24948  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3952  transcriptional repressor IclR  27.05 
 
 		 277 aa  84.7  0.000000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.398782  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3776  transcriptional repressor IclR  27.05 
 
 		 276 aa  84.7  0.000000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5946  IclR family transcriptional regulator  25 
 
 		 266 aa  84.3  0.000000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5307  IclR family transcriptional regulator  29 
 
 		 255 aa  84  0.000000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.144609  normal  0.0901346 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3826  transcriptional regulator, IclR family  26.17 
 
 		 278 aa  83.6  0.000000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03890  DNA-binding transcriptional repressor  27.27 
 
 		 274 aa  83.6  0.000000000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3979  transcriptional regulator, IclR family  27.27 
 
 		 274 aa  83.6  0.000000000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0514  IclR family transcriptional regulator  23.56 
 
 		 260 aa  83.6  0.000000000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.000101936  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2240  regulatory protein, IclR  27.43 
 
 		 262 aa  83.6  0.000000000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4471  transcriptional repressor IclR  27.27 
 
 		 274 aa  83.6  0.000000000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.215784  normal  0.0860899 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3258  IclR family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 278 aa  83.2  0.000000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03850  hypothetical protein  27.27 
 
 		 274 aa  83.6  0.000000000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2596  IclR family transcriptional regulator  28.64 
 
 		 268 aa  83.2  0.000000000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.800266  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4254  transcriptional repressor IclR  27.27 
 
 		 274 aa  83.6  0.000000000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.084393  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4012  transcriptional repressor IclR  27.27 
 
 		 274 aa  83.6  0.000000000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.992009  normal  0.0359052 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4562  transcriptional repressor IclR  27.27 
 
 		 274 aa  83.6  0.000000000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2225  Transcriptional regulator IclR  26.51 
 
 		 249 aa  83.6  0.000000000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5488  transcriptional repressor IclR  27.27 
 
 		 274 aa  83.6  0.000000000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.901357  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0656  transcriptional regulator, IclR family  24.68 
 
 		 260 aa  82.8  0.000000000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000253097  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5545  regulatory protein, IclR  25.44 
 
 		 251 aa  82.8  0.000000000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6219  IclR family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 254 aa  82.4  0.000000000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3835  transcriptional regulator, IclR family  24.88 
 
 		 271 aa  82  0.000000000000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.790714  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30950  transcriptional regulator, IclR family  30.65 
 
 		 277 aa  82  0.000000000000007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.648334  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3027  IclR family transcriptional regulator  24.44 
 
 		 260 aa  81.6  0.000000000000009  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000289902  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3333  transcriptional regulator, IclR family  26.51 
 
 		 252 aa  81.6  0.00000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.950577  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0221  transcriptional repressor IclR  26.24 
 
 		 275 aa  81.3  0.00000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0850662 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2170  IclR family transcriptional regulator  30.05 
 
 		 252 aa  80.5  0.00000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1462  transcriptional regulator, TrmB  26.53 
 
 		 261 aa  80.5  0.00000000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.890968  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3676  IclR family transcriptional regulator  27.4 
 
 		 260 aa  80.5  0.00000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6969  IclR family transcriptional regulator  29.06 
 
 		 283 aa  80.5  0.00000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.255259  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5128  transcriptional regulator, IclR family  25.93 
 
 		 251 aa  80.9  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2930  regulatory proteins, IclR  26.58 
 
 		 243 aa  80.1  0.00000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.232832  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2006  IclR family transcriptional regulator  26.13 
 
 		 274 aa  80.1  0.00000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0669  transcriptional regulator, IclR family  23.81 
 
 		 260 aa  79.3  0.00000000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  1.4595400000000001e-34 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00456  DNA-binding transcriptional repressor  24.89 
 
 		 271 aa  79  0.00000000000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.832726  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3106  transcriptional regulator, IclR family  24.89 
 
 		 271 aa  79  0.00000000000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3829  transcriptional regulator, IclR family  26.77 
 
 		 264 aa  79  0.00000000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.602522  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0580  DNA-binding transcriptional repressor AllR  24.89 
 
 		 271 aa  79  0.00000000000006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0543  DNA-binding transcriptional repressor AllR  24.89 
 
 		 271 aa  79  0.00000000000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3116  DNA-binding transcriptional repressor AllR  24.89 
 
 		 271 aa  79  0.00000000000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.129581 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00461  hypothetical protein  24.89 
 
 		 271 aa  79  0.00000000000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0440  DNA-binding transcriptional repressor AllR  24.89 
 
 		 271 aa  79  0.00000000000006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0717823  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1596  regulatory proteins, IclR  26.84 
 
 		 241 aa  79  0.00000000000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.134859 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1993  IclR family transcriptional regulator  24.77 
 
 		 275 aa  79  0.00000000000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.080856  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0549  DNA-binding transcriptional repressor AllR  24.89 
 
 		 256 aa  79  0.00000000000007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0607  DNA-binding transcriptional repressor AllR  24.89 
 
 		 256 aa  79  0.00000000000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2257  IclR family transcriptional regulator  27.39 
 
 		 259 aa  79  0.00000000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.115222 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4000  regulatory proteins, IclR  24.88 
 
 		 294 aa  79  0.00000000000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.198619  normal  0.0339341 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1993  IclR family transcriptional regulator  28.79 
 
 		 264 aa  78.6  0.00000000000008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.321176  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4529  IclR family transcriptional regulator  26.63 
 
 		 273 aa  78.6  0.00000000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.143169 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2309  transcriptional regulator, IclR family  25.11 
 
 		 253 aa  78.6  0.00000000000009  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0453  transcriptional repressor IclR  25.88 
 
 		 277 aa  78.6  0.00000000000009  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0122119  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4381  transcriptional regulator, IclR family  25.47 
 
 		 254 aa  78.6  0.00000000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3102  transcriptional regulator, IclR family  21.78 
 
 		 260 aa  78.2  0.0000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3644  regulatory protein, IclR  22.71 
 
 		 260 aa  78.2  0.0000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000806492  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2380  IclR family transcriptional regulator  29.38 
 
 		 291 aa  78.2  0.0000000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.610686  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4595  IclR family transcriptional regulator  26.53 
 
 		 257 aa  78.2  0.0000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1811  regulatory proteins, IclR  28.39 
 
 		 254 aa  78.2  0.0000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6906  IclR family transcriptional regulator  27.35 
 
 		 264 aa  77.4  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.162528  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3924  transcriptional repressor IclR  25.55 
 
 		 280 aa  77.8  0.0000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>