More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_0417 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_0417  IclR family transcriptional regulator  100 
 
 		 252 aa  520  1e-146  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0284942  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4595  IclR family transcriptional regulator  83.27 
 
 		 257 aa  441  1e-123  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1433  IclR family transcriptional regulator  59.13 
 
 		 255 aa  315  3e-85  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13880  transcriptional regulatory protein, IclR family  60.24 
 
 		 267 aa  309  2e-83  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.176969  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3350  transcriptional regulator IclR  56.45 
 
 		 260 aa  296  2e-79  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.618767 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1785  IclR family transcriptional regulator  47.37 
 
 		 272 aa  242  5e-63  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0108149 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0296  transcriptional regulator IclR-like protein  45.71 
 
 		 252 aa  239  2.9999999999999997e-62  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0905  IclR family transcriptional regulator  46.94 
 
 		 252 aa  236  2e-61  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.818194  normal  0.447729 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1512  IclR family transcriptional regulator  46.12 
 
 		 252 aa  237  2e-61  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.388908  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0800  transcriptional regulator  44.63 
 
 		 260 aa  196  3e-49  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3676  IclR family transcriptional regulator  39.17 
 
 		 260 aa  184  1.0000000000000001e-45  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6211  IclR family transcriptional regulator  38.87 
 
 		 250 aa  180  2e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4375  transcriptional regulator, IclR family  39.92 
 
 		 250 aa  178  7e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3835  transcriptional regulator, IclR family  41.9 
 
 		 271 aa  178  9e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.790714  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0868  IclR family transcriptional regulator  38.84 
 
 		 252 aa  177  1e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1998  IclR family transcriptional regulator  40.17 
 
 		 250 aa  176  4e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.21615  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0696  IclR family transcriptional regulator  39.92 
 
 		 250 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.32521  hitchhiker  0.00513536 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4433  regulatory proteins, IclR  39.75 
 
 		 254 aa  172  3.9999999999999995e-42  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.343959  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0697  IclR family transcriptional regulator  41.43 
 
 		 293 aa  171  1e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.734635  decreased coverage  0.00216711 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4376  transcriptional regulator, IclR family  41.04 
 
 		 278 aa  170  3e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6219  IclR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 254 aa  167  2e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4381  transcriptional regulator, IclR family  37.7 
 
 		 254 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4529  IclR family transcriptional regulator  40.16 
 
 		 273 aa  166  4e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.143169 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4280  regulatory proteins, IclR  39.58 
 
 		 254 aa  164  1.0000000000000001e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0373374  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0700  IclR family transcriptional regulator  37.3 
 
 		 254 aa  163  2.0000000000000002e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.456524  decreased coverage  0.00240678 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2006  IclR family transcriptional regulator  39.36 
 
 		 274 aa  162  3e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1993  IclR family transcriptional regulator  39.57 
 
 		 275 aa  161  7e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.080856  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6222  IclR family transcriptional regulator  40 
 
 		 269 aa  160  2e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4864  transcriptional regulator IclR  34.52 
 
 		 254 aa  160  2e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.727357  normal  0.5186 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4521  IclR family transcriptional regulator  40.76 
 
 		 299 aa  159  3e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.31589  normal  0.948737 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5946  IclR family transcriptional regulator  38.8 
 
 		 266 aa  158  6e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4000  regulatory proteins, IclR  36.1 
 
 		 294 aa  152  4e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.198619  normal  0.0339341 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3826  transcriptional regulator, IclR family  37.9 
 
 		 278 aa  149  3e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4954  transcriptional regulator, IclR family  34.39 
 
 		 265 aa  143  3e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4215  transcriptional regulator, IclR family  33.6 
 
 		 258 aa  141  9.999999999999999e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.0022938  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3754  regulatory protein, IclR  33.75 
 
 		 275 aa  139  4.999999999999999e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6149  IclR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 261 aa  135  5e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.508102  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1070  regulatory proteins, IclR  38.04 
 
 		 205 aa  125  9e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1156  transcriptional regulator, IclR family  29.83 
 
 		 256 aa  121  9.999999999999999e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0417534  hitchhiker  0.00000481305 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2387  transcriptional regulator, IclR family  29.96 
 
 		 257 aa  109  4.0000000000000004e-23  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0157724  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1780  IclR family transcriptional regulator  28.75 
 
 		 272 aa  108  6e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2309  transcriptional regulator, IclR family  29.46 
 
 		 253 aa  106  4e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2531  transcriptional regulator, IclR family  25.93 
 
 		 259 aa  102  5e-21  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0417  IclR family transcriptional regulator  27.98 
 
 		 268 aa  101  1e-20  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.116242 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5569  IclR family transcriptional regulator  27.57 
 
 		 319 aa  100  2e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.197648  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1161  transcriptional regulator, IclR family  25.93 
 
 		 267 aa  100  2e-20  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0013559 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1180  IclR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 267 aa  100  3e-20  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.000000000000286827  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16320  Transcriptional regulator IclR  27.64 
 
 		 255 aa  100  3e-20  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  7.446e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2240  regulatory protein, IclR  25.4 
 
 		 262 aa  99.8  4e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2514  IclR family transcriptional regulator  26.53 
 
 		 277 aa  99  7e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3639  IclR family transcriptional regulator family  27.16 
 
 		 303 aa  98.6  8e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0547  transcriptional regulator, IclR family  27.16 
 
 		 265 aa  97.8  1e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.244078  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2760  IclR family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 261 aa  98.6  1e-19  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0202  regulatory proteins, IclR  26.4 
 
 		 276 aa  98.6  1e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2571  regulatory protein, IclR  24.69 
 
 		 258 aa  97.4  2e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.853506  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3482  IclR family transcriptional regulator  25.2 
 
 		 263 aa  97.4  2e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2133  IclR family transcriptional regulator  28.31 
 
 		 258 aa  97.4  2e-19  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3102  transcriptional regulator, IclR family  24.02 
 
 		 260 aa  96.7  3e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3839  IclR family transcriptional regulator  25.9 
 
 		 264 aa  97.1  3e-19  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2527  transcriptional regulator, IclR family  26.22 
 
 		 265 aa  96.7  3e-19  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00648168  normal  0.235147 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0375  IclR family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 254 aa  96.3  4e-19  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.665673 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3031  regulatory protein, IclR  26.8 
 
 		 276 aa  96.3  4e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1249  transcriptional regulator  25.83 
 
 		 271 aa  96.3  5e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.568713  normal  0.308528 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3261  IclR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 284 aa  95.5  6e-19  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1166  IclR family transcriptional regulator  28.46 
 
 		 271 aa  95.9  6e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0612  transcriptional regulator IclR  25.81 
 
 		 255 aa  95.9  6e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000145018 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1550  IclR family transcriptional regulator  26 
 
 		 276 aa  95.5  7e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6211  IclR family transcriptional regulator  24.69 
 
 		 282 aa  95.5  7e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.253024 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2164  transcriptional regulator, IclR family  25.83 
 
 		 277 aa  95.1  1e-18  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.851841  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1911  transcriptional regulator, IclR family  24.18 
 
 		 256 aa  94.7  1e-18  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2370  IclR family transcriptional regulator  26.03 
 
 		 268 aa  94.4  2e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0066  IclR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 284 aa  93.6  2e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2788  transcriptional regulator, IclR family  26.42 
 
 		 276 aa  94  2e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.031926 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3702  transcriptional regulator, IclR family  25.93 
 
 		 252 aa  94  2e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.8457  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3776  transcriptional repressor IclR  25.71 
 
 		 276 aa  92.8  4e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4604  regulatory proteins, IclR  27.59 
 
 		 251 aa  92.8  4e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2412  IclR family transcriptional regulator  24.28 
 
 		 258 aa  92.8  4e-18  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2177  transcriptional regulator, IclR family  26.97 
 
 		 263 aa  92.8  5e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00508287  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3440  IclR family transcriptional regulator  26.53 
 
 		 273 aa  92.8  5e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.866579  normal  0.57268 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0439  transcriptional regulator IclR  26.02 
 
 		 286 aa  92.8  5e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.28447 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5311  regulatory protein, IclR  28.28 
 
 		 282 aa  92.4  6e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0457  transcriptional regulator IclR  28.51 
 
 		 295 aa  92.4  6e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0116  IclR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 550 aa  92.4  6e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3857  transcriptional regulator, IclR family  28.34 
 
 		 287 aa  92.4  7e-18  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1885  transcriptional regulator, IclR family  27.39 
 
 		 263 aa  92  8e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0160572  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5478  transcriptional regulator, IclR family  26.41 
 
 		 249 aa  92  8e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0882  IclR family transcriptional regulator  25.31 
 
 		 246 aa  91.3  1e-17  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4491  transcriptional repressor IclR  25.62 
 
 		 276 aa  91.3  1e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.880691  normal  0.328338 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0859  transcriptional regulator IclR-like protein  25.31 
 
 		 246 aa  91.3  1e-17  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2510  transcriptional regulator, IclR family  27.68 
 
 		 308 aa  91.3  1e-17  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00153166  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2702  transcriptional regulator, IclR family  25.53 
 
 		 254 aa  91.3  1e-17  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2373  transcriptional regulator, IclR family  26.23 
 
 		 261 aa  91.7  1e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8459  transcriptional regulator, IclR family  25.3 
 
 		 266 aa  91.7  1e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3670  IclR family transcriptional regulator  27.05 
 
 		 267 aa  91.3  1e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.461825  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3768  IclR family transcriptional regulator  26.64 
 
 		 274 aa  90.5  2e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4475  transcriptional regulator, IclR family  29.63 
 
 		 258 aa  90.9  2e-17  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0192379  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3853  IclR family transcriptional regulator  27.16 
 
 		 263 aa  90.9  2e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.532852  hitchhiker  0.00959131 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1178  IclR family transcriptional regulator  25.86 
 
 		 262 aa  90.9  2e-17  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00493645  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3546  regulatory protein, IclR  25.2 
 
 		 265 aa  90.9  2e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000366663  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0443  transcriptional regulator, TrmB  26.76 
 
 		 254 aa  90.9  2e-17  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.915404  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>