More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnec_1634 on replicon NC_010531
Organism: Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010531  Pnec_1634  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  100 
 
 		 307 aa  629  1e-179  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.201615  normal  0.773763 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1929  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  92.81 
 
 		 309 aa  585  1e-166  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0249  RNA polymerase factor sigma-32  62.59 
 
 		 309 aa  371  1e-102  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.136519 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4146  RNA polymerase factor sigma-32  63.97 
 
 		 307 aa  372  1e-102  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2826  RNA polymerase factor sigma-32  62.5 
 
 		 311 aa  372  1e-102  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2201  RNA polymerase factor sigma-32  62.5 
 
 		 311 aa  372  1e-102  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.66943  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2815  RNA polymerase factor sigma-32  62.5 
 
 		 311 aa  372  1e-102  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0230  RNA polymerase factor sigma-32  62.24 
 
 		 309 aa  370  1e-101  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0374  RNA polymerase factor sigma-32  61.51 
 
 		 306 aa  370  1e-101  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.391616  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0325  RNA polymerase factor sigma-32  60.07 
 
 		 309 aa  368  1e-101  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6145  RNA polymerase factor sigma-32  63.67 
 
 		 311 aa  368  1e-101  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0486  RNA polymerase factor sigma-32  61.81 
 
 		 311 aa  369  1e-101  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0570  RNA polymerase factor sigma-32  63.97 
 
 		 311 aa  370  1e-101  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.634272  normal  0.0160138 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2733  RNA polymerase factor sigma-32  63.31 
 
 		 311 aa  370  1e-101  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.328689  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0272  RNA polymerase factor sigma-32  59.86 
 
 		 311 aa  368  1e-101  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.809393 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2875  RNA polymerase factor sigma-32  63.31 
 
 		 311 aa  370  1e-101  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0563  RNA polymerase factor sigma-32  62.32 
 
 		 311 aa  367  1e-100  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2909  RNA polymerase factor sigma-32  62.32 
 
 		 311 aa  367  1e-100  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3138  RNA polymerase factor sigma-32  62.32 
 
 		 311 aa  367  1e-100  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0731  RNA polymerase factor sigma-32  62.32 
 
 		 311 aa  367  1e-100  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0988064  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1481  RNA polymerase factor sigma-32  62.32 
 
 		 311 aa  367  1e-100  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0547  RNA polymerase factor sigma-32  62.32 
 
 		 311 aa  367  1e-100  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.118318  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0107  RNA polymerase factor sigma-32  62.32 
 
 		 311 aa  367  1e-100  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.811048  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0301  RNA polymerase factor sigma-32  62.5 
 
 		 311 aa  364  1e-99  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0456  RNA polymerase factor sigma-32  62.14 
 
 		 311 aa  361  7.0000000000000005e-99  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3542  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  57.56 
 
 		 313 aa  353  2e-96  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000381173 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1062  RNA polymerase factor sigma-32  60.57 
 
 		 283 aa  338  8e-92  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.369095  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3171  RNA polymerase sigma-32 factor  58.36 
 
 		 319 aa  336  2.9999999999999997e-91  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.171654  normal  0.223351 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4476  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  58.11 
 
 		 313 aa  335  3.9999999999999995e-91  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4379  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  56.81 
 
 		 313 aa  335  3.9999999999999995e-91  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.202105  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1256  sigma 32 (RpoH)  55.18 
 
 		 322 aa  333  2e-90  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3522  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  54.75 
 
 		 321 aa  333  3e-90  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2845  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  55.99 
 
 		 311 aa  332  4e-90  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0889  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  55.56 
 
 		 322 aa  330  2e-89  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0236612  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1694  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  56 
 
 		 314 aa  327  2.0000000000000001e-88  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3894  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  55.18 
 
 		 313 aa  324  1e-87  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3837  RNA polymerase factor sigma-32  59.44 
 
 		 286 aa  322  3e-87  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0265332  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1692  sigma 32 (RpoH)  54.64 
 
 		 313 aa  322  5e-87  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.645597  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0345  sigma-70 factor  56.23 
 
 		 281 aa  311  6.999999999999999e-84  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.79091  normal  0.0122375 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0702  sigma 32 (RpoH)  55.36 
 
 		 285 aa  306  3e-82  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.0000000179676  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2741  RNA polymerase factor sigma-32  55.68 
 
 		 281 aa  303  2.0000000000000002e-81  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.703982  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0136  RNA polymerase factor sigma-32  55.16 
 
 		 286 aa  287  2e-76  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.27298  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03711  RNA polymerase factor sigma-32  52.54 
 
 		 282 aa  286  4e-76  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0210  RNA polymerase factor sigma-32  51.09 
 
 		 288 aa  284  1.0000000000000001e-75  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  unclonable  0.000000219279  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3743  RNA polymerase factor sigma-32  53.33 
 
 		 286 aa  284  2.0000000000000002e-75  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00277  RNA polymerase factor sigma-32  52.67 
 
 		 285 aa  282  4.0000000000000003e-75  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2113  RNA polymerase factor sigma-32  50.36 
 
 		 288 aa  282  5.000000000000001e-75  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.199726  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2986  RNA polymerase factor sigma-32  54.81 
 
 		 288 aa  282  5.000000000000001e-75  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.160532  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002141  RNA polymerase sigma factor RpoH  52.67 
 
 		 285 aa  281  7.000000000000001e-75  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000181562  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2662  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  50.36 
 
 		 285 aa  281  9e-75  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000148114 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1935  RpoH  51.61 
 
 		 287 aa  281  1e-74  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1545  RNA polymerase factor sigma-32  53.16 
 
 		 280 aa  281  1e-74  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.197254  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3948  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  50.37 
 
 		 289 aa  280  2e-74  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00908242  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3666  RNA polymerase factor sigma-32  51.26 
 
 		 291 aa  280  3e-74  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0102  RNA polymerase factor sigma-32  49.14 
 
 		 285 aa  280  3e-74  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.911847  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0096  RNA polymerase factor sigma-32  48.8 
 
 		 285 aa  279  4e-74  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2371  RNA polymerase factor sigma-32  51.6 
 
 		 286 aa  279  4e-74  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000115405  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3465  RNA polymerase factor sigma-32  50.18 
 
 		 285 aa  278  8e-74  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.36661  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03532  RNA polymerase sigma factor  50.36 
 
 		 277 aa  277  1e-73  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0276999  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3603  RNA polymerase factor sigma-32  50.36 
 
 		 285 aa  278  1e-73  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000309877  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3594  RNA polymerase factor sigma-32  50 
 
 		 284 aa  278  1e-73  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000215308  normal  0.0848762 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2302  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  50.69 
 
 		 287 aa  277  1e-73  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.962406  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4062  RNA polymerase factor sigma-32  49.14 
 
 		 285 aa  277  2e-73  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4981  RNA polymerase factor sigma-32  47.24 
 
 		 284 aa  277  2e-73  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5108  RNA polymerase factor sigma-32  47.24 
 
 		 284 aa  276  3e-73  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.149866  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5158  RNA polymerase factor sigma-32  47.22 
 
 		 284 aa  276  3e-73  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.900853  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3977  RNA polymerase factor sigma-32  49.47 
 
 		 285 aa  276  3e-73  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.0000000239264  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2900  RNA polymerase factor sigma-32  51.85 
 
 		 286 aa  276  3e-73  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0400312  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0357  RNA polymerase factor sigma-32  47.24 
 
 		 284 aa  276  3e-73  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.108013  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0059  alternative sigma factor RpoH  50 
 
 		 286 aa  276  3e-73  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.314637  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03310  RNA polymerase sigma factor  52.17 
 
 		 284 aa  275  6e-73  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0254  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  52.17 
 
 		 284 aa  275  6e-73  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3943  RNA polymerase factor sigma-32  52.17 
 
 		 284 aa  275  6e-73  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4781  RNA polymerase factor sigma-32  52.17 
 
 		 284 aa  275  6e-73  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3660  RNA polymerase factor sigma-32  52.17 
 
 		 284 aa  275  6e-73  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3744  RNA polymerase factor sigma-32  52.17 
 
 		 284 aa  275  6e-73  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03263  hypothetical protein  52.17 
 
 		 284 aa  275  6e-73  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3861  RNA polymerase factor sigma-32  52.17 
 
 		 284 aa  275  6e-73  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0255  RNA polymerase factor sigma-32  52.17 
 
 		 284 aa  275  6e-73  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2594  RNA polymerase factor sigma-32  53.05 
 
 		 284 aa  275  7e-73  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3874  RNA polymerase factor sigma-32  49.14 
 
 		 285 aa  274  1.0000000000000001e-72  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.81201  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0222  RNA polymerase factor sigma-32  49.28 
 
 		 285 aa  274  1.0000000000000001e-72  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.281933  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0430  RNA polymerase sigma-32 factor  47.93 
 
 		 284 aa  274  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3770  RNA polymerase factor sigma-32  51.45 
 
 		 284 aa  273  2.0000000000000002e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4748  RNA polymerase factor sigma-32  47.59 
 
 		 284 aa  273  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.294089  normal  0.0445386 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3837  RNA polymerase factor sigma-32  51.45 
 
 		 284 aa  273  2.0000000000000002e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3939  RNA polymerase factor sigma-32  51.45 
 
 		 284 aa  273  2.0000000000000002e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3880  RNA polymerase factor sigma-32  51.45 
 
 		 284 aa  273  2.0000000000000002e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3760  RNA polymerase factor sigma-32  51.45 
 
 		 284 aa  273  2.0000000000000002e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2721  RNA polymerase factor sigma-32  52.69 
 
 		 284 aa  273  3e-72  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0204  RNA polymerase factor sigma-32  48.55 
 
 		 283 aa  272  7e-72  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000789244  decreased coverage  0.00000216818 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2240  RNA polymerase factor sigma-32  50 
 
 		 288 aa  271  1e-71  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2151  RNA polymerase factor sigma-32  49.65 
 
 		 288 aa  270  2e-71  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.370706  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5334  RNA polymerase factor sigma-32  48.21 
 
 		 284 aa  270  2e-71  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.020248  normal  0.458128 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3502  RNA polymerase factor sigma-32  48.36 
 
 		 284 aa  270  2e-71  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000000191039  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4325  RNA polymerase factor sigma-32  51.3 
 
 		 288 aa  269  4e-71  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.451736  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0161  RNA polymerase factor sigma-32  47.27 
 
 		 285 aa  269  5e-71  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4161  RNA polymerase factor sigma-32  50.36 
 
 		 285 aa  267  2e-70  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000335306  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4091  RNA polymerase factor sigma-32  50.36 
 
 		 285 aa  267  2e-70  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000103165  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0174  RNA polymerase factor sigma-32  50.36 
 
 		 285 aa  267  2e-70  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000841804  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>