More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_4595 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_4595  IclR family transcriptional regulator  100 
 
 		 257 aa  526  1e-148  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0417  IclR family transcriptional regulator  83.27 
 
 		 252 aa  441  1e-123  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0284942  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1433  IclR family transcriptional regulator  57.37 
 
 		 255 aa  311  6.999999999999999e-84  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13880  transcriptional regulatory protein, IclR family  59.51 
 
 		 267 aa  305  3e-82  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.176969  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3350  transcriptional regulator IclR  56.85 
 
 		 260 aa  296  3e-79  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.618767 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0296  transcriptional regulator IclR-like protein  46.72 
 
 		 252 aa  244  9.999999999999999e-64  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1512  IclR family transcriptional regulator  46.31 
 
 		 252 aa  235  7e-61  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.388908  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1785  IclR family transcriptional regulator  45.71 
 
 		 272 aa  234  1.0000000000000001e-60  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0108149 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0905  IclR family transcriptional regulator  45.9 
 
 		 252 aa  229  3e-59  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.818194  normal  0.447729 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0800  transcriptional regulator  46.06 
 
 		 260 aa  204  2e-51  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4375  transcriptional regulator, IclR family  40.59 
 
 		 250 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3676  IclR family transcriptional regulator  39.33 
 
 		 260 aa  182  4.0000000000000006e-45  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0868  IclR family transcriptional regulator  39.59 
 
 		 252 aa  182  6e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3835  transcriptional regulator, IclR family  42.86 
 
 		 271 aa  180  2e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.790714  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0696  IclR family transcriptional regulator  40.59 
 
 		 250 aa  179  2.9999999999999997e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.32521  hitchhiker  0.00513536 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6211  IclR family transcriptional regulator  40.34 
 
 		 250 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4280  regulatory proteins, IclR  41 
 
 		 254 aa  174  9.999999999999999e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0373374  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6219  IclR family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 254 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4433  regulatory proteins, IclR  40.66 
 
 		 254 aa  172  2.9999999999999996e-42  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.343959  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4381  transcriptional regulator, IclR family  37.1 
 
 		 254 aa  170  2e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0700  IclR family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 254 aa  168  6e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.456524  decreased coverage  0.00240678 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1998  IclR family transcriptional regulator  38.66 
 
 		 250 aa  168  8e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.21615  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4529  IclR family transcriptional regulator  40.08 
 
 		 273 aa  167  1e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.143169 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2006  IclR family transcriptional regulator  39.44 
 
 		 274 aa  165  6.9999999999999995e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0697  IclR family transcriptional regulator  40.65 
 
 		 293 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.734635  decreased coverage  0.00216711 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4376  transcriptional regulator, IclR family  40 
 
 		 278 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4000  regulatory proteins, IclR  37.04 
 
 		 294 aa  158  9e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.198619  normal  0.0339341 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6222  IclR family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 269 aa  157  1e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4521  IclR family transcriptional regulator  40.34 
 
 		 299 aa  157  2e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.31589  normal  0.948737 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3826  transcriptional regulator, IclR family  39.73 
 
 		 278 aa  156  2e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1993  IclR family transcriptional regulator  40 
 
 		 275 aa  155  4e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.080856  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5946  IclR family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 266 aa  154  2e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4864  transcriptional regulator IclR  33.33 
 
 		 254 aa  152  5.9999999999999996e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.727357  normal  0.5186 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3754  regulatory protein, IclR  36.24 
 
 		 275 aa  146  4.0000000000000006e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4954  transcriptional regulator, IclR family  34.6 
 
 		 265 aa  142  6e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6149  IclR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 261 aa  139  4.999999999999999e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.508102  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4215  transcriptional regulator, IclR family  33.2 
 
 		 258 aa  137  2e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.0022938  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1156  transcriptional regulator, IclR family  30.25 
 
 		 256 aa  124  2e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0417534  hitchhiker  0.00000481305 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1070  regulatory proteins, IclR  37.02 
 
 		 205 aa  121  9.999999999999999e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2387  transcriptional regulator, IclR family  30.88 
 
 		 257 aa  118  9.999999999999999e-26  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0157724  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1780  IclR family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 272 aa  114  1.0000000000000001e-24  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2240  regulatory protein, IclR  28.46 
 
 		 262 aa  109  4.0000000000000004e-23  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16320  Transcriptional regulator IclR  27.98 
 
 		 255 aa  109  4.0000000000000004e-23  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  7.446e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3839  IclR family transcriptional regulator  28.69 
 
 		 264 aa  108  8.000000000000001e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2873  IclR family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 269 aa  105  7e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.394804 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3776  transcriptional repressor IclR  27.8 
 
 		 276 aa  105  9e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3924  transcriptional repressor IclR  27.8 
 
 		 280 aa  104  1e-21  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0367  transcriptional repressor IclR  27.8 
 
 		 280 aa  104  1e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.504781  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0297  transcriptional repressor IclR  27.8 
 
 		 280 aa  104  1e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0438568  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3952  transcriptional repressor IclR  27.8 
 
 		 277 aa  103  2e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.398782  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0547  transcriptional regulator, IclR family  27.47 
 
 		 265 aa  103  3e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.244078  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0443  transcriptional regulator, TrmB  29.58 
 
 		 254 aa  103  3e-21  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.915404  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0202  regulatory proteins, IclR  28.69 
 
 		 276 aa  103  4e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1855  transcriptional regulator, IclR family  30.09 
 
 		 280 aa  102  5e-21  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0116  IclR family transcriptional regulator  29.48 
 
 		 550 aa  102  5e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3261  IclR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 284 aa  102  7e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0375  IclR family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 254 aa  102  9e-21  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.665673 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1249  transcriptional regulator  27.27 
 
 		 271 aa  101  1e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.568713  normal  0.308528 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4491  transcriptional repressor IclR  27.27 
 
 		 276 aa  101  1e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.880691  normal  0.328338 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2531  transcriptional regulator, IclR family  25.83 
 
 		 259 aa  101  1e-20  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0740  regulatory protein IclR  30.59 
 
 		 277 aa  100  2e-20  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3702  transcriptional regulator, IclR family  27.5 
 
 		 252 aa  100  2e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.8457  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3031  regulatory protein, IclR  27.6 
 
 		 276 aa  100  2e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0612  transcriptional regulator IclR  27.8 
 
 		 255 aa  100  2e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000145018 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1550  IclR family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 276 aa  100  3e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3639  IclR family transcriptional regulator family  26.86 
 
 		 303 aa  99.8  4e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03890  DNA-binding transcriptional repressor  26.14 
 
 		 274 aa  99.4  5e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3979  transcriptional regulator, IclR family  26.14 
 
 		 274 aa  99.4  5e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4562  transcriptional repressor IclR  26.14 
 
 		 274 aa  99.4  5e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4254  transcriptional repressor IclR  26.14 
 
 		 274 aa  99.4  5e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.084393  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4012  transcriptional repressor IclR  26.14 
 
 		 274 aa  99.4  5e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.992009  normal  0.0359052 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4471  transcriptional repressor IclR  26.14 
 
 		 274 aa  99.4  5e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.215784  normal  0.0860899 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5488  transcriptional repressor IclR  26.14 
 
 		 274 aa  99.4  5e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.901357  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03850  hypothetical protein  26.14 
 
 		 274 aa  99.4  5e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5478  transcriptional regulator, IclR family  28.14 
 
 		 249 aa  99  6e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2698  IclR family transcriptional regulator  28.22 
 
 		 280 aa  99.4  6e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.505501  normal  0.569064 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2133  IclR family transcriptional regulator  28.7 
 
 		 258 aa  98.6  8e-20  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3456  transcriptional regulator, IclR family  30.28 
 
 		 269 aa  97.8  1e-19  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2514  IclR family transcriptional regulator  27.05 
 
 		 277 aa  97.8  1e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3482  IclR family transcriptional regulator  26.56 
 
 		 263 aa  98.2  1e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2702  transcriptional regulator, IclR family  27.23 
 
 		 254 aa  97.4  2e-19  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0453  transcriptional repressor IclR  27.8 
 
 		 277 aa  97.4  2e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0122119  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0368  transcriptional repressor IclR  27.8 
 
 		 277 aa  97.1  2e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1161  transcriptional regulator, IclR family  25.1 
 
 		 267 aa  97.4  2e-19  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0013559 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0221  transcriptional repressor IclR  27.39 
 
 		 275 aa  96.7  3e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0850662 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3857  transcriptional regulator, IclR family  29.39 
 
 		 287 aa  96.3  4e-19  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2309  transcriptional regulator, IclR family  25.88 
 
 		 253 aa  96.3  4e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2177  transcriptional regulator, IclR family  28.22 
 
 		 263 aa  96.3  5e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00508287  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2510  transcriptional regulator, IclR family  28.05 
 
 		 308 aa  96.3  5e-19  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00153166  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2064  IclR family transcriptional regulator  26.75 
 
 		 259 aa  95.9  6e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.740052 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6262  IclR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 260 aa  95.5  8e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4597  transcriptional repressor IclR  26.97 
 
 		 274 aa  94.7  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4521  transcriptional repressor IclR  26.97 
 
 		 274 aa  94.7  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.693212  normal  0.182303 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4399  transcriptional repressor IclR  26.97 
 
 		 274 aa  94.7  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.241135  normal  0.788445 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4434  transcriptional repressor IclR  26.97 
 
 		 274 aa  94.7  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0882  IclR family transcriptional regulator  25.83 
 
 		 246 aa  95.1  1e-18  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4524  transcriptional repressor IclR  26.97 
 
 		 274 aa  94.7  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3102  transcriptional regulator, IclR family  23.97 
 
 		 260 aa  95.1  1e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4604  regulatory proteins, IclR  28.99 
 
 		 251 aa  94.7  1e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0859  transcriptional regulator IclR-like protein  25.83 
 
 		 246 aa  95.1  1e-18  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>