More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_0180 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_0180  site-specific tyrosine recombinase XerC  100 
 
 		 324 aa  650    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0536  site-specific tyrosine recombinase XerC  85.62 
 
 		 300 aa  528  1e-149  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.538013  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0553  site-specific tyrosine recombinase XerC  80.76 
 
 		 329 aa  516  1.0000000000000001e-145  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.172687  normal  0.167276 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0426  site-specific tyrosine recombinase XerC  79.68 
 
 		 321 aa  513  1e-144  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0177  site-specific tyrosine recombinase XerC  79.13 
 
 		 323 aa  512  1e-144  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0271  site-specific tyrosine recombinase XerC  81.01 
 
 		 351 aa  512  1e-144  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.28022  normal  0.462537 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0401  site-specific tyrosine recombinase XerC  76.47 
 
 		 324 aa  502  1e-141  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.145415 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3124  integrase family protein  62.21 
 
 		 323 aa  385  1e-106  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0163  integrase family protein  63.64 
 
 		 342 aa  372  1e-102  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.70922  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0247  integrase family protein  61.15 
 
 		 322 aa  373  1e-102  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.121071  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4805  tyrosine recombinase XerC  59.49 
 
 		 367 aa  354  1e-96  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.104736  normal  0.146847 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3189  integrase family protein  61.15 
 
 		 320 aa  353  2.9999999999999997e-96  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00303256 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4655  tyrosine recombinase XerC  59.49 
 
 		 365 aa  351  8.999999999999999e-96  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.223284 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0928  integrase family protein  64.65 
 
 		 326 aa  351  8.999999999999999e-96  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.669409 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4288  tyrosine recombinase XerC  59.49 
 
 		 365 aa  351  1e-95  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.710874 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1177  integrase family protein  59.42 
 
 		 329 aa  337  1.9999999999999998e-91  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.151473 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4114  site-specific tyrosine recombinase XerC  58.12 
 
 		 322 aa  322  8e-87  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0942  site-specific tyrosine recombinase XerC  54.87 
 
 		 315 aa  312  3.9999999999999997e-84  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1844  site-specific tyrosine recombinase XerC  54.87 
 
 		 315 aa  312  5.999999999999999e-84  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.104424  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1916  site-specific tyrosine recombinase XerC  54.55 
 
 		 315 aa  311  1e-83  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.391518  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3403  site-specific tyrosine recombinase XerC  55.7 
 
 		 313 aa  310  2e-83  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3960  site-specific tyrosine recombinase XerC  54.61 
 
 		 311 aa  308  5.9999999999999995e-83  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.011638  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3661  site-specific tyrosine recombinase XerC  55.26 
 
 		 311 aa  305  9.000000000000001e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2933  site-specific tyrosine recombinase XerC  54.1 
 
 		 313 aa  297  1e-79  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.83049  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0083  site-specific tyrosine recombinase XerC  49.52 
 
 		 322 aa  296  4e-79  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1457  integrase family protein  50.94 
 
 		 326 aa  294  2e-78  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2809  phage integrase family protein  52.35 
 
 		 311 aa  286  2.9999999999999996e-76  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0563  site-specific tyrosine recombinase XerC  51.59 
 
 		 306 aa  263  2e-69  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.792208  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2215  site-specific tyrosine recombinase XerC  51.59 
 
 		 306 aa  263  2e-69  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_5002  hypothtical protein  49.5 
 
 		 308 aa  263  4e-69  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0748381  hitchhiker  0.0000000255834 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1220  site-specific tyrosine recombinase XerC  45.59 
 
 		 330 aa  260  3e-68  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1222  site-specific tyrosine recombinase XerC  50 
 
 		 306 aa  258  7e-68  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.120622 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2381  site-specific tyrosine recombinase XerC  47.19 
 
 		 311 aa  256  3e-67  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2501  site-specific tyrosine recombinase XerC  48.41 
 
 		 312 aa  252  6e-66  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.504706  normal  0.936606 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1030  site-specific tyrosine recombinase XerC  47.45 
 
 		 307 aa  252  7e-66  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0238  site-specific tyrosine recombinase XerC  47.16 
 
 		 306 aa  248  8e-65  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0625179  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0259  phage integrase  46.58 
 
 		 297 aa  243  3e-63  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.389161 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2064  phage integrase  45.15 
 
 		 297 aa  236  4e-61  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0222  phage integrase family protein  46.51 
 
 		 308 aa  233  3e-60  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1191  site-specific tyrosine recombinase XerC  43.87 
 
 		 313 aa  220  1.9999999999999999e-56  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.60628  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0752  phage integrase family site specific recombinase  37.75 
 
 		 309 aa  217  2.9999999999999998e-55  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.232674  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0666  Phage integrase, N-terminal SAM- like  35.71 
 
 		 310 aa  211  2e-53  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.555034  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0602  site-specific tyrosine recombinase XerC  44.09 
 
 		 324 aa  209  5e-53  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00926796 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0341  phage integrase family site specific recombinase  33.77 
 
 		 311 aa  199  6e-50  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0452  tyrosine recombinase XerC subunit  39.23 
 
 		 335 aa  192  7e-48  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.577676  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0047  tyrosine recombinase XerC  38.67 
 
 		 298 aa  192  1e-47  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1299  site-specific tyrosine recombinase XerC  38.93 
 
 		 291 aa  186  4e-46  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0185  site-specific tyrosine recombinase XerC  39.26 
 
 		 299 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0222  integrase/recombinase XerC  37.92 
 
 		 299 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0497  tyrosine recombinase XerC  38.19 
 
 		 324 aa  183  3e-45  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.237269  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0063  tyrosine recombinase XerC  40.26 
 
 		 304 aa  181  1e-44  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0194  tyrosine recombinase XerC subunit  37.92 
 
 		 295 aa  181  2e-44  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0447  phage integrase family site specific recombinase  37.33 
 
 		 307 aa  181  2e-44  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5250  site-specific tyrosine recombinase XerC  36.39 
 
 		 298 aa  180  2e-44  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6023  site-specific tyrosine recombinase XerC  37.75 
 
 		 303 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1996  site-specific tyrosine recombinase XerC  33.44 
 
 		 300 aa  179  4e-44  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0234  site-specific tyrosine recombinase XerC  36.68 
 
 		 302 aa  179  5.999999999999999e-44  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1202  tyrosine recombinase XerC  39.74 
 
 		 304 aa  179  7e-44  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.910177  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3247  integrase/recombinase XerC  37.58 
 
 		 296 aa  179  8e-44  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1215  tyrosine recombinase XerD  36.33 
 
 		 302 aa  178  1e-43  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.157843  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69710  site-specific tyrosine recombinase XerC  37.75 
 
 		 303 aa  178  1e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.737312  normal  0.478185 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03687  site-specific tyrosine recombinase XerC  35.74 
 
 		 298 aa  177  2e-43  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.446663  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2689  tyrosine recombinase XerC  40.44 
 
 		 311 aa  177  2e-43  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.147909 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03636  hypothetical protein  35.74 
 
 		 298 aa  177  2e-43  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.487194  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0198  tyrosine recombinase XerC subunit  37.79 
 
 		 291 aa  177  2e-43  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0021573 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_998  integrase/recombinase  36 
 
 		 302 aa  176  4e-43  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0170  site-specific tyrosine recombinase XerC  35.69 
 
 		 306 aa  176  5e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0273  tyrosine recombinase XerC  36 
 
 		 300 aa  176  5e-43  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.007038  normal  0.809464 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4330  site-specific tyrosine recombinase XerC  35.41 
 
 		 298 aa  175  8e-43  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4168  tyrosine recombinase XerC  35.41 
 
 		 298 aa  175  9e-43  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4177  site-specific tyrosine recombinase XerC  35.41 
 
 		 298 aa  175  9e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0208532 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4196  site-specific tyrosine recombinase XerC  35.41 
 
 		 298 aa  175  9e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0689633  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4271  site-specific tyrosine recombinase XerC  35.41 
 
 		 298 aa  175  9e-43  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4036  site-specific tyrosine recombinase XerC  35.41 
 
 		 298 aa  175  9e-43  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3082  site-specific tyrosine recombinase XerC  36.65 
 
 		 306 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.633641  normal  0.120316 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0082  site-specific tyrosine recombinase XerC  37.58 
 
 		 339 aa  175  9.999999999999999e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.472951  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1025  tyrosine recombinase XerD subunit  36 
 
 		 302 aa  175  9.999999999999999e-43  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2695  tyrosine recombinase XerC  41.05 
 
 		 342 aa  175  9.999999999999999e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.400065  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4229  site-specific tyrosine recombinase XerC  36.27 
 
 		 300 aa  174  1.9999999999999998e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0098  integrase family protein  37.33 
 
 		 298 aa  174  1.9999999999999998e-42  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3450  tyrosine recombinase XerD  34.17 
 
 		 322 aa  174  1.9999999999999998e-42  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47730  site-specific tyrosine recombinase XerC  36.84 
 
 		 299 aa  174  1.9999999999999998e-42  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0435757  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1982  tyrosine recombinase XerC  33.77 
 
 		 298 aa  174  1.9999999999999998e-42  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0026523  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4012  tyrosine recombinase XerC  36.91 
 
 		 294 aa  174  1.9999999999999998e-42  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00152232  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0010  tyrosine recombinase XerC  34.23 
 
 		 299 aa  174  1.9999999999999998e-42  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0185  site-specific tyrosine recombinase XerC  35.86 
 
 		 302 aa  173  2.9999999999999996e-42  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.182372  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4277  site-specific tyrosine recombinase XerC  36.27 
 
 		 300 aa  173  2.9999999999999996e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0074  site-specific tyrosine recombinase XerC  36.74 
 
 		 307 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4159  site-specific tyrosine recombinase XerC  36.27 
 
 		 300 aa  173  2.9999999999999996e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.937296  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0736  site-specific tyrosine recombinase XerC  36.33 
 
 		 294 aa  174  2.9999999999999996e-42  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00203  tyrosine recombinase  35.12 
 
 		 306 aa  173  3.9999999999999995e-42  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2996  site-specific tyrosine recombinase XerC  36.36 
 
 		 306 aa  172  5e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0374572 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0840  integrase family protein  34.45 
 
 		 294 aa  173  5e-42  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.774041 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0623  site-specific recombinase  38.32 
 
 		 332 aa  172  5.999999999999999e-42  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2473  site-specific tyrosine recombinase XerC  36.42 
 
 		 306 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3087  site-specific tyrosine recombinase XerC  36.42 
 
 		 306 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4336  site-specific tyrosine recombinase XerC  35.95 
 
 		 300 aa  172  5.999999999999999e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5501  site-specific tyrosine recombinase XerC  36.91 
 
 		 299 aa  172  7.999999999999999e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.345753  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3428  site-specific tyrosine recombinase XerC  35.05 
 
 		 310 aa  171  1e-41  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3442  phage integrase  36.73 
 
 		 337 aa  171  1e-41  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>