240 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_4652 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010501  PputW619_4652  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 210 aa  425  1e-118  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.104872  hitchhiker  0.00491998 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4737  TetR family transcriptional regulator  91.9 
 
 		 222 aa  394  1e-109  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0397829  hitchhiker  0.000000987598 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4859  TetR family transcriptional regulator  91.9 
 
 		 211 aa  393  1e-108  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.203125  hitchhiker  0.0000563821 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4916  TetR family transcriptional regulator  91.39 
 
 		 211 aa  389  1e-107  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00715752  hitchhiker  0.000000000695443 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0564  TetR family transcriptional regulator  73.08 
 
 		 210 aa  313  9.999999999999999e-85  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0896844  normal  0.626016 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4450  regulatory protein, TetR  73.56 
 
 		 210 aa  309  2e-83  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.870367  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4908  transcriptional regulator, TetR family  73.56 
 
 		 210 aa  308  2.9999999999999997e-83  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0667  TetR family transcriptional regulator  69.05 
 
 		 232 aa  289  2e-77  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.764927  normal  0.0361684 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5613  hypothetical protein  70.67 
 
 		 209 aa  275  4e-73  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64640  TetR family transcriptional regulator  70.39 
 
 		 209 aa  274  7e-73  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0210921  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3068  TetR family transcriptional regulator  41.33 
 
 		 207 aa  144  7.0000000000000006e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0906512  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1578  regulatory protein TetR  38.86 
 
 		 231 aa  126  3e-28  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.358729  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4031  DNA-binding transcriptional repressor FabR  39.9 
 
 		 199 aa  124  8.000000000000001e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.224768  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03580  DNA-binding transcriptional repressor FabR  39.7 
 
 		 197 aa  123  2e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.163329  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1708  DNA-binding transcriptional repressor FabR  38.24 
 
 		 219 aa  123  2e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.0000453712  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1730  regulatory protein, TetR  38.19 
 
 		 201 aa  122  3e-27  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4816  TetR family transcriptional regulator  35.78 
 
 		 244 aa  119  3e-26  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0244477 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0892  hypothetical protein  34.53 
 
 		 226 aa  119  3.9999999999999996e-26  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.303522  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1526  TetR family transcriptional regulator  33.64 
 
 		 226 aa  116  1.9999999999999998e-25  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.97703  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4449  DNA-binding transcriptional repressor FabR  37.5 
 
 		 215 aa  115  6e-25  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.563556  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5663  transcriptional regulator, TetR family  40.2 
 
 		 214 aa  115  6e-25  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03848  DNA-binding transcriptional repressor  37.5 
 
 		 234 aa  115  6.9999999999999995e-25  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0143191  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4023  transcriptional regulator, TetR family  37.5 
 
 		 234 aa  115  6.9999999999999995e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03797  hypothetical protein  37.5 
 
 		 234 aa  115  6.9999999999999995e-25  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0112282  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4053  DNA-binding transcriptional repressor FabR  37.5 
 
 		 234 aa  115  6.9999999999999995e-25  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.506107  normal  0.0185922 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4410  DNA-binding transcriptional repressor FabR  37.5 
 
 		 234 aa  115  6.9999999999999995e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0500651  normal  0.0177189 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5426  DNA-binding transcriptional repressor FabR  37.5 
 
 		 234 aa  115  6.9999999999999995e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0614494  normal  0.10498 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4197  DNA-binding transcriptional repressor FabR  37.5 
 
 		 215 aa  114  6.9999999999999995e-25  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00988726  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4504  DNA-binding transcriptional repressor FabR  37.5 
 
 		 215 aa  115  6.9999999999999995e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00559066  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4023  DNA-binding transcriptional repressor FabR  37.5 
 
 		 213 aa  114  1.0000000000000001e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.23914  normal  0.0336938 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3786  DNA-binding transcriptional repressor FabR  36.62 
 
 		 212 aa  112  4.0000000000000004e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.55352  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1626  TetR family transcriptional regulator  34.63 
 
 		 222 aa  112  5e-24  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0432632 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0189  DNA-binding transcriptional repressor FabR  36 
 
 		 213 aa  111  6e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.368893  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4076  DNA-binding transcriptional repressor FabR  36 
 
 		 211 aa  111  8.000000000000001e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0120  DNA-binding transcriptional repressor FabR  36 
 
 		 211 aa  111  8.000000000000001e-24  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.102544  normal  0.553113 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0139  DNA-binding transcriptional repressor FabR  36 
 
 		 211 aa  111  8.000000000000001e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0390891  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0195  DNA-binding transcriptional repressor FabR  36.5 
 
 		 213 aa  111  9e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.685771  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0335  DNA-binding transcriptional repressor FabR  36.55 
 
 		 210 aa  110  1.0000000000000001e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4773  DNA-binding transcriptional repressor FabR  36 
 
 		 212 aa  110  2.0000000000000002e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00222933  hitchhiker  0.00284138 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0129  DNA-binding transcriptional repressor FabR  36.32 
 
 		 218 aa  108  6e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.555645  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002153  unsaturated fatty acid biosythesis repressor FabR  35.12 
 
 		 213 aa  106  2e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000110455  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2369  DNA-binding transcriptional repressor FabR  35.64 
 
 		 213 aa  106  3e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000123396  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00264  DNA-binding transcriptional repressor FabR  35.15 
 
 		 213 aa  105  4e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1257  TetR family transcriptional regulator  34.16 
 
 		 224 aa  104  8e-22  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1274  TetR family transcriptional regulator  34.16 
 
 		 224 aa  104  8e-22  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.941811 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1283  TetR family transcriptional regulator  34.16 
 
 		 224 aa  104  8e-22  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.20735  normal  0.25464 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0124  DNA-binding transcriptional repressor FabR  37.13 
 
 		 205 aa  103  1e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000427607  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2889  DNA-binding transcriptional repressor FabR  36.89 
 
 		 232 aa  104  1e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0433096  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1912  TetR family transcriptional regulator  29.95 
 
 		 235 aa  103  2e-21  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000376024  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0230  DNA-binding transcriptional repressor FabR  44.36 
 
 		 205 aa  102  4e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000000220471  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0359  transcriptional regulator, TetR family  37.24 
 
 		 233 aa  102  5e-21  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0198  DNA-binding transcriptional repressor FabR  43.61 
 
 		 204 aa  100  1e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0179  DNA-binding transcriptional repressor FabR  43.61 
 
 		 204 aa  100  1e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00396424  normal  0.0559762 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0177  DNA-binding transcriptional repressor FabR  43.61 
 
 		 204 aa  100  1e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0234685  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0172  DNA-binding transcriptional repressor FabR  43.61 
 
 		 204 aa  100  1e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.291893  normal  0.0249459 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0178  DNA-binding transcriptional repressor FabR  43.61 
 
 		 204 aa  100  1e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00155373  normal  0.944765 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4180  DNA-binding transcriptional repressor FabR  43.61 
 
 		 204 aa  100  1e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0026827  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3541  DNA-binding transcriptional repressor FabR  43.61 
 
 		 204 aa  100  1e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.018845  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4078  DNA-binding transcriptional repressor FabR  43.61 
 
 		 204 aa  100  1e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00684362  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0175  DNA-binding transcriptional repressor FabR  43.61 
 
 		 204 aa  100  1e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0116142  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0137  DNA-binding transcriptional repressor FabR  36.95 
 
 		 205 aa  100  2e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00297198  normal  0.372296 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4711  DNA-binding transcriptional repressor FabR  42.86 
 
 		 204 aa  99  4e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000633687  normal  0.0908035 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4339  DNA-binding transcriptional repressor FabR  44.72 
 
 		 205 aa  99  4e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000022912  hitchhiker  0.00000127177 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0163  DNA-binding transcriptional repressor FabR  42.86 
 
 		 225 aa  98.2  7e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000509997  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0192  DNA-binding transcriptional repressor FabR  35.64 
 
 		 204 aa  97.4  2e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0188643  normal  0.031406 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3792  hypothetical protein  28.77 
 
 		 279 aa  95.5  6e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44540  hypothetical protein  28.31 
 
 		 284 aa  93.2  3e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.508928  normal  0.389288 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03880  transcriptional regulator TetR family  31.5 
 
 		 226 aa  90.9  1e-17  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.568548  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1493  DNA-binding transcriptional repressor FabR  40.65 
 
 		 202 aa  89.4  3e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.132494  normal  0.0684627 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2287  transcriptional regulator, TetR family  31.77 
 
 		 218 aa  85.5  5e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.101004  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2619  TetR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 235 aa  77  0.0000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0254896  normal  0.89864 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2300  transcriptional regulator, TetR family  29.88 
 
 		 229 aa  69.7  0.00000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1957  TetR family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 229 aa  68.2  0.00000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0421083  normal  0.138407 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3820  TetR family transcriptional regulator  24.44 
 
 		 212 aa  66.2  0.0000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1272  TetR family transcriptional regulator  26.79 
 
 		 226 aa  53.5  0.000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.512672 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1493  TetR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 200 aa  53.1  0.000003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2444  transcriptional regulator, TetR family  41.03 
 
 		 211 aa  52.4  0.000005  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.0505938 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35560  transcriptional regulator  40 
 
 		 200 aa  50.4  0.00002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1260  transcriptional regulator, TetR family  44.64 
 
 		 222 aa  50.1  0.00003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.194739 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0438  transcriptional regulator, TetR family  32.65 
 
 		 219 aa  49.3  0.00004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.275927  normal  0.867846 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0170  transcriptional regulator, TetR family  40 
 
 		 201 aa  49.3  0.00005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.307357  hitchhiker  0.00190078 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1467  transcriptional regulator, TetR family  40.85 
 
 		 217 aa  48.9  0.00005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2194  TetR family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 193 aa  48.9  0.00006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.789913  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0855  transcriptional regulator, TetR family  42.86 
 
 		 223 aa  48.1  0.00009  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.835032 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4581  TetR family transcriptional regulator  38.27 
 
 		 215 aa  47.8  0.0001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0138954  normal  0.0554322 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2645  TetR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 194 aa  47.8  0.0001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.154552  normal  0.491764 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1669  TetR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 225 aa  47.8  0.0001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0413702  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05370  transcriptional regulator, TetR family  21.62 
 
 		 205 aa  47.4  0.0002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000643211  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1225  TetR family transcriptional regulator  44.12 
 
 		 208 aa  47  0.0002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.657492  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3195  transcriptional regulator, TetR family  38.46 
 
 		 200 aa  47  0.0002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4029  TetR family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 196 aa  47  0.0002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0381  TetR family transcriptional regulator  27.69 
 
 		 212 aa  47  0.0002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.336534  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0827  transcriptional regulator, TetR family  37.97 
 
 		 179 aa  46.6  0.0003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.843783  normal  0.883408 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6164  TetR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 285 aa  46.2  0.0003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.406893 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4876  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 209 aa  46.2  0.0003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.217727  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0167  transcriptional regulator, TetR family  37.14 
 
 		 200 aa  46.2  0.0003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0155  nucleoid occlusion protein  28.4 
 
 		 198 aa  46.6  0.0003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.894699  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4103  nucleoid occlusion protein  28.92 
 
 		 198 aa  45.8  0.0004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0313607  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2214  transcriptional regulator, TetR family  50.98 
 
 		 195 aa  45.8  0.0004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5023  TetR family transcriptional regulator  34.18 
 
 		 202 aa  45.8  0.0004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>