More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_4394 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_4394  IclR family transcriptional regulator family  100 
 
 		 336 aa  673    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0442658  normal  0.275605 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4716  transcriptional regulator, IclR family  59.5 
 
 		 245 aa  287  2e-76  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4517  regulatory protein, IclR  54.04 
 
 		 255 aa  263  3e-69  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.530625  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1189  IclR family transcriptional regulator  51.04 
 
 		 247 aa  215  7e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1669  IclR family transcriptional regulator  51.04 
 
 		 247 aa  215  7e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.307399  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4817  IclR family transcriptional regulator  50.62 
 
 		 247 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.384435 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1642  IclR family transcriptional regulator  50.21 
 
 		 247 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.338475  normal  0.153676 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1587  IclR family transcriptional regulator  49.38 
 
 		 247 aa  207  2e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.236869  normal  0.497654 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1568  IclR family transcriptional regulator  49.38 
 
 		 247 aa  207  3e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1572  IclR family transcriptional regulator  48.55 
 
 		 247 aa  202  7e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0370671 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3872  regulatory protein, IclR  43.4 
 
 		 245 aa  157  3e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.207868  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5040  transcriptional regulator, IclR family  37.22 
 
 		 243 aa  142  9e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2600  IclR family transcriptional regulator  40.08 
 
 		 249 aa  140  3e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.248836 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0605  regulatory proteins, IclR  35.87 
 
 		 243 aa  135  7.000000000000001e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3765  IclR family transcriptional regulator  38.43 
 
 		 272 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0150652 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2930  regulatory proteins, IclR  32.77 
 
 		 243 aa  127  3e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.232832  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3866  IclR family transcriptional regulator  38.67 
 
 		 246 aa  126  6e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.540674  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1811  regulatory proteins, IclR  38.39 
 
 		 254 aa  124  3e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3261  IclR family transcriptional regulator  33.47 
 
 		 284 aa  105  1e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0203  IclR family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 304 aa  97.1  3e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.670577 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2309  transcriptional regulator, IclR family  31.12 
 
 		 253 aa  97.4  3e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0223  Transcriptional regulator IclR  35.15 
 
 		 246 aa  97.1  4e-19  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.093608  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1462  transcriptional regulator, TrmB  31.53 
 
 		 261 aa  95.5  1e-18  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.890968  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1486  transcriptional regulator, IclR family  33.19 
 
 		 260 aa  95.5  1e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2122  IclR family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 263 aa  95.5  1e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000124752  decreased coverage  0.000111832 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1683  transcriptional regulator  28.93 
 
 		 263 aa  95.5  1e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2170  IclR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 252 aa  95.5  1e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2653  transcriptional regulator  28.93 
 
 		 263 aa  95.5  1e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.618751  normal  0.01576 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1793  IclR family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 263 aa  95.5  1e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1780  IclR family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 272 aa  94.7  2e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3711  transcriptional regulator, IclR family  31.93 
 
 		 257 aa  94.7  2e-18  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.498866 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0712  transcriptional regulator, IclR family  30.47 
 
 		 265 aa  93.6  4e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.93668  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3960  transcriptional regulator, IclR family  32.9 
 
 		 255 aa  93.6  4e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0116  IclR family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 550 aa  94  4e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4000  regulatory proteins, IclR  28.24 
 
 		 294 aa  92.8  7e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.198619  normal  0.0339341 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1156  transcriptional regulator, IclR family  30.97 
 
 		 256 aa  92  1e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0417534  hitchhiker  0.00000481305 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3210  transcriptional regulator, IclR family  29.6 
 
 		 251 aa  91.7  1e-17  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16320  Transcriptional regulator IclR  30.7 
 
 		 255 aa  91.7  2e-17  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  7.446e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3826  transcriptional regulator, IclR family  27.76 
 
 		 278 aa  91.3  2e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4893  transcriptional regulator, IclR family  35.68 
 
 		 262 aa  90.5  4e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0868  IclR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 252 aa  90.1  4e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3440  IclR family transcriptional regulator  29.78 
 
 		 273 aa  90.5  4e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.866579  normal  0.57268 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1596  regulatory proteins, IclR  28.86 
 
 		 241 aa  90.1  4e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.134859 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3670  IclR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 267 aa  90.5  4e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.461825  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0849  regulatory proteins, IclR  32.35 
 
 		 276 aa  90.1  5e-17  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4887  transcriptional regulator, IclR family  37.1 
 
 		 255 aa  90.1  5e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3922  regulatory proteins, IclR  31.28 
 
 		 279 aa  90.1  5e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.959177  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01798  predicted DNA-binding transcriptional regulator  27.92 
 
 		 263 aa  89.7  7e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.440803  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1360  transcriptional regulator KdgR  27.92 
 
 		 263 aa  89.7  7e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000169219  normal  0.0136372 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1805  IclR family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 263 aa  89.7  7e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.954449  normal  0.233357 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2095  transcriptional regulator KdgR  27.92 
 
 		 263 aa  89.7  7e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000995956  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1918  transcriptional regulator KdgR  27.92 
 
 		 263 aa  89.7  7e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000201259  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2559  transcriptional regulator KdgR  27.92 
 
 		 263 aa  89.7  7e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000361362  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01786  hypothetical protein  27.92 
 
 		 263 aa  89.7  7e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.633166  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0417  IclR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 268 aa  88.6  1e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.116242 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2407  IclR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 251 aa  88.6  1e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1714  regulatory protein, IclR  27.83 
 
 		 249 aa  89  1e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.872796  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2032  transcriptional regulator, IclR family  30.12 
 
 		 254 aa  89  1e-16  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.716752  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2698  IclR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 280 aa  89  1e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.505501  normal  0.569064 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2055  transcriptional regulator, IclR family  27.92 
 
 		 263 aa  89  1e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0903474  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2056  transcriptional regulator KdgR  27.92 
 
 		 263 aa  88.6  1e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000211216  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3853  IclR family transcriptional regulator  32.92 
 
 		 263 aa  88.2  2e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.532852  hitchhiker  0.00959131 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2596  IclR family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 256 aa  88.2  2e-16  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2397  regulatory protein, IclR  27.08 
 
 		 263 aa  87.4  3e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.162621  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2571  regulatory protein, IclR  29.66 
 
 		 258 aa  87  4e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.853506  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1981  transcriptional regulator KdgR  27.5 
 
 		 263 aa  86.7  5e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.364283  normal  0.0913734 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2043  transcriptional regulator KdgR  27.5 
 
 		 263 aa  86.7  5e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.374419  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1473  transcriptional regulator KdgR  27.5 
 
 		 263 aa  86.7  5e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0115946  normal  0.370857 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1985  transcriptional regulator KdgR  27.5 
 
 		 263 aa  86.7  5e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.364862  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1289  transcriptional regulator KdgR  27.5 
 
 		 263 aa  86.7  5e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000107384  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1798  regulatory protein IclR  29.39 
 
 		 279 aa  86.7  5e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.334584  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1454  IclR family transcriptional regulator  24.88 
 
 		 253 aa  86.3  6e-16  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0612  transcriptional regulator IclR  30.84 
 
 		 255 aa  86.3  7e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000145018 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1092  IclR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 257 aa  86.3  7e-16  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0515709 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03890  DNA-binding transcriptional repressor  26.8 
 
 		 274 aa  86.3  8e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3979  transcriptional regulator, IclR family  26.8 
 
 		 274 aa  86.3  8e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03850  hypothetical protein  26.8 
 
 		 274 aa  86.3  8e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4254  transcriptional repressor IclR  26.8 
 
 		 274 aa  86.3  8e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.084393  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4562  transcriptional repressor IclR  26.8 
 
 		 274 aa  86.3  8e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4471  transcriptional repressor IclR  26.8 
 
 		 274 aa  86.3  8e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.215784  normal  0.0860899 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4012  transcriptional repressor IclR  26.8 
 
 		 274 aa  86.3  8e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.992009  normal  0.0359052 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1993  IclR family transcriptional regulator  25.45 
 
 		 275 aa  86.3  8e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.080856  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5488  transcriptional repressor IclR  26.8 
 
 		 274 aa  86.3  8e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.901357  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0530  IclR family transcriptional regulator  24.88 
 
 		 253 aa  85.9  9e-16  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1885  transcriptional regulator, IclR family  28.45 
 
 		 263 aa  85.5  0.000000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0160572  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2387  transcriptional regulator, IclR family  28.07 
 
 		 257 aa  85.5  0.000000000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0157724  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6906  IclR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 264 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.162528  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1249  transcriptional regulator, IclR family  32.37 
 
 		 262 aa  85.5  0.000000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.775121  normal  0.129918 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2981  transcriptional regulator, IclR family  30.11 
 
 		 285 aa  84.7  0.000000000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2225  Transcriptional regulator IclR  30.41 
 
 		 249 aa  84  0.000000000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3802  transcriptional regulator, IclR family  35.55 
 
 		 264 aa  84.3  0.000000000000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.434289  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2294  transcriptional regulator, IclR family  29.52 
 
 		 265 aa  84.3  0.000000000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4038  transcriptional regulator, IclR family  33.85 
 
 		 260 aa  84  0.000000000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7517  transcriptional regulator, IclR family  28.35 
 
 		 281 aa  84  0.000000000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1249  transcriptional regulator  28.69 
 
 		 271 aa  84  0.000000000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.568713  normal  0.308528 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5355  IclR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 254 aa  83.6  0.000000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3431  IclR family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 251 aa  83.6  0.000000000000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4521  IclR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 299 aa  83.2  0.000000000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.31589  normal  0.948737 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5307  IclR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 255 aa  83.2  0.000000000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.144609  normal  0.0901346 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1949  transcriptional regulator, IclR family  27.08 
 
 		 263 aa  83.2  0.000000000000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00482853  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>