More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_1869 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_1869  acyl-CoA synthetase  100 
 
 		 520 aa  1068    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.895381  normal  0.153581 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4178  acyl-CoA synthetase  89.04 
 
 		 520 aa  975    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0972  acyl-CoA synthetase  80.88 
 
 		 502 aa  847    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.534904 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1909  acyl-CoA synthetase  46.55 
 
 		 521 aa  447  1.0000000000000001e-124  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2625  acyl-CoA synthetase  44.87 
 
 		 521 aa  441  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.425719  normal  0.937702 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2662  acyl-CoA synthetase  44.32 
 
 		 521 aa  439  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0929684  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2990  acyl-CoA synthetase  45.47 
 
 		 521 aa  439  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.475631  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3788  acyl-CoA synthetase  43.85 
 
 		 523 aa  429  1e-119  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2862  acyl-CoA synthetase  44.29 
 
 		 528 aa  410  1e-113  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4949  acyl-CoA synthetase  44.6 
 
 		 521 aa  402  1e-111  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.131807  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4674  acyl-CoA synthetase  42.49 
 
 		 531 aa  395  1e-108  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2729  acyl-CoA synthetase  42.36 
 
 		 559 aa  391  1e-107  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.181341  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3976  AMP-dependent synthetase and ligase  42.61 
 
 		 546 aa  388  1e-106  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10561  acyl-CoA synthetase  44.65 
 
 		 571 aa  376  1e-103  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.0256349 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0953  acyl-CoA synthetase  41.45 
 
 		 532 aa  376  1e-103  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2819  acyl-CoA synthetase  41.58 
 
 		 529 aa  372  1e-102  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.427573  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0733  acyl-CoA synthetase  41.98 
 
 		 532 aa  373  1e-102  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.747882  normal  0.385866 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0015  acyl-CoA synthetase  41.6 
 
 		 547 aa  370  1e-101  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.268165  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0753  acyl-CoA synthetase  41.79 
 
 		 532 aa  371  1e-101  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.627426  normal  0.23017 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0739  acyl-CoA synthetase  41.79 
 
 		 532 aa  371  1e-101  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2438  AMP-dependent synthetase and ligase  38.27 
 
 		 512 aa  314  1.9999999999999998e-84  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0353  AMP-dependent synthetase and ligase  38.11 
 
 		 534 aa  315  1.9999999999999998e-84  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.55948  normal  0.800046 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2532  AMP-dependent synthetase and ligase  37.64 
 
 		 521 aa  311  2e-83  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2745  AMP-dependent synthetase and ligase  40.04 
 
 		 519 aa  310  5e-83  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000193004  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2485  AMP-dependent synthetase and ligase  38.15 
 
 		 534 aa  310  5e-83  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1595  AMP-dependent synthetase and ligase  38.37 
 
 		 519 aa  307  3e-82  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5309  AMP-dependent synthetase and ligase  35.79 
 
 		 517 aa  302  1e-80  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3890  AMP-dependent synthetase and ligase  36.7 
 
 		 517 aa  301  2e-80  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0529507  normal  0.227811 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6394  AMP-dependent synthetase and ligase  44.47 
 
 		 517 aa  300  4e-80  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.178832  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4080  AMP-dependent synthetase and ligase  36.29 
 
 		 518 aa  299  7e-80  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.656205  normal  0.161644 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2207  AMP-dependent synthetase and ligase  36.49 
 
 		 512 aa  298  2e-79  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.77359  normal  0.4337 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5942  AMP-dependent synthetase and ligase  36.57 
 
 		 516 aa  298  2e-79  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.050377 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1133  AMP-dependent synthetase and ligase  37.67 
 
 		 518 aa  295  9e-79  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.508244  normal  0.50206 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3993  AMP-dependent synthetase and ligase  38.76 
 
 		 524 aa  292  8e-78  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.968795  normal  0.880097 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5134  acyl-CoA synthetase / AMP-dependent synthetase and ligase  35.67 
 
 		 517 aa  291  1e-77  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.93936 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4758  AMP-dependent synthetase and ligase  37.09 
 
 		 518 aa  290  3e-77  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4353  AMP-dependent synthetase and ligase  43.83 
 
 		 517 aa  290  5.0000000000000004e-77  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5034  AMP-dependent synthetase and ligase  44.2 
 
 		 517 aa  289  7e-77  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5826  AMP-dependent synthetase and ligase  44.2 
 
 		 517 aa  289  7e-77  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3816  AMP-dependent synthetase and ligase  35.51 
 
 		 518 aa  287  4e-76  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0163789  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5827  AMP-dependent synthetase and ligase  36.38 
 
 		 518 aa  287  4e-76  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.671788  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5438  AMP-dependent synthetase and ligase  35.78 
 
 		 515 aa  286  5.999999999999999e-76  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.427259  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0789  AMP-dependent synthetase and ligase  36.12 
 
 		 519 aa  284  2.0000000000000002e-75  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3720  AMP-dependent synthetase and ligase  34.48 
 
 		 518 aa  284  4.0000000000000003e-75  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.189603  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3158  AMP-dependent synthetase and ligase  37 
 
 		 515 aa  282  1e-74  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1837  AMP-dependent synthetase and ligase  36.69 
 
 		 518 aa  282  1e-74  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.963932  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1724  AMP-dependent synthetase and ligase  36.13 
 
 		 515 aa  281  2e-74  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0701995  normal  0.167784 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4826  AMP-dependent synthetase and ligase  37.17 
 
 		 520 aa  280  3e-74  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0178748  normal  0.551416 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2245  AMP-dependent synthetase and ligase  36.71 
 
 		 519 aa  280  5e-74  Frankia sp. CcI3  Bacteria  decreased coverage  0.00923204  normal  0.0183444 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3499  AMP-dependent synthetase and ligase  35.21 
 
 		 715 aa  278  1e-73  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0487317 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3704  AMP-dependent synthetase and ligase  34.56 
 
 		 515 aa  277  3e-73  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0990866  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0177  putative ligase  36.58 
 
 		 514 aa  276  6e-73  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.709782 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2038  long-chain-fatty-acid--CoA ligase, putative  34.56 
 
 		 565 aa  275  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1730  AMP-dependent synthetase and ligase  35.96 
 
 		 516 aa  275  1.0000000000000001e-72  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0943  AMP-dependent synthetase and ligase  43.45 
 
 		 511 aa  270  4e-71  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.193061  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3747  AMP-dependent synthetase and ligase  35.96 
 
 		 514 aa  270  4e-71  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6878  AMP-dependent synthetase and ligase  35.93 
 
 		 509 aa  270  5.9999999999999995e-71  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.615245  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1196  AMP-dependent synthetase and ligase  34.08 
 
 		 515 aa  267  2.9999999999999995e-70  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.952184  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2871  AMP-dependent synthetase and ligase  41.71 
 
 		 521 aa  266  5.999999999999999e-70  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.565408  n/a   
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4691  AMP-dependent synthetase and ligase  36.36 
 
 		 502 aa  266  8e-70  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0154  AMP-dependent synthetase and ligase  35.99 
 
 		 520 aa  265  2e-69  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26720  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  35.77 
 
 		 503 aa  264  4e-69  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.371331  normal  0.219754 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1095  AMP-dependent synthetase and ligase  39.5 
 
 		 518 aa  263  4.999999999999999e-69  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.997125 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3611  AMP-dependent synthetase and ligase  39.55 
 
 		 532 aa  263  6.999999999999999e-69  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0778531  normal  0.0346233 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1660  AMP-dependent synthetase and ligase  38.55 
 
 		 523 aa  263  6.999999999999999e-69  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.104845  normal  0.559317 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1538  AMP-dependent synthetase and ligase  36.45 
 
 		 515 aa  263  8e-69  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1515  AMP-dependent synthetase and ligase  36.45 
 
 		 515 aa  263  8e-69  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  decreased coverage  0.00288915  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4822  AMP-dependent synthetase and ligase  35.34 
 
 		 504 aa  259  6e-68  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3565  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  41.44 
 
 		 526 aa  258  2e-67  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.011282  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2525  AMP-dependent synthetase and ligase  32.89 
 
 		 516 aa  258  2e-67  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.695888 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3514  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.71 
 
 		 525 aa  257  4e-67  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.270509  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1605  AMP-dependent synthetase and ligase  32.95 
 
 		 526 aa  256  5e-67  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2246  AMP-dependent synthetase and ligase  33.47 
 
 		 517 aa  256  6e-67  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000334479  hitchhiker  6.92492e-16 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5381  AMP-dependent synthetase and ligase  34.21 
 
 		 510 aa  256  6e-67  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0661  AMP-binding enzyme family protein  33.74 
 
 		 520 aa  255  1.0000000000000001e-66  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4882  AMP-dependent synthetase and ligase  39.23 
 
 		 521 aa  255  2.0000000000000002e-66  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0108  AMP-dependent synthetase and ligase  32.72 
 
 		 569 aa  254  2.0000000000000002e-66  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.824706  normal  0.320607 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4121  AMP-dependent synthetase and ligase  38.01 
 
 		 505 aa  253  5.000000000000001e-66  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.396047  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1367  AMP-dependent synthetase and ligase  36.23 
 
 		 502 aa  253  7e-66  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.439129  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1007  AMP-dependent synthetase and ligase  33.8 
 
 		 521 aa  251  3e-65  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0317729  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3975  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  41.27 
 
 		 530 aa  249  8e-65  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.251646  normal  0.301159 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0027  AMP-dependent synthetase and ligase  35.15 
 
 		 509 aa  249  1e-64  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.141316  normal  0.236103 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_19550  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  35.49 
 
 		 533 aa  248  2e-64  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2447  AMP-dependent synthetase and ligase  33.72 
 
 		 505 aa  247  3e-64  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3798  AMP-dependent synthetase and ligase  34.83 
 
 		 499 aa  247  4e-64  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4472  AMP-dependent synthetase and ligase  34.48 
 
 		 517 aa  246  4.9999999999999997e-64  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0827  AMP-dependent synthetase and ligase  33.14 
 
 		 566 aa  245  9.999999999999999e-64  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3335  AMP-dependent synthetase and ligase  32.8 
 
 		 512 aa  244  1.9999999999999999e-63  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.277543  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1614  AMP-dependent synthetase and ligase  34.27 
 
 		 509 aa  243  6e-63  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0656  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.73 
 
 		 512 aa  243  7e-63  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0055881  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1062  AMP-dependent synthetase and ligase  33.68 
 
 		 490 aa  242  1e-62  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0978563  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1472  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  40.8 
 
 		 514 aa  242  1e-62  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1964  acyl-CoA synthetase  32.46 
 
 		 496 aa  242  1e-62  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000141031 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1746  acyl-CoA synthetase  32.19 
 
 		 496 aa  241  2e-62  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3708  AMP-dependent synthetase and ligase  36.66 
 
 		 551 aa  241  2e-62  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2371  acyl-CoA synthetase  33.9 
 
 		 532 aa  241  2e-62  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2924  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.14 
 
 		 526 aa  241  2.9999999999999997e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.42655 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1789  acyl-CoA synthetase  32.26 
 
 		 496 aa  240  4e-62  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0554946  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1928  acyl-CoA synthetase  32.26 
 
 		 496 aa  240  4e-62  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.132163  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4072  AMP-dependent synthetase and ligase  33.61 
 
 		 508 aa  240  4e-62  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.979079 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>