More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4716 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_4716  transcriptional regulator, IclR family  100 
 
 		 245 aa  487  1e-137  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4394  IclR family transcriptional regulator family  59.5 
 
 		 336 aa  287  1e-76  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0442658  normal  0.275605 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4517  regulatory protein, IclR  52.99 
 
 		 255 aa  241  6e-63  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.530625  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1189  IclR family transcriptional regulator  45.57 
 
 		 247 aa  198  7.999999999999999e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1669  IclR family transcriptional regulator  45.57 
 
 		 247 aa  198  7.999999999999999e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.307399  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1642  IclR family transcriptional regulator  44.3 
 
 		 247 aa  195  7e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.338475  normal  0.153676 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4817  IclR family transcriptional regulator  44.08 
 
 		 247 aa  191  6e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.384435 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1587  IclR family transcriptional regulator  43.88 
 
 		 247 aa  191  7e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.236869  normal  0.497654 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1572  IclR family transcriptional regulator  43.46 
 
 		 247 aa  189  2.9999999999999997e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0370671 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1568  IclR family transcriptional regulator  43.88 
 
 		 247 aa  189  2.9999999999999997e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3765  IclR family transcriptional regulator  41.96 
 
 		 272 aa  152  5e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0150652 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0605  regulatory proteins, IclR  35.86 
 
 		 243 aa  131  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5040  transcriptional regulator, IclR family  35.86 
 
 		 243 aa  129  6e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3872  regulatory protein, IclR  35.04 
 
 		 245 aa  125  4.0000000000000003e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.207868  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1811  regulatory proteins, IclR  34.51 
 
 		 254 aa  122  5e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2600  IclR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 249 aa  122  6e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.248836 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3866  IclR family transcriptional regulator  35.24 
 
 		 246 aa  120  3e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.540674  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2930  regulatory proteins, IclR  28.81 
 
 		 243 aa  105  6e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.232832  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3960  transcriptional regulator, IclR family  34.8 
 
 		 255 aa  100  3e-20  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7517  transcriptional regulator, IclR family  31.38 
 
 		 281 aa  95.1  9e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1462  transcriptional regulator, TrmB  31.25 
 
 		 261 aa  94.7  1e-18  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.890968  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1780  IclR family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 272 aa  93.6  3e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2170  IclR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 252 aa  90.5  2e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1018  regulatory proteins, IclR  34.51 
 
 		 266 aa  90.5  2e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.069044  normal  0.18825 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1714  regulatory protein, IclR  28.4 
 
 		 249 aa  89  6e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.872796  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1454  IclR family transcriptional regulator  26.4 
 
 		 253 aa  89  7e-17  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0530  IclR family transcriptional regulator  26.4 
 
 		 253 aa  87.8  1e-16  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4887  transcriptional regulator, IclR family  30.04 
 
 		 255 aa  87  2e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2875  IclR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 250 aa  85.9  6e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.102982  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1486  transcriptional regulator, IclR family  31.88 
 
 		 260 aa  85.9  6e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3711  transcriptional regulator, IclR family  31.11 
 
 		 257 aa  85.5  8e-16  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.498866 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2373  transcriptional regulator, IclR family  25.63 
 
 		 261 aa  84.7  0.000000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0223  Transcriptional regulator IclR  30.54 
 
 		 246 aa  84  0.000000000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.093608  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4038  transcriptional regulator, IclR family  30.87 
 
 		 260 aa  84  0.000000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2387  transcriptional regulator, IclR family  27.9 
 
 		 257 aa  83.6  0.000000000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0157724  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16320  Transcriptional regulator IclR  28.63 
 
 		 255 aa  83.2  0.000000000000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  7.446e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0099  transcriptional regulator, IclR family  25.89 
 
 		 262 aa  83.2  0.000000000000004  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2407  IclR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 251 aa  82.4  0.000000000000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1911  transcriptional regulator, IclR family  23.63 
 
 		 256 aa  82  0.000000000000007  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3122  IclR family transcriptional regulator  28.51 
 
 		 250 aa  82  0.000000000000009  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.255406  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3121  transcriptional regulator, IclR family  28.64 
 
 		 250 aa  81.6  0.00000000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000351533  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6906  IclR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 264 aa  80.5  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.162528  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2713  IclR family transcriptional regulator  25.81 
 
 		 281 aa  80.5  0.00000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0235576  normal  0.170928 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1180  IclR family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 267 aa  79.7  0.00000000000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.000000000000286827  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2811  IclR family transcriptional regulator  28.18 
 
 		 250 aa  79  0.00000000000006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.667309  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1249  transcriptional regulator, IclR family  29.2 
 
 		 262 aa  79.3  0.00000000000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.775121  normal  0.129918 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2309  transcriptional regulator, IclR family  24.89 
 
 		 253 aa  79.3  0.00000000000006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4346  regulatory protein, IclR  24.73 
 
 		 263 aa  79  0.00000000000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.361524  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2690  transcriptional regulator, IclR family  29.41 
 
 		 267 aa  78.6  0.00000000000008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00000551158  normal  0.164594 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2883  IclR family transcriptional regulator  27.73 
 
 		 250 aa  78.6  0.00000000000008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0306717  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3098  IclR family transcriptional regulator  27.73 
 
 		 250 aa  78.6  0.00000000000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0903257  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0612  transcriptional regulator IclR  29.05 
 
 		 255 aa  78.6  0.00000000000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000145018 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2147  transcriptional regulator, IclR family  26.96 
 
 		 250 aa  77.8  0.0000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4201  transcriptional regulator, IclR family  27.03 
 
 		 254 aa  78.2  0.0000000000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.191751  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1748  IclR family transcriptional regulator  28.05 
 
 		 247 aa  78.2  0.0000000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3103  transcriptional regulator, IclR family  27.73 
 
 		 250 aa  77.8  0.0000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4376  transcriptional regulator, IclR family  28.12 
 
 		 278 aa  77  0.0000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3089  transcriptional regulator, IclR family  27.27 
 
 		 250 aa  77  0.0000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3853  IclR family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 263 aa  77.4  0.0000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.532852  hitchhiker  0.00959131 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0041  IclR family transcriptional regulator  26.53 
 
 		 288 aa  77  0.0000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2596  IclR family transcriptional regulator  28.83 
 
 		 256 aa  77.4  0.0000000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2575  transcriptional regulator, IclR family  30.36 
 
 		 262 aa  77  0.0000000000003  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0822  transcriptional regulator, IclR family  27.23 
 
 		 258 aa  76.6  0.0000000000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1798  regulatory protein IclR  28.1 
 
 		 279 aa  76.6  0.0000000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.334584  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2063  transcriptional regulator IclR  28.88 
 
 		 255 aa  77  0.0000000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0428372  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2510  transcriptional regulator, IclR family  33.2 
 
 		 308 aa  76.3  0.0000000000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00153166  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3670  IclR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 267 aa  76.6  0.0000000000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.461825  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2850  IclR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 250 aa  75.9  0.0000000000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.526346  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1178  IclR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 262 aa  75.5  0.0000000000006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00493645  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1156  transcriptional regulator, IclR family  27.69 
 
 		 256 aa  75.5  0.0000000000007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0417534  hitchhiker  0.00000481305 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1993  IclR family transcriptional regulator  26.36 
 
 		 275 aa  75.5  0.0000000000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.080856  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0203  IclR family transcriptional regulator  26.05 
 
 		 304 aa  75.5  0.0000000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.670577 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2149  IclR family transcriptional regulator, putative  27.98 
 
 		 248 aa  74.7  0.000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.999761  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3802  transcriptional regulator, IclR family  31.88 
 
 		 264 aa  74.7  0.000000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.434289  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2833  IclR family transcriptional regulator  21.83 
 
 		 260 aa  74.7  0.000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000013624  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2850  IclR family transcriptional regulator  29.13 
 
 		 260 aa  73.9  0.000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.000441287  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1604  IclR family transcriptional regulator  25.32 
 
 		 259 aa  74.3  0.000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.379428  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6211  IclR family transcriptional regulator  27.98 
 
 		 282 aa  73.9  0.000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.253024 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1222  transcriptional regulator, IclR family  28.81 
 
 		 244 aa  74.3  0.000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5307  IclR family transcriptional regulator  25.79 
 
 		 255 aa  73.6  0.000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.144609  normal  0.0901346 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0697  IclR family transcriptional regulator  27.1 
 
 		 293 aa  73.6  0.000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.734635  decreased coverage  0.00216711 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2294  transcriptional regulator, IclR family  25.82 
 
 		 265 aa  73.2  0.000000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0514  IclR family transcriptional regulator  22.98 
 
 		 260 aa  72.8  0.000000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.000101936  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3261  IclR family transcriptional regulator  27.68 
 
 		 284 aa  72.8  0.000000000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0443  transcriptional regulator, TrmB  26.82 
 
 		 254 aa  72.4  0.000000000006  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.915404  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0265  transcriptional regulator, IclR family  28.25 
 
 		 264 aa  72.4  0.000000000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3826  transcriptional regulator, IclR family  25.78 
 
 		 278 aa  72.4  0.000000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2760  IclR family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 261 aa  72.4  0.000000000006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4954  transcriptional regulator, IclR family  27.5 
 
 		 265 aa  72.4  0.000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4864  transcriptional regulator IclR  24.77 
 
 		 254 aa  72  0.000000000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.727357  normal  0.5186 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4893  transcriptional regulator, IclR family  30.51 
 
 		 262 aa  72  0.000000000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3676  IclR family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 260 aa  72  0.000000000008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4215  regulatory proteins, IclR  28.05 
 
 		 261 aa  72  0.000000000009  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1855  transcriptional regulator, IclR family  28.1 
 
 		 280 aa  71.6  0.00000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0645  transcriptional regulator, IclR family  28.19 
 
 		 259 aa  71.2  0.00000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3456  transcriptional regulator, IclR family  27.11 
 
 		 269 aa  71.2  0.00000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3950  IclR family transcriptional regulator  26.15 
 
 		 267 aa  70.5  0.00000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.000408149  normal  0.169274 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1161  transcriptional regulator, IclR family  28.51 
 
 		 267 aa  71.2  0.00000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0013559 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1166  IclR family transcriptional regulator  29.13 
 
 		 271 aa  70.9  0.00000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03890  DNA-binding transcriptional repressor  26.67 
 
 		 274 aa  70.1  0.00000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>